Mini-tests Flashcards
Qu’est-ce qu’un plasmide?
Molécule d’ADN double brin circulaire, présente à l’état naturel dans le cytoplasme de
certains types de bactéries, capable de se répliquer et d’être transmis aux cellules filles. Un plasmide est
généralement plus petit que le chromosome bactérien.
Quelles sont les principales caractéristiques du plasmide?
Circulaire
Double-brin
Présent dans le cytoplasme de
plusieurs espèces bactériennes
Réplication autonome
Présence de divers gènes (résistance aux antibiotiques,
métaux lourds).
Est-ce que E.coli peut être dangereux pour ceux qui l’utilisent en biologie moléculaire? Expliquer.
Mais non! Ces souches utilisées en laboratoire sont dépourvues de caractère virulent
Quels sont les organismes qui ont progressivement remplacé E.coli en biologie moléculaire?
Levure (Saccharomyces), mouche à fruit (drosophile), ver rond (Caenorhabditis elegans) et les cellules humaines.
Qu’est-ce qu’une mini-prep ?
C’est un procédé d’extraction d’ADN plasmidique sur un petit volume de culture bactérienne.
Quel est le rôle de la solution alcaline dans la miniprep ?
La dénaturation de l’ADN et des protéines.
Quel est le rôle du SDS dans la miniprep ?
La lyse cellulaire.
Quel est le rôle de la solution d’acétate de potassium et de sel dans la miniprep ?
Acétate de potassium : Acidifier le milieu, renaturation des plasmides
Sels : Permet à l’ADN de se fixer au filtre de silice
Quel est le rôle du tampon EB dans la miniprep ?
Éluer l’ADN
Quel est le rôle du tampon PB dans la miniprep ?
Éliminer les endonucléases
Pourquoi fait-on un lavage avec l’éthanol dans la miniprep?
Pour enlever les impuretés qui sont dans l’ADN plasmidique.
Quelle association n’est pas possible dans une molécule d’ARN ?
a. C-G
b. A-T
c. A-U
d. G-C
b
À propos de la molécule d’ARNm, quelle affirmation est vraie ?
a. Contient du désoxyribose comme sucre
b. Est constituée de thymine
c. Est une copie presqu’identique du brin codant d’ADN
d. Est formée de deux hélices
c
À propos des chaînes d’ADN, quelle affirmation est vraie ?
a. Elles contiennent du désoxyribose comme sucre
b. Elles sont constituées en partie de cytosine
c. Elles sont habituellement double brin
d. Elles sont complémentaires
e. Toutes ces réponses
e
À propos de l’ADN des êtres vivants. Tous les énoncés suivants sont vrais concernant les différences entre l’ADN des êtres vivants sauf un, lequel ?
a. La séquence des bases
b. La nature (constitution) de l’ADN
c. Le nombre de molécules d’ADN (le nombre de chromosomes)
d. La longueur de la molécule
b
Tous les énoncés suivants sont vrais à propos du génome des êtres vivants sauf un, lequel ?
a. Constitué de gènes nécessaires à la fabrication de protéines
b. Retrouvé à l’intérieur de chaque cellule du corps humain (sauf les globules rouges)
c. Représente l’ensemble des molécules d’ADN contenues dans un chromosome d’une espèce
d. Contiennent des séquences répétitives
c - On ne peut parler de plusieurs molécules dans un chromosome… le chromosome EST une molécule d’ADN superenroulée. Et l’ensemble des molécules d’ADN sont dans plusieurs chromosomes
Toutes les affirmations suivantes concernant la biologie moléculaire sont fausses sauf une, laquelle ?
a. Un nucléotide est formé d’un sucre, d’une base azotée et d’un groupement phosphate
b. Les bases puriques sont composées de 1 cycle et les bases pyrimidiques de 2 cycles
c. La thymine et la cytosine sont des bases puriques
d. La guanine et la cytosine sont des bases puriques
a
Laquelle des propositions suivantes sur la complémentarité des bases est vraie ?
a. Dans l’ADN, les paires A et T sont stabilisées par 3 liaisons hydrogène
b. Dans l’ADN, les paires C et G sont stabilisées par 3 liaisons hydrogène
c. La base adénine est exclusivement complémentaire avec la thymine
d. La base cytosine est exclusivement complémentaire avec l’uracile
b
- Laquelle des affirmations suivantes sur la biologie moléculaire est fausse ?
a. Le sucre de l’ADN est le désoxyribose tandis que celui de l’ARN est le ribose
b. La durée de vie des ARNm est très courte
c. L’ADN et l’ARN sont constitués de deux hélices
d. La thymine est remplacée par l’uracile dans la molécule d’ARN
c
- Laquelle des affirmations suivantes sur la biologie moléculaire est fausse ?
a. Le sucre de l’ADN est le désoxyribose tandis que celui de l’ARN est le ribose
b. La durée de vie des ARNm est très courte
c. L’ADN et l’ARN sont constitués de deux hélices
d. La thymine est remplacée par l’uracile dans la molécule d’ARN
c
- À propos des bases nucléotidiques, laquelle des affirmations suivantes est vraie ?
a. Sont des composés cycliques phosphatés
b. Dérivent d’un noyau purique ou pyrimidique
c. Entrent uniquement dans la composition de l’ADN
d. Sont au nombre de 4
b
Sur quel carbone du sucre (ribose ou désoxyribose) la base azotée est-elle fixée au nucléotide ?
a. 1
b. 2
c. 3
d. 4
e. 5
1
- Dans une chaîne d’acides nucléiques, les nucléotides sont fixés entre eux par quel type de liaison?
a. Peptidique
b. Glucidique
c. Phosphodiester
d. Phosphorique
e. Hydrogène
c
De quoi est constitué un nucléotide ?
a. Un sucre et un phosphate
b. Un sucre et une base
c. Un sucre, un phosphate et une base
d. Une base et un phosphate
e. Aucune de ces réponses
c
À propos de l’ARN de transfert (ARNt), lequel des énoncés suivants est faux ?
a. Porte un acide aminé à son extrémité 3’
b. Est constitué d’une séquence de 3 nucléotides qui reconnait une séquence de 3 nucléotides sur l’ARNm
c. Est porteur du codon
d. Possède une courte séquence d’ARN antiparallèle et complémentaire au codon de l’ARNm
c
- Quelles sont les principales différences entre l’ADN et l’ARN?
Le sucre est un ribose chez l’ARN et un désoxyribose dans l’ADN. L’uracile remplace la thymine dans l’ARN. L’ARN est généralement simple brin et non double brin comme l’ADN. L’ARN est instable, l’ADN est stable
- À quoi doit-on l’interaction entre les deux brins d’ADN?
Aux liaisons hydrogène.
- Quel type de liaison unit les nucléotides dans une molécule d’acide nucléique?
Liaison phosphodiester
- La double hélice de l’ADN possède deux brins de polarité opposée : on dit donc qu’ils sont …
antiparallèles
- Quelle est la sous-unité de base de la chromatine?
Le nucléosome
- Sur le brin matrice de l’ADN, on trouve le triplet suivant : CGC.
a. Quel est le codon correspondant?
b. Quel est l’anticodon correspondant?
c. Quel est l’acide aminé correspondant?
a.GCG
b.CGC
c. Alanine
Ce sont les bases azotées telles que la thymine et la cytosine
Pyrimidines
Se dit du brin d’ADN qui sera copié en ARNm
codant
Enzyme responsable de l’ajout de nucléotides lors de la réplication de l’ADN
polymérase
Processus par lequel sont ajoutés 150 à 200 résidus d’adénine en 3’ sur l’ARNm
polyadénilation
Processus par lequel l’ARNm est converti en une séquence d’acides aminės.
traduction
Sucre qui compose la molécule d’ADN.
Désoxyribose
Première étape de la transcription d’ADN
initiation
Acide ribonucléique
ARN
Processus par lequel l’ADN est copié en ARNm
Transcription
Processus par lequel l’ADN est recopié (en ADN).
Réplication
Enzyme nécesssaire à l’ouverture de l’hélice lors de la réplication.
Hélicase
Se dit d’une molécule d’ADN sous sa forme condensée dans le noyau cellulaire
Chromosome
Liaison permettant l’interaction entre les deux brins d’ADN
Hydrogène
Molécule composée d’un sucre, d’une base azotée et d’un groupement phosphate.
nucléotide
Molécule permettant d’amener l’information nucléaire au cytoplasme pour la synthèse de protéines
ARNm
Unité composant le nucleotide et généralement associée à une lettre.
Base azotée
Sous-unité de base du chromosome.
Nucléosome
Enzyme nécessaire à l’ajout d’amorces d’ARN lors de la réplication.
Primase
Molécule composée d’une base azotée et d’un sucre
Nucléotide
Protéine constituant le coeur du nucléosome
Histone
Liaison permettant l’union des nucleotides dans une molécule d’acide nucléique.
phosphodiester
Deuxième étape de la transcription
Élongation
Se dit des bases azotées telles que l’adénine et la guanine.
Purines
Se dit du brin d’ADN qui sera utilisé pour créer une copie de l’ADN codant
matrice
Acide désoxyribonucléique
ADN
L’une des pyrimidines.
thymine
Dernière étape de la transcription
terminaison
L’une des pyrimidines.
cytosine
Groupement qui compose le nucleotide
Phosphate
Les purines
Adénine, Guanine
Est-il possible de rendre une extrémité 3’ saillante simple brin en une extrémité franche en remplissant la portion
simple brin? Expliquer
Ce que nous avons :
5’ NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN –OH 3’
3’ OH -NNNNNNNNN 5’
Ce n’est pas possible car il n’existe aucune polymérase à ADN capable de synthétiser de l’ADN à partir d’une
extrémité 5’ libre. La seule façon de rendre une extrémité 3’ saillante en extrémité franche est de dégrader la
portion simple brin.
Dans une réaction de 40 ul, quelle quantité maximale d’enzymes peut-on mettre si l’enzyme A possède une activité
de 20 000 U/ml et l’enzyme B une activité de 10 000 U/ml? Combien de tampon 10X et combien d’eau devez-vous
ajouter si vous voulez digérer 5 ug d’ADN ayant une concentration de 1ug/ul?
Pour les enzymes :
Dans 40 ul, il faut un maximum de 4 ul d’enzymes.
Comme l’enzyme B a une activité deux fois plus faible, on doit en mettre deux fois plus que l’enzyme A.
Un peu d’algèbre si nécessaire : a + 2a = 4 ul
a = 4/3 = 1.33 ul
Donc 1.33 ul pour l’enzyme A et 2.67 ul pour l’enzyme B.
Pour le tampon 10X, il doit être utilisé à une concentration finale de 1X.
Donc 4 ul pour un volume total de réaction de 40 ul.
Pour l’ADN : on aura besoin de 5 ul
Combien d’eau? 40 ul – 1.33 – 2.67 – 4 – 5 = 27 ul d’eau.
Quelle est l’origine des enzymes de restriction?
Bactérienne
Qu’est-ce qui distingue l’endonucléase de l’exonucléase?
L’endonucléase est une enzyme qui coupe à l’intérieur de
la chaîne d’ADN, contrairement à l’exonucléase que coupe à partir des extrémités.
Qu’est-ce qu’un palindrome?
Une séquence de nucléotides identique de 5’ en 3’ sur les deux brins
Que sont les isoschizomères?
Deux enzymes différentes qui reconnaissent le même site de restriction.
Qu’est-ce que l’activité étoile?
Phénomène par lequel une enzyme de restriction, dans des conditions non
optimales, effectuera des digestions de l’ADN à des sites différents de son site de reconnaissance normal (non
spécifique).
Quelle précaution est essentielle avec les enzymes de restriction en biologie moléculaire?
Manipulation sur glace
Comment agit la ligase sur deux brins d’ADN digérés par une enzyme de restriction?
Elle reconstitue la liaison
phosphodiester entre le groupement phosphate d’un carbone 5’ et le groupement hydroxyle d’un carbone 3’ de
deux nucléotides adjacents des brins d’ADN.
À quoi sert la phosphorylation de l’ADN en biologie moléculaire? Quelle est l’enzyme utilisée?
? Elle permet le
marquage radioactif de l’ADN grâce à la polynucléotide kinase du phage T4. La déphosphorylation, elle, prévient la
ligation d’ADN au cours de constructions de molécules d’ADN.
Quelle est l’utilité du magnésium dans certains tampons de réaction en biologie moléculaire?
? Il agit comme
cofacteur des enzymes de restriction.
. À quoi peut-on généralement attribuer une digestion enzymatique incomplète?
Enzyme mal entreposée, mauvais
tampon, temps de digestion trop court, impuretés dans l’ADN, température de digestion incorrecte
En quoi le glycérol peut-il influencer l’activité de l’enzyme de restriction? Comment y remédier?
Il inhibe l’activité
de l’enzyme de restriction. On peut l’éviter en s’assurant que le volume d’enzymes ne dépasse pas 1/10 du volume
total de réaction.
.Quelles sont les conditions habituelles d’activité de l’enzyme de restriction en biologie moléculaire?
37 degrés
Celsius pendant deux heures.
À l’aide de vos notes de cours, déterminer le type d’extrémité que produira la digestion de l’ADN par l’enzyme :
a. EcoRI 5’
b. HaeIII
c. SmaI
d. PstI
a. saillantes (cohésives)
b. franches
c. franches
d. 3’ saillantes (cohésives)
Quelle est la charge globale nette de l’ADN? Comment l’expliquez-vous?
Charge globale nette négative.
Attribuée aux groupements phosphate.
Quelle est l’utilité dans l dans l’analyse sur gel d’agarose
a) du peigne ?
b) du colorant?
c) du glycérol ?
a) Formation des puits dans le gel.
b) Visualiser la progression de la migration dans le gel et faciliter le dépôt des échantillons dans
les puits.
c) Augmenter la densité de l’échantillon pour faciliter la descente de celui-ci dans le fond du
puits.
Qu’est-ce qui détermine la distance de migration des molécules d’ADN dans le gel d’agarose?
La taille, la
charge et la conformation 3D
Quelles sont les 3 formes sous lesquelles ont peu retrouver l’ADN plasmidique?
Linéaire, relâchée,
superenroulée
Vrai ou Faux : Plus la molécule est courte, plus elle se déplace rapidement dans le gel d’agarose.
V
Vrai ou Faux : La taille influence davantage la migration que la conformation 3D
V
Quelle est l’utilité des échelles d’ADN?
Servir de référence pour déterminer la taille des bandes obtenues pour
notre échantillon.
Pourquoi un graphique peut-il être utile pour déterminer la taille des molécules d’ADN suite à une migration
sur gel d’agarose?
Parce que le logarithme de la longueur des fragments est inversement proportionnel à la
distance parcourue sur le gel (migration). Il est donc possible d’obtenir une droite qui nous servira ensuite à
déterminer la taille de nos inconnus.
En quoi le tampon est-il important dans la migration de l’ADN?
C’est lui qui permet d’obtenir un champ
électrique entre les deux électrodes grâce à sa force ionique.
Dans quelle situation faut-il privilégier l’analyse sur gel de polyacrylamide?
De façon générale, lorsqu’il s’agit
de plus petits fragments. Mais aussi lorsqu’on veut séparer des fragments qui ne se distinguent que par
quelques bases puisque ce gel permet une meilleure résolution que l’agarose.
Qu’est-ce qui distingue principalement le gel dénaturant du gel non dénaturant de polyacrylamide au niveau
de leur utilité?
La possibilité de faire migrer de l’ADN simple brin (pour le dénaturant) qui permet de séparer
deux bandes qui se différencient d’une seule paire de bases.
Pourquoi le gel de polyacrylamide ne peut-il pas être coloré au BET lors de sa préparation?
Parce que le BET
empêchera la polymérisation du gel. Il faut colorer le gel après la migration.
Quelle concentration d’agarose utiliseriez-vous pour séparer un fragment d’ADN de 750 pb d’un fragment de
a. 975 pb?
b. 1,5 kb?
c. 3,8 kb?
d. 725 pb?
a. 975 pb? Entre 1 et 2%
b. 1,5 kb? Entre 1 et 2%
c. 3,8 kb? Entre 1 et 1,25%
d. 725 pb? Impossible à séparer avec un gel d’agarose
Ces pourcentages proviennent du tableau dans vos notes de cours (Concentration d’agarose et gamme de
tailles idéales en kb)
À quoi sert le colorant de chargement?
Il contient les deux colorants et le glycérol, donc il permet de faciliter le
dépôt dans le puits, visualiser la migration et augmenter la densité des échantillons qui se déposeront au fond
des puits.
Combien de bandes trouve-t-on sur un gel lorsqu’on dépose une fraction d’une préparation d’ADN plasmidique
fraîche, et à quoi correspond chaque bande?
? Deux bandes principales. Du haut vers le bas du gel : circulaire
relâché et circulaire superenroulé, on peut aussi obtenir une 3e
bande (linéaire)
