Praktikum Flashcards
Voges-Proskauer-Reaktion erklären (Zwischenprodukt, Nachweis von ?)
Oxidation von Acetoin (Zwischenprodukt) mittels O2 zu Diacetyl
Diacetyl + Kreatin (V-P-Reagenz) –> Rotbraunes Kondensationsprodukt
Iris : Nachweis von Acetoin als Zwischenprodukt der Butandiolbildung aus Pyruvat
zum Nachweis von Enterobacter
Funktion von Ti-plasmid von Agrobakterium tumefaciens bei Bakterien-Pflanzen-Interaktionen
Ti steht für Tumor induzierend, verursacht Wurzelhalstumor bei Pflanzen
welche proteine sind an Integration der Phage Lambda in das E. coli Genom beteiligt?
DNA-Ligase (verknüft DNA-Lücken) und virale Integrase(baut dsDNA in Wirtsgenom ein)
Beschreiben von klasse 1: zusammengesetztes transposon? Aufbau und Mechanismus und bsp
bildet RNA als zwischenstufe,
aus mehreren IS-Elementen, die zusätzliches Gen flankieren IR-IS-IR-Gen-IR-IS-IR,
Mechanismus: copy and paste, konjugiert über phosphordiesterbindung,
zB Kanamycin-Resistenzgen
nennen Sie eine fluoreszierende Verbindung, die von bestimmten pseudomonas-stämmen hergestellt werden kann und ihre physikal. Funktion.
Pyoverdine (fluoreszierende Siderophore ), EisenIII(Fe3+) ist unlöslich
-> kaum Bioverfügbarkeit, durch komplexieren von Fe durch siderophore wird dieses dem Stoffwechsel verfügbar gemacht
durch welche Mechanismen inserieren Bakteriophage Lambda und Mu ihr DNA?
durch mobile genetische Elemente:
Phage mu kann durch insertion zwischen zwei Teile eines Gens diese inaktivieren.
beide werden durch !nichthomologe Rekombination! ins Wirtsgenom inseriert, das bedeutet Die Virus-DNA wird komplett ins Genom inseriert (!Transposition!), die Wirts-DNA wird dadurch mutiert
-> Mu-Phage = Mutator (Phage erkennt Wirt durch seine spezifische glykoproteinschicht, Infektion durch Phagen-dsDNA, lysogener weg wird Genom still weiter repliziert, sobald bakterium lysiert
–> massive Verbreitung der phagenDNA):
Lambda kann ortsspezifisch sein, Mu hingegen zufällig
welche vier Produkte bewirken ein positives MethylrotErgebnis?
saure Medabolite:
Formiat, Acetat, lactat, succinat
Welches zwischenprodukt wird bei Formiat nachgewiesen?
Acetyl-CoA
Produkt beider Gärungstypen?
gemischte Säuregärung: E. coli- Lactat, Acetat, Ethanol, Succinat, CO2
2,3-Butandiol-Gärung mit Acetoin als Zwischen-Produkt: R. terringena - 2,3-Butandiol, CO2, Ethanol, Formiat -> positives Voges-Proskauer-Ergebnis
(allerings sind beide enterobakterien?! Versteh das nicht, also keine garantie bei der antwort)
2 Tests der IMViC-reihe bei denen Gärungstypen unterschieden werden können.
Methylrotprobe weist durch rote färbung saure gärungsprodukte nach
Voges-Proskauer-Reaktion (Acetoin-Test): weist Butandiolgärung durch rotbraune verfärbung nach
Verwertung von aromaten, beispielorganismus, nachweißexperiment, Beschreibung, Produkte der beiden Varianten.
Wachstum auf benzoat:
kann für manche Spezies als einzige C und Energiequelle dienen,
zwischenmetabolit: catechol (Brenzkatechin)
-> vor Eintritt in TCA-zyklus erfolgt ringspaltung entweder (ortho) cis,cis-muconat zB bei P. Putida
und (meta)2-HMSA (2-Hydroxymuconatsemialdehyd) zB A. vinelandii
Danach werden diese Bakterien mit Catechol besprüht. Eine Gelbfärbung zeigt an, dass es Azotobacter vinelandii ist.
was ist ein temperenter bakteriophage?
Diese Phagen lösen nach der Vermehrung nicht immer sofort das Bakterium auf und setzen sich frei, sondern bauen ihre DNA oftmals in die Bakterien DNA ein und lassen somit eine Replikation beider Nukleinsäuren zu.
Diesen Vorgang bezeichnet man als Lysogenie aus welchem der Phage jederzeit wieder austreten kann und dann den “normalen” Vermehrungszyklus fortsetzen kann
a wofür steht Mu, b Auswirkungen im E. coli Genom c welche Mutationen werden verursacht?
a Mu=Mutator
b inaktiviert gen, wenn er in zufällige orte integriert ist, lässt sich replizieren- lysiert zelle- verbreitet sich
c transpostion -> genknockout
a Experiment zum Nachweis von Bestandteilen der atmungskette b Erklärung c beispielorganismus
a oxidase test
auf Vorhandensein von cyt c oxidasereagenz (NNN’N-Tetramethyl-1,4-phenylendiamin + Ascorbat= Kovacsreagenz)
reagiert unter Reduktion von cyt c (da auf membranaußenseite für farbstoffe zugänglich) zu wursters blau = positiv zB azotobacter vinelandii
enterobakterien haben chinol-oxidase -> test negativ
Welches Ereignis auf DNA Ebene initiiert den Transfer des F Plasmids in die RezepientenZelle?
Konjugation, DNATransfer an oriT initiiert
Funktion des Rec A Proteins
homologe rekombination: stranginvasion und Bildung von heteroduplix
sos-reparatursystem: Inaktivierung des repressorproteins lexA durch spaltung
warum ist BP Mu geeignet um bei E. coli Mutationen einzuführen?
durch Integration von PhagenDNA in die nukleotidsequenz eines Gens verliert diese Funktion. mutiertes wirtsgen hat leicht erkennbares merkmal
konjukativer DNA Transfer
bezeichnet in derMikrobiologiedie Übertragung von Teilen des Genoms von einer Spenderzelle (Donor) auf eine Empfängerzelle (Rezipient) durch direkten Zellkontakt.
Wie wird Kontakt für konjugation bei gram- Bakterien hergestellt?
Die Konjugation beigramnegativenBakterien wird vonPlasmiden, meist in sich geschlossenen DNA-Molekülen mit nicht essentiellen Genen, gesteuert.
Konjugative Plasmide (FPlasmid) tragen die spezifischen Informationen der Konjugationsmechanismen, d. h. die dafür codierenden Gene in dertra-Region(tra für Transfer), darunter eineRelaxasezum einzelsträngigen Schnitt der zu übertragenden DNA.
Rolling Circle Prozess
beschreibt unidirektinale R/DNA-Replikation, wobei eine Vielzahl von Kopien von zirkuläre R/DNA (Plasmids, BPhagenGenom, VirenRNA) synthetisiert werden. 5 Schritte:
- DNA wird eingeschnitten
- 3’ Ende wird verlängert mit ungeschnittenen DNA als LeadingStrang, 5’Ende wird verlagert
- verlagerte DNA =laggingStrang, via OkazakiFragmente wird DNA es.
- komplette Replikation beider (ungeschnittener und verlagerten DNA)
- verlagerte DNA zirkularisiert
Def. genetische Kompetenz
Kompetenzist die Fähigkeit vonZellen, im umgebenden Medium frei vorhandeneDNAaufzunehmen; sie ist damit Voraussetzung für dieTransformationvon Bakterien.
welche Mechanismen ist für Erzeugung von Mutationen durch BP verantwortlich? Beschreibung.
- Transduktion
(1. allgemeine: fragmentierte bakt DNA statt PhagenDNA in die neuen Phagen eingebaut
2. spezielle: beim herauslösen der PhDNA aus bakt. Genom arbeiten Ausschneidewerkzeuge nicht exakt -> Randgebiete der benachbarten Gene des Wirts werden mittransduziert)
-nicht homologe Rekombination:
(Phage erkennt Wirt anhand seiner Spezi. glykoproteinschicht, injektion des genoms. zufällige Mutation als folge diese transposition -> phage= mutator)
Def. transposition.
Bezeichnet das “springen” eines Gens (Transposon), welches mittels der Transposase an eine andere Stelle der DNA kopiert oder herausgeschnitten und inseriert wird
replikativ: Kopieren des Transposons über RNA-Intermediat und Vermehrung des Transposons
konservativ: Herausschneiden des Transposons und Einfügen in eine andere Stelle
Unterschied zw a allgemeiner und b spezieller Transduktion.
a allgemeine: beliebige bakterielle DNA statt PhagenDNA in die neuen Phagen eingebaut, eher selten
b spezielle: beim herauslösen der PhDNA aus bakt. Genom arbeiten Ausschneidewerkzeuge nicht exakt -> Randgebiete der benachbarten Gene des Wirts werden mittransduziert)
Warum nach Infektion von E. coli-zellen mit Mu einmal Inkubation bei 42°C und einmal bei 30°C? Welche Auswirkung der jeweiligen Temperatur?
MuVermehrung wird durch einen temperaturabhängigen repessor kontrolliert.
bei 42°C: Repressor inaktiv -> Phagenvermehrung induziert, führt zur Lysis der wirtszellen
bei 30°C: Repressor aktiv, Phagen-DNA wird in Wirtsgenom eingebaut, Vermehrung des wirts mit PhagenDNA im Genom (temperente phage)
3 natürliche Mechanismen des Gentransfers
Konjugantion:
DNAÜbertragung durch Zellkontakt über pilus ( undidirektionale übertragung von Donor F+ auf Rezeptor F-), durch relaxase iniziiert,
Rolling Circle übertragung
Transduktion:
über Phagen (allgemein und speziell) /
transformation:
nicht virale Übertragung freier DNA in kompetente bakterienzeĺlen.
IMViC-reihe: wofür stehen Kürzel?
Indolbildung auf Tryptophan (Kovacsreagenz)
MethylrotPrope (mit Methylrot)
Voges-Proskauer-Reaktion
i ist ein füllsel zur besserem aussprache
Verwertung von Citart (Catechol)
-> zur Differenzierung innerhalb von enterobakterien
welcher DNA Abschnitt muss auf einem mobilisierbaren plasmid zwingend enthalten sein damit konjugative Übertragung möglich ist?
Tra Region: Gene für den konjugativen Transfer
Ori T: Origin of transfer
a direkte und b indirekte methode zur Bestimmung von lebendzellzahl und gesamtzellzahl?
a mikroskopisches zählverfahren: mithilfe der petroff-hausser-zählkammer über verdünnungsreihe
b spektroskopisches verfahren: Messung Der optischen Dichte.
methylrotTest
ph-Test auf saure gärungsprodukte (Formiat, Acetat, lacht, succinat), ph-Indikator: bei ph 4,4 rot/ 6,2< gelb-orange
wie isoliert man die auxotrophen Mutanten?
auxotroph: können bestimmte Nährstoffe nicht selbst synthetisieren / Isolation dieser durch: Ausstreichen auf 2 Platten (GN:Minimalmedium und LB)-> auf LB wachsen alle und GN keine auxotrophen Mutanten
- > Die Differenz ist die Anzahl der auxotrophen
Wirkung von lysozym, SDS, NaCl und Ethanol bei der Isolierung von DNA
lysozym: Abbau der Zellwand, Wassereintritt, Platzen der Zelle
SDS: Solubilisierung der Phospholipide und Proteine der Zytoplasmamembran: Vollständige Lyse der Zelle
NaCl: Abtrennung von Proteinen und lipiden (NaOH denaturiert Proteine)
Ethanol: Fällung der DNA
