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BCM2502 > Section Eric Lécuyer > Flashcards

Section Eric Lécuyer Flashcards

1
Q

Liaison Wobble avec Arn

A

I-A I-C I-U G-U

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Q

Caractéristiques eucaryotes

A

Chromatine, noyau, transcription primaire, cytoplasme

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3
Q

Caractéristiques procaryotes

A

Nucléoïde, génome plus petit, pas de noyau

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4
Q

Organisation gènes eucaryotes

A

Opérons, transcrit pas ARN polycistronique permettant encoder différent protéines pour même voies métaboliques

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5
Q

Organisation gènes procaryotes

A

exons (infos pour protéine) introns: 5 UTR, 3 UTR

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6
Q

Qui a un génome avec plus de gènes non codant?

A

Eucaryotes

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7
Q

C’est quoi la régulation génique?

A

Moyen pour cellule de développer des mécanismes de réprimer les gènes codant des protéines inutiles et les activer lorsque nécessaire

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8
Q

Quel % de génome expire ARN

A

75% = transcriptome

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9
Q

Décrire Technique chimique

A

Clive fragments ADN pour déterminer la séquence ADN de base

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10
Q

Technique Sanger?

A

Amplification génome dans un plasmide

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11
Q

Pyro-séquencage

A

Incorporation de nucléotide un à la fois, celle qui incorpore, fait de la lumière grâce à l’enzyme luciferase

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12
Q

Illuma?

A

Quantification de l’ADN par fragment attachés à des adapteurs qui sont amplifier. Nucléotides fluorescents ajoutés donc dès que le brin ADN incopore le nucleotide émet un signal sur l’ordi. Les différents nucleotides ont des couleurs différentes.

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13
Q

Nanopore sequencing?

A

Faire passer un brin d’ADN par un pore avec un champ électrique pour déterminer la suite des bases. Les différentes intensité sont remarqués sur un software.

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14
Q

ARN polymérise procaryotes ÉTAPE

A

1 ARN polymérase pour toutes les gènes eucaryotes

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15
Q

Propriété générale ARN polymérase eucaryotes

A

3 types : ARN POL I: ARNr, ARN POL II: ARNm, ARN POL III : ARNt, miARN, siARN

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16
Q

Comment régule les procaryotes?

A

Signaux sigma pour recrutement polymerase sur le gène spécifique

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17
Q

Comment régule les eucaryotes?

A

Présence des différents types de polymérases

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18
Q

C’est quoi l’empreinte à la DNase?

A

Liaison à la séquence ADN pour déterminer où la protéine se lie sur ADN.
Explication :
Marqué par P32
Protéine enlevé
ADN dénaturé

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19
Q

Empreinte au DMS

A

Définir site de liaison sur ADN et Révéler la capacité de la protéine à induire un désapparient de bases d’ADN

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20
Q

Essai de retard de mobilité sur gel

A

Test de freinage sur gel électrophorèse pour déterminer l’affinité des différents fragments.

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21
Q

Mécanisme général translocation ARN-ADN durant transcription Eucaryotes

A
  1. complexe initiation minimal formé par Pol I
  2. Phosphorylation partielle de la + grande unité ARN polymerase
  3. Production transcrits adoptifs, polymerase s’arrête à + 10 à +12
  4. Avec ATP(Energie) , nouveau déroulement de l’ADN = amplification de transcription
  5. Liberation polymerase bloquée,
    promoteur éliminé
  6. Allongement de ARN par addition NTP
  7. Pour la terminaison, introduction poly (A)
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22
Q

Concept de régulation chez les bactéries

A

Notion d’inductibilité génétique

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23
Q

Expliquer l’opérons LAC

A

type d’inducteurs
régulation par CAP

24
Q

Opéron arabinose regulation

A

Dépresseur ARAc change en liant arabinose

  • 2 opérons 
25
Q

Opéron his, ilv

A

Mécanisme semblable que TRP

26
Q

C’est quoi éléments de régulation cis

A

CIS: effet régulateur sur transcription d’un gène ; promoteur et opérateur

27
Q

Interaction prot-adn non spécifique

A

résidus basique positifs interagit agissant avec squelette phosphate-sucre acide négatif : Histone organisme ADN en chromatine avec liaisons non-spécifique

28
Q

Interactions spécifiques

A

protéine reconnait séquence spécifique de bases azotés sur ADN; Répresseur lac, Protéine CAP

29
Q

Maturation ARNm

A
  1. Transcription
  2. Ajout de la coiffe et polydenylation
    a. Coiffe ajoute a 5’
    b. Poly A ajouté au 3’
  3. Epissage
30
Q

Maturation ARNt

A
  • coupure 5’ par ARAnase P
  • clivage 3’ par ARNases (3-tARNase)
  • ajout d’une séquence CCA à 3” par RNA nucledydyl transferase
    à. Modification de bases par methylation
    b. Conversion adénosine en inosines et pseudouridylation
31
Q

Maturation ARNsi

A
  1. Coupure ARN double brin précurseur en petits ARN interférants par enzyme DICER
  2. Incorporée SIRNA dans complexe RISC
  3. Associer complexe RISC avec ARNm cible via appariement avec siRNA
  4. Clivage ARNm cible via activite endonuclease du RISC
32
Q

Mécanisme action miARN

A

Appariement parfait et imparfait

33
Q

Épissage alternatif

A

1 séquence qui produit plusieurs ARNm correspondants à des protéines distinctes.

34
Q

Rôle biologique proposé phosphorylation domaine CTD

A

Permet au complexe protéine d’exécuter l transcription des gènes et coupler transcription; maturation des ARNm
Recrute trans-régulateur pour maturation ARN

35
Q

C’est quoi IncRNAs

A

ARN non-codant :Remplisse fonction variées via capacité à interagir avec d’autres molécules

36
Q

Principes actions du système CRISPR/CAS

A

Immunité, immunisation et éditer/réguler génome

37
Q

Propriétés générales ARN polymerase procaryotes

A

A. Transcription de l’ADN en ARN
1. holoenzyme se Lie pour chercher promoteur (lie el delie)
2. Promoteur fermé ( lie)
3. Liaison à la région ADN, promoteur ouvert ( lie très fortement)

38
Q

Type de liaison durant la transcription procaryote

A

Liaison phosphodiester avec attaque hydrophile

39
Q

Notion d’inductibilite génétique

A

transcription du gene selon son environnement. Phénomène cellulaire qui empêche d’activer tous ces gènes en même temps. Seulement lorsqu’elle ont a besoin.

40
Q

Pas lactose
+ glucose

A

Transcription bloque

41
Q

+ lactose
+ glucose

A

Transcription minime

42
Q

+ lactose
- glucose

A

Transcription élevé

43
Q

Régulation opérons lac

A

Mutations
Oc : transcription à lieu
I- : transcription à lieu

44
Q

Aucun ARAc

A

ARAc et araBAD transcrit

45
Q
  • AMPc
  • L-arabinose
A

Aucune transcription ( ARAc bloque transcription de araBAD)

46
Q

+ AMPc
+ L-arabinose

A

Transcription élevée

47
Q

[TRP] +

A

Ribosome traduit jusqu’à tige 2. Appariement 3-4 constitue séquence terminaison.
Transcription bloqué

48
Q

[TRP]-

A

Ribosome bloque sur UGG. Tige-bouche 1-2 bloque, 2-3 favorise = transcription continue

49
Q

Éléments régulateurs TRANS

A

encode produit qui modifie fonction du geñome
ex: represseur, activateur

50
Q

Interactions non-spécifiques

A

Proteine reconnait une séquence specifique de bases azotées sur ADN
ex: Represseur
lac, proteine CAP

51
Q

Enzyme responsable pour la polyadenylation

A

Guanylyl transferase

52
Q

Appariement parfait:

A

miARN inhibe traduction ARNm en protéine

53
Q

Appariement parfait

A

miARN induit dégradation ARNm cible

54
Q

Maturation ARNr

A
  1. Gene ARN répète Xfois dans genome au niveau du nucléole
  2. Synthèse Arn précurseur, et
    clivage dans nucléole
  3. Étape maturation par ARN nucleotaires (SnoARN)
    - ShoARN derive introns des ARNm
    -SnoARN , site spécifique et guide 2 modifications:
  4. ARNr transcrit par ARN polymerase III dans nucleoplasme
    - Pseudorridylation üridines
    - modification dicte, étapes de maturation pre-ARNr
55
Q

Regulation miARN

A

ARN non-codants 21-25 nucleot. > s’appariant avec ARNm
cible dont ils sont partiellement complémentaires =
Hybridation réprime traduction prot. correspondante OU clive ARNm cide milieu du Site de fixation du miARN.

56
Q

Regulation siARN

A

Processus siRNA, source endogene ou exogene, Module genique en causant
degradation ou inhibition d’un long ARN complémentaire

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