Standards en CMF Flashcards
Quel est le format standard pour les données brutes de cytométrie en flux ?
FCS (Flow Cytometry Standard), utilisé pour stocker les mesures brutes des événements cellulaires.
Quelle est la limite principale du format FCS ?
Il stocke peu de métadonnées, sans vocabulaire standardisé pour les paramètres.
Quel standard définit les métadonnées minimales à enregistrer en cytométrie ?
MIFlowCyt (Minimum Information about a Flow Cytometry Experiment).
Quelles informations doivent être incluses selon MIFlowCyt ?
Infos sur l’échantillon, les réactifs, l’instrument, l’analyse.
Quel format standard permet de décrire les portes de tri (gating) ?
Gating-ML, un format XML décrivant les portes de manière logicielle-agnostique.
À quoi sert Gating-ML ?
Partager et reproduire les stratégies de gating entre logiciels.
Quel format permet d’archiver une expérience complète de cytométrie ?
ACS (Analytical Cytometry Standard), un fichier conteneur.
Que peut contenir un fichier ACS ?
Données FCS, métadonnées MIFlowCyt, Gating-ML, résultats d’analyse.
Quelle est la fonction principale du standard ACS ?
Faciliter le transfert complet et reproductible d’un projet de cytométrie.
Quel dépôt public impose MIFlowCyt pour partager des données FCS ?
FlowRepository.
Quel est l’objectif de FlowRepository ?
Permettre le partage transparent et annoté de jeux de données FCS.
Quelle plateforme américaine structure les données immunologiques incluant la cytométrie ?
ImmPort
Quels outils R permettent d’organiser les fichiers FCS pour analyse ?
flowCore, flowSet, flowWorkspace.
Que permet un objet flowSet dans R ?
Stocker plusieurs fichiers FCS avec des métadonnées associées (phenoData).
Que fait la plateforme ReFlow ?
Centralise, normalise et structure les données FCS dans des études multicentriques.
ReFlow impose-t-il des vocabulaires contrôlés ?
Oui, pour uniformiser les étiquettes et les panels d’anticorps.
FlowJo permet-il d’exporter un projet complet ?
Oui, au format ACS, incluant données, gating et analyses.
