Théorie Flashcards
Quels sont les 4 niveaux de structure de sprotéines?
1 : aa en chaine peptidique
2 : Hélices alpha et feuillets B, liaison H, amide-carbonyle
3 : Structure 3D par intéractions non covalentes, Ponts disulfure
4 : Assemblage de plusieurs chaines peptidiques
Nommer les 6 agents dénaturants les protéines, les niveaux de structure qu’ils affectent et leur mode d’action
1 - Chaleur (2-3-4)
brise les liens H
2 - Acides + alcalis (3-4)
Affecte l’ionisation des caines latérale
3 - Alcools (2-3-4)
1) Destruction des liens H pour la création de nouveaux liens H-chaine latérale (OH)
2) Intéraction avec les liens hydrophobes
4 - Agents oxydants/réducteur
1) Oxydant : Formation de nouveaux ponts disulfure
2) Réducteur : Brise les ponts Di-S (DTT-mercaptoéthanol
3) Ions de métaux lourds : come réducteur (lien métal - S
5 - agents chaotropiques
Infiltration d’eau dans les régions hydrophobes
6 - Détergents
Détuit les intéractions hydrophobes, solubilise la protéine et donne une charge négative.
Différencier une protéine fibreuse d’une protéine globulaire
1 - Globulaire : Rapport axial <10 (généralement 3-4).
Chaîne peptidique repliées et enroulé compacte
2 - Fibreuse : Rapport axial >10
Chaine ou groupe de chaînes peptidiques enroulées en spirale/hélice relié par des liaisons H ou covalente.
Quel sont l'utilité de ces produits dans une extraction d'ADN? 1 - EDTA 2 - SDS 3 - Solvant organique 4 - ARNase 5 - Ethanol
1 - EDTA : Homogénéisation du tissus pour chelater les ions divalents et inhiber les DNAses
2 - SDS : Solubiliser les membranes et dénaturer les protéines
3 - Solvant organique : Purification des acides nucléiques
4 - ARNase : Dégrader l’ARN pour ne pas avoir de contamination
5 - Ethanol : Éliminer les substances de petit poids molécuaire
Quelles sont les étapes de l’extraction d’ADN de levure? (expliquer le pourquoi des étapes)
1) Vortex de l’échantillon de levure pour bien suspendre le culot
2 ) Centrifugation, ensuite on jette le surnageant pour seulement garder le culot
3 ) Ajouter un tampon de lyse et des billes de verres et ensuite mettre au vortex = Lyse des cellules
4 ) Centrifugation et isoler la phase aqueuse (qui contient les acides nucléiques)
5 ) Ajouter le solvant organique (phénol/clhoroforme) pour purifier les acides nucléiques et ensuite centrifuger
6) Isoler la phase aqueuse (qui contient les acides nucléiques)
7) Ajouter 1/20 du volume de cette phase de NaCl (neutralise les charge - et favorise l’aggregation des acides nucléiques)
8) Ajouter 2x de volume totale d’éthanol (éliminer les substances de petit pm)
9) Centrifuger et retirer le surgnageant (culot=adn)
10) répeter l’ajout d’éthanol et 9
11) Secher à l’air
12) Ajouter H20 pour utiliser en solution.
Nommer 2 influences de la lecture d’absorbance avec le spectrophotomètre
1) pH
2) Concentration de la solution (trop grande ou petite concentration pas précise)
À quoi sert le rapport A260/A280?
Déterminer la pureté de notre échantillon d'ADN 1.8 = ADN pur 2 = ARN pur <1.8 = contamination par de sprotéines >1.8 = contamination par ARN
Qu’est ce que la formule de Layne?
formule de quantification des protéines par spectrophotométrie :
mg/mL = 1.55A280 - 0.76A260
Décrire la méthode de bradford (forces, faiblesses, ce qu’elle permet de quantifier, sensibilité, interférence etc)
- C’est la liaison du bleu de coomassie à des aa basiques ou aromatiques (8x + Arg).
- Sensibilité : 10-200microg/mL
- Détruit l’échantillon
- Interférents : Tampons très basiques, SDS, Triton X-100
Décrire la méthode de quantification des protéines spectrophotométrique (forces, faiblesses, ce qu’elle permet de quantifier, sensibilité, interférence etc)
- On quantifie les aa aromatiques (surtout trp/tyr) à 280nm
- On utilise la formule de Layne ( 1.55A280 - 0.75A260)
- Interférence : acides nucléiques, purnes, pyrimidines
- sensibilité : 50-100 microg/mL
Dans quel phase se retrouvent les lipides si on les place dans un mélange de solvant organique et d’eau?
Le solvant organique
Quels sont les effets d’une trop grande température ou d’une trop grande concentration d’échantillon sur une CCM?
T : Séparation + rapide mais - bonne
Concentration : - Bonne séparation
Nommer les 3 révélateurs utilisés en ccm que nous avons vu dans le cadre du cours (et ce qu’ils révèlent)
Bleu de molybdène : bleu = Phosphore
Ninhydrine : mauve = aa + amines
Rhodamine : Fluorescence à 245nm = lipide
Quand on effectue un tamissage moléculaire, quel substance sort en premier?
1 - petit PM
2 - Grand pM
2 - Grand PM
Définir le coefficient de distribution en chromatographie
Fraction de la phase stationnaire ou diffuse une molécule donnée
Kd = (Ve-Vo)/Vs
