Virologie Bac3 Flashcards
Quels sont les 4 cycles épidémiologiques de la peste porcine africaine ?
Cycle Silvatique : apparition de la peste porcine dans la péninsule ibérique où le climat est suffisamment chaud pour permettre la présence de tique ornithodoros en Afrique. Transmission entre la tique et les phacochères qui ont des infections asymptomatiques.
Cycle tique-porc : transmission de la tique vers les porcs domestiques qui sont que très rarement en contact avec les phacochères
Cycle domestique : transmission entre les porcs via le contact de porc à porc et via les produits dérivés
Cycle sanglier-habitat : le sanglier est infecté par les produits dérivés de porc, et contamine l’environnement via les carcasses ou matière fécales
Définition de virus et virion
Unité infectieuse qui requiert l’environnement intracellulaire. Il possède un seul type d’acide nucléique (souvent) infectieux : ADN ou ARN. 2 phases : phase extracellulaire où le virus est inerte et phase intracellulaire avec multiplication virale.
Le virion est la particule virale pleinement infectieuse. Tous les virions sont des virus mais tous les virus ne sont pas des virions
Quelles sont les couches entourant le virus ?
Une capside qui est un ensemble protéique entourant l’acide nucléique viral et la nucléocapside est un assemblage comprenant l’acide nucléique virale et la capside. Certains virus n’ont que ces deux couches et d’autres (+ complexes) possèdent une enveloppe qui est une bicouche lipidique portant des glycoprotéines, comme une membrane cellulaire.
Chez presque tous les virus, il y a une couche intermédiaire entre l’enveloppe et la nucléocapside = matrice ou tégument
Quelle est la différence entre un ARN à polarité négative et un à polarité positive ?
L’ARN monocaténaire est décrit comme ayant une polarité positive comme l’ARNm, on lit sa séquence de 5’ à 3’.
Il peut aussi être décrit comme ayant une polarité négative donc on le lit de 3’ à 5´selon la séquence complémentaire à l’ARNm
Quelles sont les types de symétrie virale ? Détails
Symétrie hélicoïdale : symétrie de rotation toujours portée par la capside, en forme de bâtonnet. Ce sont des cylindres creux. Ces symétries sont basées sur un type de protomère, enroulé en spirale hélicoïdale
Symétrie icosaédrique : polymère à 20 faces triangulaires quasi équivalentes
On a aussi la symétrie complexe lorsque l’organisation ne rentre dans aucun des 2 précédents types de symétrie (virus de la grippe et bacteriophage)
Quelles sont les protéines virales ?
Les protéines structurales donc qui participent à la structure du virion et les protéines non structurales (uniquement présentes dans la cellule infectée) qui jouent un rôle enzymatiques et de régulation
Quelle est la structure du SARS-CoV-2 ?
Hélicoïdale
Quelles sont les phases du cycle de multiplication virale ?
Phase d’attachement-pénétration, phase d’éclipse (decapsidation et multiplication virale à proprement dite = transcription des ARNm précoces puis traduction des protéines précoces puis réplication de l’acide nucléique viral puis transcription des ARNm tardifs et traduction des protéines tardives), phase de maturation (encapsidation et enveloppement) puis phase de sortie et plateau.
Lors de la phase d’éclipse, le virus n’est plus visible dans la cellule.
Le plateau est présent après l’augmentation exponentielle de virion et que toutes les cellules infectées ont subi le cycle de multiplication viral
Lorsque le virus se multiplie dans la cellule, combien allons nous avoir de nouveau virus et grâce à quoi ?
On va avoir des centaines de nouveau virus car dans une cellule infectée il y a des centaines voire plus d’évènements de réplication de l’acide nucléique viral grace aux polymerases. Attention risques de mutation
Qu’est ce que le phénomène de réversion ?
Si une mutation est introduite, il se peut que lors des réplications virales suivantes, une autre mutation soit introduite au même endroit et donc compense l’erreur de base
Explique les taux de mutations selon les tailles des génomes (graphique avec eucaryote et ADN etc)
Les eucaryotes évolués mutent très peu, les virus à ADN mutent 1000x plus que les eucaryotes et les virus à ARN mutent encore 1000x plus que les virus à ADN. On conclue que les organismes et virus qui ont les tailles génomiques les plus élevées, ont un taux de mutation les plus faibles.
Ça s’explique car quand un virus parvient à vivre dans la biosphère avec des génomes de grande taille, c’est
que forcément ils ont dû maitriser les erreurs qui se sont introduites lors de l’action des polymérases —> forcément pour parvenir à avoir des génomes de grande taille (type virus à ADN), il faut qu’ils aient des mécanismes de correction, contrairement aux virus à ARN ayant des tailles génomiques plus faibles peuvent tolérer des taux de
mutation plus élevés = compatible avec le développement et la survie de ces virus dans la biosphère.
Qu’est ce qu’une quasi espèce ?
Distribution dynamique de génomes mutants ou recombinants, non identiques mais étroitement liés, et qui se trouvent soumis à un processus continu de variation génétique, de compétition et de sélection.
Les caractéristiques générales du virus sont tjrs les mêmes mais c’est au sein de la souche du virus qu’on peut avoir des quasi-espèces
Qu’est ce que la recombinaisons intramoléculaires ? Explique
C’est un échange de séquence d’acide nucléique entre 2 virus apparentés, de la même espèce ou d’espèces voisines. Il faut donc une proximité entre ces deux virus. Il faut donc qu’il y ait une co-infection d’une même cellule par ces 2 virus, sans quoi le phénomène de recombinaison ne se produit pas. Les 2 séquences génétiques de ces virus sont très semblables, ce qui permet les processus de crossing-over
Qu’est ce que le réassortiment génétique ? Explique
C’est un co-infection de la cellule par 2 virus apparentés. La différence avec la recombinaison intramoléculaire est qu’ici ça se produit uniquement chez les virus à génome segmentés. Au cours de la multiplication virale dans la cellule infectée, il y a échanges de segments génétiques entre 2 virus apparentés. Ceci peut provoquer des modifications majeures du virus, notamment si le segment échange code pour une glycoprotéine. C’est le cas des virus influenza qui possèdent 8 segments.
Cite les différentes classes de virus
Classe n°1 : virus à ADN bicatenaire = il y aura une étape de transcription qui va par des enzymes de type transcriptase synthétiser les ARN-m qui seront alors impliqués dans la cellule pour la traduction et pour permettre la synthèse des protéines virales.
Classe n°2 = virus à ADN monocaténaire -› il faudra donc d’abord une étape générant un intermédiaire de réplication en ADN bicaténaire sur lequel les enzymes de transcription vont pouvoir intervenir. Cet ADN sert aussi de matrice pour les ARN-polymérases de manière à synthétiser les nouveaux ADN pour constituer les nouveaux virions.
Classe n°3 = virus à ARN bicaténaire : il faut des enzymes transcriptases spéciales reconnaissant l’ARN qui vont ainsi assurer une transcription de manière à synthétiser les ARN-m de polarité positive. Il faut savoir que certains de ces ARN de polarité positive vont être utilisés comme matrice par les polymérases pour assurer la réplication et servir de matrice pour synthétiser le brin complémentaire d’ARN pour la réplication de l’ARN et pour donner de nouvelles molécules d’ARN double brin qui rentreront dans la constitution des nouveaux virions.
Classe n°4 = virus à ARN simple brin de polarité positive : ils n’ont pas de lien avec l’ARN de polarité + car l’ARN génomique est, dans la cellule, directement reconnu comme ARN-m et intervient donc directement comme tel pour permettre la traduction en protéines virales. On a des flèches double sens dans le contexte de la réplication car il s’agit d’un ARN de polarité positive
+ les ARN-polymérases-ARN-dépendants vont donc synthétiser un ARN de polarité négative : il y aura donc comme intermédiaire de réplication des ARN double brin qui vont alors intervenir dans la réplication en s’ouvrant et libérant alors des ARN de polarité + qui vont intervenir dans la formation des nouveaux virions.
Classe n°5 = virus à ARN simple brin de polarité négative : des enzymes de transcription virale de type ARN-polymérase-ARN-dépendantes vont les former. Il y aura une phase dans la réplication de synthèse d’un intermédiaire de réplication brin +/brin - qui va alors libérer les brins - et permettre la formation des nouveaux virions.
Classe n°6 : composée d’ARN simple brin= rétrovirus : ce ne sont donc pas des a vrais virus a ARN, leur réplication = activité de la transcriptase inverse qui va avoir comme action de synthétiser un
ADN double brin à partir duquel il y aura transcription et synthèse des ARN-m.
Il y a à nouveau une double flèche car dans les étapes de transcription à partir de l’ADN double brin issu de l’action de la transcriptase inverse, il y aura des ARN de longueur génomique totale qui vont intervenir pour former les nouveaux virions. Ça diffère de ce qu’il se passe dans les classes précédentes.
Classe n°7 : composée d’ARN bicaténaire = virus de l’hépatite : même phénomène que pour la classe n°6.
Les 2 dernières sont particulières car renferment les virus possédant la transcriptase inverse.
