RNAP prokariotuose

Question 1

Transkripcija

Answer 1

nuo DNR priklausanti RNR sintezė (sekos komplementarios).

Question 2

Transkripcijai reikia

Answer 2

RNAP – žino pradžią/pabaigą, katalizuoja transkripciją, sintetina 5‘→ 3‘.

DNR matricos (atskirti DNR grandines), riboNTP, kofaktoriaus Mg2+.

Question 3

Transkripcijos etapai

Answer 3

pradėtis (iniciacija), ilginimas (elongacija), baigtis (terminacija)

Question 4

Transkripcija vs replikacija

Answer 4

Nurašoma ne visa DNR, o pavieniai genai/grupės.

Nereikia pradmens, naudojami NTP (ne dNTP).

Transkripcija lėtesnė (10 kartų).

Question 5

RNR vs DNR

Answer 5

RNR sudėtyje U

U poruojasi su A ir papildomai G – ne Watson-Crick poros, tretinė struktūra.

DNR U negalimas, nes neitų bazinių U nuo deaminintų (C→U).

T atsparesnis fotochemijai – DNR stabilesnė (RNR gyvuoja trumpai – nesvarbu).

Question 6

Stekingo stipris

Answer 6

Pu-Pu (A/G) > Pu-Py, Py-Py

Question 7

Holofermentas

Answer 7

RNAP šerdis + σ veiksnys

α – fermento sumontavimas, promotoriaus atpažinimas, aktyviklių prijungimas.

β, β’ – katalizinis centras.

ω – šerdinės dalies susimontavimas.

σ – promotorių atpažinimas.

Question 8

RNAP šerdis: struktūra

Answer 8

RNAP šerdis α2ββ’ω – katalizė.

TL kilpa ir BH spiralė – NTP atranka, RNAP translokacija.

Vairas – neleidžia jungtis matricinei ir koduojančiai grandinėms.

Vožtuvas – riša σ veiksnį RNR išėjimo kanale, atpažįsta promotoriaus -35 (tiesioginė sąveika su RNR, neleidžia jai išeiti RNAP sustojus/terminacijos metu).

α-CTD – C-galiniai domenai, sąveika su promotorių DNR, aktyvatoriais, represoriais.

Pagrindinis kanalas – rišasi DNR+σ, plyšyje AC, pereina į RNR išėjimo kanalą.

Antrinis kanalas – NTP patekimas, PPi išėjimas, RNR grįžimas.

RNR išėjimo kanalas – išeina RNR, rišasi σ veiksnys

Question 9

• Transkripcijos burbula

Answer 9

čia RNR sintezė, išskiriamos DNR grandinės (dgDNR sudaro ~90° kampą)

Question 10

RNAP veikimas

Answer 10

RNAP šerdis mažai gimininga DNR, o σ didina RNAP giminingumą promotoriui

Question 11

RNAP šerdis: aktyvus centras

Answer 11

Kompleksuojamas Mg2+-A (aktyvuoja 3‘-OH ir kordinuoja NTP α-fosfatą).

Mg2+-B keliauja su NTP, yra silpnai rišamas, laiko NTP Pi 3‘-OH nukleofilinei atakai

Question 12

Bakterijų RNAP σ veiksniai

Answer 12

transkripcijos iniciacijos baltymai

Question 13

Bakterijų RNAP σ veiksniai: skirstymas pagal seką/struktūrą

Answer 13

σ70 – inicijuoja transkripciją be aktyvatoriaus.

σ54 – inicijuoja transkripciją su aktyvatoriumi (naudoja ATP).

Question 14

Bakterijų RNAP σ veiksniai: skirstymas pagal funkciją

Answer 14

Pirminiai (σ70) – ląstelės gyvybingumo palaikymo.

Antriniai – specializuotai genų raiškos (specifinės sąlygos).

Question 15

E. coli RNAP holofermentas+σ70 atpažįsta genų promotorių konservatyvias sritis

Answer 15

−10 srities nukleotidų tipinę seką TATAAT.

−35 srities nukleotidų tipinę seką TTGACA (atstumas iki −10 ~17 nt).

Question 16

σ70 baltymo struktūra

Answer 16

σ1: autoinhibicija.

σ2: -10 atpažinimas/dgDNR išskyrimas.

σ3: pailginto -10 atpažinimas.

σ3-4: abortatyvinė iniciacija (holofermentas sintetina RNR, bet sąveikauja su promotoriumi – RNR sintezė nutraukiama).

σ4: -35 atpažinimas.