Pitanja za usmeni Flashcards
Translacija - prijenos peptida iz P u A mjesto (nacrtat, objasnit rekaciju nastajanja peptidne veze).
Translacija se sastoji do inicijacije, elondacije i terminacije. Inicijacija kod prokariota počinje vezanjem IF-1, 2 i 3. IF1 i 3 se prvi vezuju. IF1 spriječava vezanje inicijatorske tRNA u A mjesto, a IF3 spriječava prerano vezanje 50S podjedinice na 30S podjedinicu te povečava afinitet P mjesta za tRNAf. Zatim dolazi IF2 koja donosi inicijatorsku aminoaciliranu tRNA u P mjesto. Peptid se iz P mjesta prebacuje u A mjesto na način da aminokiselina sa novopridošle aminoacilirane tRNA napadne estersku vezu kojom je peptid vezan na tRNA u P mjestu te dolazi do prijenosa peptida sa P mjesta u A mjesto. peptid i dalje ostaje vezan za 50S podjedinicu u P mjesto. Nakon toga slijedi translokacija. Naime Ef-G (molekulska mimikrija sa Ef-Tu) se vezuje na 50S podjedinicu na mjesto gdje bi se inače vezao Ef-Tu i nakon hidrolize GTP-a dolazi do translokacije (mRNA se pokreće za jedan kodon).
Terminacija translacije - stop kodoni, RF-ovi, kako ide hidroliza
Terminacija translacije kod bakterija događa se pomoću RF1, 2 i 3. to su enzimi koji prepoznaju stop kodone (R1 UAA i UAG, R2 UAA i UGA i za R3 se ne zna). To su sve GTP-aze.
Kod eukariota se to događa pomoću samo jednog - eRF.
RF-ovi imaju tri očuvane ak - Gly-Gly-Glu koje se nalaze na njihovom N-kraju. Oni vežu vodu, ulaze na A mjesto i događa se hidroliza vode čime se osigurava kontrolirano cijepanje esterske veze između peptida i tRNA u P mjestu.
Supresorske tRNA
Supresorske tRNA su tRNA čiji su geni mutirani na način da one prepoznaju stop kodone kao mjesta ugradnje svoje pripadne aminokiseline. One mogu poslužiti za supresiju nonsense mutacija ali takvi mutanti nikada ne rastu jednako dobro kao WT jer supresija nikada nije potpuna.
Ugradnja neobičnih aminokiselina i kako nastaju
Neobične aminokiseline su selenocistein i pirolizin. One se još nazivaju 21. i 22. aminokiselina.
Ugradnja selenocisteina ide preko posebne tRNASec (za nju kodira SelC gen) na koju SerRS aminoacilira serin. onda protein selenofosfat sintaza (SelD) stvara selenofosfat kojega selenocistein-sintaza (SelA) koristi kako bi serin na tRNASec pretvorila u selenocistein. SelB je poseban elongacijski faktor koji donosi aminoaciliranu tRNASel na ribosom kako bi se ugradila. Dakle, selenocistein nema svoju aaRS nego koristi onu koja je namijenjena serinu. Selenocistein se ugrađuje na mjestu UGA stop kodona no nije dovoljna samo njegova prisutnost, nego nizvodvno od njega mora postojati SECIS sekundarna struktura koja označava da je uzvodno stop kodon koji je mjesto ugradnje za selenocistein.
Pirolizin je 22. ak, i poseban je po tome što za razliku od selenocisteina ima svoju aaRS i tRNAPyr. On se ugrađuje na mjesto UAG stop kodona ispred sekundarne strukture PYLIS.
Generalno, neobične ak se mogu ugraditi inn virto sintezom ortolognih tRNA aaRS i tRNA u stanici.
Click kemija.
Kako bi osmislila pokus u kojem bi ugradila neku potpuno novu neobičnu aminokiselinu?
Treba dizajnirati aminoacil-tRNA-sintetazu koja prepoznaje tu neobičnu ak i prenosi je na tRNA koja prepoznaje npr. Stop kodon koji ugradimo u ciljni gen na željeno mjesto
Razine regulacije trp operona
Trp operon se regulira pomoću trp represora i pomoću atenuacije (dakle dvije su razine).
Regulacija pomoću represora - Trp se vezuje na represor kada je u stanici prisutan u velikoj količini i tako djeluje kao korepresor jer potiče represor da se veže na svoje operatorsko mjesto i tako inhibira transkripciju (regulacija na razini transkripcije POVRATNOM SPREGOM).
Ako je triptofana puno u stanici, neometano se stvara vodeći peptid, prekriva se sekvenca 2 nakon tog peptida i nastaje atenuatorska sekvenca koja onemogućava biosintezu triptofana.
Ako je triptofana malo, ribosom zastajkuje na vodećem peptidu jer nema Trp kojeg bi moga ugradit, nastaje aktivatorska petlja 2:3 i translacija enzima za biosintezu Trp se odvija.
Važnost RNA početnice kod prokariota
Prvo, RNA početnica je potrebna jer DNA polimeraze ne mogu početi sintezu DNA de novo.
RNA početnica je važna jer osigurava veču vjernost prilikom replikacije genoma. Naime, prilikom sinteze prvih nekoliko fosfodiesterskih veza moguće je više grešaka jer nema stabilizirajućih van der Waalsovih interakcija. Korištenje RNA početnice eliminira mogućnost da se ovakve pogreške dogode jer se početnica koja je sintetiziran an apočetku uklanja i zamjenjuje na kraju kada već postoje stabilizirajuće stacking interakcije.
Pol1 izrezuje početnicu i zamjenjuje ju sa DNA ali ostavlja jednolančani urez kojeg popravlja DNA ligaza.
Početnica kod eukariota, kako se izrezuje, tko ju sintetizira, uklanja li se i zašto DNA dio početnice.
Kod eukariota, početnicu sintetizira Polα. Ona ima ulogu primaze i DNA polimeraze. Primaza prvo sintetizira RNA početnicu (oko 12 nt), a onda polimeraza još sintetizira kratki DNA odsječak (oko 20 nt). Početnica se onda istiskuje prilikom aktivnosti Polδ, izrezuje se FEN1 nukleazom, a nastali RNA fragment se dalje cijepa RNazom H.
To izrezivanje je važno jer Polα nema sposobnost ispravljanja vlastitih grešaka.
Valjda se ligazom popravlja preostali jl urez?
DNA je dio početnice jer Polδ ne može istisnuti cijeli dio koji je nastao djelovanjem Polα jer joj smetaju nukleosomi (tu je DNA čvrsto vezana).
Općenito o DNA Pol kod eukariota.
Eukarioti imaju 3 različite DNA polimeraze.
Polα, Polδ i Polε.
Polε sintetizira vodeći lanac, Polα ima ulogu DNA polimeraze i primaze, a Polδ sudjeluje daljnjoj sintezi okazakijevih fragmenaza (koji su kraći kod eukariota nego kod prokariota jer eukarioti imaju nukleosome).
Eukariotske DNA polimeraze imaju dodatnu N-terminalnu domenu, a Polε ima dodatnu P domenu za koju se ne zna čemu služi, ali se vjeruje da ima ulogu u procesivnosti.
PCNA-analog beta hvataljke kod prokariota
RFC - analog postavljača hvataljke
RPA - analog SSB proteina.
Zasto T umjesto U u DNA? Popravak toga
U DNA se nalazi T a ne U jer se u stanici često događa deaminacija C kojom nastaje U. Prilikom iduće replikacije s tim U bi se sparivao A te bi GC par prešao u AU par što definitivno nije dobro za stanicu. Kako se to ne bi događalo, stanica ima posebnu glikozilazu koja u DNA prepoznaje U kao pogrešnu bazu te se događa popravak te jedne baze.
Proces:
DNA glikozidaza prepoznaje U u DNA te cijepa glikozidnu vezu te nastaje AP mjesto.
AP endonukleaza urezuje okosnicu, a deoksiriboza fosfodiesteraza uklanja deoksiribozni fosfat.
DNA pol I ugrađuje nukleotid koji nedostaje, a ligaza spoji urez koji ostane.
Mismatch repair
Mismatch repair je mehanizam popravka krivo ugrađenih nukleotida nakon replikacije. Enzimi MutS, L i H prepoznaju krivo spareni par baza. One prepoznaju lanac kćeri jer on još kratko vrijeme nije metiliran na N6 adenina u GATC slijedovima.
A
G–T mismatch is recognized by MutS. MutH
cleaves the backbone in the vicinity of the
mismatch. A segment of the DNA strand
containing the erroneous T is removed by
exonuclease I and synthesized anew by DNA
polymerase III.
Spontana oštećenja
Spontana oštećenja nastaju hidrolitičkim reakcijama (deaminacije depurinacije tipa hidroliza N-glikozidne veze) i oksidacijama DEAMINACIJE: - C u U - A u hipoksantin (sparuje se sa C) - G u ksantin (sparuje se sa T)
Kohezin i kondenzin
Kohezin (povezuju sestrinske kromatide) i kondenzin (sudjeluje u kondenzaciji kromatina) su SMC proteini koji sudjeluju u kondenzaciji kromatina.
SMC proteini su proteini koji sudjeluju u održavanju srukture kromosoma
sadrže N i C globularne domeen koje zajedno čine ATP vezno mjesto. One se povezuju preko dvije alfa uzvojnice koje zajedno čine zavojitu zavojnicu
To su dimeri koji su međusobno povezani preko domene šarke.
Solenoidi
Solenoidna/toroidna zavojnica je zavojnica koju dlDNA poprima kada je u interakciji sa proteinima (npr histonima). Lijeva solenoidna zavojnica je negativna a desna je pozitivna. Ona omogućuje gušće pakiranje dlDNA.
Superzavijanje, znacenje
Superzavijanje je zavijanje osi dvostruke zavojnice. Služi kako bi DNA bila kompaktnija (često je DNA negativno superzavijena)
Superzavijenost utječe na odvijanje dlDNA i interakciju sa proteinima.
Sve o replikaciji kod prokariota (npr. detaljna struktura DNA pol - sve podjedinice, mehanizam vezanja beta hvataljke, crtanje replikacijskih raslji, primaza, DnaB)
Replikacija se temelji na polimerizaciji DNA enzimom DNA-polimeraza za što su potrebna sva četiri deoksiribonukleozid-5’-trifosfata i Mg. Enzim ovisi o kalupu, treba mu RNA početnica , a djeluje u 5->3 smjeru. Enzim ima strukturu palac-dlan-prsti gdje prsti i palac obuhvaćaju DNA, a dlan je aktivno mjesto. U aktivnom mjestu se nalaze dva Mg iona koji su vezani na bočne ogranke Asp. Jedan je koordiniran s 3-OH skupinom početnice i α-fosfatnom grupom nadolazećeg dNTP, a drugi sa sve tri fosfatne skupine dNTP-a. Taj prvi ion aktivira 3-OH za nukleofilni napad na α-fosfat, a drugi orijentira i elektrostatski stabilizira negativne naboje fosfatnih skupina. Aktivno mjesto tako prepoznaje parove baza prema njihovim zajedničkim osobinama i onda ak Arg i Gln aktivnog mjesta stvara vodikove veze s akceptorima vodikovih veza u malom utoru WC para.
Glavna replikaza kod prokariota je holoenzim DNA pol III. Ona se sastoji od srži , β hvataljke i postavljača hvataljke.
Srž se sastoji od αεθ, a na srž se još pomoću postavljača hvataljke postavlja i β hvataljka. Ona je homodimer (β2) koji omogućuje povećanu procesivnost. Između dvije podjedinice postoji otvor širok 35 A, dakle dovoljno je širok da akomodira A i B oblik DNA (20 A). Hvataljku na mjesto gdje treba započeti sinteza DNA postavlja postavljač hvataljke (τ2γδδ’) uz hidrolizu ATP-a na sljedeći način: γ-kompleks veže ATP što uzrokuje konformacijsku promjenu takvu da se δ veže na β-hvataljku
te razmiče podjedinice. Novonastali kompleks se veže na spoj kalupa i početnice. Vezanje DNA stimulira
ATP-aznu aktivnost što dovodi do zatvaranja držača oko DNA i disocijacije γ-kompleksa. I na kraju,
srž Pol III se veže na β-hvataljku koja se nalazi na spoju kalupa i 3’-kraja početnice, te započinje sintezu DNA.
helikaza, koja nije dio polIII, kodira gen dnaB te je ona sa pol III samo u kompleksu.
γ i τ : ATP-azna aktivnost
δ: razmiče β-podjedinice tako da DNA može proći kroz pukotinu u središnji otvor
δ’: rigidno tijelo kompleksa, “stator”
Dio τ koji je identičan s γ sudjeluje u procesu nanošenja β-držača na DNA, a C-terminus τ (koji
ne postoji u γ) se sastoji od 2 domene; jedna veže srž Pol III, a druga domena veže helikazu DnaB
DnaB je helikaza (homoheksamer), ona je u kompleksu sa PolIII, ali nije dio kompleksa. Koristi energiju hidrolize ATP-a kako bi razdvojila lance DNA.
Obje srži istovremeno sudjeluju u replikaciji - jedna srž sudjeluje u sintezi tromog lanca, a druga u sintezi vodećeg lanca.
Znači kod prokariota to sve radi DNA pol III, a kod eukariota imamo tri polimeraze - epsilon, alfa i delta.
Transkripcija kod prokariota
Transkripcija je proces prepisivanja genetičke informacije zapisane u slijedu nt u DNA u informaciju u obliku slijeda nt u mRNA.
Kod prokariota transkripciju provodi RNA polimeraza. Ona je holoenzim građen je od 5 podjedinica: α (x2, vežu regulacijske sljedove), β (stvara fosfodiesterske veze), β’ (veže DNA-kalup), ω (šaperon za β’), σ (prepoznaje promotor te disocira nakon sinteze otprilike 10 nt).
Transkripcija započinje na promotoru – slijedu DNA koji usmjerava RNA polimerazu prema odgovarajućem mjestu započinjanja transkripcije. Prokariotski promotori sastoje se od dva konsenzusna slijeda: -10 i -35. Optimalan razmak između njih iznosi 17 nt. Mutacija u bilo kojem od ovih slijedova rezultira slabijim prepoznavanjem promotra by RNA pol (tj σ podjedinica koja prepoznaje promotor tako da stvara specifične interakcije sa nukleotidnim bazama u promotorskom području na -10 i -35 pozicijama u kodirajućem lancu).
Način inicijacije transkripcije je da se holoenzim veže na DNA i klizi duž dvostruke zavojnice dok ne dođe do promotora čime nastaje zatvoreni kompleks.
Nakon disocijacije σ podjedinice započinje procesivna elongacija. Nastaje transkripcijski mjehur (RNA pol, DNA i novosintetizirna RNA)
Osnovne karakteristike transkripcije.
Potrebna 4 aktivirana prekursora: ribonukleozid-5’-trifosfati ATP, GTP, UTP, CTP i Mg.
Enzim produžuje lanac RNA u smjeru 5’ → 3’ (dodaje nukleotide na 3’-kraj polinukleotidnog lanca)
Enzim je ovisan o kalupu, sintetizira RNA prema DNA-kalupu
Procesivnost: enzim disocira s kalupa tek kad transkribira cijeli gen
Enzim ne treba početnicu
Točnost: 1 greška na 104 - 105 nu
Manja vjernost nego kod replikacije – greške se ne prenose na potomstvo, 1 gen daje više RNA
Nekoliko krivih transkripata vjerojatno nije štetno.
Kada i zašto zastajkuje RNA pol kod pro/eukariota?
Kod eukariota dolazi do zastajkivanja RNA-polimeraze prilikom rane elongacije. Dolazi do pauziranja blizu promotora, a prije prvog nukleosoma. Posljedica je to određenih slijedova blizu promotora, vezanja proteina koji uzrokuju pauziranje ili nukleosomskih barijera. Pauza se prevlada djelovanjem pTEFb koji dodatno fosforilira CDT ili djelovanjem nekih dodatnih faktora koji reguliraju expresiju gena, a može doći i do prijevremene terminacije. Ugl, radi se o načinu regulacije genske represije.
Dakle, RNA pol eukariota može zastajkivati zbog nekakvog slijeda na DNA, zbog krivo ugrađenog nukleotida, zbog interakcije sa proteinima, oštećenog DNA kalupa, interakcije sa nukleosomima…
Pauziranje može dovesti do backtrackinga i hidrolitičkog cijepanja novonastale RNA (dvije baze), često pomoću TFIIS.
Kod prokariota dolazi do zastajkivanja prilikom Rho-neovisne terminacije. Stop signal je palindromska regija bogata GC pb iza koje dolazi regija bogata AT pb. Dolazi do stvaranja strukture ukosnice u RNA koja izaziva pauziranje RNA-polimeraze , a manje stabilni AU izazivaju disocijaciju lanca RNA sa DNA kalupa i enzima.
Promotori (prokarioti, rRNA)
Na promotorima započinje transkripcija. Kod prokariota promotorski slijedovi sadrže konsenzus sekvence -35 (TTGACA) i -10 (TATAAT). Između njih je optimalna udaljenost 17 nt.
Mutacije u konsenzus sekvencama uzrokuju slabije prepoznavanje promotora od strane sigma podjedinica i samim time slabiju bazalnu razinu transkripcije.
Superzavijanje DNA, topoizomeraze - mehanizam i funkcija, važnost DNA-giraze
Superzavijanje DNA podrazumijeva zavijanje dvostruke zavojnice oko same sebe.
Topoizomeraze su enzimi koji mijenjaju vezni broj molekule DNA te kataliziraju prijelaz jednog topoizomera u drugi u tri koraka: cijepanje jednog (topoI) ili oba (topoII) lanca DNA, provlačenje segmenta kroz urez, popravak ureza.
Mehanizam topoizomeraze 1, koja mijenja L za +1 (povećava se ispreplatenost lanca za 1; smanjuje se negativna superzavijenost): enzim cijepa jedan lanac DNA i drugi provlači kroz njega. Tu je važan tirozin u aktivnom mjestu koji nukleofilno napada fosfodiestersku vezu na mjestu gdje se lanac cijepa te stvara kovalentnu vezu sa enzimom i jednim DNA lancom. Ne dolazi do hidrolize ATP-a
Mehanizam topoizomeraze 2, koja mijenja L za -2 : enzim cijepa oba DNA lanca te kroz taj dvolančani lom provlači drugu dlDNA. Potrebna je hidroliza 2 ATP-a.
1: giraza na sebe omata DNA
2: veže se ATP što dovodi do
konformacijske promjene i omogućuje
cijepanje oba lanca DNA; svaki kraj
ostaje kovalentno vezan za A podjedinice
i ne može se slobodno rotirati
3: segment dl DNA prolazi kroz lom
4: ligacija prerezanih krajeva
5: hidroliza ATP-a i disocijacija giraze
Građa eukariotskih polimeraza.
Eukariotske DNA polimeraze su Polα, Polε i Polδ.
Polε sudjeluje u sintezi vodećeg lanca, Polα je primaza i DNA polimeraza koja sintetizira RNA:DNA početnicu Okazakijevih fragmenata, a Polδ sudjeluje u sintezi ostatka Okazakijeva fragmenta.
Inače, eukariotske DNA polimeraze sastoje se od prstiju, palca i dlana isto kao i prokariotske, ali imaju i dodatnu P domenu za koju se vjeruje da ima ulogu u procesivnosti (točnije, ona se nalazi na Polε) i N-terminalnu domenu.
Osim toga, eukariotske DNA polimeraze imaju i helikazu (Mcm 2-7) koja je vezana na kalupu VODEĆEG lanca i kreće se u smjeru 3’–>5’.
PCNA je analog beta hvataljke (samo što je PCNA trimer, a ne dimer kao prokariotska beta hvataljka), a RFC (replication factor C) je analog postavljača beta hvataljke. On odmiče Polα i postavlja PCNA na DNA blizu kraja početnice nakon čega se veže Polδ.
Također, postoje proteini RPA (replication protein A) koji su analog bakterijskom SSB proteinu.
Što se tiče aktivnog mjesta, također se sastoji od dva Mg iona i dva aspartata. Jedan Mg je koordiniran sa dva Asp, 3’-OH početnice (čineći ga boljim nukleofilom) i alfa fosfatom nadolazećeg NTP-a, dok je drugi Mg ion koordiniran dvama aspartatima te sa sva tri iona fosfora na nadolazećem NTP-u.
Replikacija krajeva kromosoma, mehanizam telomeraze (skica), izrezivanje početnice (FEN1 endonukleaza).
Telomere su linearni krajevi kromosoma koji sadrže nekoliko stotina ponavljanja kratkih G bogatih slijedova (kod ljudi AGGGTT koji se ponavlja 1500 puta). S obzirom na to da su krajevi kromosoma kod eukariota linearni, oni se mogu prepoznati kao dvolančani limovi i početi razgrađivati. To se ne događa jer krajevi kromosoma stvaraju takozvane τ-petlje koje su stabilizirane proteinima i služe za zaštitu krajeva kromosoma od nukleaza. Također, problem se javlja prilikom replikacije jer se replikacija odvija 5’–>3’ i dolazi do izrezivanja početnice. Zbog toga bi se 5’ kraj prilikom svake replikacije smanjivao. Tu u pomoć pristižu telomeraze. One su reverzne transkriptaze koje sa sobom nose kalup duljine 150 nt koji koriste za produljenje G-bogatog lanca te nose informaciju za nastanak telomernog slijeda.
Što se tiče izrezivanja početnice, ona se izrezuje na način da Polδ izgura dio RNA:DNA hibridne početnice, fođe FEN1 nukleaza i izreže je, a nastali fragment RNaza H razgradi.
Transkripcija kod prokariota - građa RNA-polimeraze prokariota, promotorski slijedovi i način prepoznavanja od strane sigma podjedinice, inicijacija i stvaranje otvorenog kompleksa, abortivna inicijacija, terminacija, backtracking
Građa RNA polimeraze:
RNA polimeraza kod prokariota građena je od 5 podjedinica: α (x2, vežu regulacijske sljedove), β (stvara fosfodiesterske veze), β’ (veže DNA-kalup), ω (šaperon za β’), σ (prepoznaje promotor te disocira nakon sinteze otprilike 10 nt). Pormotorski sljedovi sadrže dvije konsenzus sekvence: -10 (TATA box) i -35. Te konsenzus sekvence prepoznaje σ podjedinca tako da stvara specifične interakcije sa nukleotidnim bazama u promotorskom području na -10 i -35 pozicijama u kodirajućem lancu. Holoenzim se veže za DNA i klizi dok ne naiđe na konsenzus sekvence.
Inicijacija RNA polimeraze kod prokariota započinje stvaranjem zatvorenog kompleksa vezanjem RNA pol na promotorski slijed. Zatim slijedi stvaranje otvorenog kompleksa odvijanjem DNA od -12 do +5 pri čemu se DNA savija za 90 stupnjeva, a stvaranjem nekoliko fosfodiesterskih veza i disocijacijom σ podjedinice.
Sinteza kreće de novo. Terminacija može biti rho ovisna ili rho neovisna, ali može se dogoditi i terminacija umetanjem interkalatora.
Rho neovisna terminacija podrazumijeva prisustvo velikog broja GC parova baza nakon čega slijede AT parovi baza. Stvara se omča koja uzrokuje disocijaciju RNA pol. Rho ovisna terminacija podrazumijeva postojanje slijeda U na RNA bogatog C, a siromašnog G nukleotidima. Rho protein prepoznaje takav slijed i djeluje kao helikaza te uz hidrolizu ATP-a uzrokuje razdvajanje RNA-DNA hibrida (djeluje kao helikaza). Jedan interkalator koji može djelovati na inhibiciju transkripcije je rifampicin koji se veže na mjesto RNA-DNA hibrida i ometa izlazak RNA (nije djelotvoran ako je elongacija već započela) - omogućuje razdvajanje inicijacijske od elongacijske faze.
RNA pol ne sadrži egzonukleaznu domenu, nego se greška može ispraviti pauziranjem i backtrackingom.
σ podjedinica
Smanjuje afinitet RNApol za nepromotorska područja DNA te disocira nasumično s enzima nakon nekoliko stvorenih fosfodiesterskih veza.
Abortivna inicijaicja
Oslobađanje novosintetizirane RNA nakon polimerizacije 2-13 nt. Javlja se tijekom transkripcije jer jer dolazi do stiskanja DNA unutar RNA-polimeraze što dovodi do konformacijske napetosti. Posljedica je to vezanja σ jedinica uzvodno od enzima koje tako smetaju spajanju i izlasku kodirajućeg i kalupnog lanca DNA iz kompleksa. Dva su moguća rješenja problema. Jedno je da polimeraza otpušta kratke fragmente novosintetiziranih RNA čime se transkripcijski mjehur vraća na početnu veličinu, a transkripcija ponovno počinje na +1 položaju. Drugo rješenje leži u tome da ta strukturna napetost DNA u kanalu stvara dovoljno energije da novonastala RNA istisne problematičnu σ čime se RNA-pol miče s promotora, stvara se elongacijski kompleks o počinje procesivna transkripcija.
Transkripcija kod eukariota (pauziranje PolII, inicijacija transkripcije kod eukariota, uloga TAFova, CTD-a, inicijacija s PolI)
Kod eukariota postoje tri RNA polimeraze (I, II i III). RNA polimeraza I sudjeluje u sintezi 5,8S, 18S i 28S rRNA, RNA polimeraza II sudjeluje u transkripciji protein-kodirajućih gena, kao i snoRNA, miRNA i većinu snRNA, a RNA polimeraza III sudjeluje u transkripciji malih RNA (kao tRNA, 5S rRNA,…).
Promotori eukariotskih polimeraza sastoje se od inicijatorskih (PolI) ili promotorskih (UPE, DPE kod PolII) elemenata, a najvažniji dodatak je pojava enhancera - slijedovi koji pojačavaju aktivnost promotora. Neki od promotorskih konsenzus slijedova kod eukariota su TATA box (-30 do -70), CAAT i GC kutija koje su aktivne samo ako se nalaze na lancu kalupa (-40 i -150). Promotorske slijedove vežu transkripcijski faktori, a ne sama RNA polimeraza kao što je to slučaj kod prokariota. Naime, TBP (TATA box binding protein) je TF koji prvi prepoznaje TATA box i na njega se veže. On je dio TFIID. TBP-u u vezanju pomažu TAF-ovi koj prepoznaju druge DNA sekvence blizu mjesta početka transkripcije. Zatim slijedi vezanje TFIIB, TFIIF uz koji se veže i PolII, nekad se veže i TFIIA koji stabilizira sve to, pa onda TFIIE i na kraju TFIIH koji ima dvostruku ulogu (helikaza koja odvija DNA za početak transkripcije, i fosforilira CTD). CTD je C terminalna domena podjedinice Rbp1 PolII koda sadrži očuvane slijedove YSPTSPS i njena fosforilacija dirigira proces transkripcije. Ako je CTD defosforilirana, događa se proces inicijacije, a ako je fosforilirana, počinje elongacija. Ona predstavlja mjesto vezanja brojnih dodatnih faktor akoji imaju neophodne uloge u transkripciji. Nakon fosforilacije CTD sa TFIIH, fosforiliranošću CTD dirigiraju kinaze i fosforilaze.
RNA polimeraza II sastoji se od 12 podjedinica.Aktivno mjesto sadrži 8 Zn iona i Mg.
RNAzaP- struktura i funkcija, biogeneza ribosoma kod pro i eu
RNaza P je ribozim koji sadrži katalitičku RNA. Služi za doradu pre-tRNA transkripta i sastoji se od M1RNA koja ima katalitičku ulogu i malog proteina od 20 kDa. Taj mali protein nema ulogu u katalizi, nego samo stabilizira negativne naboje fosofra u M1RNA što je dokazano uklanjanjem tog proteina i činjenicom da je ribozim aktivan bez njega pri visokoj koncentraciji Mg.
