RNA-Protein Sentezi Flashcards
Lineer yapıda olması gereken RNA çeşidi
mRNA
rRNA, tRNA, bir takım mikro RNA’larda transkripsiyon sonrası komplementer diziler birbirinin üstüne katlanır, fonksiyonellik kazanır
RNA
transkripsiyon sonrası ____ diziler birbirinin üstüne katlanır (çift iplik görülür), fonksiyonellik kazanır
Kendiliğinden komplementer bölgelerden katlanmalar (zayıf hidrojen bağları ile)
Transkripsiyonda sadece mRNA oluşturulmaz
mRNA=
rRNA=
tRNA=
snRNA=
snoRNA=
miRNA=
lncRNA=
mRNA’lar= mesajcı RNA’lar, proteinleri kodlar
rRNA ’lar= ribozomal RNA’lar, ribozomun yapısında bulunur ve protein sentezini katalizler
tRNA ’lar= taşıyıcı RNA’lar, mRNA ve aminoasitler arasındaki adaptör molekül olarak protein
sentezinin merkezini oluşturur
snRNA ’lar= small nuclear RNAs (küçük çekirdek RNA’ları), çekirdekte pre-mRNA’nın işlenmesinde görev alan spliceosomes kompleksinin yapısında bulunur.
snoRNA ’lar= small nucleolar RNAs (küçük çekirdekçik RNA’ları), rRNA’ların işlenmesinde kullanılır
miRNA ’lar= mikro RNA’lar (yaklaşık 20 bp) bazı genlerin transkripsiyon sonrası yıkımı ve
böylelikle ekspresyonunun durum bağımlı olarak düzenlenmesi
lnc RNA’lar= Uzun kodlanmayan RNAlar (en az 200bp), Transkripsiyon sonrası kontrolde kullanılırlar
rRNA
- Hücredeki tüm RNA’ların %80’i
- Protein sentezinde katalizör (ribozim), [peptidil transferaz rx. katalizler]- enzimatik öz.leri var
- Ökaryotik hücrede 4 farklı rRNA= 18S, 5.8S, 28S ve 5S rRNA
Bunlardan 3’ü nükleolus (çekirdekçik) içinde sentezlenen tek bir transkriptin kesilimi ile oluşur
mRNA
• Ökaryotik hücrede, çekirdekte (nükleus) ___ ya da ___ olarak sentezlenir ve transkripsiyon sonrası ____ ve ____ eklenir. Bunlar ileride sitoplazmada ___ kalması için önemlidir.
• RNA splicing (kırpılması) ile intronlar çıkarılıp, transkripsiyon sonrası işlenmesi tamamlanınca _____ haline gelir.
• Ökaryotik hücrede tüm RNA’ların _____ oluşturur.
- Lineer yapıda olmalı
- Hücrede en az bulunan RNA= mRNA
• Ökaryotik hücrede, çekirdekte (nükleus) heterojenik nuklear RNA (hnRNA) yada pre-mRNA
(Öncül RNA) olarak sentezlenir ve transkripsiyon sonrası 5’ şapka ve 3’ kuyruk eklenir. Bunlar
ileride sitoplazmada stabil kalması için önemlidir.
• RNA splicing (kırpılması) ile intronlar çıkarılıp, transkripsiyon sonrası işlenmesi tamamlanınca olgun mRNA haline gelir.
• Ökaryotik hücrede tüm RNA’ların SADECE %1-5’ini oluşturur.
RNA Sentezi (____)
RNA Polimeraz: Sentez her zaman 5’ —> 3’ yönündedir
Sentezi başlatmak için primere ihtiyaç vardır/yoktur
Antisense=
Sense=
RNA Sentezi (Transkripsiyon)
RNA Polimeraz: Sentez her zaman 5’ —> 3’ yönündedir
Sentezi başlatmak için primere ihtiyaç yoktur
Antisense=kalıp
Sense=RNA bilgi içeriğini taşımış oluyor
Prokaryotlarda Transkripsiyon
Promotor dizi
RNA polimerazın sentezi başlatmak için bağlandığı korunmuş DNA dizisi- genlerin yerini ayırt etmeyi sağlar
“mRNA genomik DNA ipliklerinden birinin dizisini kalıp olarak kullandığından diğer iplik ile aynı içeriğe sahip oluyor”
RNA’nın kalıp olarak kullandığı iplik=
Ama aynı kopyaya sahip olduğu iplik=
Translasyona uğrayan iplik içeriği ____ iplik ile aynı
RNA’nın kalıp olarak kullandığı iplik= Antisense iplik (3’->5’)
Ama aynı kopyaya sahip olduğu iplik= Sense iplik
Translasyona uğrayan mRNA iplik içeriği Sense iplik ile aynı
Ökaryot RNA polimerazları
Mitokondrial ve Kloroplast Polimeraz
Fonksiyon ve yapı için hücrenin proteinlerini kullanır/kullanmaz
ama
Transkripsiyon ve translasyon için hücrenin enzimlerini kullanır/kullanmaz
Mitokondrial ve Kloroplast
Fonksiyon ve yapı için hücrenin proteinlerini kullanır
ama
Transkripsiyon ve translasyon için hücrenin enzimlerini kullanmaz
Ökaryotik transkripsiyonlarda rolü olan gen üzerinde korunmuş diziler= (olmazsa olmaz ortak diziler)
- Promotor (başlamak için) - (GC box, TATA box, CAAT box)
- Splice (sentez sonrası işlenme)
- Termination (sonlandırmak için)
TF (Transkripsiyon Faktörleri)
[Ökaryotik]
Genel TF’leri _______ken, Özel TF’leri ___________ olması gerektiğini ayarlar
“Genel Transkripsiyon Faktörleri transkripsiyonu başlatır”ken “Özel Transkripsiyon Faktörleri hücrede ne zaman ve ne kadar olması gerektiğini ayarlar”
Ökaryotlarda mRNA sentezi başlatılmasında RNA pol II’nin etkin bağlanmasını sağlayan, DNA üzerinde cis-acting düzenleyici diziler vardır
Bunlar;
• Başlıca TATA kutusu’dan oluşan “kor promotor elemanları”
• TATA kutusunun hemen yakınındaki (proksimalindeki) “CAT ve GC kutuları”
• Kontrol edilen genden çok uzağında (distalinde) olabilen çoğunlukla doku-özgül aktivatörlerin bağlanmasıyla transkripsiyonu kontrol eden “enhancer (kuvvetlendirici)” diziler
• Kontrol edilen genden çok uzağında olabilen, transkripsiyonun başlamasını engelliyerek kontrolünü sağlayan “silencer (susturucu)” diziler
mRNA’nın sentez sonrası işlenmesi
1- Transkripsiyon henüz tamamlanmadan 7-metil guanozin şapkası eklenmesi (mRNA’yı parçalanmaktan korur, translasyonun başlaması için gerekir, çekirdekte)
2- Transkripsiyon tamamlandıktan sonra 3’ ucuna PolyA eklenmesi (konsensüs dizisi olan hekzanukleotid AAUAAA sonrası kısıma eklenir)
3- RNA splicing (pre-RNA’dan intronlar çıkarılır)
4- RNA editing (Rehber-RNA-aracılıklı uridin insersiyon/delesyonu ya da deaminasyon ile)
5- RNA degradasyon (nükleazlar)
Öncül mRNA’nın (pre-RNA) splicing’i;
Kement (Lariant) modeli
(spliceosome-[snRNA+protein=snRNP=spliceosome] yoluyla uçları birbirine ekleme) - çekirdekte
intron çekirdekte yıkılırken snRNP’ler tekrar kullanılacaktır
Alternatifli kırpılma (splicing)
bir genden farklı proteinlerin transkribe edilmesi
örn. tropomyosin gene
Sitozin ——___ ——> Urasil
Bu özellik sayesinde stop codon oluşturulabiliyor
Sitozin’in Urasil’e Deaminasyon’u ile (RNA editing) stop codon oluşturulabiliyor
CAA —> UAA (stop)
Prokaryot genleri OPERON şeklinde düzenlenmiştir;
operon?
Tek bir promotor tarafından kontrol edilen birden fazla genin oluşturduğu DNA birimleridir
prokaryotlarda regülatör bölge, aktivatör ve inhibitörden oluşur
Prokaryotlarda transkripsiyon _____ tarafından düzenlenir
Repressör protein tarafından
Ökaryotik gen ifadesi kontrol noktaları:
Regülasyon gen ifade edilirken farklı aşamalarda gerçekleşir;
• Trankripsiyon
• Transkripsiyon sonrası
• Sitoplazmaya RNA taşınması
• Translasyon
• Translasyon sonrası
Ökaryotlarda transkripsiyonel düzeyde genetik regülasyon
1- Regülatör sekanslar yoluyla kontrol
2- Transkripsiyonel regülatör proteinler ile düzenlenmesi (aktivatör/repressör)
3- Kodlanmayan RNA yoluyla regülasyon (miRNA ile transkripsiyon sonrası sitoplazmada)
4- Transkripsiyonun metilasyon ile düzenlenimi
5- Transkripsiyon ve kromatin yapısı ile regülasyon
Transkripsiyonel regülatör proteinler
DNA polimerazın tutunmasını sağlar
- Çinko parmak modeli- steroid hormon reseptörleri
- Sarmal-dönüş-sarmal- embriyonik gelişimde etkili genleri düzenler
- Bazik lösin fermuar- bağışıklık sistemi genleri
Histon modifikasyonları (metilasyon, asetilasyon, fosforilasyon)
Asetilasyon: Lys aa asetillenmesi, Histon asetilaz (HAT) -> inaktif kromatin oluşur
histonlar ın serin amino asiti üzerinden fosforillenmesi, lizin ve arjinin aminoasiti üzerinden metillenmesi ile de kromotin
aktivasyonu ve inaktivasyonu gerçekleşebilir.
DNA metilasyonu genlerin ______ sürekliliğini sağlar
DNA metilasyonunun en önemli rolü “_____” dir
DNA metilasyonu genlerin inaktivasyonunun sürekliliğini sağlar.
DNA metilasyonunun en önemli rolü “genomik imprinting” dir
RNA sentezi
Transkripsiyon
