Replikation

Question 1

Varför används uracil istället för tymin hos RNA?

Answer 1

Sparar energi

Question 2

Vilka RNA-polymeras-komplex finns det?

Answer 2

1:
2:
3:

Question 3

Vilka RNA-polymeras-komplex finns det?

Answer 3

1: RNA till DNA
2: ger mRNA, snRNA, och miRNA
3: tRNA

Question 4

Beskriv transkrptionen

Answer 4

1. Dekondenserat kromatin
2. Transkriptionsfaktor binder till TATA-box
3. TBP och övriga TF binder successivt in
4. RNA-polymeras 2 binder in med TF2H som har helikas samt kinas
5. Fosforylering av RNA-polymeras CTD-svans
6. Aktivering
7. Transkriptionsfaktorer släpper från promotorn
8. ATP-hydrolys lägger till en nukleotid i taget
9. Stoppkodon
10. RNA-polymeras defosforyleras och inaktiveras

Question 5

Vad gör snRNP?

Answer 5

Känner igen branching point (modifierat avenyn) som attackerar intronen genom 5’ och 3’ hos exogen så att intronen släpps ut som lariat vilket degraderas. Exonerna limmas ihop av ett ligas.

Question 6

Vad kommer modifieras med pre-mRNA så att det blir ett slutgiltigt mRNA? Nämn de tre stegen

Answer 6

1. 5’ capping: guaninnukleotid adderas på 5’ änden som då metyleras.
2. Splicing: introner splitsa bort. Ev. alternativ splicing.
3. 3’ adenylation: adeninnukleotider läggs till för en svans

Question 7

Hur sker translationens initiering?

Answer 7

1. Cap 5’ hos mRNA och eIF4 binder till lilla ribosomenheten
2. Hittar till AUG genom ATP-drivna eIF (5’ mot 3’)
3. AUG hittas
4. eIF släpper
5. Stora ribosomenheten kopplas på

Question 8

Hur sker translationens elongering?

Answer 8

1. Nytt tRNA i A-site
2. Peptidyltransferas - bildar peptidbindning och för över polypeptidkedjan på tRNA i P-site till A-site. Kräver GTP.
3. Fritt tRNA hamnar på E-site och hämtar ny aminosyra i cytosolen
4. Når STOPP-kodon i A-site

Question 9

Hur sker translationens terminering?

Answer 9

1. RELEASE-faktorer känner igenom stoppkodoner
2. Binder
3. Blockerar ny aminoacyl-tRNA
4. Binder vattenmolekyl mellan den och C-terminala aminosyraa
5. tRNA hydrolyseras
6. Hela ribosomkomplexet dissocieras
7. Polypeptidkedjan veckas till 3D-form

Question 10

Hur verkar tetracyklin?

Answer 10

Hämmar A-site hos RNA-inbindning

Question 11

Vad är zink-fingrar?

Answer 11

Minst en zinkjon som stabiliserar veckningen.

Question 12

Vad gör chaperon? Ge exempel på chaperoner.

Answer 12

Binder hydrofobt till aminosyror och förhindrar felveckning och aggregering.
HSP60 och 70

Question 13

Vad är skillnaden om en mutation sker i könsceller eller i somatiska celler?

Answer 13

Könscellsmutation kommer nedärvas och hittas i alla kroppens celler.

Question 14

Vilka småskaliga mutationer finns det?

Answer 14

Påverkar en gen, och dessa är

• Substitution
• Insertion
• Deletion

Question 15

Vad kan substitutionsmutation ge för effekt?

Answer 15

Tyst mutation
Missense mutation
Nonsensmutation
Frameshift

Question 16

Vad kan insertion- eller deletionsmutationer ge för effekt?

Answer 16

Frameshift eller inte

Question 17

Vilka storskaliga mutationer finns det?

Answer 17

Kromosomala mutationer: inversion/deletion/duplikation, kromotrypsis, insertion, translokation
Copy number variation: tillägg av extra kromosom, genamplifiering, ökad trinukleotidmängd, genomik instabilitet

Question 18

Vad innebär kromotrypsis?

Answer 18

Hundra genändringar i ett tillfälle.

Question 19

Vilka sex DNA-skador finns det? Vad kan orsaka respektive?

Answer 19

Basmodifiering: ändring av bas bl.a. ROS och alkylerande
Bas-mismatch: felvald DNA-bas, replikationsfel
SSB: en fosfodiesterklyvning, ROS, strålning
DSB: dubbelklyvning, ROS, apoptos
Pyrmidin dimer: kovalent sammanlänkning, UV-B/C
Intersträng-korslänkning: kemoterapi

Question 20

Hur kan basmodifiering repareras? Förklara processen

Answer 20

Base-excision repair.

1. Igenkännande, endonukleaser, fosfodiesteraser
2. Fyller i hålrum
3. Ligering

Question 21

Hur kan bas-mismatch repareras? Förklara processen

Answer 21

Mismatch repair.

1. Känns igen
2. Nukleas
3. Exonukleas
4. Strängen om-syntetiseras och ligeras

Question 22

Hur kan SSB repareras? Förklara processen

Answer 22

SSBR.

1. PARP-reglerad igenkänning
2. DNA-polymerasextension
3. Endonukleas och ligering

Question 23

Hur kan DSB repareras? Förklara processen

Answer 23

NHEJ eller HR.
NHEJ: snabb men kan ge fel
HR: rätt, men begränsad av S/G2

Question 24

Hur kan pyrimidin dimer repareras? Förklara processen

Answer 24

Nucleotide excision repair.

1. Igenkänning
2. Incision nukleas
3. Excision
4. Hålrumfyllnad, DNA-syntes och ligering

Question 25

Hur kan intersträng-korslänkning repareras? Förklara processen

Answer 25

ICL-repair.

1. Igenkänning och uppluckring
2. Translesionssyntes, extension och ligering
3. NER (nucleotide excision repair(
4. HR

Question 26

Vad är leading respektive lagging strand?

Answer 26

Leading: DNA-polymeras kan jobba i 5’ till 3’ (komplementär sträng)
Lagging: komplementära strängen går 5’ till 3’ med Okazakifragment

Question 27

Varför använder lagging strand primas istället för DNA-polymeras?

Answer 27

DNA-polymeras kan endast arbeta i 5’ till 3’ vilket ger upphov till att behöver flera primers för att inte “haka upp sig”. Detta förklarar även varför det behövs Okazakifragment.

Question 28

Vad gör helikas?

Answer 28

Separerar helixstrukturen.

Question 29

Vad gör topoisomeras?

Answer 29

Tvinnar upp helikasstrukturen hos DNA.

Question 30

Vad gör single strand bindning protein?

Answer 30

Binder till DNA-strängar (separerade) så att de inte återvänder.

Question 31

Vilka är puriner respektive pyrmidiner?

Answer 31

Purin - adenin, guanin

Pyrimidin - tymin, cytosin (uracil)

Question 32

Vilka är puriner respektive pyrmidiner?

Answer 32

Purin - adenin, guanin

Pyrimidin - tymin, cytosin (uracil)