Module 7: Méthode d'analyse des échantillons de bioaérosols

Question 1

Quels sont les effets néfastes de l’aérosolisation?

Answer 1

L’organisme est stressé ce qui peut avoir des effets sur l’intégrité de l’organisme

Question 2

Quel est la forme principal du stress?

Answer 2

La déshydratation, cependant certains organismes sont plus resistants (spores)

Question 3

Comment peut-on contrer ce phénomène?

Answer 3

Ajout d’aditifs dans les différents milieux de collection afin d’augmenter la survie des organismes et leur capacité à croitre.

Question 4

Nomme les limites générales liées à l’analyse du contenu microbien des échantillons

Answer 4

-Aucune méthode universelle, souvent plusieurs nécessaires (complémentaires)
-DIfficile d’estimer le contenu microbien total (stress)
souvent sous-estimé car les m-o se dissocient plus difficilement dela particule aérosolisé.

Question 5

Bien que les concentrations de m-o sont sous-estimées…

Answer 5

les effets sur la santé sont induits en proportion du contenu microbien et les doses d’exposition sont plus élevées que celles évaluées.

Question 6

Les m-o viables sont tous cultivables.

Answer 6

Faux, une très faible proportion de la biodiversité microbienne est cultivable.

Question 7

Une culture est possible lorsque:

Answer 7

• les conditions de croissance sont connues
• L’aérosolisation et l’échantillonnage n’ont pas nui à l’intégrité membranaire.
• Les voies métaboliques nécessaires à la croissance sont actives.

Question 8

Les m-o se comportent différemment de leur équivalent non stressé et non endommagé.

Answer 8

Vrai,

Question 9

Décrit l’état physiologique des m-o dans les bioaérosols.

Answer 9

Ils sont stressés.
La plupart ont subi des dommages à leur membrane et sont plus sensibles aux biocides et aux agents sélectifs utilisés en milieu de culture.
Donc, si les conditions de croissance ne sont pas optimales, une grande proportion ne pourront pas croitre.

Question 10

La récupération microbienne dépend de quelles facteurs?

Answer 10

• Des principes de fonctionnement et du design de l’échantillonneur
• Effet de l’échantillonneur sur la viabilité microbienne

Question 11

Quelles sont les deux types d’échantillonneurs utilisés?

Answer 11

• Récupération sur une surface de collection(ex. milieur de culture)
• Récupération dans une solution de collection

Question 12

Comment évalue-t-on l’efficacité des échantillonneurs?

Answer 12

Très difficile,
Par la standardisation, soit par la génération et l’échantillonnage d’aérosols à partir d’une concentration connue ou bien par échantillonnage en parallèle de plusieurs échantillonneurs.

Question 13

Plus un échantillonnage est long, plus il est efficace.

Answer 13

Faux, une période prolongée augmente le stress et diminue la viabilité.
Ex. : Anderson 6 étages =déshydratation
Barboteur AGI-30 = dommages aux cellules
Précipitateurs électrostatiques = Ozone généré donc dommages aux cellules

Question 14

Nomme les caractéristiques d’une culture sur un milieu solide

Answer 14

Aucune dilution possible (incubation directe du pétri)

Temps d’échantillonnage en conséquence (trop de m-o sinon)

Question 15

Nomme les caractéristiques d’une culture dasn une solution

Answer 15

• Dillutions possibles (par facteur 10) (Avec détergent permet de briser les agrégats) Colonies + faciles à identifier
• Étalement des dilutions sur un milieu de culture solide

Question 16

Caractéristiques des milieux de culture

Answer 16

-Contient les éléments indispensables à la culture microbienne
-+/- complexe selon composition (minimal ou synthétique vs complexe ou non-défini)
-Solide ou liquide
- Sélectifs ou différentiels
Ex. Amphotéricine B = Inhibe croissance moisissures pour quantitfier les bactéries
Chloramphénicol = Inhibe croissance bactérienne

Question 17

Nomme les différents milieux de culture pour les moissisures les plus utilisées et leurs avantages(contient tous des antimicrobiens)

Answer 17

Sabauraud-dextrose
Rose-bengale agar(réduit de manière significative la taille des colonies donc compte plus facile) organismes à croissance lente
Extrait de malt( colonies très diffuses donc quantification très difficile , permet d’observer mieux les structures) moisissures enviro
DG-18 (sélectif pour les moisissures faibles en eau xérophiles)

Question 18

Nomme les différents milieux de culture pour les bactéries les plus utilisées et leurs avantages(contient tous des antifongiques)

Answer 18

Gélose tryptique de soya ( B enviro)
R2A (très ^pauvre) B enviro
Gélose sang (trèes riche)

Question 19

Pourquoi les milieux sélectifs ne sont-ils pas utilisées en bioaérologie?

Answer 19

Car stress diminue la cultivabilité des m-o.

Question 20

Quelles sont les conditions d’incubations variables?

Answer 20

La T selon environnement et sources possibles
Le temps selon l’espèce (B= 48h, MycoB=21 jours, Actinomycètes et moissisures= 7 jours)
Incubation en présence d’oxygène (anaérobie stricte ne survivent pas à l’aérosolisation

Question 21

Décrit la méthode des trous positifs.

Answer 21

Une méthode de correction des comptes pour les impacteurs à multi-jets (Anderson à 6 étages)
Une zone d’impaction susceptible de recevoir plus d’une UFC.

Question 22

Qté max d’UFC pour B et M?

Answer 22

B= 30 à 300 UFC
M= 50 UFC

Question 23

Décrit échantillonnage sur filtre (membrane)

Answer 23

Élution des filtres (récupération m-o)
Dilution en séries
Étalement

Question 24

Décrit échantillonnage sur filtre en gélatine

Answer 24

Dépot filtre sur un milieu de culture solide
Dissolution du filtre dans de l’eau ou solution tamponné
Étalement dillution en séries sur des milieux de culture solide

Question 25

Comment identifie-t-on les bactéries?

Answer 25

Identification sommaire (gram, observation micro)
Galeres d’identification ( API, système VITEK)
PCR + séquencage de l’ADNr 16

Question 26

Comment identifie-t-on les moisissures?

Answer 26

Morphologie coloniale et microscropique
Clés d’identification simple ou complexe (penicillium, apsergillus)
PCR + séquencage de l’ITS (internal transcribed spacer) moins fournit cependant que B

Question 27

Comment observer par microscope à fond clair et ses caractéristiques?

Answer 27

À l’Aide d’Une lamelle ou impacté directementè
OU
Lamelle ou l’on dépose un échantillon liquide
Nécessite une expertise utilisation de guides visuels

Question 28

Pour quelle raisons utiliserait-on un microscope à contraste de phase?

Answer 28

Observer bactéries à l’État frais (motilité)

Structures et ornements à la surface des spores de moisissures

Question 29

Limitation contrastre de phase? (2)

Answer 29

-Échantillons environnementaux contaminées par des échantillons de toute sorte
-Généralement, Les bactéries environnementales sont très petites
DOnc, utilisé plus souvent pour observer isolat purifié

Question 30

Quels sont les 4 types de marquages dans la microscopie à fluorescence?

Answer 30

1) Marquage simple ou direct (fluorochrome lié molécule du m-o) DAPI lie directement à l’ADN
2) Immuno-marquage (Ac marqué par un fluorochrome, Ac spécifique à un protéine de surface du m-o)
3) FISH (fluorescent in situ hybridization) Sondes ADN couplé à un fluorochrome et complémentaire à un gène du m-o
4) Utilisation de protéines de fusions fluorescentes (fluorochrome: Green fluorescent protein GFP) Le gène de la GFP est fusionné à un gène d’une protéine microbienne d’intérêt. Les gênes sont par la suite réintégré dans la structure.

Question 31

Décrit la cytométrie par flux.

Answer 31

faisceau laser analysant cellule par cellule:
-La lumièere diffusée (diffractée par la cellule (info grosseur et structure)
- La flurorescence naturelle de la cellule
- Un tri des cellules analysées est possibles (p. ex par la fluorescence)
Permet l’analyse qualitative et quantitative des m-o

Question 32

La biologie moléculaire permet quoi?

Answer 32

La détection et la quantification de gènes/ m-o (agents pathogènes, gènes de résistances aux antibio, gènes de virulence)
la caractérisation des la biodiversité en m-o dans un échantillon d’air

Question 33

La biologie moléculaire nécessite quoi?

Answer 33

Extraction et purification de l’ADN ( lyse de la cellule, extraction des protéines, élimination ARN, concentration de l’ADN dans un volume min)
Amplification
Séquencage

Question 34

Quels que l’on recherche chez les bactéries et moisisssures dans leurs séquences par PCR?

Answer 34

B= ADNr 16
M= ADNr 18 S ou ITS

Question 35

Quel est la différence entre la PCR terminal et le quantitatif?

Answer 35

PCR quantitatif est suivie en temps réel et comparée à une courbe standard pour qunatification.Utilisation d’un agent fluorescent et s’intercalant à l’ADN double brin seulement!
Terminal: Mise sur gel d’agarose pour visualiser l’amplifacation de la séquence ciblée, comparaison sur bande présent non présent (design ancre crucial par sa spécificité et sa sensibilité)

Question 36

Pourquoi utilisées l’analyse chimiques?

Answer 36

Détection et quantification ce métabolites, composantes structurales ou de toxines

Question 37

Désavantage analyse chimique?

Answer 37

Méthodes habituellement peu sensibles et nécessitent des échantillons très chargées en m-o.

Question 38

Que recherche-t-on dans l’analyse chimique des moisissures et bactéries?

Answer 38

M: ergostérols, glucanes, mycotoxines
B: acides gras hydroxylés, acide muramiques (peptidoglycane)

Question 39

Décrit chromatographie en phase gazeuse

Answer 39

Utilisé détection de composés gazeuses ou susceptible d’être volatilisés par chauffage
Procédé: Composé bio extrait
Ensuite chauffé puis entrainé colonne à l’aide d’un gaz porteur (H2)
Retenu +/- longtemps selon affinité phase stationnaire (temps de rétention caractéristiques selon conditions)

Question 40

Décrit HPLC

Answer 40

Détection de composé bio en fct de l’hydrophobicité des molécules
Procédé: Composé bio extrait
Entrainé sous pression dans colonne à l’aide d’une ^phase mobile liquide
Selon affinité +/- retenue selon polarité

Question 41

Décrit SM

Answer 41

Rapport masse/charge
Obtention d’un spectre de masse
Selon source d’ionisation, caractéristique composé bio
Comparaison banque de spectre

Question 42

Qu’est ce que le BAMS

Answer 42

Utilisé dans le bioterrorisme
Laser met à nu les bioaérosol
Détecte présence et concentration des particules dangereuses par SM

Question 43

Types d’analyse bio?

Answer 43

Selon la toxicité (modèle animal ou cellule animales/humaines. Essais LAL)
Analyse immunologiques (ÉLISA) mycotoxines antigènes
Autres analyse spécifiques

Question 44

EN quoi consiste la méthode ELISA

Answer 44

Détecter et quantifié un antigène grâce a un anticorps spécifiques
Procédé:
-Fixation antigène sur une surface solide (96 puits)
-Ajout solution contenant anticorps couplé enzyme
-Ajout susbtrat modifié par l’enzyme=coloration
-Dosage (quantification) courbe standard

Question 45

Essai LAL?

Answer 45

Quantification endotoxines (LPS) des bactéries à gram négative à partir d'un lysat d'amoebocytes de limule
Coagulation en présence d'endotoxines