Unix

Question 1

Que signifie : pwd

Answer 1

savoir ou on est

Question 2

Que signifie : .

Answer 2

répertoire courant

Question 3

Que signifie : ..

Answer 3

répertoire précédent

Question 4

Quelle commande utilise-t-on pour se déplacer dans un répertoire?

Answer 4

cd

Question 5

Quelle commande utilise-t-on pour créé un nouveau fichier?

Answer 5

mkdir

Question 6

Quelle commande utilise-t-on pour déplacer/renommer un fichier?

Answer 6

mv

Question 7

Quelle commande utilise-t-on pour voir le début d’un fichier? Tout le fichier?

Answer 7

less ou head

cat

Question 8

Que fait rm?

Answer 8

effacer un fichier

Question 9

Quelle commande utilise-t-on pour compter le nombre de lignes?

Answer 9

wc

Question 10

comment sort-on d’un fichier?

Answer 10

q

Question 11

Que fais la fonction grep? Que fait -w et -c?

Answer 11

copie une ligne

• w pour que la ligne contienne le mot complet exacte
• c indique combien de ligne comporte au moins xxx

Question 12

Que fait cut? Que veut dire le -f?

Answer 12

copier les colonnes d’un fichier, il indique le numero des colonne

Question 13

Que fait la commande uniq?

Answer 13

Compare avec la ligne suivante

Question 14

Quelle commande fait-on si le truc semballe?

Answer 14

Ctr-c (calmos)

Question 15

Que va-t-il me sortir si j’écrit : head -n 5 fichier1

Answer 15

Les 5 premières ligne du fichier1

Question 16

que va-t-il me sortir si j’écrit: head -n 50 regions.bed | tail -n 11

Answer 16

Les lignes 40 a 50 inclusivement de ce fichier

avant le pipe sort les les 50 première ligne, après prend juste les 11 dernière ligne (11 car inclusif)

Question 17

Que va-t-il se passer si : cut -f 1-3 fichier1> fichier2

Answer 17

on va copier les 3 premier colonnes du fichier1 dans le fichier2

Question 18

Que va-t-il se passer si: grep -c “chr2” regions

Answer 18

on va compter le nombre de ligne qui contienne l’expression chr2 dans le fichier regions

Question 19

Quelle est la différence entre grep -cw “chr2” regions et grep -c “chr2” regions ?

Answer 19

Le w s’assure de chercher le mot exacte, vs le 2e poura sortir toute les ligne contenant l’expression chr3, comme chr2 chr22 chr23 pas juste chr2.

Question 20

Comparez le résultat des deux commandes suivantes (« wc -l reg.bed » et « cat reg.bed | wc -
l ») puis commentez :

Answer 20

1ère commande fait le décompte dans chaque fichier individuellement
(équivalent du « Multiple dataset selection » de Galaxy), alors que la 2e concatène tous les
fichiers puis procède seulement au décompte total