Tamaño del genoma y contenido de genes Flashcards
Cuál es el genoma más pequeño identificado
Corresponde a Nasuia
deltocephalicola (transmisión sexual), un simbionte de insectos
cuyo genoma tiene
112 kbp.
Generalmente, genomas pequeños son de simbiontes
TODO depende del ambiente en el que estan viviendo
Endosimbiontes: siempre estan protegidos y tienen alimentos; por ello, no necesitan los genes para sintetizar nutrientes o afrontar estrés ambiental
Mycoplasma
500 genes en total
250-300 genes – célula viable.
E. coli o Bacillus subtilis
Se han detectado 300-400 genes esenciales (dependiendo de las condiciones de crecimiento)
Podemos identificar bacterias que ya no son viables, como…
Cianobacteria: Vampirovibrio chlorellavorus
No tiene ningun gen de la fotosíntesis, pero sigue siendo una cianobacteria
Debora a Chlorella
Genomas nucleares eucarióticos
Humanos:
Tienen 2850 Mbp: 25 mil genes
Trichomonas vaginalis:
Microscopico, protozoo flagelado, patógeno humano
160 Mbp: 60 mil genes
Paramecium tetraurelia:
Protozoo ciliado
72 Mbp: 40 mil genes
Saccharomyces cerevisiae:
Levadura, eucariote modelo
12.1 Mbp: 5400 genes
Es decir, en procariotes (bacteria + arquea) un genoma mas grande implica mas genes.
En cambio, en eucariotes, un genoma mas grande no implica mas genes.
Categoría funcional de los genes en porcentaje del genoma
El porcentaje de genes que codifican productos para la traducción o la replicación del ADN es mayor
en organismos con genomas pequeños
Mientras que el porcentaje de genes reguladores de la transcripción es mayor en organismos con genomas grandes.
Mapa del genoma del cloroplasto
Cada una de las repeticiones invertidas contienen una copia de los tres genes del ARNr (5S, 16S y 23S).
La subunidad grande de
RuBisCO está codificada por rbcL y la ARN polimerasa del cloroplasto por los genes rpo.
Mapa del genoma mitocondrial humano
El genoma codifica rRNAs, 22 tRNAs y
varias proteínas.
Los 13 genes que codifican proteínas aparecen en verde.
Cytb, citocromo b; ND1-6, componentes del complejo NADH deshidrogenasa
COI-III subunidades del complejo citocromo oxidasa
ATPasa 6 y 8
polipéptidos del complejo ATPasa mitocondrial.
Los dos promotores de
dos promotores se encuentran en la región denominada bucle D, que también interviene en la replicación del ADN.
Mitocondria y cloroplasto
Organelas que tienen su propio ADN
Importante descubrimiento:
Muchos genes importantes para el funcionamiento de estos organelos, probablemente en el proceso de endosimbiosis, se pasaron al nucleo de la celula
El resto quedaron en la mitocondria o en el cloroplasto
Qué es un intrón
Un intrón es una región que reside en el interior de un gen, pero no permanece en la molécula madura final de ARNm después de la transcripción de ese gen y no codifica para los aminoácidos que confirman la proteína codificada por ese gen.
Se eliminan en el splicing
Frecuencia de intrones, en promedio, por cada gen de diferentes eucariotas
Protistas: no tienen intrones
Slime mold, Plasmodium: 1 intrón
Insectos y Aspergillus: cerca de 3 intrones
Peces: 3 intrones
Plantas: 4 intrones
Nemátodos: 5 intrones
Mamíferos y aves: 8 intrones
ómicas funcionales de ADN, conceptos
Genoma: el complemento total de información genética de una
célula o virus
Metagenoma: el complemento genético total de todas las células
presentes en un entorno concreto
Epigenoma: el total de posibles cambios epigenéticos
Metiloma: el total de sitios metilados en el ADN (epigenéticos o no)
Moviloma: conjunto total de elementos genéticos móviles en una
célula
Resistoma: conjunto total de genes de resistencia a antibióticos en
una célula
ómicas funcionales de ARN, conceptos
Transcriptoma: el ARNm total producido en un organismo bajo un conjunto específico de condiciones
Exoma: parte del conjunto de ARN codificado por exones que quedandespués de eliminar los intrones. Todo lo codificante de EUCARIOTAS
ómicas funcionales de proteína, conceptos
Proteoma: conjunto total de proteínas codificadas por un genoma;
a veces también se utiliza en lugar de traductoma
Traductoma: Conjunto total de proteínas presentes en
condiciones específicas
Interactoma: conjunto total de interacciones entre proteínas
(u otras macromoléculas)
Secretoma: conjunto total de proteínas secretadas por una célula
Cinoma: conjunto total de proteínas quinasas codificadas por un
genoma
ómicas funcionales de metabolitos, conceptos
Metaboloma: el complemento total de pequeñas moléculas
e intermediarios metabólicos
Glucoma: el complemento total de azúcares y otros
hidratos de carbono
