Virus basala mekanismer Flashcards
Virus = ?
Metalliskt inert, infektiöst ämne som reproducerar endast inne i levande värdcell. Består av RNA- eller DNA-kärna, ett proteinhölje och i vissa fall även ett omgivande hölje.
Viruspartikelns delar:
- nukleinsyra (DNA eller RNA)
- kapsid, skyddande skal av protein
- Ev: lipidhölje på utsidan av kapsiden (en del virus)
Kapsid: ikosahedral symmetri:
Subenheter = kapsomerer, varje kapsomer bygg upp av minst 3 proteinstrukturer - virus får olika stolrik på kapsomer - kan vara polyhedrala eller sfäriska
- stabilt, hållbart
- ej flexibel - begränsar genomets storlek
Kapsid: helikal symmetri:
Proteinstrukturer (protomerer) går runt genomet i spiralform - helixstruktur. RNA-genomet formar en RNA-helix mellan protomererna.
- Flexibel struktur - genomet kan bli större genom att spiralen blir längre
- begränsad stabilitet
Har virus gemensamt ursprung?
Nej
Virusklassificering: hierarkiskt system:
Klassificeras efter hur höljet är format. Lwoff
Virusklassificering 2:
Typ av genom samt syntes av mRNA (Baltimore). 7 familjer (ds DNA, ss DNA, ds RNA osv)
Grupp 6 o 7 i klassificering 2 särskiljer sig genom att:
de använder revers transcriptase (tex HIV = RNA-virus). Unikt enzym som kan göra om RNA till DNA
Virus infektionscykel 7 steg:
- Adsorption till specifik receptor på cellytan
- Penetration genom cellmembranet
- Uncoating av viruspartikeln
- Expression och realisation av virusgenomet
- Syntes av virusproteiner
- Ihopsättning av nya viruspartiklar
- Frisläppande av nya viruspartiklar genom avknoppning (budding, böljebärande virus) eller cell-lys
Hur fastnar viruset på celler det ska infektera?
Ytstrukturer på celler används som virusreceptorer
Hur sker fusion mellan virushölje och plasmamembran?
Virus: hölje med receptorbindande protein och fusionsprotein. Receptorbindande proteinet kopplar ihop med receptorer - bindning inducerar en konformationsföränding av virusets fusionsprotein. En hydrofon piptid hos fusionsproteinet skär in i cellens plasmamembran och inducerar fusionen med virushöljet –> virusets hölje/membran kopplas ihop med cellen.
Vad innehåller kapsiden?
Genomet
2 huvudgrupper av hur virus kommer in i cellen:
- Smälta ihop med membran
2. Ta sig in via endosom (receptormedierad endocytos)
Frisläppande av böljebärande virus: 2 sätt
- Icosahedral kapsid tar sig till cellmembranet och snor lite membran av cellen = budding
- Färdigt virus med hölje finns i golgi –> snor membran och gör en endosom som kan fusera med cellmembranet (cellens membran går ej ut)
Replikation av DNA-virus vs replikation av RNA-virus?
DNA-virus kan använda cellens mekanismer. Använder en replikationsgaffel. Använder viralt helikas pga cellens helikas ger bara 1 replikation per cellcykel!
Stora DNA-virus: kan koda alla proteiner som behövs för replikationen
Små DNA-virus (litet genom): lånar alla proteiner för replikationen förutom helikaset
RNA-virus: använder virus-kodat RNA-polymeras för sin replikation genom en process som liknar cellens RNA-syntes, utan bildande av gaffel
Varför har RNa-virus sämre kontroll på gen-expressionen?
DNA-virus använder samma mekanismer som cellen för sin gen-expression (dvs med transkriptionell och post-transkriptionell kontroll
RNA-virus kan inte använda cellens RNA-polymeras (=DNA-beroende) för syntes av mRNA
Speciellt med positivt RNA?
Kan fungera direkt som mRNA - translation kan initieras av en primer vid 5´-änden. Behöver bara stöta på en ribosom. Bildas stort polyprotein som klipps i mindre bitar
(för realisationen behöver det bilda en negativ spegelbild)
Replikation av negativt RNA-virus genom?
Viralt RNA-polymeras måste arbeta för att göra positiva kopior som kan användas som mRNA. Bär med sig sitt RNA-polymeras. Poleras ramlar av negativt RNA (stoppar efter varje gen och antingen ramlar av eller börjar nästa gen) så att det blir fler kopior i första delen och färre i slutdelen –> olika mängder mRNA –> vi får för mkt protein av de vi har många av och kanske för lite i andra änden —> procedur för att göra nya kopior blir ineffektiv
Hur påverkar närvaro av nukleokapsidprotein RNA-replikation/mRNA-syntes?
Vid avsaknad av fritt N bildas mRNA
Vid närvaro av fritt N bildas istället full-längds RNA (+) som sedan replikeras till genomiskt RNA
(N hämmar syntes av mRNA - istället görs nya kopior av genomet för att stoppa in i viruspartiklarna)
Cytopatogen effekt kan ge…?
- Dysfunktion eller transformation av cell
- nekros eller apoptos av cell
Värdcellens svar mot virusinfektioner
Interferoner, apoptos
Vad virus gör i cellen:
Tar över transkriptionsmaskineri, translationsmaskineri, DNA-replikationsmaskineri, transportmaskineri, omdirigerar cellulära signalvägar
