SECUENCIACION MASIVA DE GENOMAS Flashcards
que hacen los ddNTPS
No cuentan con el OH en el extremo 3´
SON TERMINADORES
- Permite al secuenciacion de multiples sitios de escala masiva
- Millones a billones fragmentos de DNA secuenciados en una sola reaccion
Next Generation Sequence
Se refiere al promedio de número de lecturas que se alinean una secuencia de referencia
Cobertura
Se refiere al número de veces que se lee un nucleótido durante la secuenciación.
Profundidad
Librerias
Segmentos de DNA son modificados(Ligacion) se adicionan insertos para que cada muestra pueda ser identificada(Códigos de barras) → Permite la secuenciacion de múltiples muestras
PCR en emulsion
- Los adaptadores están ligados a extremos de los fragmentos de DNA de la biblioteca. Estos adaptadores permitirán que los fragmentos se unan a perlas de emulsión.
- La PCR en emulsion toma lugar en un único tubo consistiendo de una mezcla de emulsión oleosa, fragmentos de DNA. perlas y mezcla de PCR
- El ciclo de PCR conduce a la amplificacion de cada gota
PCR en puente
- fragmentos se unen a oligos complementarios en una celula de flujo
- La hebra reversa se genera vía PCR y es cebada por el oligo fijado en la celda de flujo
- La cadena original se desnaturaliza
- La hebra reversa curvada se una a oligos complementarios.
- La hebra dextrógira se completa. Ambas cadenas se desnaturalizan.
- Nuevas hebras se unen a los oligos cercanos y se repite una y otra vez
Que es la sensibilidad analítica
parámetro que refleja el porcentaje de nuestras positivas
Que es el limite de deteccion
Refleja la menor frecuencia de una variante
Que es especificidad analitica
detección de los controles negativos como negativos
Que es ACCURACY
refleja la concordancia de las mutaciones encontradas con las esperadas
Que es precision
refleja la producibilidad de los datos
la profundidad necesaria para obtener resultados confiables
Profundidad mínima
RNAm
Contiene la información genética transcrita a partir del DNA en la forma de codones
RNAt
- Es la clave para descifrar los codones del RNAm
- Cada AA tiene su RNAt, el cual se una al AA