TD

Question 1

Définition de génome

Answer 1

ensemble de l’information génétique d’un organisme contenu dans chacune de ses cellules sous la forme de chromosomes (ne prend pas en compte les virus). Le mot génome = gène et chromosome.

Question 2

Définition d’une hybridation moléculaire

Answer 2

l’association qui peut avoir lieu entre deux acides nucléiques simples brins de séquences complémentaires et qui conduit à la formation d’un double brin ou duplex.​

Question 3

Qu’est ce qu’un produit pcr ?

Answer 3

ADN double brins flanqué aux extrémités par les amorces choisies.

Question 4

Au bout de combien de cycle le premier produit PCR est obtenu ?

Answer 4

3ème cycle

Question 5

Qu’est ce qu’un alignement global ?

Answer 5

alignement de toute la séquence

Question 6

Qu’est ce qu’un allègrement local ?

Answer 6

alignement d’une partie de la séquence qui optimise le score

Question 7

Qu’est le qu’une homologie ?

Answer 7

relation de deux caractères qui sont descendus, généralement avec divergence, d’un caractère ancestral commun. (ex : ailes oiseaux et bras de l’H)

Question 8

Quelle est la différence entre anthologies et paralogiques ?

Answer 8

• gènes homologues chez différentes espèces ayant des fct analogues. (hémoglobine d’espèces différentes)
• gènes similaires qui sont le résultat d’une duplication génique. (globine)

Question 9

Quel est le code iupac ?

Answer 9

A; T; C; G et N (A ou T ou C ou G).

Question 10

Quels sont les types d’arn ?

Answer 10

ARNm, ARNr,ARNt, ARNsi, ARNnc(non codant)

Question 11

Qu’est ce qu’un transcriptome ?

Answer 11

l’ensemble des ARN (messagers, ribosomiques, de transfert et autres espèces d’ARN) issus de la transcription du génome à un moment donné dans des conditions données. Le mot transcriptome est donc la combinaison de transcrit et chromosome.→ cas de cancer, étude de l’expression du génome.

Question 12

Comment se déroule la fabrication de biopuces ?

Answer 12

fabrication préalable puis dépôt sur la surface avec utilisation d’un spotter ou synthèse in situ avec jet d’encre ou photolithographie.

Question 13

Quelles sont les types de biopuces?

Answer 13

Les biopuces génomiques (WGA, SNP), l​es biopuces transcriptomiques (gene expression array),​ les biopuces fonctionnelles

Question 14

Qu’utilise la qPCR?

Answer 14

utilise la polymérase, pour amplifier un fragment et quantifier la matière génique cherché, dans la phase exponentielle jusqu’à la phase plateau.

Question 15

Citer des intercalants de l’ADN

Answer 15

Cyber green, BEP, induisant un fluorescence

Question 16

Qu’utilise la sonde TaqMan ? Comment fonctionne-t-elle?

Answer 16

utilise un fluorochrome émetteur (reporter) et une molécules suppresseur (quencher). Lorsque l’émetteur est excité, le fluorochrome transfert son signal à la molécules suppresseur voisine => principe de FRET. Mais si ADN polymérase de dégrader alors pas de fluorescence.

Question 17

Quels sont les paramètres de la sonde TaqMan?

Answer 17

longueur de 20-40 nucléotides, ​
contenu en G-C variant de 40- 60%, ​
aucun patron de séquence répétée,​
aucune séquence permettant une hybridation ou un chevauchement avec les amorces, ​
Pas de G à l’extrémité 5’ (supprime la fluorescence de l’émetteur même après clivage),​
un Tm de 5 à 10°C plus élevé que les amorces (hybridation stable de la sonde pendant l’étape combinée d’hybridation et de polymérisation).​

Question 18

Qu’est ce qu’un introns?

Answer 18

portion d’un gène qui est transcrite en ARN, et qui est ensuite éliminée par un processus d’excision programmé et qu’on ne retrouve donc pas dans l’ARN mature. ​

Question 19

Qu’est ce qu’un exons ?

Answer 19

segments d’un précurseur ARN qui sont conservés dans l’ARN après épissage et que l’on retrouve dans l’ARN mature (ou ARNm) dans le cytoplasme.​

Question 20

Comment savoir si une PCR est bonne ?

Answer 20

Si qu’une bande sur PCR, c’est que l’ARN est pure. Si 2 bandes dont une très grande, ARN “contaminés” par ADN

Question 21

Quel est le support matériel du génome?

Answer 21

ADN, ou parfois ARN (virus)