Questions examens finales Flashcards
Les derniers chiffres parlent de ________ gènes codant pour des protéines.
21 306
Définition d’un gène:
Région de l’ADN qui contrôle une caractéristique héréditaire particulière d’un organisme, spécifiant la synthèse d’un ARNm ou d’un ARN fonctionnel
La polymérisation d’un nouveau brin se fait toujours dans le sens _______ pour l’attaque nucléophile du phosphate.
Et la lecture du brin se fait dans le sens:_________
5’ –> 3’
3’–>5’
Les 3 classes des facteurs de transcription
Généraux
Constitutifs
Inductibles
La boîte TATA est reconnue par quel facteur de transcription?
TAFIID (avec sous-unité TBP et TAFII250)
Les régions riches en CAAT sont reconnues par quel facteur de transcription?
CTF
Les régions riches en GC sont reconnues par quel facteurs de transcription?
SP1
Les 2 sous-unité de TFIID?
TAFII250 et TBP
Rôle de TFIID?
Recrutement de l’ARN Polymérase II au niveau du promoteur
Rôle de THIIH?
Activité enzymatique
Hélicase: ouverture du double brin d’ADN
Kinase: Phosphorylation de l’ARN pol II
TAFII250 possède un domaine qui se nomme _______ (décondense l’ADN)
HAT
Les histones acétylées reconnaissant quel complexe de de la chromatine? (nécessite ATP)
SWI/SNF qui rend disponible des sites cachés de la chromatine
Nommez les HATs les plus classique
TAFII250
CBP,p300,PCAF
Rôle du médiateur?
Gros complexe protéique qui peut lier les facteurs de transcriptions inductibles et généraux, ainsi que la machinerie transcriptionnelle (ARN Pol II avec TAFs) permettant le replient momentané de l’ADN
Domaine de liaison à l’ADN sur les facteurs de transcription. Nommez les 4 familles de facteurs de transcription.
Doigt de zinc
Hélice-coude-hélice
Hélice-boucle-hélice
Agrafe de leucine
Codon méthionine qui signale le lieu de l’initiation de la traduction: ____
ATG
Facteur d’élongation qui aide la polymérase à passer par la grande variété de séquences d’ADN différentes que l’on trouve dans les gènes, entres autres, les nucléosomes.
FACT (Facilitates chromatine transcription) diminue la possibilité que l’ARN polymérase se dissocie avant d’atteindre la fin du gène.
Addition de la coiffe 7 methyl guanosine en ______
5’
Quelles sont les complexes protéiques transportés par l’ARN Pol II quand elle s’approche de la fin de gène? et donnez les rôles
CPSF: recrutement de l’enzyme poly-A polymérase (PAP) qui ajoute environ 200 adénines à la nouvelle extrémité 3’
CstF: cassure dans le brin d’ARN
Épissage le plus simple?
Épissage alternatif
Retirer introns
Rôle splicéosome?
Molécules d’ARN qui effectue l’épissage du transcrit primaire d’ARN
U1,U2,U4,U5,U6
Introns en forme de lasso + exons épissés
Eucaryotes 40S + 60S –> ______
80S
La grosse sous-unité est constituée de quels ARNr?
28s et 5s
La petite sous-unité est constitué de quel ARNr
18s
Codons responsables de l’arrêt (STOP) de la chaîne polypeptides
UAA,UAG,UGA
Rôle de la coiffe?
Facilite le transport des ARNm du noyau vers le cytoplasme, stabilise les ARNm, essentielle pour la traduction
Composition du complexe 43S
Sous-unité 40S
EIF3
Complexe ternaire (EIF2, GTP et ARNt-MET)
Protéines qui forment le complexe eIF4F
EIF4E,EIF4A,EIF4G
Quelle protéine s’associe à la coiffe
EIF4E
eIF5
GTPase (GAP), hydrolyse GTP porté par eIF2 en GDP
eIF2
Guanine Nucleotide Binding Protein (GNBP)
GTPase
Étapes initiation de la traduction
1) Recyclage et dissociation
2) formation du complexe ternaire
3) Formation du complexe de pré-initiation 43S
4) Activation de l’ARNm
5) Attachement de l’ARNm au complexe 43S
6) Scan jusqu’au codon AUG
7) Hydrolyse du GTP par eIF5
8) liaison sous-unité 60S et déplacement des eIFs
eIF3
Protéine d’échafaudage, permet au complexe 40S de lier le complexe ternaire
eIF4E
Reconnait la coiffe en 5’UTR
Facteur limitant
eIF4G
Protéine d’échafaudage liant PABP et eIF3
eIFA
Hélicase, prendra en charge les structures secondaires en 5’UTR
Deux facteurs d’élongation (eEF) rôles.
eEF1: Contrôle de la qualité
eEF2: Translocation, avancer les ribosomes 5’-3’ sur ARNm
La synthèse de protéine s’effectue jusqu’à ce que le ribosome rencontre un codon stop UAA, UGA, UAG qui est lié à une protéine appelé: ______
Facteur de terminaison de l’élongation (eRF): Eucaryotic Release Factor)
Médicaments qui interviennent dans l’expression génétique
Corticostéroïdes
Qu’est-ce que contient la structure des phosphoglycérides dans l’ordre:
Tête polaire: Choline, phosphate, glycérol
Queue hydrophobe: chaînes polycarbonés
Phosphatidylinositol % de la composition dans le feuillet interne
5%
Le phosphatidylinositol existe sous plusieurs forme sur le feuillet interne lesquelles?
PI,PIP,PIP2
Phospholipases C quels sont les 2 isoformes
PLC Beta et PLC gamma
Le métabolisme du PIP2 par les PLC produit des seconds messagers lesquels?
IP3 et DAG
La PLA2 produit ________
des précurseurs inflammatoires: acide arachidonique–> prostaglandines
Ancrage des protéines au niveau lipidique
Quels sont les 3 modifications?
Myristoylation
Palmitoylation
Isoprénylation
Myristoylation
Irréversible, clivage de la MET
N-terminal
Ajout de 14C d’une glycine
Palmitoylation
Réversible
N’importe où, à proximité de d’autres modifications
Ajout 16C d’une cystéine
Isoprénylation
C-terminal sur une séquence “CAAX”
Faranésyl (15C)
Géranyl-géranyl (20C)
Que fait le traitement de Statine?
Diminue précurseur cholestérol
Diminue précurseur d’isoprénylation, donc RAS non ancrée
Diminue croissance cellulaire
Une tyrosine phosphorylé reconnait quels domaines?
Domaine SH2 et Domaine PTB
Nommez 3 facteurs de transcription inductibles
C-Myc, P53, E2F
Les protéines nucléaires, doivent passer par les pores et un système d’import qui reconnait une séquence précise sur la protéine.
Quel est ce système?
NLS (nuclear localisation sequence)
Quelle est la séquence qu’on retrouve sur une protéine qui a une affinité pour le pore nucléaire du noyau.
Lys-Lys-Lys-Arg-Lys
Le transport passif (diffusion facilitée) utilise des protéines transmembranaires de transport
Quelles sont les 2 familles de protéines?
Canaux ioniques
Transporteurs
Diffusion facilitée
Nomme un exemple de transporteur
Transporteur de glucose
GLUT1pas besoin d’insuline
GLUT4 besoin d’insuline
Gradient électrochimique
Ions plus concentré à l’intérieur
K+
Gradient électrochimique
Ions plus concentré à l’extérieur
Na+
Ca2+
Diffusion facilitée
Nomme 2 exemples de canaux
Hormonaux-dépendant (acétylcholine)
Voltage-dépendant
Transport actif primaire quelle pompe est utilisée et phosphorylée?
Pompe sodium/potassium Na+/K+ ATPase contre le gradient de concentration.
Rapport précis 3Na+/2K+
Pourquoi la pompe Na+/K+ ATPase est phosphorylée?
Pour qu’il y ait une changement de conformation et que des site de haute affinité pour les ions au sein de la pompe soit présent.
Nommez une autre pompe, autre que la Na+/K+
Ca2+ ATPase
Définir le transport actif secondaire (couplé) + donner un exemple.
Soluté transporté contre son gradient de concentration en utilisant un gradient de concentration ionique mis en place par une pompe primaire (souvent le gradient sodium/potassium)
Transporteur glucose-sodium
Le gradient de concentration du sodium sert d’énergie pour le transport du glucose contre son gradient de concentration.
Glucose même sens que le sodium = symport
Glucose sens contraire du sodium= antiport
Le glucose utilise quels types de transport pour accéder au cytoplasme?
Diffusion facilitée (GLUT1 et GLUT 4) et transport actif secondaire
Mode de communication cellulaire
Endocrine (sécrétion doit passer dans le milieu cellulaire ex. circulation sanguine avant de rejoindre le récepteur)
Paracrine (2 cellules près l’une de l’autre) Exemple: Neurones post et pré-synaptique
Autocrine (sécrétion et récepteur sur même cellule) Exemple: Facteurs de croissance
Définir Affinité réceptorielle et Sélectivité réceptorielle
Affinité réceptorielle: Puissance de l’interaction entre le ligand et le récepteur
Sélectivité réceptorielle: Affinité préférentielle du ligand pour un récepteur par rapport à un autre. Dépend de la concentration ou la dose utilisée
Il n’y a rien de spécifique en pharmacologie
Kon: Constante d’association
Unités?
M-1min-1
Koff: Constante de dissociation
Unités?
Min-1
KD: Constante de dissociation à l’équilibre. Affinité réelle du récepteur, où il y a l’occupation de 50% des récepteurs à l’équilibre.
KD=EC50 apparent
KD=Koff/Kon
Unités?Valeurs?
Molaire
Faible valeur de KD= récepteur récepteur à une haute affinité pour le ligand
Haute valeur de KD= récepteur à une faible affinité pour le ligand
Les canaux ioniques s’ouvrent en réponse à des stimuli qui sont:
Voltage (VOC)
Liaison a un ligand (ROC)
Exemples de canaux ioniques dépendants de ligand (ROC)
Synapses excitatrices:
Synapses inhibitrices:
Synapses excitatrices:
-Acetylcholine
-Glutamate
-Serotonin
Synapse inhibitrices:
-GABA
-Glycine
L’acétylcholine se lie à deux familles de récepteurs lesquelles?
Récepteurs muscariniques (GPCR:récepteurs couplés aux protéines G)
Récepteurs nicotiniques (canaux sodiques)
Quelles sont les 2 types de récepteurs nicotiniques (canaux sodiques) de l’acétylcholine (nAChR)?
-nAChR musculaire
-nAChR neuronaux
Description de la structure des récepteur acétylcholine nAChR musculaires
5 domaines reliés par des hélices
Domaine alpha: site de haute affinité pour l’acétylcholine
Les récepteurs nicotiniques musculaires peuvent être des cibles thérapeutiques pour la relaxation musculaire.
Qu’est-ce qui est fait en présynaptique et postsynaptique
Présynaptique: inhibition de la relâche d’acétylcholine (BOTOX: toxine botulique)
Postsynaptique: agents dépolarisant (superagonistes) et non-dépolarisants (antagonistes)
Bloqueurs neuromusculaires (ROC):
-Dépolarisant (superagonistes):__________
-Non-dépolarisant (antagoniste compétitifs les plus utilisés):_________
-Succinylcholine
-Vecuronium
Bloqueurs neuronaux (ROC): ________
Inhibition de l’acetylcholinérase (augmentation de la présence d’acétylcholine dans la fente synaptique) puisque les agonistes et antagonistes on trop d’effets secondaires
Bloqueurs canaux calciques (VOC):_________
Nifedipine
Verapamil
Diltiazem
Les GPCR, la lecture du génome nous a permis de déduire:_______
Les acides aminés hydrophobes définissent les hélices transmembranaires
Les modifications post-traductionnelles sur la protéines G hétérotrimériques (sous-unités: alpha:_______, beta, gamma:_______)
gamma: isoprénylation
alpha: palmitoylation ou myristoylation
Les GPCRs se lient à une protéine G pour pouvoir être activés.
Les protéines G interagissent avec quelles parties du récepteur?
La 3e boucle intracellulaire et la queue terminale C du récepteur.
2 effecteurs clés activé par les familles de protéines G hétérotrimériques?
-Adenylyl cyclase AC (activé ou inhibé par G alpha i ou s)
-PLC-Beta (activé par G alpha q)
B-adrenoreceptor augmente ou diminue second messager cAMP?
Augmente
alpha2-adrenorecepteur augmente ou diminue second messager cAMP?
Diminue
Exemple de GPCR
Neurotransmetteur: acetylcholine
Nom du GPCR: ___________
Muscarinique
Nommez 5 seconds messagers importants utilisés dans la transduction d’un signal.
AMPc
Calcium
NO (nitric oxide)
IP3
DAG
le second messager AMPc activent: ________
La protéine kinase A (PKA) et l’ouverture des canaux
Le DAG active: _______
La protéine kinase C (PKC)
IP3 active:__________
La libération de calcium
Quels sont les protéines intracellulaires de liaison du calcium?
Protéines à domaine EF-Hand (liaison Ca2+)
Protéine à domaine C2
Nomme un exemple de protéine à domaine EF-Hand
La calmoduline
Nomme les 3 exemples de protéines à domaine C2
PKC,PLC,cPLA2
Le domaine EF-Hand permet la coordination de l’ion:_______ et est constitué de _______ hélices _____
Ca2+
2 hélices alpha
Combien y-a-t-il de domaines EF dans le complexe Ca2+/calmoduline
4 domaines EF
Nommez les interacteurs intracellulaires du complexe Calmoduline/Ca2+
Protéines kinases: Myosine light chain kinase (MLCK) et CAM kinases
Les NO synthases
Décrire la synthèse du NO
diapo 55-56 (int 3)
Substrat: L-arginine
L-arginine –> NO –> guanylyl cyclase –> cGMP (second messager)–> relaxation
Enzyme impliquée dans la synthèse du NO (Nitric Oxide)
eNOS
Définition d’un domaine?
Séquence d’a.a qui encode pour….
Partie conservé, homologie d’un peptide à l’autre.
Nommez les 5 types de récepteurs membranaires
GPCR
Canaux ioniques
Récepteurs avec activités enzymatiques intrinsèques (récepteur TYR KINASE)
Récepteur avec activités enzymatiques associées (TYR KINASE)
Récepteur avec domaines d’interaction
Récepteurs tyrosine-kinase avec activité enzymatique intrinsèques
Nommez 2 sous-familles (monomères) de récepteurs
EGF
PDGF
FGF
Lorsqu’on voit GF Sauf TGF…
Récepteurs tyrosine-kinase avec activité enzymatique intrinsèques
Nommez 1 sous-familles (dimère) de récepteurs
Insuline
Quelles sont les étapes pour activer les récepteurs TYR KINASE à activité enzymatique intrinsèque
1)Liaison du ligand
2)Dimérisation des récepteurs (rapprocher les domaines catalytiques)
3)Transautophosphorylation
4) Recrutement des protéines effectives permettant la transmission d’un message intracellulaire. Les Tyrosines phosphorylées reconnaissant les domaines SH2 et PTB
Quels effecteurs contiennent le domaine SH2
Protéine adaptatrice:_______
Transcription:________
Phospholipides second messager:_______
Grb2
STAT
PLCgamma
Comment RAS est activée?
1) Liaison du facteur de croissance au récepteur tyrosine kinase
2) Changement de conformation
3) Dimérisation
4) transautophosphorylation
5) Signal
Le domaine SH2 de la protéine Grb2 reconnait la tyrosine phosphoré sur le récepteur tyrosine kinase. La protéine GrB2 est toujours lié à GEF (SOS). Lorsque GEF (SOS) est près de RAS-GDP (inactive), RAS-GTP est induit et il y a induction des signaux de croissance par RAS
Comment les IP3 sont activés?
Le domaine SH2 présent chez les PLCgamma permet le recrutement de la PLCgamma aux récepteurs dimériques activés et sa phosphorylation. Il y aura alors production de DAG et de IP3
Molécules qui séquestrent les agonistes (premiers ligands) des RTK?
MACUGEN
Molécules qui compétitionnent avec l’agoniste
SOMAVERT
Anticorps monoclonaux (biologiques)
HERCEPTIN
Molécules qui inhibent l’activité enzymatique des RTK
IRESSA et TARCEVA
Récepteurs associés à la Tyr Kinase
Nommez un exemple de récepteur
Récepteurs au cytokines
Les récepteurs aux cytokines s’associent à une classe de Tyr kinase cytoplasmique appelé Jaks. Les Jaks activent STAT, une protéine inactive localisée à la surface cellulaire. Lorsqu’activé, STAT migre dans le noyau et active la transcription.
La phosphorylation des STATS sur résidus tyrosines conduit à:
-Une dimérisation des STATS
-Dévoilement des domaines NLS
-Translocation nucléaire
Cycle cellulaire:
La cellule a le choix de entre 3 états lesquels?
1) Division ou prolifération (entrer dans le cycle)
2) Quiescence ou différenciation (sortir du cycle)
3) Mort programmée
Nommez 3 facteurs de transcriptions inductibles
E2F, c-MYC et p53
Nommez des suppresseurs de tumeurs (régulateurs négatifs/freins)
p53 et p21, RB
Durée d’un cycle cellulaire cellulaire: ________
Durée des phases:
G1:_____
S:______
G2:_____
M:_____
24 heures
G1:10 heures
S: 9 heures
G2: 4 heures
M:1 heure
Nommez les régulateurs positifs (protooncogènes)
CyclinD/CDK4
Cyclin E/CDK2
E2F
RAS
Cycle cellulaire
Est-ce que les érythropoïétines sont des facteurs de croissance?
OUI!
PDGF
EGF
FGF
NGF
IGF-I
Érythropoïétine
Si l’ADN est endommagé, P53 est phosphorylé et lié à P300. Cela va induire des gènes Réparation ADN:______
Arrêt du cycle:_______
Apoptose: ________
GADD45A
P21cip1
BAX
Les 3 morts cellulaires
Apoptose, Autophagie, Nécrose
Quelle mort suis-je?
Cellules des organismes très endommagées (dommages irréversibles) qui vont mourir. Mort désordonnée qui libère des constituants toxiques qui conduit à une réponse inflammatoire.
Nécrose
Quelle mort suis-je?
Manque de nutriments, dégradation des organelles. Fusion des lysosomes pour dégradation par des protéases et génération d’a.a
Autophagie
Dommages à l’ADN irréversible
Mort cellulaire programmé
Activation des caspases
Aucun élément cellulaire libéré, donc pas de déclenchement de processus cellulaire.
Apoptose cellulaire
Substrats de la caspase 3.
Lamines nucléaires: cassure enveloppe nucléaire
ICAD: fragmentation ADN
eIFs: arrêt de la traduction
Tous les types de récepteurs obéissent tous aux mêmes principes pharmacologiques lesquels?
-Affinité
-Sélectivité
-Nombre de sites
-Activation des signaux intracellulaires (seconds messagers)
-Amplification
3 caractéristiques des récepteurs:
-Localisation cellulaire (récepteur à la surface membrane plasmique ou à l’intérieur de la cellule)
-Classification selon mode d’action
-Temps de la réponse biologique
