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4B : Biochimie, Biologie Moleculaire, Bioinformatique > Reynier > Flashcards

Reynier Flashcards

1
Q

Métabolisme

A

Le métabolisme comprend l’anabolisme = biosynthèse et le catabolisme = dégradation

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2
Q

Maintient des potentiels énergétiques; potentiels phosphorylant?

A

ATP/ADP

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3
Q

Maintien des potentiels énergétiques: potentiels réducteur

A

NADPH2/NADPH+

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4
Q

4 réactions pour produire de l’ATP?

A

2 sans O2 : Glycolyse et boh

2 avec O2: cycle de Krebs, et phosphorylation oxydative

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5
Q

Les 4 réactions pour produire du NADPH2 = du pouvoir réducteur

A

2- dans la voie des pentoses

2-dans des réactions annexes du cycle de krebs

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6
Q

4 caractéristiques des voies métaboliques?

A
  • globalement irréversible
  • initiés par une réaction fortement exergonique et limitant
  • régulées par des enzymes
  • localisées dans des sites cellulaires spécifiques
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7
Q

Loi d’action masse

A

Elle est instantanée: elle ne dépend que des concentrations en substrats, en produits et des cst d’équilibre des enzymes

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8
Q

Allostérie simple

A

Régulation rapide et locale

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9
Q

Allostérie covalente

A

Régulation ex phosphorylation et déphosphorylation

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10
Q

Régulation à long terme?

A

Nécessite des mécanismes de biosynthèse; transcription, maturation et traduction
C’est au niveau de l’ADN

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11
Q

Glucagon vs adrénaline

A

Ce sont des hormones hyperglycémiantes; le glucagon agit au niveau hépatique et l’adrénaline agit aussi au niveau musculaire

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12
Q

Enthalpie libre = énergie libre de Gibbs

A

Exprime la part d’énergie disponible pour effectuer un travail lors d’une réaction
Elle nous indique vers quelle sens va la réaction
Delta G>0 réaction endergonique
DeltaG<0 réaction exergonique
DeltaG=0 réaction à l’équilibre

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13
Q

Endergonique

A

Nécessite de l’énergie

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14
Q

Exergonique

A

Libère de l’énergie

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15
Q

DeltaG0’?

A

Variation d’énergie libre standard ( dans les conditions biochimiques standard)
Elle reflet la quantité max d’énergie libre qu’une réaction peut théoriquement fournir

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16
Q

DeltaG0’ du glucose?

A

Oxydation complète =

-2840kj/mol

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17
Q

DeltaG0´ hydrolyse d’ATP

A

= -30,5 kj/mol

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18
Q

Le couplage énergétique?

A

Elle sert à rendre une réaction endergonique défavorable sur le plan énergétique favorable; grâce à un couplage avec une réaction exergonique

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19
Q

3 système de couplage?

A
  • chimio-chimique
  • chimio-osmotique
  • osmo-osmotique
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20
Q

Caractéristiques de l’ATP

A

Forme universelle de transfert d’énergie.
pas de stockage on en produit une quantité équivalente à notre poids tout les jours

C’est une Liaison à haut potentiel d’hydrolyse

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21
Q

Qu’est-ce qui stabilise l’atp une fois hydrolysé?

A

Diminution des répulsions électrostatiques
Pi libéré stabilisé par résonance
Ionisation de l’ADP

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22
Q

Pourquoi on aboutit au CO2 comme étape ultime de l’oxydation?

A

On a récupéré tout l’énergie que la molécule de départ avait et avec le CO2 le carbone est plus stable

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23
Q

Pourquoi les aliments sont vecteurs d’énergie?

A

Car ils sont réduites = porteur d’électrons.

Lors de l’oxydation ces électrons seront récupérés par des transporteurs spécifiques.

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24
Q

Comment se fait le transfert d’électrons?

A

De 4 façons ;
-Transfert direct d’électrons
-Transfert d’atomes d’hydrogène (H= 1 électron + 1 proton )
-transfert d’ion hydrure
(H-= 2 électrons + 1 proton)
- combinaison direct de l’oxygène = oxydation
= équivalent réducteur

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25
Q

Coenzyme

A

Molécules auxiliaires non protéique souvent dérivés de vitamines

26
Q

Coenzyme vrai

A

Groupement prosthétique : Liaison covalente avec l’enzyme

27
Q

Cosubstrat

A

Interaction non covalente avec l’enzyme

28
Q

Flavoproteine

A

Fad/fadh/fadh2 groupement prosthétique

Le composant vitaminique est le cycle isoalloxacine

29
Q

Les cytochromes

A

Protéines de transfert d’électrons contenant du fer. Avec l’hème = groupement prosthétique

30
Q

Coenzyme Q

A

Le benzoquinone liposoluble = cycle benzénique + une longue chaîne isoprénoïde.
Transport d’électrons dans la membrane interne mitochondriale, élément lipidique mobile entre les complexes de la chaîne respiratoire
Elle peut accepter 1 ou 2 électrons

31
Q

Coenzyme A

A

Constitué du mercapto-ethylamine( avec groupement thiol qui peut faire des Liaison Thio-ester à haut potentiel d’hydrolyse), l’acide pantothénique =vit b5, 3’phosphoadénosine diphosphate

32
Q

Glycolyse

A

Voie catabolique permettant la dégradation d’1 molécule de glucose en 2 molécules de pyruvate.
Cette voie est couplée chimio-chimique à la phosphorylation d’ADP en ATP.
Lieu: cytosol
Voie anaérobie
10 étapes dont 3 irréversible
Voie amphibolique = participe aussi aux anabolismes.
Voie métabolique universelle

33
Q

Les étapes de la glycolyse

A

Les étapes irréversibles sont 1,3 et 10.
Voir photo
1- phosphorylation du glucose par l’hexokinase
3- rendre la molécule symétrique avant scission par la phospho-fructokinase
10- pyruvate kinase

34
Q

Les deux familles de transporteurs pour le glucose?

A 
Glut = diffusion facilité 
SGLUT = transport actif
35
Q

Respiration cellulaire

A

C’est une oxydation de substance organique= transfert exergonique d’électrons vers l’oxygène.
Processus ultime de dégradation
En Aérobie
Dans la mitochondrie
Produit l’essentiel d’atp cellulaire
Commune aux trois métabolisme (glucides, lipides, protéine)

36
Q

Que fait la mitochondrie

A 
Spécialise dans le métabolisme oxydatif 
Confine l’utilisation de O2 
Aboutissement de tous les catabolismes 
Passage obligé des voies anaboliques 
Principale productrice d’ATP, de CO2 et d’eau métabolique.
37
Q

En quoi converge les monomères tels que le glucose, aa, acide gras

A

Ils convergent vers l’acétyl-Coa qui va rentrer dans le cycle de krebs

38
Q

Étapes de la respiration cellulaire

A

1-Production d’acetyl-coa
2-Cycle de krebs
3-Chaîne respiratoire pour assurer la phosphorylation oxydative

39
Q

quel monomère peut donner de l’ATP sans oxygène?

A 
Le seule et unique glucose!!
Les autres (acides gras, aa etc)ont besoin de O2
40
Q

Bêta oxydation des AG?

A

Dégradation oxydative progressive des AG par prélèvement successifs de fragments dicarbonés.
Pour avoir l’acetyl coa
Ce sont des oxydation successifs qui se passe sur le carbone 3 en position bêta.
Dans la matrice mitochondriale

41
Q

Activation des AG

A

Coenzyme A +AG = acyl-coa ( elle est activée)

42
Q

Une fois activé, les AG vont rentrer dans la mitochondrie pour cela on a besoin d’un transporteur!?

A

On a un transporteur spécifique la Carnitine.
La carnitine remplace le coenzyme A = acyl-carnitine reconnue par le transporteur qui une fois rentré dans la mitochondrie redevient acyl-coa

43
Q

Étapes bêta oxydation

A 
4
Déshydrogénation 
Hydratation 
Déshydrogénation 
Clivage
44
Q

Bilan énergétique de chaque bêta oxydation

A

1-Nadh2 (chaîne = 3 ATP)
1-Fadh2( chaîne = 2atp)
1- acétyl-coa (krebs + chaîne = 12 ATP)
=17 ATP

45
Q

Oxydation du pyruvate

A

Réaliser grâce au complexe de la pyruvate deshydrogénase (PDH)
C’est un complexe multienzymatique.
Elle decarboxyle le pyruvate en acétyl-coa (2C) et en CO2
C’est dans la mitochondrie. (Transporteur spécifique)

46
Q

Le PDH

A 
Thiamine pyrophosphate > vitamine B1 
Coenzyme A 
Lipoate 
Fad > vitamine B2 
Nad 
3 enzymes, 5 coenzyme dont 4 vitamine
47
Q

Decarboxylation

A

Moyen pour la cellule de se débarrasser des C totalement oxydés

48
Q

Régulation de la PDH

A

Phosphorylée par kinase = inactive

Déphosphorylée par une phosphatase = active

49
Q

Cycle de krebs = cycle de l’acide citrique

A

Système cyclique
Permettant oxydation complète des résidus acétyl apporter par l’acetyl-coa en CO2
8 étapes dont 3 irréversibles

50
Q

Vue d’ensemble cycle de krebs

A

Acetyl + Oxaloacétate (4C) = citrate (6C)
À chaque tour de cycle 1 acetyl entre 2 molécules de CO2 sortent
En fin de cycle l’oxaloacétate est régénéré

51
Q

Les 3 étapes irréversibles du cycle de krebs

A

3 enzymes régulatrices

  • citrate synthase (étape 1)
  • isocitrate déshydrogénase (étape 3)
  • alpha-cétoglutarate déshydrogénase (étape 4)
52
Q

Qu’est ce que la chaîne respiratoire?

A

Séquence de protéines qui transporte les électrons des composés réduits jusqu’à l’oxygène.

53
Q

Quel est le rôle de la chaîne respiratoire?

A

-reoxyder les composés réduits (nad+)
Donc récupère les électrons
-phosphorylation du ADP en ATP = phosphorylation oxydative

54
Q

Comment est régénéré le NAD+ pendant la glycolyse?

A

Vue que pas d’oxygène c’est régénéré grâce au lactate

55
Q

Caractéristique de la membrane interne mitochondriale?

A

Imperméable aux ions ( surtout H+)

Ce qui produira un potentiel de membrane, donnant l’énergie nécessaire pour la phosphorylation oxydative

56
Q

Composition de la chaîne respiratoire

A

Quinzaine de transporteurs d’électrons
Une centaine de protéines ( flavoproteines, cytochrome, )
Et l’ubiquinone ou coenzyme Q ( qui transporte les électrons d’un complexe à l’autre)
Qui se complexe en 5 grands complexes multienzymatiques relié par transporteurs mobile ( ubiquinone et cytochrome c)
Tout ça ordonné dans un ordre oX/Red très précis jusqu’à l’oxygène.

57
Q

Complexe I

NADH deshydrogénase

A 
Énorme complexe transmembranaire (47 protéines + FMN et noyaux fer soufre) 
Oxyde le NADH2 
Réduit l’ubiquinone en ubiquinol 
Roténone = inhibiteur spécifique 
Pompe à proton
58
Q

Complexe II

Succinate déshydrogénase

A

Partagé avec le cycle de Krebs
4 sous unité protéiques + 1 FAD + Centre fer-soufre
Pas transmembranaire (donc n’expulse pas de proton)
Oxyde le FADH2
Réduit l’ubiquinone en uniquinol
Le malonate est son inhibiteur spécifique

59
Q

Complexe III

Ubiquinol-cytochrome c oxydoréductase

A 
11 unités protéiques 
Transmembranaire 
Oxyde l’ubiquinol en ubiquinone
Réduit le cytochrome c 
Pompe à protons 
Antimycine A inhibiteur spécifique
60
Q

Complexe IV

Cytochrome oxydase

A 
13 protéines (cytochrome et protéines à cuivre) 
Transmembranaire 
Oxyde le cytochrome c réduit 
Réduit O2 en h2o 
Pompe à protons 
Cyanure inhibiteur spécifique
61
Q

Pourquoi le transfert d’électrons est hautement exergonique au niveau de la chaîne respiratoire?

A

Expliqué par la théorie chimio-osmotique de Mitchell
Le flux d’électrons crée une force électromotrice qui couplé à l’expulsion des protons de la matrice vers l’espace inters membranaire créer un gradient de pH

62
Q

Complexe V

ATP synthase

A

Pas un transporteur d’électrons
12 protéines
2 principales Sous unité F0 et F1
F1= Sous unité catalytique Intra-matricielle
F0= canal à protons (permet l’entrée de H+ et libère l’énergie libre)
Et permet la phosphorylation de l’ADP en ATP

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