pop genetika Flashcards
Primatai? kokis savybės jų?
aukštesniųjų žinduolių būrys, kuriam priklauso žmogus, beždžionės ir pusbeždžionės.
Savybės: penkių pirštų sandara, Trumpas smakras, Didesnės smegenys bei kūno masė lyginant su kitais žinduoliais, silto kraujo, plaukuoti, pieno liaukos, eisena lanksti.
Primtakų klasifikacija
Karalystė – Gyvūnai, Tipas – Chordiniai, klasė – Žinduoliai, Infraklasė – Euterija, Eilė – Primatai, Superšeima – Hominoidai, Šeima – Hominidai, Triba – Homininai, Gentis – homo, Rūšis – Sapiens
Kokia yra seniausia homininų fosilija?
Sahalantrophus thadesnsisi
Kas yra siuloma kaip archajiska homo rusis?
Homo habilis
Kuris pirmas homo randamas už Afrikos ribų?
HOMO ERECTUS
Kada atsirado homo gentis?
Homo gentis atsirado prieš 1,9-2,5 mln m priklausomai nuo to ar habilis yra priskiriamas Homo genčiai ar Australopithecus
Kokios rūšys iškeliavo iš Afrikos?
Keletas Homo rūšių H erectus, H Heidelbergensis ir H sapiens, iškeliavo iš Afrikos skirtingu laiku
ŠIUOLAIKINO ŽMOGAUS KILMĖS HIPOTEZĖS
o Daugiaregioninis modelis teigia, kad perėjimas iš H erectus į H sapiens vyko Senojo Pasaulio skirtingose srityse, šiuolaikinis žmogus formavosi skirtingu laiku skirtingose vietose.
o Išėjimo iš Afrikos modelis tegia, kad tranzicija vyko Afrikoje, H Sapiens prieš 100 tūkst m pakeitė homininus egzitavusius kituose žemynuose.
Kas yra introgresija?
kitos rūšies įsigijimas tarprūšinės hibridizacijos metu
Kokios yra modelinių organizmų grupės ir kokios jų savybės?
Genetiniai: Trumpas kartų laikas; Daug palikuonių; Galima stebėti keletą organizmo kartų. Pavyzdžiai: Kepimo mielės ; Vaisinė muselė; Nematodo kirminas.
Eksperimentiniai: Ilgas kartų laikas, Tvirti embrionai, kuriuos lengva manipuliuoti ir atlikti tyrimus, Vystymosi biologija. Pavyzdžiai: Viščiukas; Afrikos naguotoji varlė
Genominiai: Užima svarbią poziciją evoliucijos medyje, Genomo kokybė daro juos idealius tyrimams. Pavyzdžiai: Keturdantė pūsliažuvė (angl. Puffer fish).
Kokios yra modelinių irganizmų rūšys?
Vienaląsčiai (bakterijos, archejos, pirmuonys, dumbliai, sintetniai, mieles);
Bestuburiai modeliniai organizmai (apvalioji nesegmentuota kirmelė, maistinės muselės),
Stuburiniai (paukščiai, šuvys, varlės,viščiukas, afrikos naguotoji vargle, pelė)
Žinduoliai (žmogbedžionės, katės, šunys, karvės, kiaulės avys, žmonės)
Kas yra lyginamoji genomika ir kam ji reikalinga?
Lyginamoji genomika – Skirtingų rūšių genomų palyginimas ir analizė
Rūšių evoliucinė analizė, filogenetinė analizė
Nustatyti genų funkciją ir išaiškinti nekoduojančias genomo sritis
Konsensuso sekų identifikavimas
Naujų baltymų sekų klasifikacija, funkcijos nustatymas
Kas domina lyginant genomus?
o Sekų panašumas
o Genų vieta
o Genų koduojančių sričių dydis ir skaičius
o Nekoduojančių sričių dydis
o Ypač konservatyvios sritys lyginamuose genomuose
Kokie yra suligiavimo būdai ir kuo jie siriasi?
Lokalus - sugretinimo metu randamas vienas ar keli labiausiai panašūs sekos regionai nuo kurių į abi puses konstruojamas palyginys. Smith-Waterman algoritmas – sugretinomos sritys seku, nera lyginamos is ilgai. Labiausiai konservatyviu sriciu nustatymui pasitarnauja.
Globalus palyginimas - Needleman-Wunsch algoritmas – lyginamas islgai visa seka.
Ka yra įverčių modelis?
o Jei dvi lyginamos sekos yra skirtingo ilgio būtina įterpti plyšius (angl gaps)
o Pvz.: norim sulygiuoti dvi sekas ACGGA ir ACCAGA
o Abiejų sekų kilmė ACAGA, tačiau mes to nežinome
o Galimi du sulygiavimo būdai – kuris geriausias – skaiciuojam iverti, kuris parodo kuris geresnis. Renkames kurio ivertis didesnis.
Kokios programos naudojamos lokaliam palyginimui?
o LALIGN: Lėta programa; Scores remiasi taškų masyvais. Duoda 10 geriausių palyginimų. Labai gera programam baltymų sekoms. Programoje paieškoje įkeliame seką analizei arba swissprot kodą.
o Blast2seq - Greita programa ir labai tinkama ilgoms DNR sekoms.
Kur yra naudojamas daugybinis seku paluginimas?
Identifikuoti sekos pozicijas, kur specifinės aminorūgštys įtakoja baltymo
struktūrinius ypatumus arba funkciją.
Nustatyti baltymų šeimų specifines žymes.
Klasifikuoti nukleorūgščių, AR sekas ir nubraižyti filogenetinį medį.
Daugybinio palyginimo programos?
PIR, BLAST, MSA, CLUSTAL, T-Coffee, MUSCLE, KALIGN
Kas yra filogenetika?
yra mokslas klasifikuojantis organizmus, genus, individus remiantis jų evoliucine istorija ir panašumais
Kas yra filogenezė?
Ryšys tarp organizmų turinčių bendrą protėvį
o Galima tirti evoliucinę istoriją panaudojant?
Stebimus bruožus: morfologija, elgesys, geografinis pasiskirstymas
Molekulinius duomenis: DNR, RNR, aminorūgščių sekas
o Tikslas konstruoti filogentinius medžius, kurie reprezentuoja evoliucinę istoriją
Identifikuoti artimas organizmų šeimas
Analizė gali parodyti genus veikiamus gantinės atrankos
o Monofiletinis
taksonų grupė, kuri priklauso vienai grupei kilusiai iš vieno bendro protėvio.
o Parafiletinis
sudaro paskutinis grupės protėvis ir visi to protėvio palikuonys
o Polifiletinis
taksonai apima kelias grupes, neturi tiesioginio bendro protėvio.
o Kaip galime sukurti filogenetinį medį panaudojant sulygiuotas sekas?
o Metodai paremti atstumu
Artimiausio kaimyno jungimo metodas / UPGMA (Neighbour-Joining/UPGMA)
„Fitch-Margoliash“
Šių dveijų yra skaičiuojami atstumai ir pagal juos braizomas medis.
Parsimonijos metodas (parsimony) - generuojamos visos galimos mutacijos, kurios gali transformuoti viena seka kita, kievienu mutaciju rinkinys sudaro medi. maziausiu mutaciju rinkinys duos geriausia medi.
Didžiausio tikėtinumo metodas (maximum likelihood) - kiekviena suliguotu seku pozicijai skaiciuojama tikimybe, kad baze ar AR bus tokia pat kaip ir protevines sekos. Skaiciuojama visoms sekos pozicijoms. Pagal labiausiai tiketina protevine seka bus braizomas medis.
Kaip atlikti konservatyvių sričių paiešką ir nubraižyti filogenetinį medį?
- Surasti reikiamas sekas per Prosite ir per Uniprot jas parsisųsti FASTA formatu.
- Į Clusta įkelti FASTA formato failą ir atlikti sulygiavimą.
- Išsaugome faila phylip formatu ir abi, * - sutampa, .. - pusiau autmapa, . mazesne dalis sutampa.
- Šiuos failus analizuojam per Jalview ir surandame nusispalvine pagal indetiškumą konservatyvius regionus.
- Su phylip braižome medį iš failo phylip formatu saugoto iš Jalview.
Kaip turi būti paruošti duomenys genetinei analizei?
- reikalingi įvesties failai PED ir MAP.
- Atliekama kokybės kontrolė ir 0,23,24,25 chromosomų pašalinimas (PLINK)
- Susijusiu aleliu pašalinimas (PLINK)
- Giminingų asmenų koeficientų skaičiavimas ir pašalinimas (KING ir PLINK)
Kokie yra PED ir MAP failai?
Ped: family ID, indvidual ID, paternal ID, maternal ID, Sex, phenotype. Fialas genotipo PLINK formatu, po šių 6 butinų stulpelių seka SNP sekos infromacija. PED binarinis bed.
MAP: chromosome (1-22, X, Y), rs ar SNP identifikatoriu, genetinis atstumas (morganais), bazių poros pozicija, tekstinis failas, be antraštės, 1 eilutė rašomas 1 variantas. BIM binarinis.
Kokie yra kokybes kontrolės parametrai?
- mind 0,1 - individu kuriems truksta >10 proc genotipo
- maf 0,01 - VNP, kurių mažiausias alelio dažnis <0,01 proc,
- geno 0,01 - VNP, kuriems trūksta >10proc genotipo
- hwe 0,0001 - VNP, kuriems neatitinka H-W pusiausvyros su p reikšme <10-4.
Kaip yra tikrinami ir šalinami susiję alelei?
Lango dydis apima 50 VNP, tarp jų yra skaičiuojamas nepusiausvyros sankiba (NS) ir pašaliami 1 iš 2 VNP, tarp kurių NC>0,5. Toliau peršokama 5 VNP ir analizė kartojama iš naujo.
Kokie yra skaičiuojami giminigumo koeficientai?
Plink programa - imbrydingo koef. paskutiniame stulpelyje, kur yra -, ten surasome 0 ir paskaiciuojame viso stulpelio average. Taip pat patikriname paskutiniame stulpelyje (F) imbrydinius asmenis, kuriu F >0,08. Juos reikia pašalinti iš olimesns analizės. F tai tikimybė, kad alelis populiacijoje bus fikssuotas homozigotinėje būsenoje.
Giminingumo koeficientas - KINSHIP - KING programa. Excelis taip pat kur -, ten o ir average. Tikriname giminingus asmenis. Šaliname tuos, kurių >0,0844. Tiektini kaireje, nustatyti desineje. KING reikia binariniu failu.
Kaip atliekama populiacijos genetines sturkturos aalzie?
Apdirbami failai naalizei ir analizuojama pasiteklus pagrindiniu komponenciu metoda. Failai reikalingi: ped med, fam (individu ivesties failai). Rementis evec failo duom paskaiciuojam PK įverciai pagal formule:
Varience(proc) lygu PKi/SUM visu PK ir * 100
Gaunamas grafikas: matome išskirtis ir matome kurie duomeys pasiskisrste homogeniskai. Kur isskirtys reikia paslinti.
Kas yra populiacija?
vienos rūšies individų grupė, gyvenanti tam tikroje teritorijoje ir galinti kryžmintis tarpusavyje
Kas yra populiacijų genetika?
genetikos mokslo sritis, tirianti alelių dažnius bendrame genų fonde ir jų kitimą populiacijoje per kartas. tiria evoliucinius populiacijų organizmų pokyčius ir kuria evoliucinės teorijos matematinius modelius
Kas sudaro bendra genų fonda?
Bendrą genų fondą sudaro kiekvieno populiacijos individo geno aleliai, kurių genetinę įvairovę naudojame populiacijos istorijai tirti.
Kas sudaro bendra genų fonda?
Bendrą genų fondą sudaro kiekvieno populiacijos individo geno aleliai, kurių genetinę įvairovę naudojame populiacijos istorijai tirti.
Makro evoliucija tiria?
Daugelio kartų genų dažnio pokyčiai. Ilgas laiko tarpas (Nuo tūkstančių iki milijonų metų). Evoliuciniai rūšies pokyčiai. Tiesiogiai ne stebimi. Įrodymai paremti fosilijomis. Pvz. Ropliai → paukščiai
Mikro evoliucija tiria?
Keletos kartų genų dažnio pokyčiai tam tikros populiacijos ar populiacijos organizmuose.
Trumapas laiko tarpas (keleto kartu reikia, karta zmogui uztrunka reprodukciniam amziui daugiau maziau nuo 25 iki 30m.).
Nedideli evoliuciniai pokyčiai.
Stebimi.
Eksperimentiškai įrodoma.
Pvz. Bakterijų atsparumas antibiotikams.
Kas yra mutacija?
paveldimas genetinės informacijos pokytis, atsitiktinis, pagrindinis genetinės įvairovės šaltinis. Keicia musu danr iveda nukleotido lygmenyje pokycius.
Kokie yra pagrindiniai evoliucijos veiksniai
Mutacija, ir kiti trys kurie veikia mutaciju dazni: genu dreifas, gamtine aranka ir migracija.
Kas yra genu dreifas?.
atsitiktiniai alelių dažnių pokyčiai kartose. Tiesiogiai neitakoja genetines ivairoves. Vyksta atsitiktinai, gali itakoti atsitiktiniai dalykai, gali del ivykusios katastrofom.
• Genų dreifas - Atsitiktinis genų alelių dažnių kitimas iš vienos kartos į kitą. Genų dreifas yra neišvengiama gyvenimo dalis. Mažoms populiacijoms būdinga. Daugeliui tiksliuju mokslu mokslinikams yra sunku priimti fakta kad gamtiniai procesai gali būti atsitiktiniai. Atsitiktinis.
Ka yra gamtine atranka?
o Gamtinė atranka – vienas pagr evol veiksnių, leidžia organizmams geriau prisitaikyti prie aplinkos. Veikia tik fenotipus. Atrenka naudongas ir ne mutacijas, naudongos paliekamos, zalingu nepaliko. • Pagal Čarlzą Darviną gamtinė atranka yra individų, turinčių skirtingus genotipus, nevienodas gebėjimas susilaukti palikuonių sekančiose kartose.
Kas yra migracija?
gali tiesigoiai keisti musu genomus, nes mikruojantys zmones dauginasi su vietiniai indivisai sukuria naas alelinias kombinacija ir genomas keiciasi. o Individų judėjimas tarp subpopuliacijų, naikina vidinį populiacijų susiskaidymą ir daro jas labiau homogeniškas.
Kas yra haplotipas?
o Haplotipas - vienos chromosomos alelių rinkinys, paveldimas kaip nedalomas vienetas.
o Tokie aleliai dažniausiai yra nepusiausvyroje sankiboje.
Kaip apskaičiuojami genotipų dažniai f?
Duotą dažnį pvz AA lygu 54 dalime is visu skaiciaus 54/150
Visų suma turi būti 1
Kiek turi A aleli
2*AA+Aa
Arba galima remtis genotipu daznio skaiciavimais:
Genotipu daznis skaiciuojamas f=AA/viso=pvz 0.36; f=Aa/viso=0.48
Aleliu da=niu skaiciaavimas - p=fAA+fAa/2; q=Faa+FAa/2.
Hardžio ir Vainbergo dėsnis ?
tikėtinų genotipų dažnių sekančioje kartoje matematinė išraiška. Leidzia apskaicuoti kok bus daznis genotipu sekanciojo kartoje
Kaip apskaičiuoti tikėtinus genotipus dažnius?
p2,q2.2pq
Kada taikomas χ 2 testas?
Norint nustatyti, ar apskaičiuoti ar esami genotipu dažniai statistiškai reikšmingai skiriasi tiketinu esanciu Hardžio ir Vainbergo pusiausvyroje, taikomas χ 2 testas. Galime atlikti esamų ir tikėtinų genotipų palyginimą. • Procentai chi kvadrato pasiskirstymo lentele – tikrina ar gentipo dazniai atitinka hv apskaiciuota
Kokios yra prielaidos idealiai populiacijai?
Lytiškai besidauginanti populiacija;
Nepersidengiančios kartos (vienos kartos individai nesidaugina su kitos kartos individais);
Atsitiktinis poros pasirinkimas (panmiksinė populiacija); partneris nesirenkamas atsižvelgiant į genotipą ar fenotipą (sutrikdyti gali asortatyvios ir giminių santuokos).
Nevyksta mutacijos; (sekančioje kartoje pvz. A alelis nemutuos į a ar atvirščiai).
Nėra genų dreifo, nes populiacija neriboto dydžio;
Nevyksta gamtinė atranka; Gamtinė atranka – individų išgyvenamumas, dauginimosi galimybės nepriklauso nuo turimo genotipo.
Nevyksta migracija. Migracija – populiacija uždara, iš kitos populiacijos nėra imigrant, nėra genų tėkmės
kas yra nepusiausvyra sankiba?
Neatsitiktine aleliu asociacija
Kaip apskaisiuojamas proteviu skaicius?
2 pakelta n, n yra kartu s.
Kas yra INBRYDINGAS?
Giminingų asmenų, turinčių bendrą protėvį, poravimasis. Inbrydingas keičia genotipų dažnius nuo tikėtinų pagal H-V pusiausvyrą. Inbrydingas tiesiogiai keicia genotipus: didėja homozigotų dažnis ir heterozigotų mažėja. Tiesiogiai nekeicia aleliu daznio.
Kas yra inbrydingo koeficientas?
tikimybė, kad inbrydinio individo tam tikros genetinės srities abu aleliai yra identiški dėl bendro protėvio.
Kas yra homozigoiskumas ir kokios to priezastys?
o Homozigotiškumas (AA, aa) – abu aleliai identiški.
o To priežastys:
o Identiškumas pagal kilmę - IBD - bendras protevis, abu jie paveldejo butent ta pirma aleli.
o Identiškumas pagal būseną - IBS - sunku stskirti analizuojant, vienas alelis is vieno kitas is kito tevo ateina, atrodo irgi homozigotiniai bet neateina is vieno protevio
Kokia yra Inbrydingo svarba?
o Evoliucijoje, įtakoja gamtinę atranką.
o Didina homozigotiškumą.
o Recesyvinės ligos.
o Žmonių populiacijose F nuo 0 iki 0,05
o Populiacijos su didesniu inbrydingu turės daugiau homozigotų, kuriuos veiks gamtinė atranka.
o Mažiausiai giminingų santuokų: Šiaurės Amerikoje, Australijoje; Europoje.
tikimybe, kad du, vieno individo homologiniai aleliai yra identiski pagal kilme.
Kas yra Giminystės koeficientas?
Kinship, o Tarp atsitiktiniu asmenu ziurim ju genetini panasuma populiacijoje.
o Skaičiuoja dviejų individų genetinį panašumą.
o Skaiciuojame tikimybė, kad atsitiktiniai, dviejų individų, homologiniai aleliai yra identiški pagal kilmę.
tikimybe, kad du atsitiktiniai homologiniai aleliai skirtingu individu yra identiski pagal kilme.
Kokie gali buti genu dreifo ivykiai?
Butelio kaklelio efektas - o Populiacijos dydžio sumažėjimas ir genetinės įvairovės praradimas. Gali pasireiksti del katastrofos – cunamio, vulkano, karo, maro. achromatopsiją (visiškas spalvinis aklumas)
Ikurejo/pradininko efektas - o Individų grupė atsiskiria nuo didesnės populiacijos ir įkuria naują koloniją. Pasekmės: Tikėtina, kad naujai įkurtos populiacijos genetinis kintamumas bus mažesnis. Naujai įkurtos populiacijos alelių dažniai gali išsiskirti lyginant su pirmine populiacija.
Kas yra efekyvus populiacijos dydis?
Būdas evoliuciniams pokyčiams, atsiradusiems dėl atsitiktinio alelių dažnio kitimo populiacijoje (genų dreifo), nustatyti. Besidauginančių individų skaičius Wright’o-Fisher’io idealioje populiacijoje, kurioje genų dreifas bus tokio paties dydžio, kaip būtų vertinamas tikroje populiacijoje.
Kokia yra efektyvaus populiacijos dydzio svarba?
Svarbus molekulinės evoliucijos, augalų ir gyvūnų veisimo ir aplinkosaugos biologijos veiksnys.
Sąveikaujant su kitais evoliucijos veiksniais, mutacijomis, gamtine atranka, migracija ir rekombinacija nulemia genetinės įvairovės pasiskirstymą ir kiekį populiacijoje.
Genetinių variantų paieška, kurie galimai yra susiję su liga, ypatingai mažose populiacijose.
Populiacijos demografiniai procesai (butelio kaklelio efektas, migracija, augimo dažnis).
Ne gali padėti prognozuoti neutralios genetinės įvairovės praradimą ir pasiskirstymą, naudingų ir žalingų alelių fiksacijos tikimybę bei mažos populiacijos tinkamumą ir išgyvenamumą .
Rūšys, turinčios mažą Ne, pvz., žmonės, rodo sumažėjusią įvairovę ir sumažėjusį gamtinės atrankos efektyvumą, palyginti su kitomis rūšimis [35].
Kokie yra Ne?
Trumpalaikis Ne nurodo labai artimą, iki 200 kartų nuo dabarties, bendrą žmonių skaičiaus eksponentinį didėjimą populiacijoje, ilgalaikis Ne nurodo praeities, nuo 200 iki 6 000 kartų, efektyvųjį populiacijos dydį. Ilgalaikis Ne yra mažesnis už trumpalaikį Ne.
Kas yra Populiacijų divergencijos laikas?
o Genetinis divergencija yra procesas, kurio metu dvi ar daugiau populiacijų kaupia atskirai genetinius pokyčius (mutacijas), dažnai po to, kai jau tam tikrą laiką populiacijos buvo atsiskyrusios ir izoliuotos.
o Duota: filogenetinis medis, šakų ilgis, vieno ar kelių mazgų atsiskyrimo laikas.
o Taip, jei pokyčių dažnis yra pastovus tarp visų šakų.
o Divergavusios dvi naujos rūšys, formuoja atskiras evoliucines linijas, nebesidalina bendrais genetiniais pokyčiais.
o Pvz. mutacijos įvyksta ir yra fiksuojamos vienoje rūšyje bet ne kitoje.
o Laikui bėgant šios mutacijos kaupiasi bei atsiskyrusios rūšys genetiškai tampa skirtingos.
o Analizuojant DNR ar baltymų skirtumus mes galime nustatyti bendrą mutacijų dažnį abiem rūšim po divergencijos.
o Kuo daugiau laiko bus praėję po divergencijos tuo bus didesnis įvykusių mutacijų skaičius. Taigi mutacijų dažnį galima laikyti evoliucinės divergencijos laiko matu ir reminatis informacija apie nukleotidų skirtumus DNR sekose rekonstruoti evoliucinius rūšių santykius.
Kas yra Molekulinis laikrodis – hipotezė?
o Mutacijų dažnį galima laikyti evoliucinės divergencijos laiko matu ir remiantis informacija apie nukleotidų skirtumus DNR sekose rekonstruoti evoliucinius rūšių santykius. o Jei žinome atstumą ir dažnį galime paskaičiuoti laiką.
Kokie yra darvino evoliucijos teorijos pagrindiniai principai?
o Organizmai varijuoja
o Įvairovė paveldima, visos rūšys turi bendrą protėvį
o Įvairovę veikia gamtinė atranka
Kokie yra Gamtinė atranka – principai?
- Individai turintys paveldimų sąvybių, kurios didina išgyvenamumą ir reprodukciją susilauks daugiau palikuonių.
- Gamtinė atranka išsaugo populiacijai naudingus paveldimus pakitimus.
Ka sako neutralista?
aiškina, kad aptinkamas normalių žmogaus požymių polimorfizmas yra neutralus. o Neutralistai skiraisi tuo kad aiskina kad aptinakmas normaliu zmoniu pozymiu polimorfizmas yra neutralus, neturi apciuopiamo pozymio, o selekcionistai teigia, kad pop polimorfizmai alaiko gamtine atranka. Neutralumo teorija – mutacijas,kurios nulemtos genetinio dreifo o ne gamtinės atrankos, veikia tik negatyvi atranka, kuri pašalina žalingas mutacijas, o teigiama atranka yra labai reta
Ka sako selekcionista?
teigia kad populiacijų polimorfizmą palaiko gamtinė atranka.
Kas yra priemaisos analize?
- PRIEMAIŠOS ANALIZĖ - Priemaiša- Genų tėkmė tarp populiacijų, kurios atsiskyrė ar tik dalinai prieš tam tikrą laiką.
- Priemaiša reiškia, kad nauja hibridinė pouliacija susiformuoja susimaišius dviem protėvinėm populiacijom, kurios buvo izoliuotos (nevyko genų mainai).
Koks metodas gamtines atrankos nustatymo yra paremtas haplotipu dazniu bei ivairove?
Skirtumai tarp haplotipo dažnio ir
įvairovės gali suteikti informacijos apie
gamtinę atranką, kuri prasidėjo prieš <30
tūkstančių metų
• Išplėstiniai haplotipų homozigotiškumo
EHH) testai
• XP-EHH
Koks metodas gamtines atrankos remiasi aleliu dazniu?
Tajima’s D statistika
• Remiasi genetinės įvairovės sumažėjimu ir nustato senas gamtinės atrankos sritis, veikiamas apie 250 tūkstančių
metų.
• Lygina du įverčius: segreguojančių sričių skaičių (S) ir vidutinį skirtumą tarp nukleotidų (π).
• Vykstant neutraliai evoliucijai, aleliai yra pusiausvyroje ir Tajima’s D lygi nuliui.
• Kitu atveju Tajima’s D įverčių intervalas yra [–2; 2].
• Reikšmingai teigiami įverčiai indikuoja populiacijos dydžio sumažėjimą ir (arba) balansuojančią atranką.
• Neigiami Tajima’s D įverčiai parodo veikiančią teigiamą gamtinę atranką populiacijoje arba jos ekspansiją.
• Alelių dažnių spektru paremtiems metodams tinkamiausi yra DNR sekoskaitos duomenys, tačiau plataus masto
VNP genotipavimo duomenys taip pat tinkami analizuoti.
Koks gamtines atrankos metodas remiasi populiacijos diferenciacija?
Dažniausiai naudojamas metodas diferenciacijai tarp populiacijų nustatyti yra FST statistika, kuri nustato
gamtinės atrankos veikiamas sritis nuo < 50 tūkstančių iki 75 tūkstančių metų.
• Jeigu VNP dažnis vienoje populiacijoje yra labai didelis, palyginti su kita populiacija, galima daryti
prielaidą, kad to priežastis yra gamtinė atranka.
• Populiacijos diferenciacija paremti metodai dažniausiai yra naudojami kartu su metodais, paremtais
haplotipų dažniu gamtinei atrankai nustatyti tam tikroje populiacijoje, palyginti su referentine
populiacija.
Kur pritaikoma priemaišų analizė?
Populiacijos struktūros nustatymas
• Subpopuliacijų nustatymas
• Individų priskyrimas subpopuliacijom
• Protėvinių populiacijų skaičiaus nustatymas
susimaišiusiose populiacijose
• Susimaišiusio individo protėvinės populiacijos
nustatymas
• Individo atskirų chromosomų segmentų genetinių
protėvių identifikavimas
