TD Flashcards
Définition de génome
ensemble de l’information génétique d’un organisme contenu dans chacune de ses cellules sous la forme de chromosomes (ne prend pas en compte les virus). Le mot génome = gène et chromosome.
Définition d’une hybridation moléculaire
l’association qui peut avoir lieu entre deux acides nucléiques simples brins de séquences complémentaires et qui conduit à la formation d’un double brin ou duplex.
Qu’est ce qu’un produit pcr ?
ADN double brins flanqué aux extrémités par les amorces choisies.
Au bout de combien de cycle le premier produit PCR est obtenu ?
3ème cycle
Qu’est ce qu’un alignement global ?
alignement de toute la séquence
Qu’est ce qu’un allègrement local ?
alignement d’une partie de la séquence qui optimise le score
Qu’est le qu’une homologie ?
relation de deux caractères qui sont descendus, généralement avec divergence, d’un caractère ancestral commun. (ex : ailes oiseaux et bras de l’H)
Quelle est la différence entre anthologies et paralogiques ?
- gènes homologues chez différentes espèces ayant des fct analogues. (hémoglobine d’espèces différentes)
- gènes similaires qui sont le résultat d’une duplication génique. (globine)
Quel est le code iupac ?
A; T; C; G et N (A ou T ou C ou G).
Quels sont les types d’arn ?
ARNm, ARNr,ARNt, ARNsi, ARNnc(non codant)
Qu’est ce qu’un transcriptome ?
l’ensemble des ARN (messagers, ribosomiques, de transfert et autres espèces d’ARN) issus de la transcription du génome à un moment donné dans des conditions données. Le mot transcriptome est donc la combinaison de transcrit et chromosome.→ cas de cancer, étude de l’expression du génome.
Comment se déroule la fabrication de biopuces ?
fabrication préalable puis dépôt sur la surface avec utilisation d’un spotter ou synthèse in situ avec jet d’encre ou photolithographie.
Quelles sont les types de biopuces?
Les biopuces génomiques (WGA, SNP), les biopuces transcriptomiques (gene expression array), les biopuces fonctionnelles
Qu’utilise la qPCR?
utilise la polymérase, pour amplifier un fragment et quantifier la matière génique cherché, dans la phase exponentielle jusqu’à la phase plateau.
Citer des intercalants de l’ADN
Cyber green, BEP, induisant un fluorescence
Qu’utilise la sonde TaqMan ? Comment fonctionne-t-elle?
utilise un fluorochrome émetteur (reporter) et une molécules suppresseur (quencher). Lorsque l’émetteur est excité, le fluorochrome transfert son signal à la molécules suppresseur voisine => principe de FRET. Mais si ADN polymérase de dégrader alors pas de fluorescence.
Quels sont les paramètres de la sonde TaqMan?
longueur de 20-40 nucléotides,
contenu en G-C variant de 40- 60%,
aucun patron de séquence répétée,
aucune séquence permettant une hybridation ou un chevauchement avec les amorces,
Pas de G à l’extrémité 5’ (supprime la fluorescence de l’émetteur même après clivage),
un Tm de 5 à 10°C plus élevé que les amorces (hybridation stable de la sonde pendant l’étape combinée d’hybridation et de polymérisation).
Qu’est ce qu’un introns?
portion d’un gène qui est transcrite en ARN, et qui est ensuite éliminée par un processus d’excision programmé et qu’on ne retrouve donc pas dans l’ARN mature.
Qu’est ce qu’un exons ?
segments d’un précurseur ARN qui sont conservés dans l’ARN après épissage et que l’on retrouve dans l’ARN mature (ou ARNm) dans le cytoplasme.
Comment savoir si une PCR est bonne ?
Si qu’une bande sur PCR, c’est que l’ARN est pure. Si 2 bandes dont une très grande, ARN “contaminés” par ADN
Quel est le support matériel du génome?
ADN, ou parfois ARN (virus)
