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Genomica_🏆 > Secuenciación > Flashcards

Secuenciación Flashcards

1
Q

Secuenciación

A

Orden exacto de los nucleótidos

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Q

dNTPs

A

nucleótidos no terminadores

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3
Q

ddNTPs

A

nucleótidos terminadores
Sin OH en 3’ de ribosa

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4
Q

¿Que determinan los ddNTPs?

A

La variación de longitud de la secuencia

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5
Q

Modelo de SANGER

A

Método de secuenciación
Se realiza en tubos diferentes

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6
Q

Mezcla del PCR

A

ddNTPs
dNTPs
Enzimas
MgCl

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7
Q

Visualización de el gel

A

La secuencia más corta será la primera (hasta abajo) y las ultimas seran las mas largas

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8
Q

¿Para que se utiliza la fluorescencia?

A

Para identificar las bases de los terminadores

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9
Q

¿Como se excita el fluorocromo?

A

Con rayos UV

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10
Q

Función de los oligos

A

Flanquean fragmentos (de donde a donde)

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11
Q

Next generation sequencia

A

Secuenciación de múltiples sitios del genoma en escala masiva en un sola reacción

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12
Q

Cobertura

A

Promedio de número de lecturas que se alinean (secuencia de referencia)

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13
Q

Profundidad

A

Número de veces que ha sido secuenciado una base del genoma

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14
Q

Métodos de fragmentación

A

Mecánico (sonicación)
Enzimas de restricción

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15
Q

¿Cómo se ligan los fragmentos?

A

Con adaptadores personalizados

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16
Q

¿Qué es librería?

A

La adición de insertos para identificación de muestra

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17
Q

¿Que permite la librería?

A

Secuenciación de múltiples muestras

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18
Q

Función de los secuenciadores

A

Amplificación simultánea de múltiples fragmentos de DNA

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19
Q

Tipos de secuenciadores

A

Illumina (PCR en puente)
ION TORRENT (PCR de emulsión)

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20
Q

PCR en emulsión

A

Adaptadores se ligan a los extremos

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21
Q

Adaptadores

A

Permiten unión a perlas

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22
Q

PCR en puente

A

Se unen a oligos complementarios en la celda de flujo

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23
Q

Análisis bioinformático

A

Identificación de nucleótidos
Lectura de alineamiento
Identificación de variantes en bases

24
Q

Requerimientos para el proceso de validación

A

7

25
Q

1 Sensibilidad analitica

A

Parámetro del porcentaje de muestras positivas

26
Q

2 Límite de detección

A

Refleja la menor frecuencia de una variante

27
Q

3 Especificidad analitica

A

Detecta los controles negativos como negativos

28
Q

4 Exactitud

A

Concordancia de las mutaciones detectadas y las esperadas

29
Q

5 Precisión

A

Refleja la reproducibilidad de los datos

30
Q

6 Cobertura

A

Promedio de número de lecturas que se alinean (secuencia de referencia)

31
Q

7 Profundidad

A

Promedio y mínima (la necesario para obtener datos confiables)

32
Q

DNA genoma completo

A

Detección de variantes nuevas
Para genomas no analizados

33
Q

Transcriptoma

A

RNAseq

34
Q

RNAm

A

Información genética transcrita en forma de codones

35
Q

RNAt

A

Cada AA tiene su RNAt
Descifra los codones

36
Q

RNAr

A

Forma ribosomas
Cataliza la cadena de polipéptidos

37
Q

pre-tRNA

A

75-80 nucleótidos

38
Q

Maduracion de pre-tRNA

A

Se modifican distintas bases

39
Q

Eliminación de intrones

A

por splicing (14 nt)

40
Q

¿Que elimina ribonucleasa P)

A

Secuencia 5’ (16 nucleótidos)

41
Q

Residuo UU en 3’

A

Se reemplaza por ACC para la sintesis de proteinas

42
Q

Selección de panel de genes

A

Secuencia número específico de genes relacionados con la enfermedad

43
Q

¿Cuándo se recomienda la Selección de panel de genes?

A

Cuando hay un fenotipo característico

44
Q

Aplicaciones de las secuenciaciones

A

Diagnóstico
Tratamiento

45
Q

Aplicaciones en pacientes con cáncer

A

Analisis de multiples variantes
Utiliza menos tejido
Identifica evolución clonal
Revela heterogeneidad de clones tumorales (seguimiento)
Heterogeneidad genética, dif. genes me dan una misma enfermedad

46
Q

Microarreglos

A

Evalúan polimorfismos

47
Q

Objetivos del proyecto del genoma humano

A

6

48
Q

Objetivo 1

A

Clasificar los genes del genoma humano

49
Q

Objetivo 2

A

Determina la secuencia de los nucleótidos

50
Q

Objetivo 3

A

Organiza y almacena la información en la base de datos

51
Q

Objetivo 4

A

Desarrollar tecnologías para secuenciar de manera rapido

52
Q

Objetivo 5

A

Desarrolla herramientas para analizar

53
Q

Objetivo 6

A

Establecen leyes que regulen la ética

54
Q

Porcentaje de genoma repetido en humano

A

50%

55
Q

Librerías en HPG

A

Aislamiento con BAC (cromosomas artificiales bacterianos)

56
Q

Ensamblaje

A

Unión de los fragmentos superpuestos

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