mb Flashcards
1
Q
proteini sekretnog puta
A
sintetiziraju se na ribosomima koji su vezani na membranu endoplazmatskog retikuluma
lokalizirani su u endoplazmatskom retikulumu, golgijevom aparatu, vakuoli ili izbačeni iz stanice
2
Q
proteini sintetizirani na slobodnim ribosomima
A
proteini jezgre, mitohondrija i peroksisoma
3
Q
uzvodna sekvenca
A
ispred početka transkripcije
označava se -
promotorsko mjesto
4
Q
nizvodna sekvenca
A
iza početka transkripcije
označava se +
kodirajuća sekvenca
5
Q
tri faze trasnkripcije
A
inicijacija
elongacija
terminacija
6
Q
idealna sekvenca za vezanje RNA polimeraze
A
konsenzus sekvenca
7
Q
mjesta koje prepoznake sigma podjedinica RNA polimeraze kod prokariota
A
TATA box
7 nukleotida na -10
8
Q
RNA polimeraza footprint
A
od -10 do -50
9
Q
jaki promotori
A
oni koji su sličniji konsenzus sekvenci pa imaju veću učestalost započinjanja transkripcije
10
Q
slabi promotori
A
imaju manju sličnost konsenzus sekvenci i imaju manju učestalost inicijacije transkripcije
11
Q
trp operon
A
sadrži pet gena koji kodiraju za proteine koji sudjeluju u metabolizmu triptofana
svi geni su pod regulacijom jednog promotora
12
Q
šta se dobije traskripcijom gena u trp operonu (i za prokariote i za eukariote)
A
policistronska mRNA koja ima 5 različitih mjesta za početak translacije i dobije se 5 različitih proteina
kod eukariota se ovi geni nalaze na 4 različita kromosomima, svaki ima svoj primarni traskrip
13
Q
regulacija trp operona
A
na razini pre-inicijacije, tj. pre-inicijacijskog kompleksa jer vezani represor onemogućuje vezanje polimeraze te samim time nastajanje pre-incijacijskog kompleksa
14
Q
lac operon
A
tri gena pod regulacijom jednog operona
produkti tih gena sudjeluju u metabolizmu laktoze
15
Q
o koliko parametra ovisi regulacija ekspresije lac operona
A
o dva parametra, tj. dva proteina
1. represor- ako je na njega vezana alolaktoza on se ne može vezati na operator
2.CAP-protein- ovisi o razini glukoze (niska razina glukoze-nastaje cAMP)
16
Q
šta se veže na operator kod lac operona?
A
samo represor, nikako CAP-protein
17
Q
operator kod lac operona
A
ima tri operatorske regije O1, O2, O3
represor je dimerni protein koji stupa u interakciju sa dvije regije (ili O1 i O2 ili O1 i O3)
mutacija u O2 i O3 smanjuje represiju za 70%
18
Q
gen glnA
A
kodira za glutaminsintetazu
19
Q
RNA polimeraza kod gena glnA
A
cijelo vrijeme je vezana na promotor jer nema represora
20
Q
enhenceri
A
mjesta vezanja aktivatora, tipični za eukariote, nalaze se udaljeniji od mjesta početka transkripcije uzvodno ili nizmodno
mogu biti unutar strukturnih gena
21
Q
ntrB domene
A
senzor domena i transmiter domena
22
Q
ntrC domene
A
regulatorna i DNA binding domena
23
Q
geni za transport/metabolizam fosfata-proteini koji sudjeluju u regulaciji i domene
A
PhoR- transmiter
PhoB- reciever i DNA binding domena
24
Q
leader sekvenca
A
nalazi se prije strukturnih gena, poslije operatora i početka mjesta transkripcije promotora
25
što se nalazi u regiji 1 leader sekvence kod trp opeona
2 kodona za triptofan
to je puno za tako malu regiju od oko 15ak nukleotida
to stanica koristi da zna ima li triptofana u stanici
26
mehanizam regulacije na razini elongacije kod trp operona
šta se događa kad ima i kad nema triptofana?
leader sekvenca
4 regije
nema triptofana komplementarno se sparuju 2 i 3 regija- nastavak transkripcije
ima triptofana komplementarno sparivanje 3 i 4 regije - prekid transkripcije
27
kontrola terminacije transkripcije kod B. subtilis
šta kada ima purina i kada nema?
-na 5' kraju prije mjesta početka transkripcije dolazi do formiranja strukture koja se naziva aptamerska struktura
-ta regija se može nalaziti i na 3' kraju i ona se ne transkribira
-kada ima purina on se veže na tu strukturu i to je signal za terminaciju transkripcije
-kada nema purina formira se druga struktura koja ne označava terminaciju
28
TATA box
regija koja je bitna za prepoznavanje mjesta gdje će se vezat RNA polimeraza. Na TATA box se veže TATA-binding protein
nalazi se uzvodno od mjesta početka transkripcije
na +1 ima A, a na -1 T ili C
29
promotor proksimalni elementi
kod eukariota
važni za vezanje transkripcijskih faktora, regulatora itd.
nalaze se još uzvodnije od promotora
30
UAS kod kvasaca
upstream activating sequence
promotor proksimalni elementi
31
CpG otoci
C i G povezani fosfatom
mjesta na kojima može doći do inicijacije transkripcije
32
RNA polimeraza kod eukariota
tri različite RNA pol (I, II, III)
I- sinteza rRNA
II- sinteza mRNA
III- sinteza tRNA
33
kako se označavaju opći transkripcijski faktori?
TF pa broj (II za RNA pol II) i slovo
34
formiranje pre-inicijacijskog kompleksa
-TATA binding proteon (TBP) je dio TFIID kompleksa i on se veže na promotorsku regiju
-nakon vezanja TFIID vežu se i TFIIA i TFIIB i to na neki način omogućuje vezanje RNA pol
-nakon vezanja RNA pol veže se i TFIIF i dobijemo srž pre-inicijacijskog kompleksa
-dokazano uvođenjem mutacija i sve su bile letalne
35
kako se dobije zatvoreni pre-inicijacijski kompleks?
-dolazi do povezivanja faktora TFIIE i TFIIH (on je bitan jer ima kinaznu i helikaznu aktivnost pa pomaže RNA poli u formiranju transkripcijskog mjehurića, razdvajanje lanaca i pronalaska mjesta početka transkripcije)
-kada se ta dva faktora povežu dolazi do formiranja zatvorenog pre-inicijacijskog kompleksa
36
otvoreni pre-inicijacijski kompleks
TFIIH helikaznom aktivnošću razdvaja lance DNA i formira se transkripcijski mjehurić i onda govorimo o otvorenom pre-inicijacijskom kompleksu
37
uloga karboksilne terminalne domene RNA polimeraze kod formiranja elongacijskog kompleksa
TFIIH svojom kinaznom aktivnošću fosforilira serinske ostatke u karboksi terminalnoj domeni RNA pol i to omogućuje otpuštanje inicijacijskih faktora i vezanje leongacijskih faktora
-prelazak iz inicijacijskog kompleksa u elongacijski
38
looping DNA
vezanjem aktivatora na promotor proksimalne elemente i/ili enhancere omogućuje looping DNA
-aktivatori dolaze u kontakt sa RNA pol ili sa nekim od općih transkripcijskih faktora, dolazi do promjene konformacije i čvršćeg vezanja RNA pol i započinjanja transkripcije
39
Clamp domena
nalazi se na RNA pol koja je otvorena kada se veže na DNA i tu dolazi do izlaska RNA molekule
40
aktivatori kod eukariota-domene i navesti koliko ima kojih domena u kvascu i viših eukariota
-aktivacijska i DNA binding domena
ima i fleksibilno proteinska domena koja
-nije baš prava domena
-kod kvasca jedna aktivacijska (C terminalni kraj) jedna binding (na N terminalnom kraju)
-kod višik eukariota uvijek jedna binding domena, a može biti više aktivacijskih domena
41
mehanizmi regulacije aktivatora
1. regulacija sinteze proteina- aktivatora
2. vezanje liganda (primjer kod CAP proteina i cAMP kod lac operona)
3. fosforilacija (primjer NtrC protein kod glnA gena)
4. dodatna podjedinica
42
represori kod eukariota
karakteristike i domene
-oni se ne vežu na DNA pa ne dolazi do mehaničkog ometanja kod vezanja RNA pol
-imaju dvije domene: DNA vezajuću domenu i represorsku domenu
43
represori kod eukariota-mehanizmi
1. situacija kada represor i aktivator imaju iste vezajuće domene tako da se aktivator i represor natječu za vezanje i to ovisi o koncentraciji protein, ali i afinitetu te DNA vezajuće domene
2. situacija je kad represor i aktivator imaju različite vezajuće domene, ali se nalze u blizini tako da se represorska domena represora veže na aktivacijsku domenu aktivatora i tako onemogućuje vezanje aktivatora na opće transkripcijske faktore ili RNA pol i onemogućuje djelovanje aktivatora
3. situacija aktivator i represor se vežu na različita mjesta, ali se represor veže na opće transkripcijske faktore i tako onemugućuje vezanje aktivatore na OTF i tako ne dolazi do transkripcije
44
na šta djeluje represor kod eukariota?
djeluje na aktivatore, on onemogućuje funkciju aktivatora jer je aktivacija aktivatora glavni mehanizam regulacije transkripcije u eukariota
45
enhanceosom
više od dva vezna mjesta koja su isprepletena kod enhancera i omogućuje vezanje više aktivatora
46
CIS elementi
elementi koji se vežu bliže ili dalje od promotora na regije (promotor proksimalne regije ili enhenceri)
47
na šta se vežu aktivatori kod eukariota?
na promotor proksimalne regije (UAS kod kvasca) i enhancere
48
kod eukariota što je važno pored aktivatora za početak transkripcije?
vezanje koaktivatora
važan je i medijator
49
što koaktivatori rade kod aukariota?
oni služe na neki način da povezuju aktivatore, tj. aktivacijsku domenu aktivatora sa općim transkripcijskim faktorima i/ili RNA pol
50
od čega se sastoji medijator kod eukariota?
sastoji se od nekoliko povezanih proteina
kompleks se naziva Med
51
primjeri regulacije transkripcije kod eukariota
1. regulacija protein kinaze A
2. steroidni hormoni
3. glukokortikoidni hormoni
4. interferoni
52
steroidni hormoni karakteristike
zbog svoje građe mogu proći i kroz plazma membranu i kroz jezgrinu membranu
aktivator se nalazi u jezgri
dteroidni hormon se veže na receptor i dolazi do promjene konformacije aktivatora, njegove dimerizacije, vezanje na cis element i aktivacije transkripcije
na temelju slike receptor je u jezgri
53
domene aktivatora kod glukokortikoidnih hormona
DNA binding domena
aktivacijska domena
ligand binding domena
54
šta su receptori kod interferona?navedi domene
-transmembranski proteini
-ima dvije domene; jedna je u citosolu, a druga s vanjske strane membrane, tj. u ekstracelularnom prostoru
-interferonski receptori su dimerni receptori, dimerizacija se događa tek kada se na receptor veže interferon
55
koliko vrsta histona postoji?
pet
H1 (monomer i nije dio nukleosoma), H2A, H2B, H3 i H4
56
nukleosom
DNA omotana oko histona
podjedinica kromatina
57
koliko je nukleotida omotano oko nukleosoma?
146 pb (2 namota)
58
koje posttranslacijeske modifikacije su moguće kod histonskih repova?
acetilacija
metilacija
fosforilacija
ubikvitinilacija
59
acetilacija histona
acetilira se lizinski ostatak pomoću enzima HAT, to dovodi do otpuštanja forme nukleosoma, DNA nije toliko čvrstvo vezana na histone
acetilacijom se uvodi negativan naboj i dolazi do odbijanja DNA
60
metilacija histona
dolazi do čvršćeg vezanja DNA jer metilacija uvodi pozitivan naboj
61
ubiktitinilacija
stanični signal za razgradnju proteina
62
fosforilacija histona
fosforiliraju se serinski i treoninski AK ostatci, uvodi se negativan naboj
63
kromatin remodelirajući kompleksi
koriste energiju ATP-a kako ni "povukli" DNA po nukleosomu i oslobodili neki dio regije DNA
64
otvoreni promotori
promotori koji nisu u strukturi kromatina, ekspresija je konstitutivna
65
zatvoreni promotori
promotori koji se nalaze u strukturi kromatina, ekspresija je regulirana modifikacijom i remodeliranjem kromatina, te vezanjem različitih TF, regulatornih molekula
66
za šta kodira Pho5?
za kiselu fosfatazu koja hidrolizira fosfomonoestere
67
metoda za identifikaciju regulatornih elemenata
68
analiza aktivatora transkripcije-zašto se provodi i koraci
-provodi se kako bi odredili koji su dijelovi aktivatora bitni za njegovu funkciju, određuje se funkcija pojedine domene (aktivacijska i DNA binding domena)
-prvo se konstruira konstrukt koji sadrži UAS, TATA box, reporter gen
-potrebno je uvesti delecije u genu koji kodira za protein tako da dobijemo protein koji je skraćen na N-terminalnom kraju
-tako skraćeni geni se uvode u plazmid s kojim se transformiraju stanice
-praatimo je li došlo do ekspresije reporter gena, ako nije onda smo uklonili važan dio aktivatora
-možemo i pratiti je li došlo do vezanja na UAS
69
na koji način se može dokazati da se vezajuća domena nalazi na N terminalnom kraju, a aktivacijska na C terminalnom kraju kod aktivatora?
tako da skrati određeni broj AK sa C terminalnog kraja i primjeti se smanjena aktivnost, što upućuje na to da je tamo aktivacijska, a na N terminalnom vezajuća domena
70
metode za određivanje kompleksa DNA i proteina
1. elektroforetska mobilnost, metoda pomaka u gelu (EMSA)
2. DNAse footprint, DNaza 1 otisak prsta
71
metoda pomaka u gelu
-koristi se za detekciju translripcijskih faktora koji su vezani na određene regije DNA
-provodi se elektroforeza DNA i ako je na DNA vezan protein ta DNA će imati veću masu i sporije će putovati u gelu
-također možemo izolirati regiju kada ima transrkripcije i kada nema i onda vidjeti veže li se na tu regiju neki transkripcijski faktor
72
DNAse footprint
footprint zato što vezani protein ima svoj footprint i prekriva određeni dio DNA koji onda DNaza ne može cijepati
-regija DNA na kojoj se veže protein se označi radioaktivno,
-DNaza I cijepa nasumično i onda na elektroforezi dobijemo bandove
-ako se vezao protein na tu regiju ne dobijemo band jer nije došlo do cijepanja
73
metoda za određivanje uloge proteina (aktivator ili represor)
in vivo transfecion assay
74
utvrđivanje interakcija između dva proteina
-sustav dva hibrida
pomoću interakcije između dva proteina može se zaključiti o funkciji ili lokalizaciji proteina
-ko-imunoprecipitacija
75
što radi multiproteinski kompleks egzosom?
-prepoznaje neisprvavni mRNA i razgrađuje ju pomoću egzonukleaznih podjedinica
-egzosom postoji i u jezgri i u citoplazmi
-ima 3' egzoribonukleaznu aktivnost
76
sinteza tRNA
pomoću RNA pol III
sudjeluje i egzosom koji skraćuje pretRNA da bi dobile formu tRNA koja se transportira iz jezgre u citoplazmu
77
sinteza rRNA
pomoću RNA pol I
u jezgrici i transportira se kroz jezru u citoplazmu
78
metoda za određivanje protein-DNA interakcija
ChIP=kromatin imunoprecipitacija
Ovom metodom možemo utvrditi o kojoj je točno DNA riječ i o kojem je proteinu riječ
79
ChIP metoda
-dodaje se formaldehid koji crosslinkerom povezuje DNA i protein, ali se formiraju čvršće interakcije, tj. Schiff-ove baze
-slijedi sonafikacija da DNA pokidamo na manje fragmente, važno je imati fragmente različite duljine
-na neke kraaće fragmente je vezan protein i sada želimo vidjeti na koje je vezan
-dodamo antitijelo za protein od interesa, ako je na protein vezana DNA povući će se i ona (imat ćemo antirijelo na koje je vezan protein sa DNA)
-nakon toga odvajamo DNA od proteina (temp, proteinaze)
-za provjeru prisutnosti regije koje nas zanima u DNA provedemo PCR, sekvencioniranje, hobridizaciju
-isto se provodi za provjeru vezanja proteina na RNA
80
koliko proteina se veže na mRNA i njihova uloga
-6 proteina i oko njih se veže 500-800 pb
-oni su core proteini i uvijek su prisutni na mRNA
-oni sprječavaju nastajanje sekundarnih struktura RNA, kontrolira se interakcija mRNA s drugim proteinima, oni su također važni za nastavak procesiranja
81
5' kape od čega se sastoji
sastoji se od 7-metil gvanozina i dodaje se metilna skupina na OH skupinu C2 atoma riboze prvog nukleotida u lancu
82
kojom vezom se veže 7-metil gvanizin
5-5 fosfodiesterskom vezom na prvi nukleotid mRNA koji se također metilira-takva metilacija je karakteristična za biljne i životinjske stanice
83
poliadenilacija
-započinje cijepanjem endonukleazom do nastanka 3'-OH skupine i povezivanje poliadenina
-utječe na stabilizaciju mRNA, o njoj također ovisi prepoznavanje ispravne mRNA
84
enzim koji katalizira poliadenilaciju
poliadenilat polimeraza
dio je multiproteinskog kompleksa, nije joj potreban kalup
85
ribozimi
RNA molekule koje imaju katalitičku funkciju, kataliziraju reakciju transesterifikacije kod splicinga
-samosplicing jer RNA molekula katalicira tu reakciju
86
spliceosom-šta je i podjedinice
ribonukleoproteinski komleksi koji se sastoje od snRNA i proteina (snRNP)
-podjedinice se označavaju sa U (od 1 do 6)
-sastoji se od 170 proteina
87
klasični splicing
podrazumijeva izrezivanje svih introna i povezivanje svih egzona
88
alternativni splicing
-omogućuje nastanak različitih RNA molekula i proteina, može doći do izbacivanja nekim egzona, a neki introni mogu ostati
-na taj način može doći do regulacije određenih mRNA u stanici
89
mehanizmi regulacije transkripcije s alternativnim splicingom
alternativnim splicingom dolazi do izbacivanja egzona koji npr. kodira za aktivacijsku domenu aktivatora i sada se taj aktivator može vezati na DNA, ali neće doći do aktivacije transkripcije tako da je sad taj aktivator zapravo represor
90
od čega se sastoji egzosom?
-sastoji se od 9 proteina koji su srž tog kompleksa, to su strukturni proteini
-sastoji se i od dvije egzonukleaze, oni cijepaju samo RNA molekule koje prepoznaju kao neipsravne, za prepoznavanje pomažu i kofaktori egzosoma
91
koje su podjedinice katalitičkih proteina u egzosomu?
Rrp6-podjedinica koja je aktivna u jezgri
Dis3- podjedinica koja je aktivna u citoplazmi
-u sredini se nalzi otvor kroz koji ulazi RNA koja se razgrađuje
92
mehanizmi kontrole mRNA molekula u citoplazmi
temelje se na kontroli stabilnosti mRNA ili se može kontrolirati sam proces translacije
93
načini razgradnje mRNA u citoplazmi
1. razgrana mRNA ovisna o deadenilaciji
2. razgradnja mRNA neovisna o deadenilaciji
3. mehanizam s endonukleazama
94
regulacija na razini stabilnosti mRNA
stabilnost može biti regulirana kaoodgovor na signal izvan stanice
-primjer je protein transferin
95
pozitivna kontrola translacije
postoje proteini koji funkcioniraju kao aktivatori translacije te regije na mRNA i privlače aktivatore i ribosom
96
negativna kontrola translacije
vezanje represora translacije na regiju na mRNA i onda onemogućuju vezanje ribosoma ili ga slabi
97
primjer mehanizma postranskripcijske kontrole na razini translcije
-primjer u kojem jedan protein regulira translaciju mRNA koja kodira za feritin, ali istovremeno razgrađuje mRNA koja kodira za transferin
-kontrola razine željeza u stanica
98
feritin
-veže slobodno željezo i sprječava njegovu akumulaciju u stanici
-mRNA za feritin na 5' kraju ima IRE elemente, sekundarna struktura na koje se veže IRE binding protein
-nema željeza-nema transalcije
-ima željeza-ima translacije
99
transferin
mRNA transferina na svom 3'kraju ima IRE petlje i AU bogate elemente koji utječu na nestabilnost mRNA
-nema željeza-nema razgradnje mRNA
-ima željeza-ima razgradnje mRNA
100
na šta utječe IRE binding protein?
utječe na dvije mRNA istovremeno
ima željeza-on je inaktivan, sinteza feritina, razgradnja mRNA
nema željeza-on je aktivan, nema sinteze feritina, mRNA se ne razgrađuje, sintetizira se transferin
101
RNA interferencija
šta je
koje RNA
-proces u stanici koji dovodi do utišavanja ekspresije gena, odnosno potiče degradaciju ciljane mRNA molekule
-kod eukariota se koristi za utišavanje mnogih gena
-postoje i miRNA, siRNA (mala interferirajuća molekula), shRNA (struktura ukosnice
102
kad protein postaje aktivan?
tek nakon njegovog transporta na mjesto djelovanja odnosno tek nakon ispravne lokalizacije
103
gdje se nalaze receptori u ER koji prepoznaju proteine koji nemaju funkciju u ER?
na unutrašnjoj membrani ER
104
sekretorna vezikule
u njima se uglavnom nalaze proteini koji se izbacuju van stanice
105
dva načina sekrecije
regulirana (prohormoni) i konstitutivna (albumin)
106
regulatorna sekrecija
odvija se kada su posebni uvjeti kao što je stres koji aktiviraju sekretorni vezikulu u kojoj se zatim transportiraju sekrecijski proteini
107
tko je zaslužan za usmjeravanje proteina?
signalne sekvence, određuju u kojoj organeli će se naći neki protein
-pomoću metoda GI nekim intracelularnim proteinima je dodana signalna sekvenca i oni su uspješno transportirani van stanice
108
vrste vezikula i razlika
transportne i sekretorne
u sekretnoj vezikuli se protein zadržava malo duže dok kod transportne se zadržava kratko
109
šta je SRP
-citosolni kompleks koji se sastoji od RNA i 6 proteina
-protein p54 prepoznaje signalnu sekvencu, protein p54 ima hidrofobne i bazične AK kako bi se povezao sa signalnom sekvencom i tada dolazi do zaustavljanja translacije
-hidofobne i ionske interakcije
110
glikozilacija proteina
vezanje ugljikohidrata na proteinski lanac
događa se u lumenu ER, a kod nekih proteina i u golgijevom aparatu
služi za usmjeravanje proteina na daljnje korake u sekretnom putu
111
vrtse glikozilacije proteina
O-glikozilacija i N-glikozilacija
112
koji nosač je bitan za glikozilaciju proteina
dolikol fosfat i to je transmembranski protein u ER
113
koji je protein zaslužan za uspostavljanje pravilnih disulfidnih veza kod proteina?
disulfid izomeraza (PDI)
114
gdje se nalazi signalna sekvenca kod slobodnih proteina
može biti na N ili na C terminalnom kraju proteina
115
NPC
-nuclear pore complex
-multiproteinski kompleks građen od oko 30 proteina nukleoporina
-kompleks ima prstenastu strukturu s filamentima koji strše iz njega
116
nukleoporini
-proteini koji izgrađuju NCP
-mogu biti membranski, strukturni i FG nukleoporini
117
šta je potrebno za transport proteina u jezgru?
signalna sekvenca (NLS) i citoplazmatski ekstrakt (RAN i receptor za transport)
118
mitohondrij dijelovi
matriks mitohondrija, unutarnja membrana, međumembranski prostor, vanjska membrana
119
signalna sekvenca na proteinima koja ih usmjerava u mitohondrije
-matrix targeting sequance
-nalazi se na N terminalnom kraju
-protein također mora imati jednu ili više sekvenci koja usmjerava njegovu lokalizaciju nako što uđe u mitohondrij
120
matrix targetin sequence
-ima i primarnu i sekundarnu strukturu (alfa heliks)
-karakteristike te sekundarne strukture su da se s jedne strane nalaze bazične AK, a s druge hidrofobne AK
121
promotorska regija kod eukariota
nalazi se uzvodno prije početka transkripcije , ali ona uključuje i mjesta gdje se vežu aktivatori i transkripcijski faktori, a ta mjesta se ne moraj uvijek biti uzvodno
122
trp represor je kakav protein
dimer, dvije podjedinice su simetrične i kada se one saviju dolazi do vezanja na operator
