Va Extracción, cuantificación y purificación de ácidos nucleicos

Question 1

Pasos de extracción de DNA genómico

Answer 1

1. Muestra de células
2. Buffer de lisis
3. Precipitación de proteínas
4. Precipitración de ácidos nucleicos
5. Lavados
6. Resuspención en agua libre de nucleasas
7. Cuantificación y determinación de pureza

Question 2

Qué contiene el buffer de lisis?

Answer 2

-50 mM de Tris-HCl para pH 8.0
-1% de SDS (detergente y desnaturalizante)
- Proteinasa K 2mg/ml

Question 3

Qué incrementa la proteinasa K?

Answer 3

-Pureza del DNA
-Calidad/cantidad de DNA no degradado

Question 4

Con que se precipitan las proteínas en al extracción de DNA?

Answer 4

Con acetona

Question 5

Con que se precipita el DNA

Answer 5

Etanol frio

Question 6

Procedimiento de lavados del DNA

Answer 6

Se lava un par de veces con etanol al 75%

Question 7

Niveles maximos de espectros de absorbancia de ácidos nucleicos y proteínas

Answer 7

a 260 y 280 nm respectivamente

Question 8

En base a que absorbancia el espectofotómetro calcula la concentración de ácidos nucleicos en solución?

Answer 8

A 260 nm

Question 9

Valores de pureza del DNA

Answer 9

1.8 a 2 = optima
1.6 a 1.8 = Aceptable
<1.6 = Contaminación con proteínas
> 2.1 Contaminación con RNA

Question 10

Con qué metodo se extrae el RNA?

Answer 10

Método fenol-cloroformo

Question 11

Pasos de la extracción de RNA

Answer 11

1. Añadir fenol cloroformo
2. Más fenol-cloroformo
3. Retirar RNA de fase acuosa y adicionarle isopropanol frio en otro tubo
4. Centrifugar
5. Lavar 75% etanol
6. Resuspender RNA
7. Coeficiente 260/280

Question 12

Niveles de pureza del RNA

Answer 12

Optima = 2.0 a 2.0
Aceptable = >1.7
Contaminación con proteínas = <1.7

Question 13

Qué es más polar? el fenol o el cloroformo?

Answer 13

El fenol

Question 14

Gel electroforético principalmente para proteínas o ácidos que requieran mayor resolución

Answer 14

Poliacrilamida

Question 15

Gel para analisis de muestras de ácidos nucleicos

Answer 15

Gel de agarosa (no se pueden observar diferencias pequeñas)

Question 16

Tipos de electroforesis mencionadas

Answer 16

Convencional y de campo pulsado

Question 17

De qué azucares está formada la agarosa del gel de agarosa?

Answer 17

De L-galactosa y D-galactosa

Question 18

A qué temperatura se hace soluble la agarosa en agua?

Answer 18

a 65°

Question 19

Concentración tipica de gel de agarosa?

Answer 19

0.5 a 4%

Question 20

Relación movilidad-concentración de agarosa

Answer 20

A mayor porcentaje de agarosa disminuye la movilidad

Question 21

Son ejemplos de factores extrínsecos de la partícula en cuanto a movilidad electroforética

Answer 21

1. Concentración de agarosa
2. Voltaje aplicado
3. Tiempo de corrida
4. Temperatura

Question 22

Voltaje tipico aplicado al gel de agarosa

Answer 22

10 V x cm de gel

Question 23

Absorbancia y emisión del Bromuro de etidio

Answer 23

-Absorbe a 260-360 nm
-Emite a 560 nm

Question 24

Cuánto detecta el Bromuro de etidio?

Answer 24

Hasta 1ng de dsDNA

Question 25

Es más sensible el Bromuro de etidio que el SYBR

Answer 25

Verdadero, SYBR (~3ng)

Question 26

Separación de ácidos nucleicos basada en interacciónes con proteínas

Answer 26

Elecroforesis Mobility Shift Essay (EMSA)

Question 27

Separación de grandes fragmentos de DNA (hasta millones de pares de bases)

Answer 27

Pulsed field gradient electrophoresis (PFGE)

Question 28

En la PGFE a qué cadenas les toma menos tiempo relajarse, reorientarse y tienen mayor movilidad?

Answer 28

Las más cortas

Question 29

Son tipos de campos electricos no homogéneos de PFGE

Answer 29

-PFGE
-OFAGE
-TAF

Question 30

Son tipos de campos electricos homogéneos de PFGE

Answer 30

-FIGE
-CHEF
-RGE

Question 31

Cuanto mayor es el tamaño de las cadenas de DNA a separar

Answer 31

mayor es la duración de
los pulsos aplicados y menor el voltaje

Question 32

Qué analitos llegan primero en la electroforesis capila?

Answer 32

Los cationes (uFeo + ue = mayor movilidad)

Question 33

Qué analitos llegaran al final en la electroforesis capilar?

Answer 33

Los negativos (uFeo - ue = menor movilidad)