Sem 1 Flashcards
Eugenetica
maatschappelijke beweging onder Francis Galton, poging om genetische kennis te gebruiken om menselijk ras te verbeteren via artificiële selectie.
-Monohybride kruisingen
Kruisingen met planten die verschillen in 1 kenmerk
Eerste wet van Mendel
segregatiewet of splitsingswet): Allelen spitsen en segregeren willekeurig
-Dihybride kruisingen
: Kruisingen waarbij de ouderparen verschillen in 2 kenmerken
Tweede wet van Mendel
(wet van onafhankelijke segregatie): Paren van allelen segregeren onafhankelijk. (verschillende kenmerken worden onafhankelijk overgeerft)
-Codominantie
Beide allelen komen tot uiting in het fenotype bij een heterozygoot
Onvolledige of partiële dominantie
In dit geval vertoont een heterozygoot een intermediair fenotype.
-Letale genen
Wanneer een bepaald allel in homozygote toestand voorkomt is dit dodelijk
Multipele allelie
In sommige gevallen kunnen meer dan 2 allelen voorkomen voor een genetisch kenmerk.
Penetrantie
Een genetisch kenmerk kan een verminderde penetrantie vertonen hetgeen inhoudt dat alhoewel het genetisch profiel aanwezig is om dit fenotype tot uiting te brengen, het fenotype toch niet aanwezig is.
Pleiotropie
Dit is het verschijnsel waarbij een gen meer dan één kenmerk beïnvloed die op het eerste zicht niet in verband met elkaar te brengen zijn.
Epistasie
Twee of meer genen kunnen interfereren met elkaar waarbij bepaalde allelen van het ene gen het effect van de allelen van het andere gen kunnen te niet doen. Te vergelijken met dominant en recessief maar dan tussen 2 verschillende genen. Er zijn 4 vormen afhankelijk van de waargenomen interactie tussen de allelen:
- Dominante epistasie: Bij voorkomen van het dominant allel van het eerste gen, zal het fenotype van de dominante allel of het recessieve homozygote allel van het tweede gen niet tot uiting komen. (12:3:1)
- Wederkerige dominante epistasie: De aanwezigheid van een dominant allel van één gen belet de expressie van de allelen van het andere gen en dit in beide richtingen. (15:1)
- Recessieve epistasie: Dit wordt ook cryptomerie genoemd. In aanwezigheid van een homozygote recessieve toestand van het tweede gen kan het eerste gen niet tot uiting komen. (9:3:4)
- Wederkerige recessieve epistasie: Hierbij gaat het recessieve allel van het eerste gen epistatisch werken over het dominante van het tweede en het recessieve allel van het tweede gen over het dominante van het eerste. (9:7)
dominantie 9+3 : 3 : 1
wederkerige dominantie 9+3+3 : 1
recessieve = cryptomerie 9 : 3 : 3+1
wederkerige recessieve 9 : 3+3+1
andere gen = hypostatisch
Koppeling
Genen op hetzelfde chromosoom zijn fysisch gekoppeld waardoor ze niet meer onafhankelijk kunnen worden doorgegeven aan de volgende generatie.
Recombinatie
Dit veroorzaakt nieuwe combinaties en is het gevolg van cross-over. Cross-over is een uitwisseling van fragmenten tussen 2 homologen chromosomen tijdens de profase van de eerste meiotische deling op de plaatsen waar een chiasma gevormd is. Cross-over komt vaker voor bij kenmerken die ver van elkaar gelegen zijn.
Recombinatiefrequentie
Dit is de verhouding van het aantal recombinanten op het totaal aantal nakomelingen. De afstand tussen 2 kenmerken is uitgedrukt in centiMorgans waarbij 1 cM een recombinatiefrequentie van 1% is.
Dubbele cross-over
Hierbij blijven de 2 buitenste kenmerken in de parentale combinatie en zal dus niet als recombinant waargenomen worden.
Replicatie
Het maken van een identieke copij van het aanwezig DNA bij celdeling. Eerst wordt DNA ontrold door het enzym helicase, ter hoogte van ‘origins of replication’ (ORI-sequenties) wordt de dubbelstreng gedenatureerd en worden replicatievorken gemaakt. Daarna aanmaak van complementaire streng door DNA polymerase. Dit enzym werkt enkel in 5’-3’ richting en de nieuwe streng in de 3’-5’ richting zal op een discontinue manier aangemaakt worden en ontstaan er Okazaki-fragmenten die door DNA ligasen met elkaar verbonden worden.
Telomeren
Bevinden zich aan de uiteinden van chromosomen en bestaan uit specifieke herhaalde sequenties, de telomeersequenties. Het telomerase zal het uiteinde verlengen met deze sequentie zodat de uiteindelijke lengte van het chromosoom ongeveer behouden blijft.
Exonuclease
: Kan een nucleotide (aan het einde van de tot nu toe aangemaakte streng) verwijderen nadat polymerase heeft gedetecteerd dat dit fout is.
Excision repair
: DNA glycosylases kunnen onregelmatigheden (bv. uracyl in de keten) opsporen en dan zal het base excision repair mechanisme het uracyl eruit ‘snijden’, het nucleotide excision repair mechanisme zal een stuk nucleotidenstreng eruit knippen.
Transcriptie
Genen aanwezig in het genoom worden omgezet in messenger-RNA (mRNA).
Sens
Eén van beide DNA-strengen die als matrijs dient voor de aanmaak van RNA, de andere is de antisense.
Huishoudgenen
Sommige genen zullen op elk moment en in elk celtype tot expressie komen vermits de gecodeerde eiwitten steeds aanwezig moeten zijn, deze genen zijn de huishoudgenen.
Promoter
Dit is een essentieel regulatorisch element van genen en is een geheel van korte DNA sequenties die in de buurt van een gen te vinden zijn. Volgende elementen zijn frequent aanwezig in een promoter:
- TATA box: Meestal TATAAA en wordt meestal ongeveer 25 nucleotiden voor de transcriptie startplaats teruggevonden. Aanwezig in de meeste genen die afgeschreven worden op een specifiek tijdstip of celtype.
- GC box: Meestal variant van GGGCGG, vaak aanwezig als er geen TATA box is en dus in vele huishoudgenen die altijd tot expressie dienen gebracht te worden.
- CAAT box: Meestal ongeveer 80 nucleotiden voor de transcriptieplaats te vinden.
Transcriptiefactoren
Binden op bovenstaande DNA sequenties van een promoter en zijn eiwitten die expressie van het gen zullen reguleren door samen met RNA polymerase het transcriptie initiatie complex te vormen.
RNA capping
Een gemodificeerde guanine wordt aangebracht op het 5’ uiteinde van een mRNA, dit gebeurt door RNA-processing eiwitten op het moment dat er ongeveer 25 nucleotide ingebouwd zijn in de mRNA keten.
Polyadenylatie
Aan het 3’ uiteinde van een mRNA wordt door RNA-processing eiwitten enzymatisch een knipplaats geïntroduceerd om vervolgens een keten van adenine nucleotiden in te bouwen.
Splicing
In eukaryote genen worden coderende sequenties (exonen) onderbroken door niet-coderende genen (intronen). De intronen dienen uitgeplitst (plicing) te worden voor translatie plaatsgrijpt. De uitsplitsing wordt uitgevoerd door het spliceosoom dat bestaat uit small nuclear RNAs en een aantal eiwitten.
Alternatieve splicing
: Splicing geeft de mogelijkheid om verschillende eiwitten uit hetzelfde gen aan te maken.
Translatie
Is de omzetting van mRNA naar een eiwit en gebeurt door het ribosoom in het cytoplasma.
Ribosoom
Bestaat uit complex van eiwitten en enkele ribosomale RNA (rRNA) moleculen. Een ribosoom bestaat uit 2 subeenheden, een grote en een kleine subeenheid. De grote subeenheid zal bestaat uit 28S, 5.8S en 5S rRNA moleculen en de kleine subeenheid uit 18S rRNA moleculen.
Transfer RNAs (tRNA
Dit zijn kleine RNA moleculen bestaande uit ongeveer 80 nucleotiden die een klaverblad structuur aannemen. Ze dienen als moleculaire adaptors tussen de 3 nucleotiden (tripletten) en een AZ door de aanwezigheid van een anticodon. Dit anticodon is complementair met het triplet op het mRNA en bevat een daarmee gecorreleerd AZ dat gebonden is op het 3’ uiteinde van het tRNA door het aminoacyl-tRNA synthetase.
Mitochondriale overerving
De overerving van kenmerken geassocieerd met mitochondrieel DNA gaan slechts langs de maternale lijn. Mannen kunnen hun mitochondrieel DNA niet doorgeven omdat spermacellen maar enkele mitochondriën hebben die de eicel niet kunnen binnendringen. Bij een aangetaste moeder zullen alle kinderen aangetast zijn, bij een aangetaste vader zijn alle kinderen gezond.
-X-gebonden dominante overerving
Het kenmerk komt dubbel zo vaak voor bij vrouwen dan bij mannen. Er worden geen generaties overgeslagen en vader-zoon transmisse wordt niet waargenomen.
X-gebonden recessieve overerving
Kenmerk komt alleen voor bij mannen (theoretisch is het mogelijk om vrouwelijke patiënten te hebben), er wordt nooit een generatie overgeslagen. Er is nooit transmissie van vader op zoon (want vader geeft Y-chromosoom en die is niet aangetast). De zonen van een draagster hebben 50% kans het kenmerk te bezitten, de dochter 0% (tenzij de vader het kenmerk vertoont).
Kiemlijnmosaicisme
Somatische mutaties die tijden de ontwikkelingsfase optreden kunnen ervoor zorgen dat de mutatie slecht in een gedeelte van zijn/haar cellen aanwezig is. Als een gedeelte of alle geslachtscellen die mutatie bevat, maar deze niet aanwezig is in andere cellen geeft dit verkeerde conclusies bij genetische tests.
Fenocopie
: Dit is een individu, binnen een familie waarin een erfelijke aandoening segregeert, met diezelfde ziekte maar wordt bij deze echter veroorzaakt door een andere genetische oorzaak in hetzelfde of een ander gen.
Genomische imprinting
Een allel van een gen komt enkel tot expressie indien het van een bepaalde ouder afkomstig is
Imprinting van genen is niet permanent over generaties: bij vorming van gameten worden ze uitgewist en nieuwe aangemaakt
Anticipatie
- erger worden van erfelijke aandoeningen generatie na generatie (kan zich uiten in veranderde klinische symptonen en aanvangsleeftijd)
ziektebeelden worden veroorzaakt door verlingen van korte herhalingssequentie in vertaalde of onvertaalde gebieden in gen
duidelijke correlatie tussen aantal herhalingen en ernst van ziekte
Populatie
Een groep van organismen die zich voortplanten en afkomstig zijn van een geografisch beperkte regio.
Wet van hardy-Weinberg
-1. Indien p en q de genfrequenties zijn, kunnen de genotypefrequenties hiervan afgeleid worden:
p² + 2pq + q² = 1
-2. Genfrequenties en genotype frequenties blijven in een populatie constant over generaties heen.
Founder effect
In kleine, geïsoleerde subpopulaties kan een genetische afwijking na generaties een verhoogde frequentie krijgen in die subpopulatie
Polymorfisme
Dit is indien een variatie met een redelijke frequentie (>1%) in de populatie wordt waargenomen en niet direct geassocieerd is met een ziektebeeld.
Kiemlijnmutaties
Dit zijn mutaties die zich in de geslachtscellen bevinden en zullen doorgegeven worden aan de volgende generatie.
Somatische mutaties
Deze mutaties zijn aanwezig in een gedeelte van de cellen en creëren zo een mosaicisme.
Colchicine
Wordt aan delende cellen toegevoegd zodat ze in de metafase van de mitose blijven. De chromosomen bevinden zich dan in hun meest gecondenseerde vorm, dit is nodig voor het karyotype te maken.
Chromosomen
Deze worden in het karyotype geordend volgens grootte. Een centromeer splitst de chromosoom op in een korte (p) arm en een lange (q) arm. Aan het uiteinde vinden we 2 telomeren. Afhankelijk van de positie van het centromeer hebben we metacentrische, submetacentrische en acrocentrische chromosomen.
Euploid
Cellen die een veelvoud van het normale set chromosomen bevatten zijn euploid. Monoploid is 1 set, diploid 2 sets of polyploid (triploid (3) of tetraploid (4)).
Aneuploid
Cellen die geen meervoud van het normale set chromosomen bevatten zijn aneuploid. Bij monosomie ontbreekt er een copij van 1 chromosoom. Bij polysomie zijn er extra chromosomen aanwezig nl. bij trisomie is een chromosoom in drievoud aanwezig en bij tetrasomie is een chromosoom in viervoud aanwezig.
Aneuploidieën ontstaan door het niet scheiden van chromosomen tijdens de celdeling.
Translocatie
Hierbij worden chromosoomfragmenten tussen niet-homologe chromosomen uitgewisseld. Deze kunnen gebalanceerd zijn als er geen DNA bijkomt of verdwijnt en heeft minieme klinische verschijnselen.
-Robertsonian translocaties
: Dit zijn translocaties waarbij een fusie optreedt van 2 acrocentrische chromosomen, vaak zonder klinische gevolgen. Wel leiden ze tot een verminderde vruchtbaarheid;
Deleties
Verlies van chromosoomfragmenten, meestal klinische gevolgen waaronder microdeletie syndromen.
Duplicaties
Verdubbeling van een chromosoomfragment resulterend in een partiële trisomie. Deze hebben meestal minder klinische gevolgen.
Inversies
Deze zijn het gevolg van 2 chromosoombreuken waarbij het ontbrekende fragment terug tussen de breuken werd geplaatst maar omgekeerd. Vaak weinige klinische kenmerken maar hoge kans op chromosoom-abnormaliteiten bij nakomelingen.
Stille mutaties
Hebben geen effect op de AZ-sequentie. Mutaties in niet coderende sequenties of in een derde codonpositie van een coderende sequentie zijn meestal stille mutaties.
Missense mutaties
Resulteren in een AZ-substitutie. Dit kan leiden tot een volledig deficiënt eiwit of totaal geen effect hebben op het functioneren van het eiwit. Bij een transitie wordt een purine vervangen door purine of pyrimidine door pyrimidine, bij transversie is er uitwisseling tussen de 2 groepen.
Nonsense mutaties
Deze resulteren in een stopcodon en beëindiging van translatie met meestal de vroming van een deficiënt eiwit tot gevolg.
Leesraamverschuivingen
Door een insertie of deletie wordt het leesraam verschoven. Dit resulteert in een totaal afwijkende aminozuurcodering en meestal vroegtijdige beëindiging van translatie.
Splice site mutatie
Mutatie die aan de intron-exon overgang optreedt en voorkomt dat er een correcte uitsplitsing van het intron gebeurt.
Readthrough mutatie
Een stopcodon wordt vervangen door een coderend triplet.
satellite DNA
kleine stukjes DNA die na elkaar herhaald worden en vaker voorkomen
exon:
stuk DNA dat bij transcriptie behouden blijft en bij translatie wordt gelezen
intron
stuk DNA dat bij transcriptie wordt verwijderd
Lyonisatie
inactivatie 1 X-chromosoom bij brouw & Lyonisatie -> mozaïcisme
Hoe kunnen we de genetische afstand tussen 2 genen bepalen?
- Via testkruising met dubbel heterozygoot
- Verwacht 1:1:1:1 verhouding voor alle fenotypische verhoudingen als er geen koppeling is
Wat is de recombinatiefrequentie
aantal recombinanten / totaal aantal nakomelingen
Hoe gebeurt de replicatie van DNA?
Thv ORI sequenties wordt DNA keten opgengerold door helicase
Door DNA polymerase wordt voor beide strengen een complementaire gemaakt (werkt slechts richting 5-3 richting)
Discontinue manier: aanmaak okazakifragmenten, verbonden met dna ligasen
-> enzyme primase zal op enkelstrengig DNA een RNA primer plaatsen (hierdoor 3’ uiteinde)
-> RNA primer zal uiteindelijk door nucleasen erwijderd worden & fragmenten verb. door DNA ligases
Aan uiteinden chromosomen telomeren
-> telomerase, dna polymerase, lengte chromosoom blijft ongeveer gelijk
Transcriptie ?
= genen aanwezig in bgenoom omgezet tot mRNA
Sense antisense
RNA polymerase (5-3)
Bespreek RNA processing
pre-mRNA modificaties door RNA processing eiwitten
- RNA capping
- polyadenylatie adenine nucleotide
- splicing: spliceosoom
Geef de startcodon
AUG
Geef de stopcodons
UAG, UGA, UAA
Transport mRNA?
Via nuclear pore complex (enkel geproceste mRNA)
Mechanisme van translatie?
Door ribosoom (= complex rRNA & eiwitten)
Initiatie van translatie:
- Translatie start steeds aan codon AUG door inbouw INITIATOR tRNA
- Hieraan wordt methionine gebonden
Elongatie:
- Aminoacyl-tRNA molecule gebonden op A positie, tRNA molecule vrijgesteld vanaf E positie
- Peptidebinding gemaakt
- Translocatie grote subeenheid van ribosoom waarbij tRNA molecule in andere positie
- Kleine subeenheid ribosoom sluit aan -> herhalen cyclus
Terminatie van translatie:
- 3 codons die stopsignaal geven
- hierdoor w release factors gerecruteerd -> carboxyterminale uiteinde proteine gemaakt door inbouw watermolecule ipv AZ
tRNA
kleine RNA moleculen die 3D vorm klaverblad vormen
Dmv anticodon vormen ze moleculaire adapter tss codon & AZ (AZ gebonden door aminoacyl-tRNA synthetase)
Voorwaarden voor wet van hardy weinberg
populatie is groot
kruisingen at random
allelfrequentie blijft constant over verschillende generaties (geen hoge mutatiesnelheid, geen negatieve selectie tegen bepaald genotype)
oorzaken van verstoring wet van hardy weinberg
- natuurlijke selectie (vaak neg selectie tegen gen dat genfreq van bepaald gen doet dalen, soms pos sikkelcelanemie-malarie)
- niet willekeurige paring
- founder effect: in kleine geisoleerde populaties kan een genetische afwijking een verhoogde freq. krijgen in die subpopulatie
- mutatie: nieuwe mutaties kan genfreq. beinvloeden
- migratie: als uit bepaalde populatie een subgroep verdwijnt of subgroep met afwijkende genfreq. immigreert
Founder effect
in kleine geisoleerde populaties kan een genetische afwijking een verhoogde freq. krijgen in die subpopulatie
Polymorfisme
variatie met redelijke freq. (>1%) in populatie niet direct geassocieerd met ziektebeeld
Oorzaken van mutaties?
- Spontane mutaties tijdens replicatie
- Geinduceerd door mutagene stoffen(baseanalogen, intercalerende stoffen)
- geinduceerd door ioniserende straling
Baseanalogen
Chemische stof die ingebouwd in DNA een basepaar kan vormen
Intercalerende stoffen
Chemische stof die zich tussen 2 strengen van dubbelstrengig DNA nestelen (vervormt dus eigenlijk dna structuur)
Hoe werkt DNA herstelmechanisme?
= nucleotide excission repair
- Endonuclease: induceerd knipplaats in keten
- Exonuclease: verwijderd losgeknipt nucleotide
- DNA polymerase: aanvullen tweede streng op basis van de eerste
- DNA ligase: knipplaats herstellen
Bij Ho. 8tal genen betrokken bij dit mechanisme: mutatie in deze genen -> opstapeling van mutaties
Kiemlijn mutatie
Mutatie in geslachtscellen -> doorgegeven naar volgende generatie
Somatisch emutatie
Slechts aanwezig in gedeelte van cellen (= mozaicisme) Indien ook (gedeeltelijk) geslachtscellen drager -> doorgegeven naar volgende generatie
Karyotype
Voorkomen aantal chromosomen en hun structuur & afwijkingen binnen chromosoom
Karyotypering hoeN
- Kweken van cellen (WBC)
- Aan delende cellen colchicine toevoegen -> houd deling cel in metafase van mitose (chromosomen meest condens)
- Cellen laten opzwellen -> kleuren en fotografische verwerking -> bekomen karyotype
Afwijkingen binnen een chromosoom kunnen gedetecteerd worden door bepaalde kleuringen (Q-, R-, G-bandering) die specifiek bandenpatroon genereren op chromosoom
Beschrijf een chromosoom
Centromeer (p & q) Telomeer op uiteinde Acocentrisch, Metacentrisch Submetacentrisch
Geef de chromosale herrangschikkingen
Afwijkingen waarbij een gedeelte van een chromosoom of enkele chromosomen betrokken zijn
- Gebalanceerd
- Robertsonian
- Deleties
- Duplicaties: partiele trisomie
- Inversies: gevolg van 2 chromosoombreuken waarbij ontbrekende fragment terug tussen breuken wordt geplaatst maar omgekeerd
Gain of function mutatie
Zorgt ervoor dat een proteine een gewijzigde of totaal nieuwe functie kan uitoefenen (in sommige gevallen oorzaak van ontstaan nieuw ziektebeeld)
Type mutatie is meestal missense -> leidt tot AD overervingspatroon
Loss of function mutatie
Mutaties resultaeren in verloren gaan functie eiwit
Mutaties kunnen zowel chromosale herrangschikkingen, nonsense, frameshift & splice site mutaties zijn
Gevolg kan zowel dominante (haploinsufficientie) als recessieve (geen intacte kopie) ziektebeelden zijn
Vergelijk X & Y chromosoom
- Y veel kleiner (bevat veel minder genen)
- Op chromosomen 2 regio’s in buurt van telomeren (pseudoautosomale regio’s = homologe regio tss X & Y chromosoom -> genen hierop nt sexlinked)
- Y chromosoom bevat SRY regio dat codeert voor TDF eiwit (induceert genen nodig voor sexuele differentiatie processen)
Wat zijn de twee strategie voor identificatie van ziektegenen
- Functionele clonering: op basis van klinische symptonen denken welke eiwitten deficient zijn om zo coderend gen voor eiwit te bepalen
- Positionele clonering: ziektegen trachte te identificiren door:
- > Locatie ziektegen op genoom
- > Identificatie ziektegen uit kandidaatregio
Myogeen ziektebeeld
Veroorzaakt door mutaties in 1 gen
Positionele clonering van monogene ziektegenen
zie blad! p5
RFLP
DNA polymorfisme
Restrictie Fragment Lengte Polymorfismen: sequentievariatie die knipplaats voor restrictieenzym toevoegd./verwijderd
VNTR
DNA polymorfisme
Variable Numer of Tandem Repeats: opeenvolgende herhalingen waarvan het aantal variabel kan zijn
Microsatelliet DNA
DNA polymorfisme
Tandem herhalingen van zeer korte frequentie
Hoe werkt koppelingsanalyse? (ziekteveroorzakende genen)
Door overerving van 2 kenmerken te vergelijken bepalen of ze consegeren & gekoppeld zijn of onafhankelijk overerven & dus niet gekoppeld
Statisctisch verwerken door LOD (log of the odds) te berekenen: positieve LOD -> suggereert koppeling
LOD
Log of the odds Positief koppeling (>3 zeker, <-2 geen koppeling)
Polygenisch
vertonen geen mendeliaans overervingspatroon, wel ziektebeel en genetische factoren
Multifactorieel
vertonen geen mendeliaans overervingspatroon, wel ziektebeeld en genetische factoren
OMGEVINGSFACTOREN dragen hiertoe bij
Heratibiliteit
H² in %
Berekening van bijdrage van genetische factoren aan kenmerk (= erfelijk deel van fenotypische voorkoming)
Geen omgevingsfactoren dragen bij? Heratibiliteit = 100%
Gebeurt meestal op basis van het voorkomen & niet voorkomen van ziektebeeld bij monozygote & dizygote tweeling
Genetische associatiestudies
Frequentie allelen tussen groep patienten & controles vergelijken
-> gewijzigde allelenfreq wijst op risicoallel in nabijheid
Genoomwijde associatiestudies
Grote aantallen genetische varianten tegelijk op associatie onderzocht
Rol van genetische factoren bij farmacogenetica?
- Verband tussen etniciteit & neg. neveneffecten medicatie
- Koppeling tussen erfelijkheid & neg. neveneffecten van medicatie
REdenen van verschillende response op medicatie
- Genetische verschillen in absorptie & transport van medicatie
- Genetische verschillen in metabolisme van medicatie
-> Oxidatie van medicatie door enzymen (bv CYP eiwitten)
-> Hydrolyse, acetylatie, methylatie - Genetische verschillen in target van medicatie (receptoren b blokkers)
Verschillen in subtype van ziekte (gelijkaardig klinisch ziektebeeld maar toch onderliggend mechanisme anders)
Doelstellingen farmacogenetica
== Gepersonalisseerde medicatie ==
- Verbeteren van therapeutisch effect
- Reduceren toxiciteit medicatie
- Reduceren van kosten
- Moleculaire differentiatie van ziekte
- Verminderen kosten klinische studdies (indien geneesmiddel slechts werkt op gedeelte populatie daarmee verder gaan -> grote kans bewijzen product werkt)
Verwachtingen van farmacogenetica
- onderscheid maken individuen
- onderscheid maken ziekten
- > moleculaire differentieel diagnose
- > juiste dosis medicatie aan patienten
Wat is comparatieve genetica?
Vergelijken van erfelijk materiaal tussen verschillende species
Laat toe gelijkenissen en verschillen tussen species te verklaren (sequentie geconserveerd of niet? neg. selectie)
Waarom wordt een sequentie bewaard?
- Sequentie is coderend voor een eiwit
- Speelt een rol in de 3D structuur van RNA
- Betrokken bij transcriptieregulatie van genen
Fylogenetica
Tracht evolutionaire verbanden tussen species te leggen op basis van genetische factoren (alternatieven: morfologie/anatomie species)
Chromosale herrangschikkingen
Duplicaties:
-> Exonduplicaties binnen 1 gen
-> Exon shuffling: dupliceren van exon(en) naar andere genen
- Genduplicaties: leiden tot homologe genen (genen met gemeenschappelijke voorouder)
Orhologe genen? Paraloge genen?
Door welke fenomenen kunnen duplicaties gevolgd worden?
Pseudogenisatie: 1 kopij wordt inactief
Neofunctionalisatie: 1 kopij krijgt afwijkende functie
Pseudogenisatie:
:
Na duplicatie genetisch materiaal
1 kopij wordt inactief
Neofunctionalisatie
Na duplicatie genetisch materiaal
1 kopij krijgt afwijkende functie
Orthologe genen
Uit soort X twee nieuwe soorten X1 en X2
Genen van X1 zullen grotendeels gelijk zijn aan genen X2: genen zijn ortholoog
Het gaat steeds over verschillende mechanismen
(Bv longen krokodil en onze)
Paraloge genen
Door duplicatie van hele stukken DNA : genen die afstammen van een enkel gen in DEZELFDE soort
C-Paradox
Geen correlatie tussen hoeveelheid DNA & complexiteit organisme
G-Paradox
Geen correlatie tussen aantal genen & complexiteit
FOXP2 gen
Spraakontwikkeling
Industrieel melanisme
Verschijnsel waarbij in industriegebieden relatief veel donkere kleurvarianten voorkomen ( albinisme)
Bv motten kleur
OMIA
OMIM
Online medelian inheritance in animals
Online medelian inheritance in man
Catalogus van de genen
Mengtheorie
Stelde dat na menging erfelijke kenmerken scheiding ervan onmogelijk was (onwaar))
Intron
Stukje DNA dat niet wordt gebruikt om eiwit te coderen maar zich wel in gen bevindt
Exon
Delen van DNA die wel tot eiwit coderen
Mozaiscisme
Niet alle cellen van een individu bevatten hetzelfde genetische materiaal
Mutageen
Chemische stof die veranderingen in DNA teweegbrengt en zo mutaties kan veroorzaken
Heteroplasmie
Voorkomen van verschillende types mcDNA
Okazaki fragmenten
Strengen nucleotiden gevormd door DNA polymerase (discontinue) van 3->5
Centromeer
Splitst chromosoom op in korte (p) en lange(q) arm
Haplo-insufficientie
aanwezigheid van één intacte kopij van gen blijkt onvoldoende
Lyonisatie
Inactivatie van X chromosoom bij vrouw
Consegratie
Samen overerven van gen
Polymorfismen
Veranderene nucleotidencode voor een bepaald gen die bij zo’n groot % van de bevolking voorkomt dat men niet meer van mutatie kan spreken
Genomische zoektocht
Ziektegen localiseren door overerving ziektebeeld in stamboom te vergelijken met overerving van 100en polymorfe merkers
Contig
Regio van overlappend DNA
QTL
Quantitative Trait Loci: genetische variant die bijdraag tdoor kwantitatief kenmerk dan commercieel belangrijk kan zijn
