Vigtige definitioner Flashcards
Definition på domæne
Lokale, semi-selvstændige/uafhængige ”folde-enheder” dannet ud fra nabosegmenter i en polypeptidkæde. Så man kan se dem som forbundne enheder, som i varierende grad er selvstændige i deres struktur-, funktions- og foldeadfærd. Hvert domæne kan beskrives ud fra dets fold. Begrebet domæne kræver at der er mere end et fold i proteinet.
Definition på fold
Det globale arrangement af sekundærstrukturer i en polypeptidkæde, fx four-helix bundles. Fold og sekundærstruktur kan være det samme.
Definition på kvaternær struktur
Hvordan to eller flere polypeptidkæder associerer og udgør en nativ proteinstruktur.
Definition på moduler
Modulære proteiner består af mange gentagne kopier af et eller få domæner – alle i samme polypeptidkæde. Domænerne, der indgår, kaldes moduler, og de er nogle gange relativt små. Bemærk at dette begreb ofte bruges om sekvenser, hvis struktur måske ikke kendes med sikkerhed. Modulære proteiner dannes ved recombination. Hvert modul svarer til et exon i DNA’et. Genduplikationer og recombinationer af introns, der indeholder disse exons, vil derfor lede til dannelsen af proteinmolekyler med nye konbinationer af disse moduler.
Definition på primærstruktur
Kovalentstruktur, dvs. aminosyresekvensen, posttranslationelle modifikationer og disulfid-mønster.
Definition på sekundær struktur
Veldefineret lokal konformation af en del af polypeptidbackbone. Der er tre klasser af specielt stabile sekundærstrukturer: alfa-helix, beta-sheet og beta-turn.
Definition på subunit
En enkel polypeptidkæde, der er en del af en kvaternær struktur.
Definition på supersekundærstruktur/motiv
Arrangement af to eller tre fortløbende/sammenhængende sekundærstrukturer. Små arrangementer af sekundære strukturer, primært lokalt. Det er vigtigt at vide at ikke alle helicer og strands i et protein tilhører supersekundærstrukturer.
Definition på tertiær struktur
Overordnede topologi inden for én polypeptidkæde, der udgør en tredimensionel struktur.
Definition på akkurathed
Hvor meget ens resultater ( = den endelige model/struktur) stemmer overens med de eksperimentelle data (= “virkeligheden”). Fx om de overholder restraints.
Definition på præcision
Hvor meget lighed der er mellem de strukturer, man får genereret. Så til hvilken grad, de opnåede strukturer ligner hinanden. Dvs. hvor lidt afvigelse der er mellem ens resultater.
Mere præcist er det i X-ray = hvor stor sandsynligheden er for, at elektronerne befinder sig i et område.
Definition på quantum yield
Det er et mål for fluorescens-intensiteten. Det er forholdet mellem antallet af fotoner, der emitteres og antallet af fotoner, der absorberes.
Definition på chromofor og fluorofor
Chromofor: En gruppe atomer, der absorberer lys i det synlige spektrum.
Fluorofor: Et stof, der fluorescerer, dvs. udsender (emitterer) lys i det synlige spektrum efter absorption af elektromagnetisk stråling.
Definition på quenching
Hvis energioverførslen fra et exciteret molekyle til et andet molekyle resulterer i strålingsløs de-excitation, siger vi at den exciterede chromofor er blevet quenched.
Definition på romatér
Rotamerer er sidekædekonformationer med lav energi.
