Nuclear genome

Question 1

Hva er C-verdi paradokset?

Answer 1

C-verdien står for mengden DNA i en gitt organismes haploide genom. C-verdi paradokset: størrelsen på genomet korrelerer ikke med kompleksiteten til en organisme.

Question 2

Hva er G-verdi paradokset?

Answer 2

Antall gener i en organismes genom korrellerer ikke med kompleksiteten til organismen.

Question 3

Hva er definisjonen på et gen?

Answer 3

Alle proteinkodende sekvenser pluss deres regulatoriske sekvenser, og sekvenser til alt ikke-kodene RNA (katalystisk og regulatorisk) pluss deres regulatoriske sekvenser

Question 4

Hvor stor andel av det humane genomet koder for eksoner (proteinkodene sekvenser)?

Answer 4

1%

Question 5

Hvordan kan gener identifiseres ved hjelp av bioinformatikk?

Answer 5

Capping
Poly-A-hale
Synteny
GC innhold????

Question 6

What is the difference between the genome and the transcriptome? Which is cell type specific?

Answer 6

Genome: Det fullstendige settet av alle sekvenser i det genetiske materialet til en organisme. Inkluderer sekvensene til hvert kromosom + DNA i organeller. Mao. DNA innhold i basepar.
Transkriptom: Det fullstendige settet med RNAer som er tilstede i en celle, et vev eller en organisme. Kompleksiteten skyldes hovedsakelig mRNA (alle varianter), men man regner også med ikke-kodende RNA.
Transkriptomet vil være celletypespesifikt.

Question 7

What is the smallest number of genes present in any living organism?

Answer 7

Parasitic prokaryote: 500 (mycoplasma genitalium)

Non-parasitic prokaryote: 1500

Question 8

What are the sizes of the genomes of:

• Human
• Drosophila
• Arabidopsis
• Pombe
• Cerevisiae

Answer 8

• Human: 3.3 Gb = 3 300 Mb
• Drosophila: 165 Mb
• Arabidopsis: 119 Mb
• Pombe 12.5 Mb
• Cerevisiae 13.5 Mb

Question 9

What are the estimated amount of protein coding genes in:

• Human
• Drosophila
• Arabidopsis
• Pombe
• Cerevisiae

Answer 9

• Human: 20 000 - 25 000
• Drosophila: 13 601
• Arabidopsis: 25 408
• Pombe: 4929
• Cerevisiae: 6034

Question 10

What is synteny?

Answer 10

Between species: genes and gene order of homologous genes are conserved

Question 11

List and describe the different types of repetitive DNA

Answer 11

1. Transposons (active or inactive) 45%
2. Processed pseudogenes 0.1%
3. Simple sequence repeats (highly repetitive DNA) 3%
4. Segmental duplications 5%
5. Tandem repeats - blocks found in centromeres and telomeres

OR

Terminal repeats
Tandem repeats: different satellites
Interspersed repeats: LINEs, SINEs (pseudogenes, non-autonomous), transposable elements