Questions Pour Intra Flashcards
Pourquoi les systèmes biologiques sont-ils difficiles a déchiffrer?
Car les systèmes biologiques sont non linéaire
Qu’est-ce qui distingue les systèmes biologiques?(2)
Des composantes biologiques qui évoluent
Des variation entre espèces et animaux
Définit la biologie des systèmes:
-Domaine _____ qui intègre ____
-pour _____
-Étudie les _____ et les _____ entre les _____
But: découvrir un _____ de _____ de la _____ du _____
- Domaine académique multidisciplinaire qui intègre différents niveaux d’informations
- pour comprendre comment fonctionnent les systèmes biologiques (phénotype).
- Étudie les relations et les interactions entre différentes parties du système biologique (organites, cellules, systèmes physiologiques, réseaux de gènes et de protéines permettant la communication des cellules),
- But: découvrir un modèle de fonctionnement de la totalité du système.
Qu’est-ce qu’un système
le terme « système » vient du grec sustêma qui signifie ensemble. Un système est un ensemble d’entités interagissant ou interdépendantes, abstraites ou concrètes, dont l’union forme un tout.
• Libre à chacun de définir les bornes du système le délimitant de son environnement
Quelles sont les motivations à construire des modèles dynamiques des systèmes biologiques?
- Les expériences ciblent des hypothèses biologiques qui concernent habituellement un processus individuel. La combinaison de plusieurs hypothèses dans un portrait global ne donnent pas un résultat prévisible.
- La modélisation mathématique et les simulations in silico sont un outil qui peut aider à comprendre la nature interne et les dynamiques de ces processus. … et peut-être être en mesure de faire des prédictions.
Qu’est-ce qu’un modèle?
: Ça dépend de la personne à qui l’on pose la question. Mais d’un point de vue général, un modèle est une représentation abstraite d’objets ou de processus qui permet d’expliquer les caractéristiques de ceux-ci.
Placer ces méthodologies en ordre, en partant de la plus abstraite jusqu’à la plus mécanistique.
Équations différentielles, Réseaux bayésiens, Statistiques, Réseaux booléens, Analyse en composante principale, Chaînes de Markov
- Statistiques
- Analyse en composante principale
- Réseaux bayésiens
- Réseaux booléens
- Chaînes de Markov
- Équations différentielles
Quels sont les étapes de APC?
- Centrer les données à la moyenne
- calcul de la matrice de covariance
- calcul des valeurs propre et importances
- calcul des vecteurs propres
- Former matrice de rotation,ordonner les vecteur propres en ordre décroissant et transposition de la matrice de rotation
Le coefficient de clustering qu’est-ce que c’est .
est une mesure du niveau de connectivité des voisins d’un nœud.
Comment peut on représenter un graphe avec deux types de structure de données.
Matrice d’adjacence
Liste d’adjacence
A quoi sert le GSEA
GSEA cherchent les ensembles de gènes connus pour être reliés biologiquement et qui s’expriment différen7ellement.
Quels sont les éléments de GSEA (3)
- Marche aléatoire à une dimension • Le processus de Weiner
• Le pont Brownien - Le test de Kolmogorov-Smirnov • Probabilités : Fonction de répartition • Test statistique d’adéquation
- Le test GSEA
• Le test statistique et l’évaluation de sa signification
Quand le nombre de pas tend vers l’infini et que la longueur de chaque pas tend vers 0, la marche aléatoire devient un processus de…….
De Weiner W(t).
Si la largeur des pas tend vers 0 et que le temps est distribué entre 0 et 1, ces marches aléatoires deviennent …….
des ponts browniens.
Contrairement à la distance finale pour les processus de Weiner, le point intéressant pour les ponts brownien est la distance maximale atteinte depuis les points fixes. Comment nomme t-on ce point
Ce point est le supremum.
Qu’est-ce que fait une équation différentielle?
Une équation différentielle nous donne la vitesse de changement d’une variable.
L’APC est une méthode pour………?
L’APC est une méthode pour extraire les tendances importantes dans les ensembles de données à plusieurs dimensions quand il y a un grand nombre d’observations et plusieurs variables considérées
Pour comprendre l’APC il faut : …………
Des statistiques de bases et de l’algèbre linéaire
Qu’est ce que la moyenne
Le point central de donné
Qu’est-ce que la variance ?
C’est l’étendue des données
Qu’est ce que la covariance
Le degré de codependance de 2 variable
Quand le nombre de pas tend vers l’infini et que la longueur de chaque pas tend vers 0, la marche aléatoire devient un processus….
de Weiner W(t)
Quel est l’unité pou k+1
S-1
Quelle est l’unité pour k+2
1 sur t fois[ ]
Quelle est l’unité de k+ et k-
1/temps
Quelle est l’unité de Vm
[ ] / temps
Quelle est l’unité de kcat
1/temps
Quelle est l’unité de km
[ ]
Une équation différentielle nous donne …….
la vitesse de changement d’une variable
On utilise les équations différentielles pour étudier………
l’évolution des systèmes biologiques dans le temps.
L’utilisation des équations différentielles dépend du respect de la supposition de l’homogénéité spatiale et de…..
l’hypothèse du continuum.
Qu’est-ce qu’un party hubs
Plusieurs interactions
Qu’est-ce qu’un date hubs
C’est qu’il y a seulement une interaction mais plusieurs voisins
Quels sont les caractéristiques des hubs
Multi site
Mono site
Party hubs
Date hubs
Qu’est-ce que des cliques
Se sont des ensembles de noeuds qui sont complètement reliés les uns aux autres.
Définit la portée d’un modèle (scope):
La partie détaillée dans le modèle
Définit état d’un système:
Un snapshot du système a un instant donné. L’état caractérise le système
Définit variable , paramètre et constante
Variable : quantité qui change selon les relations du modèle
Paramètres : quantité à laquelle on assigne une valeur
Constante : quantité avec une valeur fixe
Définit comportement d’un modèle
Réaction du modèle en fonction de son environnement (input) et de processus du système
Définit état stationnaire ( steady states)
Un état du système qui ne change plus dans plus dans le temps
