Module 7 Flashcards
1
Q
Unité de quantification des microorganismes des bioaérosols échantillonnés
A
Unité formatrice de colonies (UFC)
2
Q
L’UFC peut être issue de ____ ou de _______
A
d’une seule cellule ou d’un agrégat de microorganismes aérosolisés
3
Q
La quantification des bactéries et des moisissures échantillonnées par l’impacteur à trous multiples (ex: Anderson 6 étages) se fait…
A
…à l’aide d’une table de correction, la “méthode des trous positifs”
4
Q
La méthode des trous positifs tient compte de…
A
…la probabilité de superposition de plusieurs microorganismes sur une même zone d’impaction
5
Q
La superposition d’un seul microorganisme sur une zone impaction est probable ou pas probable?
A
Pas probable car c’est d’habitude concentré en bactéries ou en moisissures (comme bioaérosols de porcherie)
6
Q
Selon la “méthode des trous positifs”, 40 zones d’impaction positives (où il y a eu croissance d’une colonie de microorganismes) correspond à un compte de combien d’UFC?
A
42 UFC.
7
Q
Le comptage de colonies peut se faire à partir de…
A
… microscope (et table de correction)
8
Q
Les ____ peuvent compter plusieurs centaines de pétris par heure et ainsi augmenter la rapidité d’analyse
A
systèmes d’analyse d’images (ex: le compteur de colonies de la compagnie UVP ou Neutec)
9
Q
Lorsque les bioaérosols sont récoltés dans une solution de collection (ex: barboteur, wet cyclone) et suite à l’élution, l’échantillon est dilué en…
A
…triplicata
10
Q
Suite aux dilutions en triplicata, des ____ de ____ microlitres sont étalés sur les milieux de culture.
A
aliquotes de 100 microlitres
11
Q
Lorsque les bioaérosols sont échantillonnés par filtration sur membrane, l’élution des agents biologiques doit d’abord être effectué à l’aide…
A
… d’eau saline additionnée de détergent ou d’une solution tamponée (ex: PBS).
12
Q
Lorsque des filtres en gélatine sont utilisés pour l’échantillonnage, ceux-ci peuvent être…
A
… dissous dans une solution (ex: solution contenant 0,9% chlorure de sodium) ou déposés directement sur un milieu de culture.
13
Q
Des cultures pures sont habituellement obtenus par…
A
… isolement et par répiquages séquentiels sur un milieu de culture non sélectif.
14
Q
Les bactéries sont partiellement identifiées de par…
A
… la morphologie coloniale et cellulaire, par une coloration Gram et par différents tests biochimiques
15
Q
L’identification des bactéries est complétée par…
A
… l’utilisation d’outils de biologie moléculaire (ex: PMR).
16
Q
Les moisissures cultivables sont identifiées à partir de…
A
… caractéristiques macroscopiques (ex: couleur ou texture des colonies) et microscopiques (ex: morphologie des spores ou des structures à partir desquelles se développent des spores)
17
Q
La présence de ____ et de _____ est essentielle à l’identification d’une moisissure
A
spores et des structures associées
18
Q
Les caractéristiques macroscopiques et microscopiques des moisissures varient grandement en fonction de _______________.
A
La luminosité, de la température, du milieu de culture gélosé utilisé, etc.
19
Q
Les méthodes d’identification des bactéries et moisissures environnementales sont souvent inadaptés car les bases de données sont fréquemment mises sur pied à partir de…
A
d’isolats cliniques ou de microorganismes d’intérêt médical.
20
Q
S’il s’agit des profils ______ ou de profils _____, les microorganismes sont sous-représentés dans les bases de données ce qui peut mener à des identifications ___.
A
profils d’acide gras membranaires ou de profils d’utilisation de substrats… identifications erronées.
21
Q
Les bactéries isolées et en culture pure sont ____ pour la détermination de ____ et de ____ puis subissent ____. Ils sont ensuite identifiés à l’aide de _____ ou de _____.
A
observés au microscope, de la morphologie et de la motilité, une coloration de Gram, de méthodes classiques ou de méthodes de biologie moléculaire.
22
Q
Les méthodes d’identification dites classiques pour l’identification d’isolats de bactéries reposent sur l’emploi de plusieurs ____.
A
essais métaboliques (ex: fermentation du lactose, production de H2S)
23
Q
Les galeries API de la compagnie Biomérieux permettent d’identifier … (plusieurs réponses)
A
bacilles à Gram -, des non-entérobactéries à Gram -, des levures, des staphylocoques, des streptocoques, des anaérobes, des corynéformes, des listeria, des coques à Gram -, des Campylobacter et étudier l’utilisation des sucres chez les fermentaires.
24
Q
Galeries API ont été développées pour l’identification d’isolats ___ et sont parfois inutilisables pour l’identification d’isolats ___.
A
Cliniques, environnementaux.
25
Les systèmes d'identification Biolog sont basés sur l'utilisation de ___ et possèdent une base de données de plus de ____ dont plusieurs ____.
substrats (sucres, acides carboxyliques, acides aminés, peptides), 1900 espèces, espèces environnementales.
26
Les approches moléculaires peuvent être aussi simples que...
... le séquençage du gène de l'ARNr16s.
27
L'observation ___ des spores et des structures permet l'identification partielle des moisissures. Plusieurs ___ sont disponibles pour les identifier (ex: l'ouvrage de ____). Les moisissures peuvent aussi être identifiés par _____.
microscopique, outils de référence, ouvrage de Robert Samson, par séquençage de certains gènes (bases de données sur la région ITS des moisissures, mais plusieurs espèces sont absentes des bases de données sur la région ITS).
28
Les bactéries, les moisissures et les grains de pollen contenus dans les bioaérosols peuvent être échantillonnés dans ___, sur ____ ou ____.
dans une solution de collection, sur une filtre ou directement sur une lame de microscope en verre (ex: cassette Air-o-Cell).
29
Les échantillons _____ peuvent être directement observés en microscopie photonique tandis qu'un _____ ou des ____ peuvent être déposés sur une lame de microscopie en verre (ou peuvent être ____ et le ____ déposé sur une lame de microscopie en verre pour l'observation)
sur filtre et sur lame de microscopie en verre, qu'un aliquote d'une solution de collection ou des solutions de lavage, (être filtrés et le filtre déposé)
30
Le colorant de la microscopie photonique à fond clair permet de distinguer les structures ___ ou ___.
Dématiées (pigmentées) ou hyalines (non pigmentées)
31
Les spores de moisissures et les grains de pollen sont habituellement identifiés à des grossissements de ...
... 250X à 400X.
32
L’utilisation d’un ___ permet de mesurer assez précisément les dimensions des spores et des grains de pollen.
oculaire gradué
33
Les oculaires gradués doivent être calibrés à l’aide de...
...lames étalons
34
La viabilité des spores et du pollen n'est pas important à cause de ...
... l'intérêt au niveau des allergies et du potentiel immunogène.
35
La microscopie photonique à fond clair est très peu utilisée pour observer ___, puisqu'elles sont ...
les échantillons d’air contenant des bactéries, ... petites et invisibles à travers les débris omniprésents dans les échantillons.
36
La ___ est surtout utilisée pour observer des bactéries à l’état frais, habituellement à un grossissement de ___.
microscopie photonique à contraste de phase, 1000X.
37
La microscopie photonique à contraste de phase permet entre autres d’observer ___ et de déduire ___. Elle permet aussi l’observation de ___.
la motilité... la position des organelles de propulsion... compartiments intracellulaires bactériens (endospores, granules de soufre, capsule).
38
L’observation en contraste de phase requiert un ___ muni de ___ et de ___.
condenseur... d’anneaux de phase... des objectifs compatibles.
39
La microscopie photonique en fluorescence est basée sur...
... l’émission de fluorescence par l’échantillon observé.
40
La ___ possède un contraste important puisque seules les molécules d’intérêt marquées avec ...
microscopie photonique en fluorescence... une substance fluorescente émettent elles- mêmes de la lumière.
41
L'autofluorescence est ...
Quand certains organismes ou structures biologiques émettent de la lumière dans les mêmes longueurs d’onde que les colorants utilisés (ex: chlorophylle, huile).
42
L’autofluorescence peut représenter une nuisance lors de l’analyse des bioaérosols en...
rendant l’échantillon non analysable.
43
Les fluorochromes ___ et ___ sont communément utilisés en aérobiologie.
orange d’acridine (DAPI) et FITC [fluorescein isocyanate]
44
Le ___ est un fluorochrome se liant à l’ADN et émettant de la lumière bleue.
DAPI
45
Les fluorochromes peuvent être utilisés ___ ou ___ ou ___.
seules ou en combinaison avec des anticorps (immunomarquage) ou des sondes d’acides nucléiques (hybridation in situ en fluorescence, FISH).
46
Les marquages utilisés sont:
1) Le marquage simple (ex: DAPI se liant à l'ADN), 2) l'"immunomarquage" direct ou indirect (ex: l'utilisation d'un anticorps marqué par un fluorochrome et spécifique à une protéine de surface d'un microorganisme), 3) Le FISH (fluorescent in situ hybridization- le marquage de séquences d'ADN ou d'ARN spécifiques et 4) l'utilisation de "protéines de fusion" fluorescentes, généralement la Green Fluorescent Protein (GFP) introduites dans le microorganisme à observer.
47
La microscopie photonique en fluorescence est de même limitée par...
... la diffraction de la lumière.
48
La microscopie en fluorescence permet ___ et ___ par l'utilisation ___.
d'effectuer la quantification des microorganismes totaux et des microorganismes viables par l'utilisation de fluorochromes pénétrant l'ensemble des cellules et de fluorochromes ne pénétrant que les cellules mortes ayant une paroi ou une membrane plasmique endommagée.
49
L'hybridation fluorescente in situ est...
... le marquage de séquences d’ADN ou d’ARN spécifiques de microorganismes par des brins d’ADN, des sondes, marqués par un fluorochrome.
50
Les sondes fluorescentes peuvent être ___ à une espèce ou à un genre de microorganismes et permettent ___ d’un microorganisme dans un échantillon environnemental.
spécifiques... l’identification et la quantification
51
La cytométrie en flux (CMF) permet...
... l’analyse qualitative et quantitative de microorganismes, entraînés à grande vitesse par un flux liquide, dans le faisceau d'un laser.
52
Avec l'analyse par cytométrie en flux, les microorganismes sont analysés ___ via ___ par ou par ___.
individuellement... la lumière réémise... par diffusion ou par fluorescence à partir d’un microorganisme.
53
En analyse par cytométrie en flux, la lumière diffusée renseigne sur la ___ et la ___ de la particule ou du microorganisme.
morphologie et la structure
54
En analyse par cytométrie en flux, si la diffusion de la lumière est mesurée dans l’axe du ___, l’intensité du signal peut être corrélée avec la ___.
faisceau laser... taille et la viabilité cellulaire
55
En analyse par cytométrie en flux, avec un axe du faisceau laser sous un angle de 90°, la mesure correspond à ___.
à la structure intracellulaire de la cellule (réfringence du cytoplasme, granulosité, morphologie, rapport nucléo-cytoplasmique).
56
En analyse par cytométrie en flux, l'utilisation par exemple dans un échantillon de sang périphérique permet de distinguer ___.
les plaquettes, les lymphocytes, les monocytes et les polynucléaires.
57
En analyse par cytométrie en flux, l’émission de fluorescence est ___ ou provient d’un ___.
intrinsèque (autofluorescence) ou provient d'un marquage par un fluorochrome du microorganisme.
58
En analyse par cytométrie en flux, les ___, la ___ et ___ sont séparés par des filtres optiques et collectés par des photo-multiplicateurs. Ils sont ensuite ___, ___ et ___ par un ordinateur par l'intermédiaire d'une composante informatique et optique (un ___ et un ___).
signaux optiques, la diffusion de la lumière et les signaux en fluorescence... amplifiés, numérisés, traités et stockés... (miroir dichroïque et un filtre optique)
59
En analyse par cytométrie en flux, l’analyse individuelle est dite ___ et peut s’effectuer à la vitesse de ___.
multiparamétrique... plusieurs milliers d’événements par seconde (ex. plusieurs milliers de spores de bactéries analysées par seconde)
60
Les cytomètres en flux les plus évolués trient ___ des populations de particules d’après les propriétés ___ de celles- ci.
physiquement... optiques
61
En analyse par cytométrie en flux, les paramètres mesurés, les données statistiques associées sont représentées sous la forme de ___ ou ___.
d’histogrammes (un paramètre) ou de cytogrammes (deux paramètres) .
62
___ des bioaérosols ou des échantillons en vrac ou de surfaces peut être extrait puis analysé par biologie moléculaire pour permettre la ___ et la ___ des microorganismes totaux (___, ___, ___).
L’ADN total... la détection et la quantification... (cultivables, viables, morts)
63
Les approches moléculaires (analyse par biologie moléculaire) permettent ___, la ___, la ___ et la ___.
l’amplification de certains gènes, la caractérisation de la biodiversité, la détection d’agents pathogènes et la détection de gènes de résistance aux antibiotiques ou de virulence.
64
L’extraction de l'ADN de microorganismes ou de l’ADN total contenu dans un échantillon de bioaérosols, en vrac ou surfaces (pour analyses par biologie moléculaire) implique tout d’abord la ___, l’___, l’___ et la ___.
la lyse des cellules (ex. par des détergents, des enzymes), l'élimination des protéines, l'élimination des autres acides nucléiques (ARN) et la concentration de l'ADN par précipitation à l'alcool (ex. éthanol, isopropanol).
65
Il possible de détecter et de quantifier la présence d’une espèce (ex. Campylobacter jejuni) ou d’un regroupement de microorganismes (ex. le règne des bactéries, la famille des Enterobacteriaceae, le genre Campylobacter) à partir de ___.
l’ADN total extrait d’un échantillon environnemental.
66
La détection de gènes (pour analyse par biologie moléculaire) est possible par une réaction...
...en chaîne par polymérase (Polymerase Chain Reaction) appelée un PCR.
67
PCR permet...
... d'amplifier des petites quantités d'ADN suffisamment pour pouvoir la détecter.
68
Le PCR (analyses pas biologie moléculaire) est basé sur: ___ et ___.
l’utilisation d’une ADN polymérase initiant la synthèse d’un brin d’ADN à partir d’une extrémité d’ADN double brin et sur l’hybridation et la déshybridation de brins complémentaires d’ADN en fonction de la température.
69
Le PCR est une répétition de cycles de transition de___, de ___ cycles.
température... de 30 à 40 cycles.
70
À chaque cycle d'un PCR, il y a la phase de ___, la phase ___ et la phase ___.
dénaturation, d'hybridation et d'élongation
71
Durant la PCR, une phase de ___ initiale (généralement ___ minutes à __°C) précède les cycles de PCR proprement dit.
dénaturation, 10 à 15 minutes à 95°C.
72
La phase de dénaturation initiale d'un PCR permet entre autres de ___ et de ___.
déshybrider les ADN double brin et de briser les structures secondaires des molécules d’ADN.
73
À chaque cycle d'un PCR, il y a une phase de dénaturation (généralement __ minute à __°C) permettant de ___ et de ___.
0 à 1 minute à 95°C... séparer les ADN et de décrocher les ADN polymérases.
74
La phase d’hybridation d'un PCR (généralement __ secondes à __°C) permettant ___.
2 à 60 secondes à 56-64°C... aux amorces sens et anti-sens de s’hybrider spécifiquement, par complémentarité, aux extrémités de la séquence d’ADN recherchée
75
Dans la phase d'hybridation d'un PCR, les amorces sens et anti-sens bornant la séquence ont les extrémités...
3’ orientées l’une vers l’autre.
76
La phase d’élongation (généralement ___ secondes à __°C) permet ...
4 à 120 secondes à 72°C... aux ADN polymérases de synthétiser le brin complémentaire de l’ADN matrice à partir des amorces spécifiquement hybridées.
77
Pendant la phase d'élongation. d'un PCR, le brin d’ADN complémentaire est fabriqué à partir...
... des dNTPs libres présents.
78
À chaque cycle de PCR, le nombre de séquences d’ADN recherché est multiplié par...
deux
79
S’il y a présence du microorganisme recherché dans l’échantillon, les millions de copies du gène ou de la partie de gène spécifiquement copiée par PCR peuvent être visualisées sur...
un gel d’agarose.
80
Le gel (pour analyse suite à PCR) est coloré ___, ce qui permet de visualiser l’ADN dans le gel lorsqu’il est exposé...
au bromure d’éthidium, ou avec une autre substance fluorescente se liant à l’ADN... aux rayons UV.
81
Le PCR est dit « point final » puisque...
la présence de copies de gènes n’est connue qu’à la fin de la réaction c’est-à-dire suite aux 30 à 40 cycles de dénaturation-hybridation-élongation.
82
La ___ permet, quant à elle, de suivre la quantité d'ADN produite à chaque cycle et non pas seulement à la fin de la réaction PCR (PCR point final).
réaction en chaîne par polymérase en temps réel (real-time PCR)
83
Pendant le PCR quantitatif (real-time PCR), des ___ se fixent soit ___ ou ___.
substances fluorescentes... non spécifiquement sur l'ADN double brin ou spécifiquement sur la séquence d'ADN recherchée (ex. brins ou sondes d’ADN marquées par un fluorochrome).
84
Lors du real-time PCR, un seuil de ___ est établi et, une fois que la quantité d'ADN permet ___, un numéro de cycle PCR appelé ___ est obtenu.
fluorescence... aux sondes fluorescentes de dépasser le seuil de fluorescence... "Ct" (Cycle Threshold)
85
Lors du real-time PCR, la valeur ___ est à la base des calculs pour ___. Les valeurs ___ des échantillons sont en effet comparées à...
Ct... quantifier l'ADN de départ... Ct... celles d’une courbe étalon construite à partir de concentrations connues d’ADN recherché.
86
Les échantillons de bioaérosols, en vrac ou de surfaces peuvent de même être chimiquement analysés afin...
...d’y qualifier ou quantifier la présence de métabolites ou de composantes structurales de microorganismes cultivables, viables et morts (microorganismes totaux).
87
Les analyses chimiques sont néanmoins ___ et nécessitent des échantillons ___.
peu sensibles... très chargés en microorganismes.
88
Parmi les analyses chimiques employées, il y a la ___, la ___ et la ___.
chromatographie en phase gazeuse, la chromatographie en phase liquide à haute performance et la spectrométrie de masse.
89
Les différentes analyses chimiques permettent de détecter et de quantifier :
L’ergostérol, les β-D-glucanes, les COVMs et les mycotoxines indiquant la présence de moisissures dans l’échantillon et les acides gras hydroxylés en position 3 associés aux LPS et les acides muramiques propres aux bactéries.
90
Les métabolites et les diverses composantes structurales des microorganismes aérosolisés provenant d’un environnement intérieur ou extérieur sont généralement analysés à partir des ___ ou des ___.
solutions de lavage de filtres ou des solutions de collection de barboteurs.
91
La chromatographie en phase gazeuse (CPG) permet de ...
détecter des molécules contenues dans un échantillon très complexe, une mycotoxine donnée dans unéchantillon de bioaérosols par exemple.
92
La CPG est utilisée principalement pour...
la détection de composés gazeux ou susceptibles d'être volatilisés par chauffage.
93
Les chromatographes en phase gazeuse sont principalement composés :
d'un four (température allant de -100°C à 450 C)
d'un système d'injection (afin d’introduire et de volatiliser l’échantillon à analyser)
d'une colonne contenant la phase stationnaire
d'un système de détection
et d'un système de détendeur-régulateur pour les gaz porteurs utilisés
94
CPG brièvement:
injecteur --> injecteur traversé par gaz porteur (température appropriée pour volatilité de l'échantillon) --> colonne renfermant une phase stationnaire --> sortent de la phase
95
« phase stationnaire » de la CPG:
soit un solide adsorbant ou un liquide peu ou pas volatil.
96
Dans la CPG, le temps de séparation ou le temps de rétention des molécules dans la phase stationnaire est proportionnel à...
l'affinité des molécules pour la phase stationnaire.
97
À la sortie de la phase stationnaire de la CPG, un détecteur décèle ___ grâce à ___.
la présence des molécules séparées au sein du gaz porteur... la mesure de différentes propriétés physiques du mélange gazeux (ex. la conductibilité des différentes molécules de l’échantillon complexe).
98
Chromatogramme (de CPG):
L’ensemble des pics (sur l'écran de l'ordinateur) d’un échantillon.
99
Dans un chromatogramme (CPG), la nature des molécules est donnée par ___. L’utilisation de molécules de référence permet de mettre en relation le ___ et la ___. La surface d'un pic est de plus proportionnelle à la ___.
le temps au bout duquel apparaît le pic (temps de rétention)... temps de rétention et la nature chimique d'une molécule... quantité de la molécule représentée par le pic.
100
La chromatographie en phase gazeuse peut être utilisée pour l’identification des ...
... acides gras membranaires des bactéries.
101
La chromatographie en phase liquide à haute performance (CLHP) permet la détection de ___ en fonction de ___.
molécules composant un échantillon complexe en fonction de l'hydrophobicité des molécules.
102
Les CLHP sont principalement composés :
d’une pompe servant à injecter sous pression la phase mobile dans la colonne
d'une colonne contenant la phase stationnaire
d'un système d'injection (ex. l’injecteur seringue)
d'un système de détection.
103
CLHP brièvement:
Échantillon poussé par une phase mobile liquide (ex: alcools) dans colonne de phase stationnaire
104
Phase stationnaire de CLHP est constituée de ___ et sa nature dépend de ___. Peut être un composé ___ à grand pouvoir ___.
très petits grains... de la quantité de molécules présentes dans l'échantillon complexe à analyser... solide à grand pouvoir d'adsorption.
105
Chromatographies de CLHP qui se différencient par la nature de la phase stationnaire:
Chromatographie d'absorption, chromatographie de partage, chromatographie par échange d'ions et chromatographie d'exclusion stérique.
106
Lors de la CLHP, les molécules sont plus ou moins retenues à la surface de la phase stationnaire par ___ selon ___.
adsorption physique... leur polarité.
107
Chromatographie de partage sépare molécules selon...
...l'affinité des molécules à la phase stationnaire et mobile.
108
Lors de la CLHP, l'affinité dépend de...
... la polarité des molécules.
109
La phase stationnaire de la chromatographie par échange d’ions (CLHP) est constituée...
...d’une résine insoluble munie de groupes fonctionnels dissociateurs (ex: SO3H) pour les échangeurs de cations et de (N(R)3) pour les échanges d'anions.
110
La chromatographie d’exclusion stérique utilise une phase stationnaire composée de ___ et les moléculessont ainsi séparées selon ___. Les molécules ayant un diamètre supérieur à celui des pores ___. Le temps de rétention des molécules dans la colonne est inversement proportionnel au diamètre des molécules.
d’un matériau poreux (ex. grains de silice ou de polymères)... la dimension moléculaire... ne peuvent pénétrer et ne sont pas retenues...
111
Il y a plusieurs types de détecteurs associés à la CLHP:
le détecteur à absorption UV ou visible, le détecteur à indice de réfraction, le détecteur UV à barrette de diodes, le détecteur à fluorescence, le détecteur évaporatif à diffusion de la lumière et le détecteur de type spectromètre de masse.
112
une analyse CLHP se présente sous la forme d'une courbe ___ en fonction ___.
du signal détecté en fonction du temps soit un chromatogramme.
