Primer parcial

Question 1

Metodologías de secuenciación

Tamaño de fragmentos medibles en SANGER por radioactividad

Answer 1

50-300 NT

Question 2

El ADN se replica en dirección

Answer 2

hebra molde 3’ a 5’
hebra nueva 5’ a 3’

Question 3

Metodologías de secuenciación

Sanger por fluorocromos secuencia hasta

Answer 3

96 muestras a la vez
fragmentos 30-60 k

Question 4

Pasos de secuenciación sanger automatizada

Answer 4

1) PCR con ddNTPs fluorescentes
2) Electroforesis de gel capilar
3) Excitación laser y máquina scuenciadora

Question 5

Tamaño de fragmentos de ADN secuenciados en 454 Pirosec.

Answer 5

200-400 pb

Question 6

fundamento bioquímico de la 454 pirosecuenciación

Answer 6

unión de NT –> libera PPi –> ATP –> Luz

enzimas importantes
1) sulfurilasa
2) luciferasa

Question 7

Métodos de secuenciación que usan ddNTPs

Answer 7

• SANGER
• 454 pirosec.

Question 8

Secuenciación que usa amplificación clonal en microrreactores

Answer 8

454 Pirosec.
Ion Torrent

Question 9

Pico Titer Plate

Answer 9

placa de pocillos usados en la 454 pirosec que permite una perla con fragmentos clonados

Question 10

Mecanismo de Illumina “SOLEXA”

Answer 10

• Amplificación en puente / cluster PCR
• Adhesión ADN - célula de flujo

Question 11

PCR en emulsión ion torrent

Answer 11

detecta cambios en pH

Question 12

NGS

cobertura

Answer 12

“horizontal / breadth”
# de lecturas que se alínean a la secuencia de referencia

Question 13

profundidad

Answer 13

“vertical”
se refiere al #veces que se ha secuenciado un segmento

Question 14

1º genoma bacteriano secuenciado (fecha y tipo de bacteria)

Answer 14

1995
H. influenzae

Question 15

HGP

1° genoma bacteriano secuenciado

Answer 15

Haempophilus Influenzae 1995

Question 16

1° genoma arqueico secuenciado

Answer 16

1996
Yeast
S. cerevisae

Question 17

Año de secuenciación

E. coli

Answer 17

1997

Question 18

Año de secuenciación

C. elegans (roundworm)

Answer 18

1998

Question 19

se completa secuenciación de cromosoma 22

Answer 19

1999

Question 20

1° mutación hallada en el HGP

Answer 20

BRCA1

Question 21

secuenciación d. melanogaster

Answer 21

2000

Question 22

publicaciones importantes 2001-2003

Answer 22

2001: HGS (draft)
2002: mouse & rat GS (draft)
2003: versión completa HGS

GS = genome secuence

Question 23

HGP paso 1

Método de muestreo, biblioteca y secuenciación

Answer 23

Sangre + Esperma
BAC (100-200 kb)
Sanger ABI PRISM 3700

Question 24

Criterios para el control de calidad

Answer 24

=543pb
=/= E.coli o ADN mit
esp = 99.5%

Question 25

HGP paso 2

Conjuntos de datos usados

Answer 25

• HGP ($ público)
• Celera genomics

Question 26

HGP ensamblaje

Answer 26

comparación de fragmentos
sobrelapar 40pb
No >6% diferencia

Question 27

% elementos repetidos en genoma

Answer 27

35

Question 28

cromosoma con mayor % de elementos repetidos

Answer 28

Chr. 19 con 57%

Question 29

Islas CPG

Answer 29

Repeticiones CG
Región promotora
DNA sin metilar

Question 30

Grupo A cromosomas

Answer 30

1-3
Los + grandes

Question 31

Grupo A cromosomas

Clasificación por centrómero

Answer 31

1, 3 = metacéntricos
*** excepción= 2 - submeta

Question 32

Grupo B cromosómico

Answer 32

4,5
Grandes
Submetacéntricos

Question 32

Grupo C cromosómico

Answer 32

6-12 X
Medianos
Submetacéntricos

Question 33

Grupo D cromosómico

Answer 33

13-15
mediano
acroséntrico + satélites

Question 34

Grupo E cromosómico

Answer 34

16-18
pequeños
submetacéntricos
*** excepción 16 = meta

Question 35

Grupo F cromosómico

Answer 35

pequeños
metacéntricos

Question 36

Grupo G cromosómico

Answer 36

21, 22, Y
Pequeños
acrocéntricos + satélites

***Y no tiene satélites