Replikation Flashcards
Varför används uracil istället för tymin hos RNA?
Sparar energi
Vilka RNA-polymeras-komplex finns det?
1:
2:
3:
Vilka RNA-polymeras-komplex finns det?
1: RNA till DNA
2: ger mRNA, snRNA, och miRNA
3: tRNA
Beskriv transkrptionen
- Dekondenserat kromatin
- Transkriptionsfaktor binder till TATA-box
- TBP och övriga TF binder successivt in
- RNA-polymeras 2 binder in med TF2H som har helikas samt kinas
- Fosforylering av RNA-polymeras CTD-svans
- Aktivering
- Transkriptionsfaktorer släpper från promotorn
- ATP-hydrolys lägger till en nukleotid i taget
- Stoppkodon
- RNA-polymeras defosforyleras och inaktiveras
Vad gör snRNP?
Känner igen branching point (modifierat avenyn) som attackerar intronen genom 5’ och 3’ hos exogen så att intronen släpps ut som lariat vilket degraderas. Exonerna limmas ihop av ett ligas.
Vad kommer modifieras med pre-mRNA så att det blir ett slutgiltigt mRNA? Nämn de tre stegen
- 5’ capping: guaninnukleotid adderas på 5’ änden som då metyleras.
- Splicing: introner splitsa bort. Ev. alternativ splicing.
- 3’ adenylation: adeninnukleotider läggs till för en svans
Hur sker translationens initiering?
- Cap 5’ hos mRNA och eIF4 binder till lilla ribosomenheten
- Hittar till AUG genom ATP-drivna eIF (5’ mot 3’)
- AUG hittas
- eIF släpper
- Stora ribosomenheten kopplas på
Hur sker translationens elongering?
- Nytt tRNA i A-site
- Peptidyltransferas - bildar peptidbindning och för över polypeptidkedjan på tRNA i P-site till A-site. Kräver GTP.
- Fritt tRNA hamnar på E-site och hämtar ny aminosyra i cytosolen
- Når STOPP-kodon i A-site
Hur sker translationens terminering?
- RELEASE-faktorer känner igenom stoppkodoner
- Binder
- Blockerar ny aminoacyl-tRNA
- Binder vattenmolekyl mellan den och C-terminala aminosyraa
- tRNA hydrolyseras
- Hela ribosomkomplexet dissocieras
- Polypeptidkedjan veckas till 3D-form
Hur verkar tetracyklin?
Hämmar A-site hos RNA-inbindning
Vad är zink-fingrar?
Minst en zinkjon som stabiliserar veckningen.
Vad gör chaperon? Ge exempel på chaperoner.
Binder hydrofobt till aminosyror och förhindrar felveckning och aggregering.
HSP60 och 70
Vad är skillnaden om en mutation sker i könsceller eller i somatiska celler?
Könscellsmutation kommer nedärvas och hittas i alla kroppens celler.
Vilka småskaliga mutationer finns det?
Påverkar en gen, och dessa är
- Substitution
- Insertion
- Deletion
Vad kan substitutionsmutation ge för effekt?
Tyst mutation
Missense mutation
Nonsensmutation
Frameshift
Vad kan insertion- eller deletionsmutationer ge för effekt?
Frameshift eller inte
Vilka storskaliga mutationer finns det?
Kromosomala mutationer: inversion/deletion/duplikation, kromotrypsis, insertion, translokation
Copy number variation: tillägg av extra kromosom, genamplifiering, ökad trinukleotidmängd, genomik instabilitet
Vad innebär kromotrypsis?
Hundra genändringar i ett tillfälle.
Vilka sex DNA-skador finns det? Vad kan orsaka respektive?
Basmodifiering: ändring av bas bl.a. ROS och alkylerande
Bas-mismatch: felvald DNA-bas, replikationsfel
SSB: en fosfodiesterklyvning, ROS, strålning
DSB: dubbelklyvning, ROS, apoptos
Pyrmidin dimer: kovalent sammanlänkning, UV-B/C
Intersträng-korslänkning: kemoterapi
Hur kan basmodifiering repareras? Förklara processen
Base-excision repair.
- Igenkännande, endonukleaser, fosfodiesteraser
- Fyller i hålrum
- Ligering
Hur kan bas-mismatch repareras? Förklara processen
Mismatch repair.
- Känns igen
- Nukleas
- Exonukleas
- Strängen om-syntetiseras och ligeras
Hur kan SSB repareras? Förklara processen
SSBR.
- PARP-reglerad igenkänning
- DNA-polymerasextension
- Endonukleas och ligering
Hur kan DSB repareras? Förklara processen
NHEJ eller HR.
NHEJ: snabb men kan ge fel
HR: rätt, men begränsad av S/G2
Hur kan pyrimidin dimer repareras? Förklara processen
Nucleotide excision repair.
- Igenkänning
- Incision nukleas
- Excision
- Hålrumfyllnad, DNA-syntes och ligering
Hur kan intersträng-korslänkning repareras? Förklara processen
ICL-repair.
- Igenkänning och uppluckring
- Translesionssyntes, extension och ligering
- NER (nucleotide excision repair(
- HR
Vad är leading respektive lagging strand?
Leading: DNA-polymeras kan jobba i 5’ till 3’ (komplementär sträng)
Lagging: komplementära strängen går 5’ till 3’ med Okazakifragment
Varför använder lagging strand primas istället för DNA-polymeras?
DNA-polymeras kan endast arbeta i 5’ till 3’ vilket ger upphov till att behöver flera primers för att inte “haka upp sig”. Detta förklarar även varför det behövs Okazakifragment.
Vad gör helikas?
Separerar helixstrukturen.
Vad gör topoisomeras?
Tvinnar upp helikasstrukturen hos DNA.
Vad gör single strand bindning protein?
Binder till DNA-strängar (separerade) så att de inte återvänder.
Vilka är puriner respektive pyrmidiner?
Purin - adenin, guanin
Pyrimidin - tymin, cytosin (uracil)
Vilka är puriner respektive pyrmidiner?
Purin - adenin, guanin
Pyrimidin - tymin, cytosin (uracil)
