Les techniques omiques

Question 1

Quelles types de données quantitatives faut-ils obtenir pour comprendre la structure et la fonction d’un écosystème ?

Answer 1

Nombre et type de microorganismes
Biomasse des populations
Niveaux d’activité
Vitesse de croissance et de mort des populations.
Dynamique des cycles et des échanges de matériel (cycles biogéochimiques)

Question 2

Quel est le plus grand outils humain ?

Answer 2

L’imagination (la capacité, même en science, d’être créatif)

Question 3

Vrai ou faux. Les écosystèmes sont complexes et variables.

Answer 3

Vrai

Question 4

Vrai ou faux. Il est difficile de définir avec certitude la vraie nature d’une communauté microbienne.

Answer 4

Vrai

Question 5

Qu’est-ce que le principe d’incertitude de Heisenberg ?

Answer 5

À l’échelle microscopique, l’action de mesurer un objet affecte l’objet et peut même le modifier.

Question 6

Plus les microorganismes sont analysés en détail, plus ………..

Answer 6

Il y a de risques d’introduire des artéfacts

Question 7

Vrai ou Faux. Quand on fait une analyse, il doit être fait sur un environnement.

Answer 7

Faux. L’analyse est fait sur un échantillon

Question 8

Quels sont les points à considérer lors de l’interprétation des résultats ?

Answer 8

• Échantillonnage
• Manipulations subséquentes
• Les mesures.

Question 9

L’échantillonnage augmente quoi ?

Answer 9

L’homogénéité.

Question 10

Pourquoi on dit que l’échantillonnage est destructeur ?

Answer 10

Car il doit être fait de façon précise, mais il va toujours y avoir de la destruction dans les conditions initiales in vivo.

Question 11

Les échantillons doivent réfléter la _______ et la ___________ des microorganismes.

Answer 11

• Densité
• Diversité

Question 12

Quelle est la source qui représente 90% des erreurs pendant un échantillonnage ?

Answer 12

• Échantillonnage
• Entreposage

Question 13

Quelle est la source qui représente 10% des erreurs pendant un échantillonnage?

Answer 13

Méthodes d’analyse

Question 14

Que faut-il inclure dans une analyse ?

Answer 14

• Contrôles positifs et négatifs
• Faire l’analyse en duplicata ou +

Question 15

Quelles sont les contraintes supplémentaires à respecter lors d’une analyse quantitative?

Answer 15

• Utiliser une courbe de référence
• Déterminer au préalable le LDM, LQM, la sensibilité, etc.

Question 16

Que représente LID ?

Answer 16

Limite instrumentale de détection. (Au moins à cette valeur pour réagir à la présence de substance à étudier)

Question 17

Que représente LDM ?

Answer 17

Limite de détection de la méthode, zone ou on veut faire quantifier

Question 18

Que représente LQM ?

Answer 18

Limite de quantification de la méthode.

Question 19

Que représente LL ?

Answer 19

Limite de linéarité.

Question 20

Quelle est la plage pratique de la méthode de quantification dans un graphique ? (Zone ou la méthode est fiable)

Answer 20

Entre LQM et LL.

Question 21

Que permet l’analyse de l’environnement ?

Answer 21

Une évaluation globale de l’activité d’une communauté microbienne donnée

Question 22

Quelles informations sur les réactions métaboliques on peut obtenir avec de l’analyse environnementale?

Answer 22

Types de réaction métabolique
Taux (quelle quantité)

Question 23

Avec l’analyse de quoi on peut faire la conception de milieux d’enrichissement ?

Answer 23

Analyses de l’environnement

Question 24

À quoi servent les microélectrodes?

Answer 24

Études d’activités in vitro
Développer des milieux d’enrichissement

Question 25

Que sont les radio-isotopes ?

Answer 25

Études des activité IN VIVO

Question 26

Quelle est l'avantage prinicpale des radio-isotopes ?

Answer 26

Une forte sensibilité

Question 27

Qu'est-ce qu'un enrichissement ?

Answer 27

Reproduction des conditions de la niche écologique d'un microorganisme qu'on a extrait de son environnement. (Loi dite du minimum)

Question 28

Vrai ou faux. Un organisme non cultivable signifie qu'il est absent de l'environnement étudié.

Answer 28

Faux.

Question 29

Vrai ou faux. Un enrichissement nous donne des informations sur l'importance écologie du microorganisme ou sur l'abondance.

Answer 29

Faux

Question 30

Nommez des façons d'enrichir un environnement.

Answer 30

Colonne de Winogradsky Micromanipulateurs Microcapsules iChip

Question 31

Qu'en est-il du pH dans une colonne de Winogradsky? À quel endroit est-il acide ? basique ?

Answer 31

En haut : basique En bas : acide

Question 32

À quoi sert un micromanipulateur?

Answer 32

À percer dans une communauté afin de récupérer les mcirobes qui nous intéresse parmis d'autres.

Question 33

À quoi servent les microcapsules ?

Answer 33

Séparer les nutriments et les microorganismes et enfermer chaque cellule dans des capsules. Ensuite on remélange avec milieu de culture et on laisse croitre.

Question 34

Vrai ou faux. Les microcapsules ont un grand taux de succès.

Answer 34

Faux. Vraiment rès complexe.

Question 35

Quelle méthode d'enrichissement permet de faire croitre jusqu'à 50% des microorganismes du sol?

Answer 35

iChip

Question 36

À quoi sert iChip?

Answer 36

Dispositif pour l'obtention de cultures bactériennes en milieu naturel. Son emploi se révàle approprié du fait qu'une faible fraction des populations de bactéries peuvent être cultivées dans un milieu naturel.

Question 37

Quelle est la solution alternative pour étuider des microorganismes qui ne sont pas cultivables?

Answer 37

Étude de l'ADN

Question 38

Nommez les techniques de coloration.

Answer 38

DAPI Coloration de viabilité Anticorps fluorescents Protéines fluorescentes vertes

Question 39

Décrivez la technique de coloration DAPI.

Answer 39

Substance avec une affinité pour un acide nucléique, on peut voir les microorganismes ou les cellules grâce à sa capacité à devenir fluorescent.

Question 40

Avec DAPI, quelles sont les méthodes de détection du signal ?

Answer 40

Microscopie à fluorescence Cytofluorimétrie.

Question 41

Quel est l'inconvénient de la méthode DAPI ?

Answer 41

La coloration n'est pas spécifique. Va colorer TOUT ce qui contient de l'ADN

Question 42

Décrivez la méthode de coloration de viabilité.

Answer 42

Coloration des cellules avec de l'iodure de propidium (rouge) et de SYTO9 (vert). Les cellules vivantes apparaitrons vertes et les mortes rouges.

Question 43

Pourquoi, lors de la coloration de viabilité, en mettant les deux colorants, ils y en a des vertes et d'autres rouges?

Answer 43

Car l'iodure de propidium (rouge) va pénétrer les membranes (qui sont très poreuses quand cellule morte), tandis que le SYTO9 ne traverse pas les membranes et se met à la surface de celles-ci.

Question 44

Quels sont les deux types d'anticorps ?

Answer 44

Primaire et secondaire

Question 45

Quelle est la différence entre les anticorps primaires et les anticorps secondaires ?

Answer 45

Primaire : Couplé au chromophore directement Secondaire : couplé à d'autres anticorps

Question 46

Nommez des limites de la microscopie

Answer 46

Limite de résolution Difficulté à distinguer mort vs vivant, ou cellule vs matière Pas d'évaluation de la diversité

Question 47

Décrire la méthode FISH

Answer 47

Hybridation fluorescente in situ Ce sont des amorces (sondes) nucléotidiques fluorescentes qui sont spécifiques à la cible que l'on veut observer/mettre en valeur

Question 48

Comment on choisi une cible dans la technique FISH ?

Answer 48

Idéalement abondante dans la cellule pour avoir un signal fort Spécifique

Question 49

Quelle est la meilleure cible dans la technique FISH ? Pourquoi?

Answer 49

Les ARN ribosomiques Car elles sont en grande quantité dans la cellule et sont suffisament variables pour donner de la spécifité

Question 50

Nommez des paramètres qui peuvent influencer l'hybridation d'une sonde/amorce.

Answer 50

Concentrations en ions Température Type de fixation de l'échantillon