Lecture du génome Flashcards
Définir génome :
gènes + chromosomes
Combien y a t-il de gènes codant pour les protéines chez l’être humain?
21 306 gènes
Définition d’un gène :
région de l’ADN qui contrôle une caractéristique héréditaire particulière d’un organisme, spécifiant la synthèse d’un ARNm ou d’un ARN fonctionnel
Nommez des types de gènes possibles
Gène de : différenciation/spécialisation cellulaire, réponse cellulaire, division cellulaire, mort cellulaire
Vrai ou Faux ? La cellule utilise uniquement une partie des gènes pour fonctionner, croître, se diviser et se différencier
Vrai, 80% est utilisé
Vrai ou Faux ? Pour chaque type de cellules, il y a seulement une partie des gènes qui seront exprimés en protéines
Vrai
Vrai ou Faux ? Les cellules d’un organismes multicellulaires diffèrent considérablement du point de vue de leur génome dépendant de la structure et de leur fonction
Faux, ils ont exactement le même matériel génétique même si leur structure et leur fonction sont différente
Quel est le dogme de la biologie moléculaire
Afin de se spécialiser, de métaboliser, de croître, de se défendre et même de mourir… Une cellule doit transcrire des gènes spécifiques en ARNm, lesquels seront traduits en protéines
Nommez les évènements par lequel d’un chromosome ont est capable de former une protéine
Transcription : initiation, élongation, terminaison
Maturation des ARNm
exporté dans le cytoplasme
Traduction : initiation, élongation, terminaison
Modifications post-traductionelles
Quel est cette étape : Passage de l’ADN à L’ARN
La transcription
Définir la transcription
Processus par lequel les ARN polymérase synthétisent un brin d’ARN à partir de la lecture du code génétique retrouvé dans un gène.
Définir le brin lu, dans les brins d’ADN complémentaire
ARN polymérase va lire et polymériser un brin d’ADN avec l’acide nucléique correspondant 3’ vers 5’ (brin matrice, brin transcrit)
Définir le brin codant, dans les brins d’ADN complémentaire
Utilisé en complément de celui pour la transcription. Sa séquence est identique à l’ARNm sauf que T remplace U dans le brin codant.
La polymérisation d’un nouveau brin d’ARN par les ARN polymérases lors de la transcription se fait toujours dans quel sens pour l’attaque nucléophile phosphate?
5’ vers 3’
Vrai ou Faux ? Il y a une ARN polymérase dans le noyau
Faux, on sait pas le nombre exact, mais ses sur qu’il y en a des milliers dans le noyau et en plusieurs copies
Qui suis-je? Je dicte aux ARN polymérase l’endroit ou ils doivent s’assoir
Facteur de transcription
Vrai ou Faux ? L’ARN polymérase 2 n’est pas capable de se déplacer sur un brin d’ADN si celui-ci est condenser
Vrai
Quels sont les réactifs lors de l’initiation de la transcription
ribonucléotides triphosphates
Quels sont les protéines qui constituent la machinerie transcriptionnelle?
ARN polymérase, facteurs de transcription, d’élongation et de terminaison
Définir la machinerie transcriptionnelle
Protéines spécialisées qui permettent de lire l’ADN (gènes) afin de synthétiser (polymériser) un nouveau brin d’ARN
Donnez les deux conditions à la transcription
1) Il faut positionner les ARN polymérase aux bons endroits
2) Il faut que l’ADN (la matrice a être lue, les gènes) soit décondensé
Qui permet de décondensé l’ADN ?
Les facteurs de transcription
Qui suis-je ? Je transcrit pour la majorité des gènes qui codent pour les protéines
ARN polymérase 2
Vrai ou Faux ? Les ARN polymérase bactérienne ne peuvent, à elles seules, s’attacher solidement à l’ADN afin d’initier la transcription
Faux, ce sont les ARN polymérase eucaryotiques
Comme les ARN polymérase eucaryotique ne peuvent à elles seules s’attacher solidement à l’ADN afin d’initier la transcription de quoi avons nous besoins ?
Une boîte TATA
Qui suis-je ? sont des recruteurs d’autres protéines sur le promoteur (co-facteurs)
Facteur de transcription
** Ils sont souvent inductible = ils répondent souvent à l’environnement
Ou se fixe les facteurs de transcription ?
Sur la séquence régulatrice dans la région promotrice
Compléter :
Il existe plus de _______ facteurs de transcription qui sont codés par le génome humain
2000
Comment se nomme la région du gène ou se fixe la machinerie transcriptionnelle (ARN Pol 2 et les facteurs généraux de la transcription)?
Le promoteur
Nommez deux rôles des co-facteurs
Ils modifient l’état d’acétylation des histones ou forment le complexe multiprotéique appelé médiateur
Ou est placé la séquence régulatrice proximales et que contient elle?
-110 à -40
Boîte : CAAT
Motifs : GC
Ou est placé le promoteur minimal et que contient il?
-30 à -25
Boîte TATA : TATAAA
Les facteurs de transcriptions sont classifiés en 3 groupes, lesquelles ?
1) Les facteurs de transcriptions généraux
2) Les facteurs de transcriptions constitutifs
3) Les facteurs de transcription inductibles (répondant à l’environnement)
Qui suis-je ? Je reconnaît la boîte TATA et permet à l’ARN Pol 2 de lier le promoteur
TF2D (facteurs de transcription généraux)
Quels sont les rôles des facteurs de transcriptions généraux ?
Avec l’ARN Pol 2, ils forment un complexe (complexe basal de transcription ou complexe de preinitiation) entourant le point de départ de la transcription et déterminent ainsi le site d’initiation de la transcription
L’activateur transcriptionnel Sp1 se fixe sur les motifs riches en :
GC
L’activateur transcriptionnel CTF se fixe à la séquence :
CAAT
Quels sont les rôles des facteurs de transcription constitutif ?
Ils lient l’ADN en amont du site de démarrage de la transcription
Permettent la stabilisation de la liaison de la machinerie de transcription de base à l’ADN par leur association à des cofacteurs
Par quoi sont activés les facteurs de transcription inductibles?
Par la présence de messager chimique qui se lient à des récepteurs membranaires ou nucléaires (c-Myc)
Quels sont les rôles des facteurs de transcription inductibles (répondent à l’environnement)
Reconnaisse une séquence spécifiques sur les séquences proximales et distales
Commes les facteurs de transcription constitutif, ils permettent le recrutement de protéines impliquées dans les modifications des histones
Vrai ou Faux? Dans le 80% de génome transcrit se trouve en grande proportion les 21 306 gènes
Faux en faible proportion 2% du génome transcrit
Un cardiomyocite et un neurone sont deux cellules ayant le même matériel génétique, mais clairement pas la même fonction. Comment c’est deux cellules peuvent-elles se différencier ?
Utilisation différentiel
À quel endroit s’effectue la maturation des ARNm ?
Dans le noyau
Qu’est-ce qu’on obtient après les étapes de transcription ?
Un ARNm immature
Qu’est-ce qu’on obtient après les étapes de traduction ?
Une protéine
Voici la séquence d’un brin codant :
TCCAATGGC
Donnez son ARNm
UCCAAUGGC
Qu’elle est l’énergie utiliser lors de la transcription et à quoi sert telle ?
ATP/ GTP (déplacement de la polymérase et polymérisation)
Qui suis-je? Protéines spécialisées qui permettent de lire l’ADN afin de synthétiser un nouveau brin d’ARN
Machinerie transcriptionnelle
Vrai ou Faux? Il y a une ARN polymérase dans le noyau
Non, des milliers dans le noyau en plusieurs copie
Vrai ou Faux ? Si l’ARN ne se promène pas dans une machinerie transcriptionelle de base il n’y a pas de transcription
Vrai
Qu’elle de ses protéines est associer à l’ADN ?
a) histone
b) ARN pol
c) facteur de transcription
Toutes ses réponses
Qui suis-je? Je modifie l’état d’acétylation des histones
Co facteurs
Vrai ou Faux ? Les séquence UTR sont traduite ?
Faux, elle dicte l’utilisation d’une protéine
Quel est le rôle du promoteur minimal dans l’initiation de la transcription ?
Recrutement de l’ARN pol 2 et formation du complexe de pré-initiation
Qui suis-je? La plus petite unité nécessaire et suffisante à l’initiation de la transcription in vitro par l’ARN Pol 2 et les facteurs de transcription généraux
Le promoteur minimal
Par qui est reconnu la boîte TATA, être le plus précis possible
Via la machinerie transcriptionelle de base par la sous unité TBP (TATA binding protéines) du facteur de transcription TF2D
Le complexe TF2D présente deux sous-unités, décrivez les
Sous-unité TBP : elle reconnaît la séquence TATA
Sous-unité TAF2250 : elle acétyl les histones présente sur la chromatine
Qui suis-je? Facteur de transcription qui phosphoryse l’ARN pol2 dans le contexte du promoteur minimal
TH2H
Qui permet le recrutement de l’ARN Pol 2 au niveau du promoteur dans l’initiation de la transcription
TF2D
Nommez les joueurs qui forment le complexe de pré-initiation lorsque liés à l’ADN
ARN pol2
TF2D (TH2H et TBP)
Si le complexe de pré-initiation est près, est-ce qu’on peut transcrire directement
Non, car peut être que l’ADN n’est pas encore décondenser… séquence régulatrice proximal, distal pourrons aider pour ça
Comment est-ce que le complexe de pré-initiation se stabilise ?
TAF2250 a une activité histone acetyl transférase (HAT) permettant la déécondensation de la chromatine
Qui est le co facteur de TF2D dans l’initiation de la transcription ?
HAT
Les co facteurs HAT du complexe TF2D ont des queu avec des acides aminés glutamine, Vrai ou Faux?
Faux, lysine
Qui suis-je? Je suis chargé positivement, je suis l’unité de compaction de l’ADN
Nucléosome
Comment décondense donc l’ADN complètement ?
Il faut neutraliser la charge positive net sur les lysines, on transfert 2 carbones dessus et l’a.a deviendra neutre, pas chargé donc plus d’affinité de liaison avec des charges donc se décondensera,
elle transfert un groupement acétate à partir de de l’acétal CoA sur la lysine
Vrai ou Faux? les HAT peuvent parfois acétyles des paires de bases milles foi plus loin
Vrai, car l’ADN est souvent replier
Vrai ou Faux ? L’acétylation des histones se fait dans un seul sens
Faux, exemple HAT peut permettre de dévoiler les sites CAAT et GC riches pour que CTF et SP1 puisse venir se lier (facteurs de transcription constitutif) qui eux recruteront d’autre cofacteur pour aider cette acétylation HAT = (p300, CBP, PCAF)
Quels sont les cofacteurs qui ont des activités orientés vers la chromatine comme les histones acetyltransférases
p300, CBP, PCAF, TAF2250
Quels sont les histones acétyltransférase des facteurs de transcription constitutif dans l’initiation de la transcription
SP1 = p300, CBP, PCAF
CTF = p300, CBP, PCAF
Mise à part l’acetylation des histones, quelle est un autre rôle des HAT ?
Permet de recruter des enzymes qui remedole la chromatine, car ils ont une affinité avec l’acétate dans HAT
Complexe SWI/SNF
Il ne désenroule pas, mais il change des conformation et des éléments cacher son maintenant disponible
Qui suis-je? Complexe de remodelage de la chromatine qui coute cher en ATP
SWI/SNF
Vrai ou Faux? Les gènes avec une activité essentiel à la vie ont des promoteurs peu complexe pour permettre une transcription simple
Vrai
Quel type de FT est associer à un promoteur complexe
Facteur de transcription inductible : le médiateur dans la séquence régulatrice distales !!!
Qui suis-je? Protéines permettant aux facteurs de transcriptions inductibles d’interagir avec les FT généraux de l’ARN Pol 2, c’est la colle, aussi des rôle HAT
Le médiateur
Que lie des éléments de régulation distale?
lie des facteur de transcription inductible
Nommez une façon que les FT et l’ADN interagissent entre eux ?
Par la présence de domaines de liaison à l’ADN sur les facteurs de transcription
Nommez les différentes familles de facteurs de transcription ?
monomère : Doigt de zinc, hélice-coude-héline
hétérodimère : agrafe de leucine, hélice-boucle-héline
Qui suis-je? La base correspondant à ce site est le plus souvent une purine
Site d’initiation de la transcription (+1)
Vrai ou Faux ? Avant la présence de l’ATG (codon qui signale le lieu d’initiation de la traduction), le site d’initiation de la transcription suit une partie non codante de longueur variable (5’UTR) (il est l’exon1)
Vrai
À quoi est associer l’ARN Pol 2 à la phase d’élongation et pourquoi?
Elle est associé à une série de facteur d’élongation (EF), des protéines qui diminuent la possibilité que l’ARN polymérase se dissocie avant d’atteindre la fin du gène
Même si l’ADN est décondenser les nucléosome sont encore là ?
OUI, il faut les retirer avec FACT
Décrire le rôle de FACT, il arrive quand dans l’histoire…
FACT arrive lors de l’élongation d’ARNm.. son but est de facilité la transcription de la chromatine, il y arrive en retirant les nucléosome avant l’arrivée de l’ARN Pol 2 et une fois celle-ci arrivée le nucléosome se reforme en arrière
Qui suis-je? Séquence de reconnaissance pour la coupure du transcrit primaire
Séquence de polyadénylation (AATAAA)
Comment sont recrutés les enzymes de modification de l’ARNm ?
Suivant la phosphorylation des queue carbochimies-terminale (CTD) de l’ARN Pol 2, par la kinase TF2H
Quelles sont les étapes de la maturation des ARNm ?
- Coiffage
- Polyadénylation
- Épissage
Qu’est-ce qui permet à un ribosome de reconnaître l’ARNm ?
C’est la coiffe ajouté à tous les ARNm , la coiffe 7 méthyle guanosine en 5’
Nommez le rôle du coiffage?
Recrutement aux ribosomes et circulation (augmente la stabilité des ARNm (ARN molécule de base très instable))
Quel est le rôle de la coupure et polyadénylation d’un transcrit
stabilisation et circularisation
Grâce à l’ARN Pol 2 qui a été phosphorer par TH2H deux enzymes seront recruter à l’ARN Pol 2, lesquelles, quelle est leur rôle?
CPSF : recruter enzyme poly A à cause d’ajout d’adénosine
CstF : coupure
Vrai ou Faux? L’épissage c’est de l’ARN à l’ARNm
Faux, pré ARN à ARNm
Qui suis-je? une enzyme produite par des ARN catalytique (U1, U2, U4, U5, U6), qui permette de couper le transcrit primaire en transcrit mature
Le splicéosome (dans l’épissage)
Qui suis-je? Étape ou on réunies les différentes portions de la séquence qui codent pour une protéine (les exons).
Épissage
Le retrait d’un grand nombre d’intrants par épissage de l’ARN peut sembler un gaspillage..pourquoi est-ce que c’est faux?
L’épissage de l’ARN permet aux eucaryotes d’augmenter encore plus le potentiel de codage de leur génome
Qu’est-ce qui fait qu’un tissu à l’autre on peut épisser de manière différente
Le splicéosome différent d’un tissu à l’autre
