Lecture 1 - 3 Flashcards

1
Q

איזה בסיסים חנקניים יכולי להיות בנוקלאוטידים?

A

פורינים: 2 טבעות חנקן
GA

פירימידינים: טבעת אחת
TUC

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

שם של תהליך מעבר מדנ’‘א לרנ’‘א

A

שיעתוק Transcription

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

שם של תהליך מעבר מרנ’‘א לחלבון

A

תרגום Translation

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

מעבר מדנ’‘א לדנ’‘א

A

Replication שכפול

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

ממה מסונתזת מולקולת דנ’‘א החדשה?

A

מנוקלאוטידים חופשיים הנמצאים בתא

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Griffith experiment

Important points and conclusion

A
  1. נלקחו חיידיקים עם קפסולה והוזרקו לעכברים. עכברים מתו
  2. עכברים נדבקו באותו חיידקים אבל ללא קפסולה - עכברים לא מתו
  3. קפסולה היא גורמת לעכברים למות
  4. אחרי הרתיחה של חיידקים עם קפסולה - עכברים חיים
  5. אבל קפסולה אחרי הרתיחה + חיידקים ללא קפסולה - עכברים מתו
    מסקנה: קיים גורם כלשהו שעבר בין הזנים
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Avery-MacLeod-McCarty experiment

Important points+conclusion

A
  1. חיידקים פורקו לחלקיקים של התא
  2. כל אחד מהחלקים הוכנס לחיידק לא וירולנטי
  3. חיידקים עם חלקיקים הוכנסו לעכברים
  4. עכברים מתו
    מסקנה: דנ’‘א הוא זה שמעביר את החומר הגנטי
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hershey and Chase

Important points+conclusion

A
הם רצו לבדוק את הניסוי של מאק לאוד 
1. השתמשו בבקטריופאג מסוג T2
2. בדקו מה החומר שפאג' מכניס לחיידק
3. סימנו את הדנ''א עם חומר רדיואקטיבי
4. סימנו חלבונים עם 
גופרית רדיואקטיבית
5. ערבבו פאגים + חיידקים והמתינו 20 דק
6. לאחר הסרכוז הם ראו שרוב החומר המסומן עם פוספט רדיואקטיבי נמצא, וקצת חומר שמסומן עם גופרית.
מסקנה: החומר התורשתי הוא מה שמסומן בפוספט - דנ''א הוא חומר התורשתי
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

ממה בנוי הנוקלאוטיד?

A
  1. בסיס חנקני
  2. טבעת סוכר
  3. קבוצת פוספט
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

מה מאפיין את טבעת סוכר בנוקלאוטיד?

A
  1. אלדוז

2. 5 פחמנים

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

הבדל בין ריבוז לדא-אוקסיריבוז

A

ריבוז - אל פחמן 2 בטבעת סוכר מחובר OH
דא-אוקסיריבוז - אל פחמן 2 בטבעת סוכר מחובר רק
H

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

מה מאפיין את טבעת בסיס חנקני?

A
  1. מבנה שטוח בגלל הקשרים כפולים
  2. מסיסות נמוכה במים ב-PH 7
    3.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Does DNA is soluble in water or no? If yes. why?

A

מתמוסס

בזכות קשרי מימן שנמצאים על גבי טבעת הסוכר וקבוצת פוספט

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

מה טוב בזה שלטבעת חנקתית יש בליעת אור UV

ב-260nm?

A

מעניק להם יתרון במעקב אחרי חומצות גרעין רנ’‘א או דנ’‘א

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

סוכר +בסיס חנקתי עם קבוצת פוספט זה

A

nucleoTIDE

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

סוכר + בסיס חנקתי

A

nucleoSIDE

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

ברוב המקרים נוקלאוטיד שנמצא בתוך פולימר, כמו מולקולה של חומצת גרעין, מכיל כמה קבוצות פוספט
?
ואם הוא מחוץ לפולימר?

A

קבוצה אחת בתוך הפולימר, ויכולות להיות כמה קבוצות עם הוא לבד

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

כאשר נוקלאוטידים מתחברים ביניהם כדי לבנות את הגדיל של חומצת גרעין, מה הוא סוג הקשר ביניהם?

A

Phosphodiester linkage

קשר פוספודיאסטרי

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

בין איזה פחמנים קיים קשר פוספו-די-אסטרי?

A

פחמן 3 בנוקלאוטיד הראשון (עליון), לפחמן 5 בשני

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

נא לענות על השאלות לגבי רנ’‘א:

  1. סוג סוכר
  2. הרכב בסיסים
  3. מספר גדילים
  4. יציבות
A
  1. ריבוז
  2. AGCU
  3. לרוב חד גדילי
  4. פחות יציב
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

נא לענות על השאלות לגבי דנ’‘א:

  1. סוג סוכר
  2. הרכב בסיסים
  3. מספר גדילים
  4. יציבות
A
  1. דאוקסיריבוז
  2. AGCT
  3. לרוב דו-גדילי, אנטי-פרללים, משלימים
  4. ימיב
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

שתי סיבות למה רנ’‘א פחות יציב מדנ’‘א

A
  1. סיבה כימית - בגלל הפחמן מס’ 2.

2. סיבה ביוכימית - אנזימים של רנ’‘אזות ודנ’‘אזות

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

מה הם 4 חוקים של צ’ארגף?

A
  1. הרכב בסיסי הדנ״א לרוב שונה ממין אחד לשני
  2. דגימות דנ״א מרקמות שונות של אותו מין בעלות הרכב בסיסים דומה
  3. הרכב הבסיסים במין מסוים לא משתנה עם הגיל, התזונה, או שינויים סביבתיים
  4. G=C, A=T, G+A=C+T
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

כמה הוא מרחק בין כל 2 בסיסים?

A

0.34nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

סיבוב המלא של אותו הליקס כפול הוא

A

3.6 nm
or
36 A

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

מה זה קשרי ווטסון-קריק?

A

קשרי מימן בין ציטוזין, גואנין, אדנין וטימין

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

A-T
G-C
כמה קשרי ווטסון קריק ביניהם?

A

A-T - 2

G-C - 3

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

מה מחזיק את ההליקס כפול במקומו?

A
  1. base pairing (hydr. bonds)

2. Base stacking (קשרי ואן דר ואלס)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

איפה ניתן למצוא את

G-quadruplex DNA (G4)?

A

טלומרים
פרומוטרים
מקור השכפול

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

למה עוד צריך נוקלאוטידים חוץ מבניית חומצות גרעין?

A
  1. נשיאת מולקולות אנרגיה
  2. העברת מידע
  3. מעורבות בקביעת צבע עור
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

איך זיקית משנה צבע עור שלה? (ע’‘י איזה נוקלאוטיד)

A

תאי עור שלו מכילים ננו-קריסטלי גואנין. שינוי ארגון המרחבי של גואנין גורם למולקולות להיות יותר צפופות - כך בליעה שונה של קרני אור וצבע משתנה

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

איך מכמתים את דנטורציה או רנטורציה של דנ’‘א?

A

באמצעות בליעת אור

UV 260 nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

מה זה אפקט היפרכרומי?

A

ירידת בבליעת האור

מתרחש במהלך דנטורציה

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q

מה זה אפקט היפרכרומי?

A

עליה בבליעת האור

מתרחש במהלך רנטורציה

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

בעזרת איזה שיטה ניתן לזהות רצף של דנ’‘א מתוך תערובת של רצפים?

A

תספוג הדנ’‘א

eng.name is SOUTHERN BLOT

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
36
Q

מה זה מודיפיקציה של בסיסים של מולקולת דנ’‘א?

A

כאשר הבסיסים מוסיפים לעצמם קבוצות כימיות נוספות

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
37
Q

סוג המתילציה בבע’‘ח ובצמחים הוא…

לאן מצטרף מתיל ומה יתרון של זה

A

מולקולה מטיל-ציטוזין הופכת למולקולה מטיל-ציטידין

עוזרת בבקרת השיעתוק

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
38
Q

סוג המתילציה בחיידקים הוא…

לאן מצטרף מתיל ומה יתרון של זה

A

מולקולה אדנוזין הופכת למולקולה מטיל-אדנוזין

בפרוקריוטים - עוזרת בבקרה על הכפלת דנ’‘א, מעכרת הגנה מפני הוירוסים

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
39
Q

Nucleoid

מה זה?

A

איזור בתא פרוקריוטי, במקום גרעין

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
40
Q

מה מכיל וא לא מכיל נוקלאואיד? nucleoid

A

כרומוזום ומידע תורשתי שלו

מוקף בריבוזומים

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
41
Q

מה יקרה אם מוציאים את הפלסמיד מהחיידק? האם חיידק ישרוד?

A

כן, לא יקרה שום דבר קיצוני

42
Q

מה היא תרומת הפלסמיד לאורגניזם? 5 נקודות חשובות

A
  1. עמידות
  2. רבייה - העברת דנ’‘א מפרט אחד לפרט אחר בתוך האוכלוסייה
  3. הרג - סינטזה של טוקסינים ורעלים למיקרואורגניזמים אחרים
  4. דגרדטיביות - אנזימים מטבוליים המפרקות מולקולות לא נפוצות
  5. וירולנטיות - הפרשה של חלבונים גורמים לפתולוגיות באורגניזמים אחרים (בן אדם או חיות או צמחים וכו’)
43
Q

מה זה כרומיד ומה הוא מכיל?

A

דנ’‘א חוץ כרומוזומלי המכיל גנים נחוצים לקיום החיידק

44
Q

מה זה pseudogene
איפה יש הרבה ואיפה מעט?
חיידקים\בני אדם

A

רצף שהיה פעם גן ועבר מוטציה - כבר לא משמש כגן. מעט בחיידקים, הרבה בבני אדם

45
Q

מה זה אופרונים?

A

מספר גנים שקרובים מאוד אחד לשני ומשועתקים כיחידה אחת של

mRNA

46
Q

בחיידקים לרוב המקרים הגנים מעורבים בפעילות ביוכימית משותפת. מה יתרון בזה?

A

קל יותר לחיידק לבטא את הגנים ביחד מאשר לבטא כל אחד בנפרד ולסנכרן ביניהם

47
Q

מה זה polycistronic mRNA

A

סוג מסנג’ר רנ’‘א בפרוקריוטים שזה רנ’‘א שליח עם כמה גנים

48
Q

מה זה monocistronic mRNA

A

סוג מסנג’ר רנ’‘א אצל אאוקריוטים - רנ’‘א שליח עם גן אחד. כי באאוקריוטים כמעט ואין אופרוניפ.

49
Q

באיזה מצב נמצא הדנ’‘א בחיידק?

A

Supercoil

50
Q

האם זה נכון? סופר-קויל שלילי הוא שכיח יותר

A

כן

51
Q

האם בג’ל מולקולות דנ’‘א ירוצו לאט?

A

כן, בגלל משקל מולקולרי גבוה

52
Q

למה משתמשים באתידיום ברומיד?

A

כדי לראות את מולקולות דנ’‘א

זה חומר צבע פלורוסנטי

53
Q

מה הוא אנזים topoisomerase?

A

אנזים שמשנה את מספר הליפופים בהליקס הכפול של דנ’‘א

54
Q

מה עושה טופואיזומרז מסוג ראשון?

A

בחיידקים משנה את הדנ’‘א מסופר-קוייל לרלאקסד

  • מסיר את סופר-קוייל שלילי ללא השקעת
    ATP
55
Q

מה עושה טופואיזומרז מסוג שני?

A

ATP

יצירת סופר קוייל שלילי

56
Q

מה שם של טופואיזומראז מסוג שני בחיידקים?

A

DNA gyrase

57
Q

מה תפקידו העיקרי של

Protein coil?

A

מונע יצירת
nicks
ויוצר לולאות

58
Q

NAPs - ….

and 2 types

A

Nucleoid associated proteins

  1. HU
  2. H-NS
59
Q

מה תפקידו של חלבוני

HU (histone-like protein)

A
  • נקשר בזיקה גבוהה לדנ’‘א המכופף או מעוקל
  • יכול לעזור באריזת הכרומוזום החיידקי
  • יכול לשמור אצ הכיפוף מולקולת דנ’‘א
  • שומר על מודל ארגון הכרומוזום
60
Q

מה תפקידו של חלבוני

H-Ns (histone-like nucleoid structural protein)

A
  • נקשר בזיקה גבוהה לדנ’‘א עשיר באדנין ותימין
  • יוצר דימרים בריכוז נמוך
  • יותר אוליגומרים בריכוז גבוה
  • מסייע בהחזקה של מולקולות דנ’‘א בצורה כזאת שתאפשר לדחוס אותן למודל ארגון
61
Q
SMC proteins (Structural Maintenance of Chromosome) 
נמצאים בפרוקריוטים. האם זה נכון?
A

נכון

62
Q

ביצורים אאוקריוטים הכרומוזומים מעגלים או לא מעגלים?

A

לא מעגלים

63
Q

לגבי אאוקריוטים: חוץ מהגרעין איפה עוד ניתן למצוא את הדנ’‘א ובאיזה כמות?

A

בכמויות קטנות: במיטוכונדריה (גם בבעלי חיים וגם בצמחים) ,ובכלורופלסטים של הצמחים

64
Q

למה ליצורים יותר מפותחים יש לו יותר גנים? הסבר קצר

A

כדי ליצור יותר פונקציות, צריך יותר חלבונים = יותר גבנים צריך שיהיה ביצור

65
Q

צפיפות הגנים יורדת ככל ש….. בסולם האבולוציוני

A

ככל שעולים = ככל שיצור מתקדם יותר, צפיפות הגנים יורדת

66
Q

מספר האינטרונים …. ככל שעולים בסולם אבולוציוני

A

מספר האינטרונים גדל בעליה בסולם אבולוציוני

67
Q

אחוז מספר הרצפים חוזרניים מתוך סך גנום עולה כאשר … בסולם אבולוציוני

A

ככל שיצור מתקדם יותר - אחוז מספר הרצפים חזרניים עולה

68
Q

האם אינטרון מופיע ברנ’‘א הבוגר?

A

לא מופיע אינטרון ברנ’‘א הבוגר

69
Q

מה היתרון של כמות גדולה של אינטרונים?

A

יותר אינטרונים => יותר אקסונים => שחבור החלופי => ייצור יוצר חלבונים מאותו מספר גנים

70
Q

מה זה

Junk DNA?

A

רנ’‘א לא מקודד

71
Q

טרנספוזון…?

A

אלמנט של דנ’‘א שיכול לקפוץ מנקודה אחת לנקודה אחרת בגנום.
יכול להעתיק את עצמו לנקודה נוספת
מעתיק את עצמו בשלמותו או לא

72
Q

שני סוגים של קפיצה של טרנספוזון?

הסבר את כל אחד מהם

A
  1. מעבר רפליקטיבי - העתקה לנקודה נוספת ובעצמו נשאר בנקודה המקורית
  2. מעבר קונסרבטיבי - עושה עותק, שולח אותו לנקודה כלשהיו ובעצמו נשאר במקום המקורי שלו
73
Q

מה זה שעתוק לאחור

Reverse transcription?

A

בוירוסים:
כאשר צריך לעבור ממקום אחד למקום אחר בגנום - צריך לייצר עוד עותק של דנ’‘א חדש.
נעשה בעזרת אנזים ששמו דומה לשם של התהליך

74
Q

מה זה

Tandem repeats?

A

רצפים חוזרניים שלא מפוזרים בכל הגנום, אבל נמצאים בצברים - בהם מספר יחידות חוזרות צמודות אחת לשנייה.

75
Q

מה הם 3 סוגים של

Tandem repeats?

A
  1. Satellite DNA (α satellite DNA)
    ממקום בצנטרומר - חשיבות למיטוזה, חיבור סיבי המיקרוטובולים - אתר הקישור לחלבון מיוחד לצנטרומר
  2. Minisatellites
    מפוזר בעיר בקצוות של כרומוזומים. לכאן שייך רצף שבונה את הטלומרים
  3. Microsatellites or SSR - simple sequence repeats
76
Q

מה זה

Giemsa stain?

A

צובע את מולקולות דנ’‘א בצורה לא אחידה

איזורים שמכילים הרבה אדנין ותימין - נצבעים חזק

77
Q

Centromere - ….

A

איזור צר בכרומוזום

78
Q

Ori - ….

A

רצף בדנ’‘א ובכרומוזום
ממנו מתחילה הכפלת הכרומוזום
Origin of replication

79
Q

Chromatin - ….

A

דנ’‘א שנמצא במגע וארוז ע’‘י החלבונים

80
Q

Nucleosome - ….

A

חלבון\היסטון העטוף ע’‘י דנ’‘א

81
Q

רק …. מכילים את הנוקלאוזומים

A

אאוקריוטים

82
Q

Linker DNA - ….

A

דנ’‘א שלא מלופף על ההיסטונים

מחבר בין שני חלקיקי הליבה של נוקלואזום\היסטון

83
Q

Histone H2AX general function…..

A

וריאנט של היסטון (H3) שקיים כמעט בכל אאוקריוטים

תפקיד: סטביליות של גנום, מעביר סיגנלים על נזקים שיש בדנ’‘א פועל כבסיס להרכבה של תבניות לרפרציה \תיקון של דנ’‘א

84
Q

Histone CENP-A general function…..

A

קשור לתפקוד הצנטרומרים

מהווה את הבסיס אליו נקשרים חלבונים שיתחברו את סיבי המיקרוטובולים בזמן המיטוזה.

85
Q

מה מיוחד בדנ’‘א מיטוכונדריאלי ושל כלורופלסטים?

A
  1. חיתוכות קטנות של גנום
  2. ללא היסטונים
  3. התנהגות כמו דנ’‘א פרוקריוטי
  4. כרומוזומים מעגלים
  5. אברונים האלה מכילים מספר קטן של גנים
86
Q

מאפיינים של הטרוכרומטין

A
  1. מאוד דחוס
  2. מכיל פחות גנים
  3. עשיר במתילציה של דנ’‘א
  4. פחות עובר שעתוק
87
Q

מאפיינים של אאורוכרומטין

A
  1. לא כל כך דחוס
  2. לא עשיר במתילציה של דנ’'’א
  3. עובר שעתוק הרבה
88
Q

לפי המודל ווטסון-קריק תהליך השכפול הוא רפליקציה….? תגיד שם

A

סמי-קונסרבטיבית

89
Q

תיאור קצר של רפליקציה סמי-קונסרבטיבית

A
  1. דו גדיל נפתח
  2. כל אחד עכשיו משמש כתבנית לגדיל חדש
  3. מתקבלות שתי כרומטידות זהות
90
Q

תפקידם של טופואיזומרזות

A

to open a coil

to close a coil

91
Q

שלושה שלבים העיקריים של רפליקציה?

A
  1. איניציאציה - התחלה
  2. אלונגציה - התארכות
  3. טרמינציה - סיום
92
Q

תפקידו של

DnaA

A

פתיחת הליקס
יוצר לחץ על הדנ’‘א
Open bond A=T - double bond - easy to open

93
Q

תפקידו של

DnaB (Helicase)

A

המסה של סליל כפול של דנ’‘א או רנ’‘א

5’ —> 3’

94
Q

תפקידו של

DnaC

A

נקשר לדנ’‘א ב’ ופותח את הטבעת שלו

גם סוגר את הטבעת בחזרה

95
Q

SSB = Single strand binding proteins

A

מונע סגירת הגדיל

שומר על כך שישאר דנ’‘א פתוח

96
Q

שני מנגנוני בקרה בפרוקריוטים לפני השלב של אלונגציה

A
  1. בקרה של מתילציה דנ’‘א
  2. Importance of ATP
    רק לאחר שמולקולה ADP
    הופכת שוב למולקולה
    ATP
    מתחיל סיבוב חדש. לפני זה אי-אפשר. זה קורה רק אחרי 20-40 דק’ שזה זמן דור של החיידק
97
Q

תפקידו של

DNA gyrase

A

פותר בעיה של סופרקוייל עם לחץ גדול

נמצא על בועית הרפליקציה

98
Q

DNA gyrase

דוגמה של אנזים… תגידי שם

A

Topoisomerase II

99
Q

מקור האנרגיה ליצירת הקשר והתארכות השרשרת במהלך רפליקציה בפרוקריוטים

A

בנוקלאוטיד חדש שמצטרף לשרשרת- הוא עם שלוש קבוצות פוספאט

שתי קבוצות נופלות בסוף

100
Q

כיווניות של סינטזה=פילמור בשלב האלונגציה בפרוקריוטים

A

5’—-> 3’