Uorgs du sol

Question 1

Virus

Answer 1

très petits, partout
Contrôle des pop des cellules-hôte
Adsorbés ou inactivés ds sol

Question 2

Bactéries

Answer 2

Uorgs en + grand nb
Grande variété (peu sont cultivables)
Autochtones
Hétérotrophes (plupart comme source de C = m.o.
Charge nette -
Ds microagrégats: Gram- et actinobactéries (+ près eau, protection contre protozoaires)
Entre agrégats: Gram+ (pcq + gros que Gram -)
Métabolisme + lent ds enviro qu’en labo
Adaptations (ex: capsule)

Question 3

Actinobactéries

Answer 3

Gram+, filamenteuse
Représentent 10-33% flore ubienne du sol
Diff types de reprod
Rôles importants:
1. décomposition MO + récalcitrante (ex: chitine, cellulose) mais mauvais compétiteurs pcq pousse pas vite
2. Formation humus
3. Compostage (sp thermofiles)
4. Prod géosmine (prod volatil contribue odeur de terre)
5. Prod d’ATB (ex: streptomycine = antagonisme pcq accès à + nourriture et + espace)
6. Pathogènes
7. Fixation N2 (Ex: Frankia)

Question 4

Arthrobacter

Answer 4

Bactérie la + nbreuse
Pléomorphe et Gram+ (variable selon âge de la culture)
Croissance lente mais pls subtrats diff (dont humus et herbicides)
Résistance + à dessication et manque de nourriture
Responsable de minéralisation sec (dégradation humus)

Question 5

Cyanobactéries

Answer 5

Fixent CO2 (autres c) et N2 (hétérocystes)
Association ac champignon pour former lichens
Bcp ds sol tropicaux et rizières (fournit O2 aux racines)
Colonisateurs primaires (initient dormation d’un sol):
1. prod m.o. (photosynthèse): diminue érosion, biodégradable par hétérotrophes, nourriture pour autres org (consommateurs)
2. prod CO2 (respiration): ph diminue = minéraux + solubles donc = assimilables (et lessivables)
3. Fixation N2: amène N assimilable en circulation ( + pcq limitant)

Question 6

Qu’Est-ce que les colonisateurs primaires?

Answer 6

Sont les 1er à essayer de former un sol et à s’installer qd pas de sol, souvent phototrophes
Forme m.o. et permet aux hétérotrophes de s’installer

Question 7

Pseudomonas, Bacillus, Clostridium

Answer 7

1. Pseudomonas
   Capacité à utiliser pls substrats diff
   Pigments fluorescents et sidérophores (captent le fer donc - dispo pour pathogènes) aide en lutte bio
2. Bacillus
   Gram +, formation spores, fixation N2, BTi, pathogènes
3. Clostridium
   Gram +, formation spores, fixation N2, pathogènes
4. Autres: fixation N (Rhizobium, Azotobacter), chimiolithotrophes du cycle N et S

Question 8

Mycètes

Answer 8

Biomasse importante
Hétérotrophes et aérobie (surtout 10 premiers cm)
Tolèrent mieux: stress hydrique, variations de pH et T que bactéries
Opportunistes
Libres ou en association (mycorhize, lichens)
Pathogènes de plantes + animaux
Améliore structure du sol ( car biomasse élevée)
Décomposition m.o. ( cellulose, pectine, lignine: surtout en pH acide)
Lutte bio (mangeurs de nématodes, hypes collants ou anneaux ds lequel les emprisonne)

Question 9

Algues

Answer 9

Mal adaptées aux cond hétérotrophes du sol
À la surface ou ds grosse fissure ( où lumière)
Facteur limitant= eau
Sp diff selon pH: sols acides= algues vertes, sols neutres ou alcalins= diatomée
Libres ou en association (lichens)
Colonisateurs primaires:
- prod de m.o. (photosynthèse)
- dissolution d’éléments nutritifs (respiration)
- nourriture pour autres org (prédation)

Question 10

Protozoaires

Answer 10

Surtout ds 15 premiers cm (besoin de proies +O2)
- qu’en milieu aqueux maid adaptés
Forme active (trophozoïte) ou de survie (kyste)
Flagellés, ciliés
Prédateurs d’algues et bactéries (phagocytose): contrôle des pop
Décomposition cellulose

Question 11

Micro, méso et macro faune

Answer 11

Aération sol (canaux)
Augmente pénétrabilité et mouv des nutriments (via air et eau)
Agrégation des particules de sol
Décomposition m.o.
Maladies (vecteurs)

Question 12

Analyses microbio du sol (Échantillonnage)

Answer 12

Description du site (ex: topographie, profil et type de sol,etc)
Pas tjrs aseptique ( pcq [orgs] élevée)
Volume élevé de sol et bien mélangé pour diminuer effet microagrégats
Pls prélèvements et échant aléatoire
Conserver au froid qq jours (jusqu’à 3 sem), éviter chaleur et dessication
Si contenant fermé hermétiquement: CO2 libéré s’accumule donc pH diminue

Question 13

Types d’analyses : microscopie

Answer 13

Lame enfouie, grille ME(observations interactions entre uorgs), pédoscope (laisse passe uorgs + perturbent pas le sol)
Donne des résultats:
Qualitatif, org mobiles en + grande qté, viables + non viables, pas représentatif

Question 14

Types d’analyses : chimiques (indirectes)

Answer 14

1. Fumigation au CHCl3 et dosages chm: pour tuer et briser biomasse, libération de constituant cellulaires, dosage chm du P, C, N, S des c
2. Mesure de respiration(dosage CO2): mesure ATP, activité enzymatique, portion d’ADN (moléculaire)

Question 15

Types d’analyses : dénombrement d’UFC

Answer 15

Mélange + dispersion (ajout d’agent dispersant si nécessaire), dilution en série ds saline, étalements sur milieu approprié avec 2-3 réplicats, incubation pls jours
Problème= sous-estimation pop:
Besoins nutritifs ou paramètres incubation pas tous respectés
Peut rester collé sur sol
Croissante lente de certains uorg vs colonie envahissante (compétition)
Antagonisme entre les uorgs

Question 16

Qu’est-ce qu’un hétérocyste

Answer 16

Hétérocyste est une cellule fixatrice d’azote, à paroi épaisse, qui se forme dans les filaments de certaines cyanobactéries. La paroi est épaisse pour limiter la diffusion de l’oxygène à l’intérieur de la cellule, car la nitrogénase y est sensible.