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OVIV - Microbiologie > OVIV Microbio - CM de S1 L1 > Flashcards

OVIV Microbio - CM de S1 L1 Flashcards

1
Q

De quoi LUCA est-il l’acronyme ?

A

Last Universal Common Ancestor

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Q

Quelles sont les 4 catégories du vivant ?

A

Bacteria/Archea, Levures/Champignons, Végétaux, Animaux

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3
Q

Définition de procaryote ?

A

Organisme dont le noyau cellulaire est mêlé au cytoplasme, absence d’organites membranés

latin “pro”=avant, “caryote”=noyau

2 gdes lignées : Archaea et Bacteria

Pas d’organites délimitées par une membrane non plus => c’est la membrane cytoplasmique qui prend ce rôle

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4
Q

Définition d’eucaryote ?

A

Cellules qui possèdent un noyau structuré, organites membranées

latin “eu”=bien, “caryote”=noyau

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5
Q

Bactéries : Pro ou Eucaryotes ?

A

Procaryotes

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6
Q

Archées : Pro ou Eucaryotes ?

A

Procaryotes

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7
Q

Animaux : Pro ou Eucaryotes ?

A

Eucaryotes

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8
Q

Végétaux : Pro ou Eucaryotes ?

A

Eucaryotes

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9
Q

Champignons/levures : Pro ou Eucaryotes ?

A

Eucaryotes

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10
Q

Où trouve-t-on des archées bactéries ?

A

Partout y compris sur nous

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11
Q

Qu’est-ce que le microbiote ?

A

Une symbiose que l’on forme avec les archées bactéries qui nous permet de nous défendre contre les pathogènes et de digérer etc.

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12
Q

Dans l’agroalimentaire, comment utilise-t-on les archées bactéries ?

A

Dans le fromage, les yaourts (= acide lactique), saucisson

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13
Q

Dans quels genres d’environnements vivent les archées bactéries ?

A

Dans des environnements divers (glaciers, milieux salés, fosses marines, désert …)

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14
Q

Quels sont les buts de la classification ?

A

• Reconstituer l’histoire des micro-organismes
• Comprendre la diversité
• Etablir les principes qui rendent compte des relations et des
parentés entre les êtres vivants
(organisation des organismes en fonction de leur généalogie)

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15
Q

Il n’y a pas de fossiles de bactéries. Cependant nommer un élément fossilisé de l’activité des bactéries du passé.

A

Ce sont les stromatolithes : Roche fossile formée par une communauté complexe de micro-organismes. Ce ne sont pas les cellules qui sont fossilisées mais le résultat de leur activité.

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16
Q

Développer les concepts typologique et biologique d’espèce

A

Concept typologique : ensemble des organismes qui se ressemblent et qui diffèrent d’une autre espèce par la présence
d’un caractère diagnostique (s’appliquent aux bactéries et archées car pas la même repro)

Concept biologique : groupe de populations naturelles qui sont capables de se croiser entre elles, d’avoir une descendance, isolées d’un point de vue reproductif (s’appliquent aux végétaux et animaux)

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17
Q

Sur quels critères classifie-t-on le vivant ?

A

Génotypiques : gènes, ADN (Acide Désoxyribo Nucléique)

Phénotypiques : C’est ce qu’on observe, aussi tous les gènes ne s’expriment pas tout le temps, certains s’expriment en fonction de l’environnement (ex: capsule)

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18
Q

Selon quoi nomme-t-on le vivant ?

A

La nomenclature binomiale de Linné, qui est un nom double : Genre + espèce

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19
Q

Quelle est l’échelle de taille d’une cellule procaryote ?

A

0,1 µm

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20
Q

Quelle est l’échelle de taille d’une cellule eucaryote ?

A

1 µm

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21
Q

Comment se reproduisent les procaryotes ?

A

Par scissiparité (division en 2 à chaque génération), au contraire des eucaryotes dont la repro se fait par mitose

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22
Q

Commenter l’importance des caractères phénotypiques dans la classification moderne.

A

Certes, ajd nous sommes à l’air du génome, mais on continue malgré tout d’utiliser les critères phénotypiques (en moindre pourcentages certes) car ceux-ci restent de grande importance pour distinguer les différentes espèces, familles etc.

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23
Q

Donner la définition de ribosome.

A

Organite cytoplasmique formé de trois types d’acides ribonucléiques, associés à des protéines et déchiffrant le code inscrit dans l’ARN messager = véritable usine à produire des protéines

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24
Q

Quel type de phylogénétique est-il utilisé pour classer les archées bactéries ?

A

La phylogénétique moléculaire qui se traduit sous forme d’arbre phylogénétique

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25
Q

Qu’utilise la phylogénétique moléculaire ?

A

Les séquences de macromolécules biologiques pour avoir des infos sur l’histoire évolutive des organismes vivants et notamment sur leur liens de parenté (leur phylogénie)

  • Macromolécule : protéine, ARN et ADN
  • Doit être présente chez tous les individus à classer
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26
Q

De quoi est constitué une protéine ?

A

enchaînement d’acides aminés

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27
Q

De quoi est constitué ARN et ADN ?

A

enchaînement de bases azotées

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28
Q

Quels sont les deux principes de la phylogénétique moléculaire ?

A

1er principe :
Les séquences des macromolécules évoluent sous l’influence de mutations
successives qui s’accumulent au cours du temps et font l’objet de processus de
sélection naturelle

2nd principe :
Parenté reflétée par le niveau de similarité des séquences primaires de leur ADN et de leurs protéines.
espèces très proches ont un ancêtre commun récent à donc peu de mutations ont eu le temps de se produire depuis qu’elles ont divergé.

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29
Q

Qu’est-ce qu’une culture pure ?

A

Une culture avec une seule espèce de bactérie

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30
Q

Qu’est-ce que la scissiparité ?

A

C’est le mode de reproduction des procaryotes, c’est une cellule mère qui se divise pour donner deux cellules filles.

Une population de procaryotes obtenues par scissiparité est donc une population de cellules génétiques identiques (=clones)

On passe ainsi d’une cellule invisible à l’oeil nu à une population très nombreuse visible à l’oeil nu.

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31
Q

En milieu nutritif liquide, parler de l’observation de bactéries.

A

Milieu trouble = présence de bactéries.

On ne peut pas parler de colonies

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32
Q

En milieu nutritif solide, parler de l’observation de bactéries.

A

On parle de colonies. Elles peuvent être isolées (par isolement en stries) ou non.

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33
Q

Quelle est la limite de croissance d’une colonie de bactérie ?

A

Quand elle devient trop épaisse (trop d’individus les uns sur les autres), parce que du coup les individus du bas ont nutriments mais peu d’accès à l’oxygène et individus du haut accès à l’oxygène mais difficilement aux nutriments => arrêt de croissance

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34
Q

Sur quels critères peut-on décrire l’aspect d’une colonie ? (6 réponses attendues)

A

Taille, couleur, forme, relief, contour, et surface

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35
Q

Qu’est-ce qu’une molécule ubiquitaire ?

A

En biologie moléculaire, une molécule est dite ubiquitaire lorsque celle-ci peut se retrouver dans tous les types cellulaires. Leur ubiquité vient du fait qu’elles sont essentielles à la survie des cellules, quelle que soit la spécialisation de cette cellule. (montré par Carles Gueux en 1990)

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36
Q

Que signifie “Archées” ? Pourquoi est-il contrintuitif ?

A

signifie “bactéries de l’ancien”, c’est ce qu’on pensait au départ, puis on s’est rendus compte qu’ils sont plus proches des eucaryotes (groupe frère) que des bactéries

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37
Q

Quel débat à propos du matériel génétique de LUCA ?

A

On suppose qu’il n’avait pas d’ADN mais de l’ARN qui est moins stable, et du coup on aurait ensuite eu plus tard l’apparition de l’ADN

38
Q

Combien de bactéries dans une colonie ?

A

10^9 bactéries génétiquement identiques

39
Q

En fonction de quoi varie la forme des colonies ?

A

En fonction de la morphologie de l’espèce d’organismes qui la compose

40
Q

Quelles sont les dimensions moyennes des bactéries et archées ?

A

500 nm à 15/20 µm

41
Q

Qu’est-ce qu’une cellule pléïomorphe ?

A

Cette cellule a une membrane qui n’a pas de forme définie

42
Q

Quelle est la particularité des cyanobactéries ?

A

Capables de photosynthèse, ancêtre des chloroplastes

43
Q

Que sont les spirobactéries ?

A

Sont gigantesques (100µm), elles sont à l’origine des pathologies

44
Q

Quelles formes peuvent prendre les procaryotes ? (6possibilités)

A
  • Coque (cellule sphérique)
  • Bacille (cellule en bâtonnet)
  • Cellule en hélice, en spirale
  • Cellule ramifiée (plusieurs ramifications qui correspondent à une seule cellule qui se détachent pour former d’autres cellules etc)
  • D’autres formes
  • Pléïomorphe
45
Q

Quels groupements peuvent former les procaryotes ?

A

en grappes, en chaînettes, en colonie tout simplement

46
Q

Quelle structure trouve-t-on obligatoirement chez les procaryotes ?

A

Cytoplasme + Ribosomes
Membrane Cytoplasmique
Nucléoide (maétriel génétique)

47
Q

Quelle structure trouve-t-on facultativement chez les procaryotes ?

A

Paroi cellulaire
Cils
Flagelle(s)

48
Q

En quoi la membrane cytoplasmique est-elle indispensable ?

A

Le milieu intracellulaire présente des paramètres physico-chimiques stables : on parle d’homéostasie.
Au contraire du milieu extérieur qui présente des paramètres variables

49
Q

De quoi est composée la membrane cytoplasmique ?

A

D’une bicouche lipidique =

deux couches de lipides, qui sont pieds-contre-pieds, et qui présentent une tête hydrophile et une queue hydrophobe

50
Q

En quoi les membranes cytoplasmiques chez les bactéries et les archées sont-elles différentes ?

A 
Bactérie: 
Queue lipide : chaînes d'acides gras
Tête lipide : D-Glycerol + Phosphate
Liaison ester : - C - O - C
                           =O
Archée:
Queue lipide : chaînes isoprènes
Tête lipide : L-Glycerol + Phosphate
Liaison ether : - C - O - C
Les lipides étant ici ramifiés, possibilité de transversalité
51
Q

Quels sont les 6 différents rôles de la membrane cytoplasmique ?

A

1 : Barrière sélective (perméable aux petites molécules mais imperméable aux polymères, avec passage grâce à des protéines transporteuses sauf H2O, O2, CO2, et N2 qui sont en diffusion libre)

2: Respiration, photosynthèse
3: Synthèse des lipides, synthèse du peptidoglycane
4: Assemblage et sécrétion des protéines
5: Coordination de la réplication du chromosome
6: Détection de la composition chimique de l’environnement et déclenchement d’une réponse appropriée si besoin

(BRSPRE = Barrière Respiration Synthèses Protéines, Réplication et Environnement = Bertrand Renifle Sandrine qui Part Révoltée et Enervée)

52
Q

Que trouve-t-on entre la membrane cytoplasmique et nucléoide (=dans le cytoplasme)?

A

Beaucoup d’eau
Ribosomes libres

On peut aussi retrouver d’autres inclusions visible au MO :

  • Réserves matière organique
  • vacuoles gazeuses
  • magnétosomes
53
Q

Quel est le rôle des vacuoles gazeuses dans le cytoplasme ?

A

permet à l’organisme de monter ou de descendre pour recevoir juste assez de soleil sans brûler l’ADN

54
Q

Quel est le rôle des magnétosomes ?

A

permettent de se repérer dans l’espace,

ex: les oiseaux ont des “sacs” remplis de bactéries avec magnétosomes pour se repérer

55
Q

Décrire le nucléoide

A

Majoritairement circulaire et de longueur variable selon les espèces (plus court chez archées), contient les informations génétiques

56
Q

Qu’est-ce qu’un plasmide ?

A

C’est de l’ADN extrachromosomique en double hélice, circulaire ou linéaire, qui se réplique de manière autonome, et SURTOUT : info génétique non essentielle mais conférent un avantage à la bactérie

57
Q

Comment est mise en évidence la paroi cellulaire ?

A

Par la coloration de Gram

58
Q

Quel est le protocole de la coloration de Gram ? (5 étapes)

A

1 - On fixe la coque ou la bacille sur une lame
2 - Crystal violet (coloration du cytoplasme des bactéries)
3 - Lugol qui fixe la coloration dans les bactéries
4 - Lavage de la coloration à l’éthanol ou à l’acétone
5 - Safranine permet de visualiser les bactéries Gram - décolorées à l’étape précédente, et elle est moins forte que le violet donc n’affecte pas les Gram +

59
Q

Quels sont les possibles résultats de la coloration de Gram chez les BACTERIES ? Les interpréter.

A

Les pores de la paroi des Gram+ sont fermés par la déhydratation à l’alcool. La paroi est alors imperméable (à l’éthanol) et le colorant violet reste dans les bactéries.
Membrane imperméable, protégée de l’alcool. (peptidoglycane)

La membrane des Gram- est dissoute par le mélange alcool-acétone. La paroi plus mince et de composition différente laisse alors sortir la coloration violette.
N’ont rien qui protège la membrane de l’éthanol. (moins de peptidoglycane et située en dessous de la membrane extérieure)

60
Q

Quel est le principe de la coloration de Gram ?

A

Montrer la permabilité ou non de la paroi à l’éthanol, qui remplace les molécules d’eau et déstabilise la paroi

61
Q

Commenter le franchissement de la paroi par les nutriments selon si la bactérie est Gram + ou Gram -

A

Bacteria Gram + : facile
paroi: essentiellement PG, perméable aux petites molécules
Bacteria Gram - : problème dû à la membrane externe car PG entre les porines et les transporteurs membranaires

62
Q

Nommer deux types de PG

A

NAM et NAG

63
Q

Lysozyme def

A

Enzyme qui coupe liaison entre les PG NAG et NAM (présent dans larme, salive et blanc d’oeuf)

64
Q

Antibiotique action sur paroi cellulaire

A

empêchent formation des ponts inter-peptidiques (jonction entre deux tetrapeptides)

65
Q

Qu’est-ce qui altère la paroi chez les bactéries ?

A
  • Lysozyme

- Antibiotique (pénicillines)

66
Q

Commenter les résultats de l coloration de Gram chez les ARCHEES. Les interpréter.

A

Gram + = violet :
Pseudomuréine protège membrane cytoplasmique

Gram - = rose :
Couche supperficielle cristalline composée de protéines ou lipoprotéines

LES PAROIS DES ARCHEES DE CONTIENNENT PAS DE PG donc => Résiste au lysozyme

67
Q

Préciser la classification des bactéries et des archées selon la présence ou l’absence de leur paroi ou des PG.

A

Bactéries :

  • Paroi à PG épais : Firmicute
  • Paroi à PG fin : Gracillicute
  • Pas de paroi : Ténéricute

Archées :
paroi mais pas de PG = Mendosicute (terme très peu utilisé)

68
Q

Donner les rôles de la paroi cellulaire (3)

A
  • Donne la forme à la cellule
  • Protège contre la lyse osmotique, càd assure une pression de l’eau sur la membrane cytoplasmique = pression de turgescence et la paroi est rigide donc limite le gonflement de la cellule
  • Perméabilité (perméable au petites molécules comme nutriments, sucres et acides aminés et imperméables aux grosses molécules comme les protéines)
69
Q

Définition de la Capsule

A
  • couche par-dessus la paroi bactérienne
  • pas chez toutes les espèces
  • production influencée par la composition du milieu
  • cellules capsulées : aspect visqueux
  • Composée de polysaccharides, parfois polypetidique chez les Gram +
70
Q

Quels sont les rôles de la Capsule bactérienne ? (3)

A

Non indispensable ; apporte des avantages:

  • résistance à la phagocytose, à la déshydratation, aux virus bactériens
  • attachement sur des surfaces solides : environnement aquatique : rocher, feuilles
    organismes : muqueuse intestinale…
  • support des interactions avec le système immunitaire

=> Surtout un rôle de PROTECTION

71
Q

Définition de Flagelle

A

Filaments fins, creux et sinueux beaucoup plus longs que la cellule.
Invisibles sur des cellules vivantes : mis en évidence par épaississement électronique

72
Q

Quels formes peuvent prendre les flagelles ?

A
  • Monotriche (1)
  • Lophotriche (1 touffe de flagelles)
  • Amphitriche (1 touffe de flagelles de chaque côté =2 touffes)
  • Péritriche (partout autour)
73
Q

Quels sont les deux rôles des flagelles ?

A
  • Mobilité (= hélice)
  • Chimiotactisme
    (- déplacement non au hasard,
  • attraction par certains nutriments (ch. +) répulsion par des substances toxiques (ch. -),
  • sensibilité : 10-8 M = 0,02 µM
  • réponse liée au gradient de concentration
  • détection : par récepteurs membranaires)
74
Q

Définition de Pili

A
  • appendices plus courts et fragiles que les flagelles
    non impliqués dans le mouvement
  • tubes creux, protéine (piline) organisée en hélice
75
Q

Rôle du pili commun

A

adhésion à des surfaces vivantes (muqueuses, feuilles…) ou non (rocher, graviers…)

76
Q

Quels sont les deux types de pilis ?

A

Pilis communs et sexuels

77
Q

Rôle du pili sexuel

A
  • servent à rapprocher 2 cellules pour permettre
    le transfert d’ADN (conjugaison)
  • site de fixation de certains virus
78
Q

Combien y a-t-il de pilis communs en moyenne par cellule ?

A

1000

79
Q

Combien y a-t-il de pilis sexuels en moyenne par cellule ?

A

1 à 10

80
Q

Sur quels critères on range phylogénétiquement les procaryotes ? (4)

A
  • % de Cytosine et guanine dans l’ADN (%G+C)
  • Comparaison de la totalité de la séquence
    entre 2 individus
  • Température de demi dénaturation (Tm)
  • Hybrydation ADN/ADN
81
Q

Au dessus de quel pourcentage d’homologie des séquence des gènes des ARNr (petites sous-unités ribosomales) de deux individus procaryotes considère-t-on que ceux ci appartiennent à la même espèce ?

A

<98,7%

82
Q

Quels organites particuliers retrouvent-on chez les eucaryotes ? Décrire leurs caractéristiques

A

Les plastes et les mitochondries qui ont tous les deux un ADN circulaire, des ribosomes, qui se divisent par multiplication.
Seulement la mitochondrie à 2 membranes et le plaste peut en avoir de 2 à 4

83
Q

D’où vient la chloroplaste ?

A

D’une endosymbiose primaire ou secondaire (voire plus) d’une cyanobactérie

84
Q

D’où vient la mitochondrie ?

A

D’une endosymbiose primaire d’une protéobactérie

85
Q

De combien de % peut varier le %G+C ?

A

entre 25 et 75%

86
Q

Au dessus de quel variation de pourcentage on détermine que des procaryotes ne peuvent pas appartenir à un même genre ?

A

> 10%

(/!\ ça ne veut pas dire qu’en dessous de 10 c’est forcément le même genre, non c’est seulement indice que ça peut l’être)

87
Q

Au dessus de quel variation de pourcentage on détermine que des procaryotes ne peuvent pas appartenir à une même espèce ?

A

> 5%

(/!\ ça ne veut pas dire qu’en dessous de 5 c’est forcément la même espèce, non c’est seulement indice que ça peut l’être)

88
Q

Quels critères traduisent un rassemblement de souches ayant des relation ADN-ADN ?

A
  • des valeurs d’hybridation ≥ à 70 %, ET

* une valeur ∆Tm ≤ à 5 °C.

89
Q

Donner la définition phylogénétique d’une espèce bactérienne (génomospécie)

A

Rassemblement de souches ayant :
• des relations ADN - ADN avec au moins 70% d’hybridation
• un ∆Tm inférieur ou égal à 5 °C
• des homologies de séquence des ARNr supérieures à 98,7%
• Des pourcentages en G+C qui ne diffèrent pas de plus de 5%

90
Q

Donner la description d’une nouvelle espèce procaryote

A

Rassemblement de souches ayant :
• des relations ADN - ADN avec au moins 70% d’hybridation
• un ∆Tm inférieur ou égal à 5 °C
• des homologies de séquence des ARNr supérieures à 98,7%
• Des pourcentages en G+C qui ne diffèrent pas de plus de 5%

(les mêmes que pour les bactéries)+caractères phénotypiques

OVIV - Microbiologie (1 decks)

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