Pengawetan dan Penyimpanan Biakan Fungi Flashcards
Bagaimana cara mendasar pengawetan mikroorganisme?
Mengurangi kecepatan metabolisme atau menunda metabolisme mikroorganisme
Media yang baik untuk pertumbuhan mikroorganisme sifatnya…
Kondisinya mendekati lingkungan tempat asalnya
Media pertumbuhan untuk Penicillia dan Aspergilli yang direkomendasikan oleh Raper & Thom (1949)?
Czapek’s Agar
Steep Agar
Malt Extract Agar
Media yang direkomendasikan oleh Pitt (1980) untuk Penicillia?
Czapek Yeas Autolysate (CYA)
Malt Extract Agar (MEA)
Mengapa media pertumbuhan bisa mempengaruhi morfologi dan warna koloni?
Kandungan media mempengaruhi metabolisme mikroorganisme. Pembentukan beberapa senyawa bisa menginduksi sifat tertentu dari mikroorganisme.
Tyroglyphus dan Tarsonemus adalah?
Kontaminan biakan fungi yang sering dijumpai
Prinsip pencegahan kontaminasi?
Menjaga kebersihan, memperhatikan lab&bio safety, melakukan pekerjaan secara aseptik
Lebih spesifik:
- Melakukan pekerjaan sesuai prosedur
- Menjaga kebersihan dan kesehatan diri
- Selalu memeriksa setiap barang yang masuk ke laboratorium
- Menutup setiap biakan atau barang yang digunakan sesuai prosedur
3 metode umum pencegahan kontaminasi adalah?
- Hygiene
- Fumigation
- Mechanical and chemical barriers
Temperatur lemari pendingin untuk menyimpan biakan?
4-8℃
Temperatur metode deep freeze untuk penyimpanan biakan?
<20℃
Penyimpanan mikroorganisme untuk jangka pendek dapat dilakukan dengan…
Sub-kultur dan media sederhana
Mengapa penyimpanan mikroorganisme jangka panjang memerlukan penanganan khusus?
Susah, Keaslian tidak bisa terjamin, bisa saja terjadi mutasi spontan.
Hal yang harus diperhatikan dalam penyimpanan mikroorganisme adalah
Tujuan pengawetan
Jenis media, wadah penyimpanan, kondisi penyimpanan
4 metode pengawetan dan penyimpanan
Continuous culture
Pengeringan
Freeze drying
Cryopreservation
Salah satu rujukan untuk validasi identitas mikroorganisme?
ATCC (American Type Culture Collection)
Kerugian metode sub-kultur pada agar
- Variasi genetik akibat pemindahan berulang
- Kemungkinan kontaminasi besar
- Kemungkinan tertukar; perlu pengawasan ketat
Keuntungan metode sub-kultur
- Koleksi biakan bisa disimpan cukup lama
- Murah, tidak perlu teknisi khusus
- Tidak perlu waktu adaptasi lama
- Periode pemindahan: 2-4 minggu atau 2-4 bulan
Prinsip kerja metode minyak mineral
Mencegah dehidrasi dan memperlambat metabolisme karena kurangnya tekanan oksigen. Secara fisik menghalangi kontak dengan udara luar.
Metode yang digunakan pertama kali oleh Buell & Weston (1947)
Pengawetan dengan minyak mineral
Specific gravity minyak mineral
0,83-0,89
Cara menginokulasikan mikroorganisme untuk pengawetan minyak mineral yang direkomendasikan
Inokulasi tepat di tengah agar miring agar minyak dapat mudah dikeluarkan melalui slope.
Kerugian metode minyak mineral
- Kontaminasi oleh spora mikroba dari udara
- Pertumbuhan terhambat saat retrieval
- Bisa mengarahkan pada mutasi
Keuntungan metode minyak mineral
- Murah dan mudah
- Beberapa mikroorganisme hanya dapat disimpan dalam minyak mineral
Metode minyak mineral disarankan untuk?
Laboratorium yang memiliki keterbatasan sumber daya dan fasilitas
Tabung yang digunakan untuk penyimpanan dalam air
Tabung cryotube
Tahan dingin dan mencegah pop up dari tekanan internal
Penyimpanan air pertama kali dilakukan oleh?
Castellani (1939)
Manusia yang menyimpan 22 patogen tanaman dengan penyimpanan dalam air
Figuiredo (1967)
Manusia yang menyimpan 650 patogen a.l. Oomycota, Ascomycota, Basidiomycota,, dan mitotic fungi selama 7 tahun
Boeswinkel (1976)
Manusia yang menyimpan Entomophthorales, Pyrenomycetes, Hymenomycetes, Gasteromycetes, dan Hyphomycetes dengan penyimpanan dalam air
Ellis (1979)
3 cara pengeringan
- Pengeringan udara
- Adsorban
- Freeze-dry (sublimasi es)
Temperatur pembekuan sel
Respon sel terhadap slow cool / pendinginan lambat
- Tekanan osmotik dipertahankan dengan water efflux
- Sel mengkerut dan mengecil
- Hanya terbentuk es ekstraselular
Respon sel terhadap rapid cool / pendinginan cepat
- Tekanan osmotik TIDAK bisa dipertahankan
- Sel menyusut sedikit
- Es ekstraselular > es intraselular
Respon sel terhadap rapid cool / pendinginan cepat
- Tekanan osmotik TIDAK bisa dipertahankan
- Sel menyusut sedikit
- Es ekstraselular > es intraselular
Respon sel terhadap very rapid cool / pendinginan sangat cepat
Sel mengandung banyak es kecil
Es intraselular > es ekstraselular
Mengapa very rapid cool tidak disarankan untuk freeze dry?
Kristal air kecil di dalam sel bisa menyebabkan BURST (meletus)
Masa penyimpanan sporulating fungi dalam silica gel
7-18 tahun
Metode sterilisasi silica gel
Dry heat; 180℃, 3 jam
Tahapan penyimpanan dalam silica gel
Isi 1/3 botol universal 30 mL dengan silica gel -> sterilisasi dry heat -> spora dalam 5% skimmed milk, tambahkan 1 mL, goyangkan untuk homogen -> keringkan silica gel; 10-14 hari, 25℃, botol tutup longgar -> kencangkan, simpan dalam wadah kedap udara, 4℃
Jenis spora yang cenderung tidak dapat bertahan dengan penyimpanan dalam silica gel
Spora berdinding tipis
Keuntungan silica gel
- Murah, sederhana
- Biakan stabil
- Kontaminasi bakteri dapat dihindari karena kering
- Peremajaan dengan mengambil beberapa butir
Kerugian silica gel
- Terbatas pada sporulating fungi
- Kemungkinan kontaminasi besar setelah beberapa kali peremajaan
Penyimpanan silica gel tidak sesuai untuk?
- Pythium
- Phytophthora
- Beberapa Oomycota
- Beberapa fungi bermiselium dan berspora kompleks
Cara sterilisasi tanah?
Autoklaf (121℃, 15 menit) 2 kali
Inkubasi untuk penyimpanan dalam tanah
20-25℃ selama 5-10 hari
Fungi yang bisa disimpan dalam tanah
- Fusarium
- Rhizopus
- Alternaria
- Aspergillus
- Circinella
- Penicillium
- Septoria
- Pseudocercosporella
Shearer et al (1974) dapat mempertahankan patogenitas Septoria dari sereal selama
20 bulan
Reinecke dan Fokkema (1979) dapat mempertahankan patogenitas Pseudocercosporella selama?
1 tahun
Gordon’s collection menunjukkan pertumbuhan tidak terkendali untuk?
76% Fusarium equiseti
75% Fusarium semitectum
50% Fusarium acuminatum
Penyimpanan yang dianjurkan untuk fusarium?
Penyimpanan dalam tanah
Keuntungan penyimpanan dalam tanah
- Bisa sampai 10 tahun
- Peremajaan dapat dilakukan berulang dari sampel yang sama
- Murah, sederhana
Kerugian penyimpanan dalam tanah
- Kemungkinan terjadi variasi genetik
- Ada fungi yang tidak tahan desikasi (kekeringan pada tanah)
- Kemungkinan kontaminasi besar
Cryopresevation adalah
Pembekuan dengan nitrogen cair pada -196℃ atau gas pada -150℃.
Membantu ketahanan kultur murni untuk jangka panjang.
Stabilizing agent untuk cryopreservation adalah
Gliserol/gliserin Dimetil sulfoksida (DMSO)
Kegunaan stabilizing agent dalam cryopreservation
Mencegah kerusakan sel akibat pembentukan kristal es dan meningkatkan ketahanan sel
Rekomendasi penyimpanan Oomycota
- Nitrogen cair, kecepatan pendinginan 10℃/menit
- Minyak mineral s/d 6 bulan
- Dalam air, transfer setiap 2 tahun
Rekomendasi penyimpanan Basidiomycota
- Sub-kultur dengan atau tanpa minyak
- Nitrogen cair
- Freeze-dry, sulit ditumbuhkan kembali
Rekomendasi penyimpanan ragi
- Freeze dry karena single cell
- Silica gel, sukar ditumbuhkan kembali
- Nitrogen cair, de best
Metode penyimpanan yang mahal bingbing
Cryopreservation dan freeze drying
Metode penyimapanan yang murce
Silica gel, dalam air, dalam tanah, dan dalam minyak parafin
Metode penyimpanan yang paling stabil (excellent)
Cryopreservation
Metode penyimpanan yang stabilitasnya oke (little change reported)
Freeze-dry dan silica gel
Metode penyimpanan yang umum menghasilkan variasi
Penyimpanan dalam tanah
Metode penyimpanan yang kemungkinan terjadi variasinya meningkat seiring berjalannya waktu
Penyimpanan dalam air
Metode penyimpanan yang sudah pasti menghasilkan variasi seiring berjalannya waktu
Dalam minyak parafin, growth 18-22℃, growth 4-7℃
Waktu bertahannya cryopreservation
> 10.000 tahun
Wow banget ga tuh
Waktu bertahannya freeze-dry
4-40 tahun
Waktu bertahannya silica gel
5-20 tahun
Waktu bertahannya penyimpanan dalam air
2-7 tahun
Waktu bertahannya penyimpanan dalam tanah
5-20 tahun
Waktu bertahannya penyimpanan dalam minyak parafin
1-50 tahun
Waktu bertahannya growth 18-22℃
2 minggu - 6 bulan
Waktu bertahannya growth 4-7℃
6-12 bulan
