Les techniques omiques Flashcards
Quelles types de données quantitatives faut-ils obtenir pour comprendre la structure et la fonction d’un écosystème ?
Nombre et type de microorganismes
Biomasse des populations
Niveaux d’activité
Vitesse de croissance et de mort des populations.
Dynamique des cycles et des échanges de matériel (cycles biogéochimiques)
Quel est le plus grand outils humain ?
L’imagination (la capacité, même en science, d’être créatif)
Vrai ou faux. Les écosystèmes sont complexes et variables.
Vrai
Vrai ou faux. Il est difficile de définir avec certitude la vraie nature d’une communauté microbienne.
Vrai
Qu’est-ce que le principe d’incertitude de Heisenberg ?
À l’échelle microscopique, l’action de mesurer un objet affecte l’objet et peut même le modifier.
Plus les microorganismes sont analysés en détail, plus ………..
Il y a de risques d’introduire des artéfacts
Vrai ou Faux. Quand on fait une analyse, il doit être fait sur un environnement.
Faux. L’analyse est fait sur un échantillon
Quels sont les points à considérer lors de l’interprétation des résultats ?
- Échantillonnage
- Manipulations subséquentes
- Les mesures.
L’échantillonnage augmente quoi ?
L’homogénéité.
Pourquoi on dit que l’échantillonnage est destructeur ?
Car il doit être fait de façon précise, mais il va toujours y avoir de la destruction dans les conditions initiales in vivo.
Les échantillons doivent réfléter la _______ et la ___________ des microorganismes.
- Densité
- Diversité
Quelle est la source qui représente 90% des erreurs pendant un échantillonnage ?
- Échantillonnage
- Entreposage
Quelle est la source qui représente 10% des erreurs pendant un échantillonnage?
Méthodes d’analyse
Que faut-il inclure dans une analyse ?
- Contrôles positifs et négatifs
- Faire l’analyse en duplicata ou +
Quelles sont les contraintes supplémentaires à respecter lors d’une analyse quantitative?
- Utiliser une courbe de référence
- Déterminer au préalable le LDM, LQM, la sensibilité, etc.
Que représente LID ?
Limite instrumentale de détection. (Au moins à cette valeur pour réagir à la présence de substance à étudier)
Que représente LDM ?
Limite de détection de la méthode, zone ou on veut faire quantifier
Que représente LQM ?
Limite de quantification de la méthode.
Que représente LL ?
Limite de linéarité.
Quelle est la plage pratique de la méthode de quantification dans un graphique ? (Zone ou la méthode est fiable)
Entre LQM et LL.
Que permet l’analyse de l’environnement ?
Une évaluation globale de l’activité d’une communauté microbienne donnée
Quelles informations sur les réactions métaboliques on peut obtenir avec de l’analyse environnementale?
Types de réaction métabolique
Taux (quelle quantité)
Avec l’analyse de quoi on peut faire la conception de milieux d’enrichissement ?
Analyses de l’environnement
À quoi servent les microélectrodes?
Études d’activités in vitro
Développer des milieux d’enrichissement
Que sont les radio-isotopes ?
Études des activité IN VIVO
Quelle est l’avantage prinicpale des radio-isotopes ?
Une forte sensibilité
Qu’est-ce qu’un enrichissement ?
Reproduction des conditions de la niche écologique d’un microorganisme qu’on a extrait de son environnement. (Loi dite du minimum)
Vrai ou faux. Un organisme non cultivable signifie qu’il est absent de l’environnement étudié.
Faux.
Vrai ou faux. Un enrichissement nous donne des informations sur l’importance écologie du microorganisme ou sur l’abondance.
Faux
Nommez des façons d’enrichir un environnement.
Colonne de Winogradsky
Micromanipulateurs
Microcapsules
iChip
Qu’en est-il du pH dans une colonne de Winogradsky? À quel endroit est-il acide ? basique ?
En haut : basique
En bas : acide
À quoi sert un micromanipulateur?
À percer dans une communauté afin de récupérer les mcirobes qui nous intéresse parmis d’autres.
À quoi servent les microcapsules ?
Séparer les nutriments et les microorganismes et enfermer chaque cellule dans des capsules. Ensuite on remélange avec milieu de culture et on laisse croitre.
Vrai ou faux. Les microcapsules ont un grand taux de succès.
Faux. Vraiment rès complexe.
Quelle méthode d’enrichissement permet de faire croitre jusqu’à 50% des microorganismes du sol?
iChip
À quoi sert iChip?
Dispositif pour l’obtention de cultures bactériennes en milieu naturel. Son emploi se révàle approprié du fait qu’une faible fraction des populations de bactéries peuvent être cultivées dans un milieu naturel.
Quelle est la solution alternative pour étuider des microorganismes qui ne sont pas cultivables?
Étude de l’ADN
Nommez les techniques de coloration.
DAPI
Coloration de viabilité
Anticorps fluorescents
Protéines fluorescentes vertes
Décrivez la technique de coloration DAPI.
Substance avec une affinité pour un acide nucléique, on peut voir les microorganismes ou les cellules grâce à sa capacité à devenir fluorescent.
Avec DAPI, quelles sont les méthodes de détection du signal ?
Microscopie à fluorescence
Cytofluorimétrie.
Quel est l’inconvénient de la méthode DAPI ?
La coloration n’est pas spécifique. Va colorer TOUT ce qui contient de l’ADN
Décrivez la méthode de coloration de viabilité.
Coloration des cellules avec de l’iodure de propidium (rouge) et de SYTO9 (vert). Les cellules vivantes apparaitrons vertes et les mortes rouges.
Pourquoi, lors de la coloration de viabilité, en mettant les deux colorants, ils y en a des vertes et d’autres rouges?
Car l’iodure de propidium (rouge) va pénétrer les membranes (qui sont très poreuses quand cellule morte), tandis que le SYTO9 ne traverse pas les membranes et se met à la surface de celles-ci.
Quels sont les deux types d’anticorps ?
Primaire et secondaire
Quelle est la différence entre les anticorps primaires et les anticorps secondaires ?
Primaire : Couplé au chromophore directement
Secondaire : couplé à d’autres anticorps
Nommez des limites de la microscopie
Limite de résolution
Difficulté à distinguer mort vs vivant, ou cellule vs matière
Pas d’évaluation de la diversité
Décrire la méthode FISH
Hybridation fluorescente in situ
Ce sont des amorces (sondes) nucléotidiques fluorescentes qui sont spécifiques à la cible que l’on veut observer/mettre en valeur
Comment on choisi une cible dans la technique FISH ?
Idéalement abondante dans la cellule pour avoir un signal fort
Spécifique
Quelle est la meilleure cible dans la technique FISH ? Pourquoi?
Les ARN ribosomiques
Car elles sont en grande quantité dans la cellule et sont suffisament variables pour donner de la spécifité
Nommez des paramètres qui peuvent influencer l’hybridation d’une sonde/amorce.
Concentrations en ions
Température
Type de fixation de l’échantillon
