Replicación Del DNA Flashcards
Como se rompe el dogma central de la biología molecular
Por el descubrimiento de la DNA Polimerasa RNA dependiente
Definición de transcripción inversa
Formación de DNA a partir de RNA Cromosómico
Nota -> catalizado por la transcriptasas inversas. Se da en los retrovirus
Definición de replicación del RNA
Síntesis de una molecula de RNA como duplicado de un RNA cromosómico catalizado por RNA transcriptasas
Esto se da en algunos virus como el virus del mosaico del tabaco
Menciona la sentencia correcta respectó a la replicación
Los nuevos duplex sintetizados de Novo tienen la misma secuencia que el progenitor
Que es la replicación conservativa
Las cadenas originales se mantienen unidas después de servir como molde al igual que las sintetizadas de Novo
Definición de replicación dispersiva
duplex original de DNA se fragmenta y los pequeños pedazos dan las cadenas de Novo
Con base al experimento de Meselson-stahl de 1958, cuál es la función de isotópo N15
Es un isotopo pesado en el que se desarrollan las células inicialmente
Con base al experimento de Meselson-stahl de 1958, como refuta la replicación conservativa
Si fuesen conservativas, las cadenas pesadas progenitoras deberían permanecer intactas y aparecer las moleculas de DNA ligeras las cuales representarían cada vez un porcentaje mayor del DNA total
No habría cadenas híbridas
Con base al experimento de Meselson-stahl de 1958, menciona la sentencia correcta
En el modelo de la replicación dispersiva, las cadenas híbridas N15-N14 solo aparecerían en la primera generación. En seguida comenzaría a ser cada vez más ligeras con cada generación
Que es el replicón
Unidad de DNA en el que se produce un acto individual de replicación y sólo se da una vez cada ciclo celular
De qué depende qué el replicón sea unidireccional o bidireccional
Dependiendo si se forman una o dos horquillas de replicación
Define Horquilla de replicación
Punto en el que se produce la replicacion
Se mueve desde su punto de comienzo en el origen de la replicacion
En célula animales, los orígenes de la replicacion se encuentran
Cada 100 kpb
Como se organizan las horquillas de replicación
En focos
Numero aproximado de focos que contiene el cromosoma eucariota
Entre 100 y 300 focos (podrían representar estructuras fijas a partir de las cuales se mueve el DNA replicante) que contiene > 300 horquillas replicacion cada una
Menciona la tasa de replicación en células procariotas y eucariotas
Bacterias -> 50,000 bp por min
Eucariotas -> 2,000 bp por min y tardaría una hora en copiarse todo el genoma
Duración de la fase S en mamíferos
6 horas y no más del 15% de replicones están activos en un momento dado
Principal marcador en replicación
Bromo de Oxiuridina ( BrDU-FITC)
En la fase de iniciación de la replicación, menciona las enzimas principales
Primasa y helicasa
En la fase de enlongacion de la replicacion, cual es el papel del REPLISOMA
Solo existe como un complejo asociado a la estructura de la Horquilla de la replicacion, no independiente como el ribosoma
La síntesis de DNA es sólo una de sus funciones
Que son los Loci DNA
Componentes de la maquinaria de replicación y se han identificado mediante el estudio de mutantes letales condicionales ( crecen a 37 C pero, el incremento de la Tem inhibe la función proteica X y mueren)
Función de los mutantes de detención rápida
Detiene la replicación inmediatamente al subir la temperatura (enlongación)
Función de los mutantes de detención lenta
Completan la tanda de replicación en curso pero, no pueden comenzar otra (iniciación)
Función de las polimerasas
Síntesis de ácidos nucleicos
Función de las nucleasas
Degradación de AN, hidrolizan el enlace Ester de fosfató de nucleotidos contiguos
Función de las exonucleasas
Actúan sobre los extremos 5’ 3’ del DNA
Función de las endonucleasas
Actúan sobre enlaces internos de la molécula del DNA
Función de las ligasas
Unen moléculas del DNA
La DNA Polimerasa es
DNA y RNA dependientes
La RNA es polimerasa es
DNA y RNA Dependiente
Cuales son las DNA polimerasas que participan en funciones auxiliares como la reparación
Las DNA dependientes
Función de la DNA Pol l en la E.Coli
Reparación del DNA
Función de la DNA Pol ll en la E.Coli
Reparación del DNA
Función de la DNA pol lll en la E.Coli
Réplicasa con dominios alfa -> DNA Polimerasa (dnaE)
E o Epsilon -> exonucleasa 3’ 5’ (dnaQ)
Es la Replicasa de la E.Coli
En eucariotas cuál es la replicasa nuclear
La delta
En eucariotas cuál es la enzima de reparación nuclear
La Beta y también la Épsilon
En eucariotas cuál es la enzima de la replicación del DNA mitocondrial
La gamma
Función del proofreading
Actividad correctora 3’ 5’ exonucleasa
Que es la procesividad de la enzima
Es la tendencia a permanecer en una solo plantilla o molde en vez de disociarse y re asociarse y evitar el deslizamiento de replicación que es insertar u omitir un nucleotido sobre todo en regiones homopolimericas
Que es la melladura en la síntesis del DNA
La escisión de la cadena para poner un 3’ y así poder iniciar la polimerización
Requerimientos para el inicio de la síntesis de DNA
Se requiere un extremo 3’ OH cebador o primer
La síntesis del DNA es discontinúa debido a:
Su estructura antiparalela del duplex
Porqué la cadena conductora o líder se sintetiza de forma continua
Porque la cadena retrasada crece globalmente de 3’ a 5’. Se sintetiza en fragmentos, de Okazaky, de 100 a 2000 bases (procariotas) y 100 a 200 bases en eucariotas
Dirección de la cadena conductora
Va en 5’
Cuál es la cadena que se tiene que sintetizar en fragmentos
La cadena retrasada
Función de la primasa
Síntesis de RNA
Su locus es dnaG
Incorpora un cebador de RNA de unas 11 o 12 bases
Cuál es la secuencia con la que comienza la primasa
5’-pppAG -3’ puesta al molde 3’-GTC-5’
Donde se realiza la actividad primasa
En la iniciación en el primosoma al comienzo de la síntesis de la cadena conductora y en la enlongación en el replisoma al comienzo de cada fragmento de Okazaki
Cuál es la única polimerasa con actividad 5’-3’ Exonucleasa
Pol l
Actúa en la translación de melladuras
La posición de la melladura se mueve a lo largo del duplex
Que polimerasa, durante la replicación, remueve los cebadores de RNA
Pol l
Nota: en eucariotas no hay Polimerasa con actividad 5’3’
Hablando de exonucleasas, cuál es la función de RNAasa H1
Endonucleasa-hace ruptura en duplex de RNA o DNA
Función de FEN1/MF1 nucleasa
Elimina RNA
La DNA ligada sella la Melladura de Nick en dos pasós
1- AMP del complejo enzima-AMP se une al 5’ fosfató de la melladura
2- se forma el enlace fosfodiester
Función y características de la Helicasa
Es de tipo dnaB (5’_3’)
Separa las cadenas de DNA empleando la hidrolisis del ATP
Menciona otras características de la Helicasa
Interacciona con el DNA tanto duplex como de cadena sencilla
Polaridad especifica en cadena sencilla con extremo 3’ (helicasa 3’_5’) o con extremo 5’ (helicasa 5’-3’)
Que dirección tiene la cadena retrasada
5’-3’ es el molde
Función de las proteínas SSBp
Proteínas de unión a cadena sencilla
Son monomeros que se van uniendo e impiden que se forma nuevamente el duplex de DNA
Qué tipo de mutantes son la proteína SSPb
“Mutantes de detención rápida”
Esta es la proteína de unión a cadena sencilla de DNA
Monomeros que se van uniendo e impiden que se vuelva a hacer el duplex de DNA
La replicasa es una Holoenzima con diferentes componentes, cuales de estos conforman el núcleo
Alfa, Epsilon y Sigma
Función del componente alfa de la replicasa
Centro catalitico DNA Polimerasa
Tiene actividad Polimerasa
Función del componente Épsilon de la replicasa
Función Exonucleasa 3’-5’
Función del componente Sigma
Ensamblaje de Alfa y Épsilon
Función del componente Beta (no pertenece al núcleo) de la replicasa
Es la Tenaza. Componente de la procesividad que mantiene la polimerasa sobre el DNA
Función del componente Tao de la Replicasa
Componente de Dimerización
Función del componente GAMMA de la Replicasa
Cargador que coloca las subunidades Beta sobre el DNA
Es el CARGADOR DE LA ABRAZADERA
Por qué los dos núcleos de la Replicasa tiene. Capacidades diferentes de disociarse del DNA
Porque cada uno tiene un DIMERO BETA ASOCIADO
En él modelos de la Horquilla de Replicación, cuál es la función de la Holoenzima
Resuelve el problema de coordinación entre la síntesis de la cadena conductora y retrasada
Función de TAO
Conecta al primosoma (helicasa-primasa)con la polimerasa. Se incrementa 10x la velocidad de síntesis y la procesividad
Como se posiciona la Helicasa en el modelo de la horquilla de replicacion
La Helicasa 5’-3’ sobre la cadena molde de la cadena retrasada
Abreviación de la Helicasa
DnaB
Como se libera la primasa en la Replicación
Tras la síntesis del CEBADOR
En qué organismos se han identificado secuencias que detienen el movimiento de la horquilla de Replicación
En E.Coli y Plasmidos
Que son los elementos TER
Secuencia de 23 pb en el DNA
Gen que reconoce los 23 pb en la proteína
Gen TUS
Función del gen TUS
Actividad anti-Helicasa
Función de la hélice alfa de TUS
Protruye rededor de la doble hélice en el extremo que bloquea la horquilla de Replicación (en una sola dirección)
En qué sitios las mutaciones no son letales
En TER y TUS
En el origen de la replicacion, menciona una característica donde se inicia la cadena conductora
Punto de actuación en CIS capaz de afectar solamente aquella molécula de DNA en la que reside
En el origen de la Replicación cuantas y cuales son las proteínas que se necesitan
Son 6 y son: DnaA,B,C; HU, GIRASA y SSB
De las enzimas implicadas en el origen de la replicacion, cuales son las que se consideran el motor de inicio
DnaA y DnaC
Que proteína del origen de la replicacion, tiene actividad Helicasa y como actúa?
DnaB -> Desplaza a DnaA y activa a DnaG Primasa
Función de la GIRASA
Quita vueltas -> disminuye la tensión
Elimina o rompe una o dos cadenas para liberar la tensión
Función de las proteínas SSB
Estabiliza la cadena sencilla impidiendo el duplex
Como es el origen de la secuencia que es reconocida por las 6 proteínas
TTA
Función del origen de replicacion OriC
Asegura que se utiliza una vez cada ciclo
11 copias de la secuencia GATC en el origen
Función de Dam
Metilación de la adenina en N6
Los orígenes hemi metilados son activos o inactivos
No son activos
Los orígenes son activos si no están metilados?
Si, son activos aún no estando metilados pero, esto no sucede en Dam
En el Timing de la replicacion procariota, que es el RETRASO DE LA REMETILACIÓN
El DNA hemimetilado, producto del primer ciclo de replicacion, permanece en el origen aprox 13 min antes de la replicacion
Siendo que otro lugares del genoma se remetilan casi inmediatamente < a 1.5 min
Menciona lo correcto respecto a la inhibición de la unión de DnaA
“SeqA” es otra proteína que retrasa la REMETILACIÓN de OriC y DnaA, es un regulador negativo que interacciona con DnaA.
Que es el secuestro físico del origen
Cuando el DNA está asociado a la membrana esto porque está HEMIMETILADO y por ende no permite su replicación
Función de MCM 1,,2, 3
Se une al material cromosómico antes de la replicacion y se liberan posteriormente a la replicacion
Son ubiquitinados y degradados y entran en el núcleo solamente durante la mitosis además de que contiene una Helicasa
