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BCM2502 > Section Eric Lécuyer > Flashcards

Section Eric Lécuyer Flashcards

1
Q

Liaison Wobble avec Arn

A

I-A I-C I-U G-U

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Q

Caractéristiques eucaryotes

A

Chromatine, noyau, transcription primaire, cytoplasme

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3
Q

Caractéristiques procaryotes

A

Nucléoïde, génome plus petit, pas de noyau

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4
Q

Organisation gènes eucaryotes

A

Opérons, transcrit pas ARN polycistronique permettant encoder différent protéines pour même voies métaboliques

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5
Q

Organisation gènes procaryotes

A

exons (infos pour protéine) introns: 5 UTR, 3 UTR

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6
Q

Qui a un génome avec plus de gènes non codant?

A

Eucaryotes

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7
Q

C’est quoi la régulation génique?

A

Moyen pour cellule de développer des mécanismes de réprimer les gènes codant des protéines inutiles et les activer lorsque nécessaire

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8
Q

Quel % de génome expire ARN

A

75% = transcriptome

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9
Q

Décrire Technique chimique

A

Clive fragments ADN pour déterminer la séquence ADN de base

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10
Q

Technique Sanger?

A

Amplification génome dans un plasmide

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11
Q

Pyro-séquencage

A

Incorporation de nucléotide un à la fois, celle qui incorpore, fait de la lumière grâce à l’enzyme luciferase

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12
Q

Illuma?

A

Quantification de l’ADN par fragment attachés à des adapteurs qui sont amplifier. Nucléotides fluorescents ajoutés donc dès que le brin ADN incopore le nucleotide émet un signal sur l’ordi. Les différents nucleotides ont des couleurs différentes.

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13
Q

Nanopore sequencing?

A

Faire passer un brin d’ADN par un pore avec un champ électrique pour déterminer la suite des bases. Les différentes intensité sont remarqués sur un software.

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14
Q

ARN polymérise procaryotes ÉTAPE

A

1 ARN polymérase pour toutes les gènes eucaryotes

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15
Q

Propriété générale ARN polymérase eucaryotes

A

3 types : ARN POL I: ARNr, ARN POL II: ARNm, ARN POL III : ARNt, miARN, siARN

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16
Q

Comment régule les procaryotes?

A

Signaux sigma pour recrutement polymerase sur le gène spécifique

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17
Q

Comment régule les eucaryotes?

A

Présence des différents types de polymérases

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18
Q

C’est quoi l’empreinte à la DNase?

A

Liaison à la séquence ADN pour déterminer où la protéine se lie sur ADN.
Explication :
Marqué par P32
Protéine enlevé
ADN dénaturé

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19
Q

Empreinte au DMS

A

Définir site de liaison sur ADN et Révéler la capacité de la protéine à induire un désapparient de bases d’ADN

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20
Q

Essai de retard de mobilité sur gel

A

Test de freinage sur gel électrophorèse pour déterminer l’affinité des différents fragments.

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21
Q

Mécanisme général translocation ARN-ADN durant transcription Eucaryotes

A
  1. complexe initiation minimal formé par Pol I
  2. Phosphorylation partielle de la + grande unité ARN polymerase
  3. Production transcrits adoptifs, polymerase s’arrête à + 10 à +12
  4. Avec ATP(Energie) , nouveau déroulement de l’ADN = amplification de transcription
  5. Liberation polymerase bloquée,
    promoteur éliminé
  6. Allongement de ARN par addition NTP
  7. Pour la terminaison, introduction poly (A)
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22
Q

Concept de régulation chez les bactéries

A

Notion d’inductibilité génétique

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23
Q

Expliquer l’opérons LAC

A

type d’inducteurs
régulation par CAP

24
Q

Opéron arabinose regulation

A

Dépresseur ARAc change en liant arabinose

  • 2 opérons 
25
Opéron his, ilv
Mécanisme semblable que TRP
26
C'est quoi éléments de régulation cis
CIS: effet régulateur sur transcription d'un gène ; promoteur et opérateur
27
Interaction prot-adn non spécifique
résidus basique positifs interagit agissant avec squelette phosphate-sucre acide négatif : Histone organisme ADN en chromatine avec liaisons non-spécifique
28
Interactions spécifiques
protéine reconnait séquence spécifique de bases azotés sur ADN; Répresseur lac, Protéine CAP
29
Maturation ARNm
1. Transcription 2. Ajout de la coiffe et polydenylation a. Coiffe ajoute a 5’ b. Poly A ajouté au 3’ 3. Epissage
30
Maturation ARNt
- coupure 5’ par ARAnase P - clivage 3’ par ARNases (3-tARNase) - ajout d’une séquence CCA à 3” par RNA nucledydyl transferase à. Modification de bases par methylation b. Conversion adénosine en inosines et pseudouridylation
31
Maturation ARNsi
1. Coupure ARN double brin précurseur en petits ARN interférants par enzyme DICER 2. Incorporée SIRNA dans complexe RISC 3. Associer complexe RISC avec ARNm cible via appariement avec siRNA 4. Clivage ARNm cible via activite endonuclease du RISC
32
Mécanisme action miARN
Appariement parfait et imparfait
33
Épissage alternatif
1 séquence qui produit plusieurs ARNm correspondants à des protéines distinctes.
34
Rôle biologique proposé phosphorylation domaine CTD
Permet au complexe protéine d'exécuter l transcription des gènes et coupler transcription; maturation des ARNm Recrute trans-régulateur pour maturation ARN
35
C'est quoi IncRNAs
ARN non-codant :Remplisse fonction variées via capacité à interagir avec d'autres molécules
36
Principes actions du système CRISPR/CAS
Immunité, immunisation et éditer/réguler génome
37
Propriétés générales ARN polymerase procaryotes
A. Transcription de l’ADN en ARN 1. holoenzyme se Lie pour chercher promoteur (lie el delie) 2. Promoteur fermé ( lie) 3. Liaison à la région ADN, promoteur ouvert ( lie très fortement)
38
Type de liaison durant la transcription procaryote
Liaison phosphodiester avec attaque hydrophile
39
Notion d’inductibilite génétique
transcription du gene selon son environnement. Phénomène cellulaire qui empêche d’activer tous ces gènes en même temps. Seulement lorsqu’elle ont a besoin.
40
Pas lactose + glucose
Transcription bloque
41
+ lactose + glucose
Transcription minime
42
+ lactose - glucose
Transcription élevé
43
Régulation opérons lac
Mutations Oc : transcription à lieu I- : transcription à lieu
44
Aucun ARAc
ARAc et araBAD transcrit
45
- AMPc - L-arabinose
Aucune transcription ( ARAc bloque transcription de araBAD)
46
+ AMPc + L-arabinose
Transcription élevée
47
[TRP] +
Ribosome traduit jusqu’à tige 2. Appariement 3-4 constitue séquence terminaison. Transcription bloqué
48
[TRP]-
Ribosome bloque sur UGG. Tige-bouche 1-2 bloque, 2-3 favorise = transcription continue
49
Éléments régulateurs TRANS
encode produit qui modifie fonction du geñome ex: represseur, activateur
50
Interactions non-spécifiques
Proteine reconnait une séquence specifique de bases azotées sur ADN ex: Represseur lac, proteine CAP
51
Enzyme responsable pour la polyadenylation
Guanylyl transferase
52
Appariement parfait:
miARN inhibe traduction ARNm en protéine
53
Appariement parfait
miARN induit dégradation ARNm cible
54
Maturation ARNr
1. Gene ARN répète Xfois dans genome au niveau du nucléole 2. Synthèse Arn précurseur, et clivage dans nucléole 3. Étape maturation par ARN nucleotaires (SnoARN) - ShoARN derive introns des ARNm -SnoARN , site spécifique et guide 2 modifications: 1. ARNr transcrit par ARN polymerase III dans nucleoplasme - Pseudorridylation üridines - modification dicte, étapes de maturation pre-ARNr
55
Regulation miARN
ARN non-codants 21-25 nucleot. > s'appariant avec ARNm cible dont ils sont partiellement complémentaires = Hybridation réprime traduction prot. correspondante OU clive ARNm cide milieu du Site de fixation du miARN.
56
Regulation siARN
Processus siRNA, source endogene ou exogene, Module genique en causant degradation ou inhibition d'un long ARN complémentaire

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