Questions récurrentes d'annales

Question 1

Quel est le rôle de DCL1 ?

Answer 1

Forme des miARN de 20-25nt, impliqués dans le développement et d’autres processus biologiques.

Question 2

Quel est le rôle de DCL2 ?

Answer 2

Forme des siARN de 22 nt, impliqués dans la défense antivirale (interfère avec la réplication virale) ou VIGS.

Question 3

Quel est le rôle de DCL3 ?

Answer 3

Forme des siARN de 24 nt, faisant du TGS par modification épigénétiques de la chromatine.

Question 4

Quel est le rôle de DCL4 ?

Answer 4

Forme des siARN de 21 Nt, impliqués dans la défense antivirale

Question 5

Comment est produit un TASI ?

Answer 5

Des transcriptases sont clivées et DCL4 et 6 forment ces siARN.

Question 6

Comment est-ce qu’un transgène sous promoteur fort peut être silencé ?

Answer 6

A DEMANDEr

Question 7

Quels sont les 2 domaines d’une protéine AGO ?

Answer 7

PAZ, PIWI

Question 8

Décrire la fonction du domaine PAZ.

Answer 8

Fixe les ext 3’ des ARNsb. Présent dans les AGO.

Question 9

Décrire la fonction du domaine PIWI.

Answer 9

Possède l’activité slicer, capable de découper des ARN cibles.

Question 10

Comment sont obtenus les ARNsi secondaires ?

Answer 10

Les régions 5’ et 3’ des séquences pour les siARN sont transformées par RDR et de dicer (DCL2 et 4) pour donner des ARNsi secondaires en 3’ et 5’.

Question 11

Comment s’appelle le phénomène d’amplification d’une population d’ARNsi chez la plante ?

Answer 11

Transitivité ?

Question 12

Décrire rapidement un protocole pour obtenir de l’ARN double brin radioactif.

Answer 12

On génère de l’ADN par PCR dans un premier temps, avec des promoteurs T7. Si l’ADN est obtenu sous forme de plasmide, on le coupe avec une enzyme de restriction. Il faudra 2 plasmides, un pour transcrire le brin sens et l’autre pour le brin antisens. Ensuite on aura deux ARN, pour les hybrider on chauffe à 95° puis on baisse la température. On obtient ainsi les ARN double-brin.
On ajoute du P32 sur le premier phosphate (Alpha) du triphosphate pour les dNTP, marquant ainsi les ARNdb produits radioactivement.

Question 13

Donner un avantage et un inconvénient des sondes LNA.

Answer 13

Avantages : hyper spécifique et idéal pour détecter les petits ARN et l’ADN cible. Résistant aux nucléases, très stable.
Inconvénient : c’est très coûteux.

Question 14

Décrire la biogenèse des miARN chez A. Thaliana.

Answer 14

On commence avec un pri-miARN, maturé par la DCL1 en pré-miARN. Puis, formation du complexe miR miR* et exportation hors du noyau.

Question 15

Quelle est la structure secondaire d’un pré-miARN ?

Answer 15

Tige boucle

Question 16

Quel est le mode d’action des miARN chez A. Thaliana ?

Answer 16

Hybridation parfait chez les plantes, ce qui entraine un clivage de l’ARNm et sa dégradation.

Question 17

Quelles protéines sont impliquées dans la formation de siARN de 21 et 24 nt ?

Answer 17

DCL1 et DCL4 : 22nt

DCL3 : 24nt.

Question 18

Décrire le domaine des protéines Dicer et leur fonction.

Answer 18

Domaine helicase, domaine PAZ et domaine RNase III.

Question 19

Quelles sont les différences principales entre miARN et siARN chez Arabidopsis ?

Answer 19

Les miARN sont endogènes tandis que les siARN peuvent être endogènes et exogènes. De plus, à partir d’un précurseur (pré-miARN) on aura un seul miARN tandis qu’à partir d’un seul précurseur d’ARNdb, on peut former une population entière de siARN. Un siARN a une hybridation parfaite avec sa cible (en général), tandis que les miARN peuvent avoir une hybridation parfaite ou imparfaite.

Question 20

Que signifie RISC ?

Answer 20

RNA Induced Silencing Complex.

Question 21

Comment s’appellent les brins non chargés et chargé dans le complexe RISC ?

Answer 21

Brin chargé : brin guide

Brin non chargé : brin transporteur

Question 22

Quelle est la fonction des motifs GW et des protéines les possédant ?

Answer 22

Il s’agit d’un motif important pour la fonction VSR des protéines suppressives de silencing (p38) qui agissent en empêchant le loading des siARN guides sur le RISC.

Question 23

Quel procédé expérimental permet de vérifier la présence de miARN et siARN dans AGO1 ?

Answer 23

Traitement par une protéase pour éliminer la protéine puis déposer les ARN restants sur un gel pour faire un NB.

Question 24

Quels modes d’actions de RISC ?

Answer 24

Dégradation d’ARN ou inhibition de traduction.

Question 25

Qu’est-ce qui favorise l’un ou l’autre mode d’action de RISC ?

Answer 25

Quand on a une hybridation parfaite de l’ARN guide (siARN), on aura un slicing. Si c’est imparfait (miARN) ou aura une inhibition de traduction.

Question 26

Qu’est-ce qu’un TASI ?

Answer 26

C’est un siARN qui guide donc le complexe RISC, mais qui nécessite un miARN pour produire le clivage.