Le génome Flashcards

1
Q

Taille du génome humain

A

3,2 milliard de paires de bases (pb)

P.S. ≈ 20 000 gènes codants pour des protéines (1.5% du génome)

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2
Q

Nucléosome

A

Segment de 147 paires de bases d’ADN enroulé autour d’un octamère d’histones.

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3
Q

Formes de la chromatine selon son activité transcriptionnelle

A
  1. Inactive = hétérochromatine
  2. Active = euchromatine
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4
Q

3 mécanismes principaux d’altération des histones affectant l’activité transcriptionnelle

A
  1. Méthylation : activation ou répression d’expression selon le résidu méthylé
  2. Acétylation : Activation
  3. Phosphorylation : activation ou répression d’expression selon le résidu
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5
Q

4 fonctions principales de régulation génétique des long ARN non-codants.

A
  1. Facilitation de liaison de facteurs de transcription
  2. Inactivation de facteurs de transcription par liaison directe
  3. Promotion de modification des histones via acétylases ou méthylases
  4. Stabilisation de structures secondaires ou tertiaires (ex. : architecture de chromatine)
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6
Q

Expliquer ADN codant vs ADN non codant

A
  • ADN codant (1.5%) : code pour les protéines (≈ 20 000)
  • ADN non codant (98.5%): ne code pas pour des protéines ; > 85% transcrit ; ≈80% dédié à la régulation de l’expression des gènes
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7
Q

5 grandes classes de séquences non codantes fonctionnelles
du génome

A
  1. Promoteurs et amplificateurs
    sites de liaisons de facteurs de transcription
  2. Sites de liaison de facteurs d’organisation et de maintien de la structure de la chromatine
  3. ARN régulateurs non codants :
    -microARN (miRNAs)
    -Longs ARn non codants (lncRNAs)
  4. Éléments génétiques mobiles (transposons)
  5. Régions structurelles spécialisées
    -Télomères
    -Centromeres et ADN satellite
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8
Q

Vrai ou faux :
Plusieurs variations génétiques associées aux maladies sont localisées dans les régions non codantes du génome

A

Vrai
(maladies complexes)

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9
Q

Vrai ou faux :
La variation inter-individuelle, incluant la différence de susceptibilité aux maladies et à l’environnement, est codée par moins de 0,5% du génome

A

Vrai
(≈ 15 millions de paires de bases)

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10
Q

2 formes les plus fréquentes de variation génétique dans le génome humain

A
  1. Single nucleotide polymorphisms
    (SNPs) : variations nucléotidiques
  2. Copy number variations (CNVs) : variation du nombre de copies d’un segment de l’ADN
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11
Q

SNP
(single nucleotide polymorphism)

A
  • Variation d’un nucléotide
  • Presque toujours bi-allelique
  • Localisation : exons, introns,
    régions intergeniques
    -1% dans les régions codantes
    -Régions non-codantes : susceptibilité aux maladies (effet faible)
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12
Q

Déséquilibre de liaison (linkage disequilibrium)

A

Association non aléatoire entre allèles de différents locus dans une population.
* Par exemple : un SNP “neutre” peut être un marqueur s’il est co-hérité avec un SNP de susceptibitité à une maladie à cause de leur proximité physique.

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13
Q

CNVs
(copy number variations)

A
  • Variation génétique structurelle qui consiste en de grandes étendues d’ADN contigu répétées dans le génome
  • Le nombre de copies dans le génome varie selon les individus
  • Dû à une duplication ou suppression
  • Affecte un grand nombre de paires de bases (1000 à des millions)
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14
Q

Intérêt des CNVs

A
  • Responsables de différences de séquences entre 2 individus (entre 5 à 24 millions de paires de bases)
    –> Médecine légale
    –> Diversité phénotypique
  • ≈ 50% des CNVs impliquent des séquences de gènes codants
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15
Q

Vrai ou faux :
Les altérations de la séquence d’ADN
ne peuvent expliquer à eux seuls la diversité des phénotypes dans les populations humaines

A

Vrai
(Épigénétique)

Différences phénotypiques entre jumeaux monozygotes

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16
Q

Épigénétique

A

Changements héritables dans l’expression des gènes qui ne sont pas liées à des variations de la séquence d’ADN

17
Q

3 Facteurs (mécanismes) épigénétiques

A
  1. Histones et Modifications des histones
  2. Méthylation de l’ADN
  3. Facteurs de remodelage/organisation de la chromatine
18
Q

3 Modifications (post-traductionnelles) des histones

A
  1. Méthylation (lysines et arginines) : effet variable selon le résidu
  2. Acétylation (lysine)
    -Histone acetyltransferases (HATs) –> Activation (ouverture de l’ADN)
    -Histone deacetylases (HDACs)–> condensation de la chromatine
  3. Phosphorylation (Serine) :effet variable selon le résidu

> 70 différentes modifications (“marques”)

19
Q

Méthylation de l’ADN

A
  • Cytosines, îlôts CpGs
  • Éléments régulateurs (promoteurs) : inhibition de la transcription (silencing)
  • Régulation : méthyltransferases, enzymes de déméthylation et protéines se liant à l’ADN méthylé
20
Q

Facteurs de remodelage (organisation) de la chromatine

A
  • Moins bien connues
  • Se lieraient aux régions non codantes
  • Contrôlent de longues étendues/ boucles d’ADN
  • Régulent la proximité spatiale entre promoteurs et amplificateurs (enhancers)
21
Q

Hétérochromatine
vs
Euchromatine

A

Au microscope optique (cytochimiquement) :
* Hétérochromatine : dense transcriptionnellement inactive
* Euchromatine : dispersée et transcriptionnellement active.

Hétérochromatine : ne change pas d’état de condensation au cours du cycle cellulaire
Euchromatine : décondensée pendant l’interphase.

Hétérochromatine : localisée principalement en périphérie du noyau et du nucléole
Euchromatine : répartie à l’intérieur du nucléoplasme.

22
Q

Nucléosome

A
  • Unité fondamentale de la chromatine
  • Composé d’ADN et d’histones
  • Une particule cœur et
    une région de liaison (ou région internucléosomale) qui relie les particules coeurs adjacentes

1er niveau de compaction de l’ADN dans le noyau

Histones : charge +
ADN : charge -

23
Q

Particule coeur du nucléosome

A

146 pb d’ADN enroulées environ 1,7 tour autour d’un octamère protéique comprenant deux exemplaires de chacune des histones H3, H4, H2A et H2B.

24
Q

ARN non codants

A
  • Séquences génomiques transcrites mais non traduites
  • Régulation de l’expression des gènes
  • Plusieurs familles dont :
    -micro-ARN (miRNAs)
    -Long ARN non codants (lncRNAs, >200 nucléotides).
25
Q

miARN

A
  • Micro-ARN: ARN courts (≈22 nucleotides en moyenne)
  • Ne codent pas de protéines
  • Modulent la traduction d’ARNm cibles (mRNAs)
    -Répression post-transcriptionelle de l’expression des gènes (Posttranscriptional gene silencing)
  • Régulation des gènes au cours du développement et dans conditions pathologiques (ex cancer)

≈ 6000 miRNA genes (30% of the total number of protein-coding genes).

26
Q

Vrai ou faux : Un miARN peut cibler plusieurs ARNm

A

Vrai

Individual miRNAs can regulate multiple protein-coding genes, allowing each miRNA to coregulate entire programs of gene expression.

27
Q

Comment sont générés les miARN

A
  1. Transcription d’un gène à miARN en miARN primaire (pri-miARN)
  2. Traitement dans le noyau en pré-miARN composé d’un seul brin d’ARN avec structure secondaire en épingle à cheveux et des tronçons d’ARN double brin
  3. Exportés hors du noyau via des protéines de transport spécifiques
  4. Pré-miARN coupés par l’enzyme cytoplasmique Dicer : miARN double brin matures de 21 à 30 nucléotides
28
Q

DICER

A
  • Enzyme cytoplasmique (Endoribonucléase dicer = Ribonucléase de classe 3
  • Clive les fragments doubles brins d’ARN et les pré-microARN –> petits ARN interférants et des microARN (miARN double-brins matures de 21 à 30 nucléotides)
  • Impliquée dans le processus d’ARN interférence : facilite l’activation du complexe RISC (composante argonaute qui dégrade les ARNm)
  • Encodée par le gène DICER1 (chromosome 14)
29
Q

Complexe RISC

A
  • RNA-induced silencing complex
  • Complexe multi-protéique
  • Rôle central dans le phénomène d’interférence par ARN = “silence” post-transcriptionnel
  • Guidé par les petits ARN non codants endogènes (miARN) ou exogènes (petits ARN interférants, pARNi)
  • Clivage des ARNm (siARN= complémentarité parfaite) ou répression de la traduction l’ARNm (miARN=complémentarité imparfaite)
30
Q

siRNAs

A
  • Small interfering RNAs : petits ARNs interférants
  • Courtes séquences d’ARN introduites expérimentalement dans les cellules
  • Substrats pour Dicer et interagissent avec RISC (idem miARN endogènes)
  • Rôle : étude fonctionnelles de gène (knockdown)
  • Potentiel thérapeutique :répresion de gènes pthogènes (ex., oncogenes)
31
Q

Fonctions/mécanismes d’action des Longs ARN non codants
lncRNAs (Long Noncoding RNA)

A

Modulent l’expression des gènes :
* Activation (liaison aux facteurs de transcription)
* Répression (idem)
* Modification de la chromatine (liaison aux déacétylases et déméthylases)
* Assemblage de complexes protéiques (stabilisent structures IIaires/IIIière)

32
Q

Exemples de lncRNA

A
  • XIST (X Inactive Specific Transcript) : transcrit du Chrom X, inactivation physiologique aléatoire d’un des 2 chromosomes X
  • Amplificateur (enhancers) : plusieurs sont des sites de synthèse de lncRNA, augmentent la transcription en agissant sur les promoteurs (+sieurs mécanismes)
33
Q

Système CRISPRs/Cas9

A
  • Mécanisme procaryote (bactérie Strep. Pyogenes) de défense contre les éléments génétiques exogèenes (phages/plasmides)
    -CRISPRs : clustered regularly interspaced short
    palindromic repeats

    -Cas : CRISPR-associated genes (ex. nucléase Cas9)
  • Utilisé en génie génétique (modification du génome, Gene editing) : guides ARN artificiels 20pb (gRNAs) liant Cas9 complémentaires à une séquence d’ADN cible
34
Q

Fonctionnement du Système CRISPRs/Cas9
(bactéries)

A

Bactéries : Protection ≠ phages et plasmides
1. Séquences d’ADN CRISPR (agressions précédentes) transcrites à partir du génome bactérien en ARN guides (ARNg)
2. Région constante (lient Cas9) et une séquence variable d’environ 20 bases (hétéroduplexes avec des séquences d’ADN homologues d’intérêt)
3. Nucléase Cas9 clive ADN lié = rupture d’ADN double brin –> destruction de l’ADN de l’envahisseur.

35
Q

Fonctionnement du Système CRISPRs/Cas9
(génie génétique)

A
  1. ARNg sont conçus avec des régions variables homologues à une séquence d’ADN spécifique d’intérêt–> Coexpression de l’ARNg et de l’enzyme Cas9 (ADN codant ou protéine) –> clivage efficace et hautement spécifique de la séquence cible.
  2. ADN homologue présent (ADN donneur)–> recombinaison homologue (HDR) répare la cassure avec introduction de changements précis dans la séquence d’ADN
  3. ADN homologue non présent –> réparation par jonction d’extrémité non homologue (NHEJ) = mécanisme sujet aux erreurs –> insertions et/ou des délétions perturbatrices (indels)

N.B. HDR moins efficace que NHEJ ;

36
Q

Applications du Système CRISPRs/Cas9
(génie génétique)

A

Recherche fondamentale :
Insertion de mutations spécifiques dans des cellules et des tissus
–> modèles de cancers et d’autres maladies
–> générer des modèles animaux transgéniques à partir de cellules souches embryonnaires modifiées.

Thérapeutiques potentielles :
CRISPR/Cas9 couplé avec HDR
–> réparation des maladies génétiques héréditaires –> création de mutations pathogènes dans des cellules souches pluripotentes inductibles