Klinisk genetik Flashcards
Hyppigste typer af gendefekter?
- Aneuploidi (forskelligt antal kromosomer)
- Translokationer
- Copy number variations (CNV), insertioner, inversioner
- Små deletioner/duplikationer (få exoner)
- Enkeltbasedeletioner (duplikationer/deletioner)
- Single nucleotide variations (SNV, splice site variant, silent variant)
- Repeat expansion/contraction
Definition på Single nucleotide variations (SNV)?
En enkeltnukleotidvariant (SNV) er en variation i et enkelt nukleotid uden nogen begrænsninger i frekvensen.
Definition af CNV (copy number variation)?
Variationer i vores genom, som er skabt igennem evolutionen.
Disse variationer dannes hele tiden, og skyldes gentagne sekvenser i vores genetiske kode, som kan danne mikrodeletioner og duplikationer, der kan give alvorlige defekter.
Udredningsplan i klinisk genetik?
Først starter man typisk med en generel gen/mutationsteknik.
Senere vil man gøre metoderne mere specifikke, når man har udelukket de mest generelle tilstande.
7 vigtige teknikker i klinisk genetik?
- Standard karyotype
- FISH
- Kromosomal mikroarray (ArrayCGH)
- MLPA
- PCR
- DNA sekventering
- Kromosom abnormaliteter.
Indikationer for standard karyotype?
Mistanke om kromosomanormali (trisomi 13, 18, 21, Turners) eller flere spontane aborter.
Indikationer for FISH?
Mistanke om translokationer, som ikke kan ses på karyotyping.
Indikationer for Array CGH?
Screening ved fx erkendt mental retardering. Kan dog ikke se balancerede translokationer eller repeatsygdomme.
Indikationer for MLPA?
Beckers og Duchennes muskeldystrofi.
Indikationer for QF-PCR?
Kan bruges ved fostervandsprøver og CVS til påvisning af gendefekter især på kromosom 13, 18 og 21 X/Y.
Indikationer for triplet primed PCR?
Mistanke om repeatsygdomme (Fragilt X, dystrofia myotonica og Huntintons).
Indikationer for SNP?
alfa1-antitrypsinmangel (fx hos nyfødte med ukonjugeret hyperbilirubinæmi)
Påvisning af monogene sygdomme (fx BRCA, CF)?
Der er indikationer for next generation sequencing (NGS)
Hvad er monogen sygdom?
Monogene arvelige sygdomme opstår, fordi et defekt gen overføres til barnet
Monogene (som også kaldes Mendelske) arvegange hentyder til, at det arvelige træk, der eventuelt er sygdomsfremkaldende, stammer fra kun et gen
The MicroArray examination revealed a 0.7 Mb deletion of chromosome 2p and a 10.8 Mb duplication of chromosome 9q. Hvorfor er det ublanceret kromsomfejl?
Which examination(s) could be applied to clarify this further?
Det tyder på, at barnet bærer en ubalanceret reciprok translokation
Alt efter størrelsen af de genomiske forandringer, kan der fortsættes med enten standard kromosomundersøgelse eller FISH-undersøgelse med prober specifikke for terminale loci på 2p og 9q.
What risks do carriers of balanced translocations have?
Bærere af balancerede reciprokke translokationer er som oftest raske, men kan danne gameter med ubalanceret karyotype. Dette kan medføre nedsat fertilitet og gentagne spontane aborter, foruden risikoen for at få levendefødt barn med ubalanceret karyotype.
En af de få indikationer for udredning med standardkromosomundersøgelse er abortus habitualis og infertilitet.
Hvad undersøgle laver du ved balanceret kromosomfejl?
Standard kromosomanalyse. Man ikke kan se balancerede translokationer ved microArray.
Hvad er risko for graviditeten af en mor med balanceret kromosomfejl?
Den empiriske risiko for levendefødt barn med ubalanceret karyotype er 10-30%. Idet der allerede er født et barn med ubalanceret karyotype, og dette ydermere kun havde mindre fænotypiske forandringer, ligger risikoen i det konkrete tilfælde formentlig i den høje ende. Man kan lave prænatal diagnostik/PGD.
Hvad er prognose af et barn født med ubalanceret kromosomfejl?
Ofte er der tale om en translokation, der er unik for den enkelte familie, hvorfor det kan være vanskeligt at udtale sig om prognose. Generelt er ubalance forbundet med forsinket udvikling, dysmorfi og misdannelser. Der findes internationale databaser og syndrombøger, hvor man kan lede efter oplysninger om patienter med lignende karyotype. Duplikation af 9q34 er tidligere beskrevet at medføre bl.a lange fingre og tæer. I det konkrete tilfælde har vi også erfaring fra de to øvrigt afficerede i familien.
Hvad er Anlægsbærerdiagnostik?
Anlægsbærerdiagnostik (også kendt som genetisk bærerdiagnostik eller bærertest) er en type genetisk test, der anvendes til at identificere individer, der bærer en genetisk mutation eller anlæg for en bestemt arvelig lidelse. Formålet med anlægsbærerdiagnostik er at identificere personer, der kan have risiko for at videregive den pågældende genetiske lidelse til deres afkom.
Hvilke genetiske fejl findes typisk hos børn af gammel mor?
Risikoen for fødsel af barn med trisomi (bortset fra 47,XYY) øges med den gravides alder. Hvis 42 år gammel så er det ca. 5 %. Risikoen for mikrodeletioner eller duplikationer er derimod uafhængig af alder. I mange andre lande ville hun blive tilbudt NIPT.
Angiv genetiske årsager til mental retardering
- Downs syndrom
- Fragilt X-syndrom
- Prader-Willis syndrom
- Angelmans syndrom
Angiv familiemedlemmet, der er den mest optimale at screene for mutation
Optimalt foretages screeningen for mutation på en afficeret person, der har en afficeret forælder. Mindre optimalt screenes en afficeret person, der er den første afficerede i familien (dette er mindre optimalt, fordi den første afficerede kan være nymutant), eller en uafficeret person, der er efterkommer af en afficeret person.
Karakterisér Familiær Adenomatøs Polypose (FAP)
Familiær disposition til kolorektale polypper/adenomer og karcinomer. FAB nedarves autosomalt dominant, og i 80 % af tilfældene påvises mutation i tumorsuppressorgenet, APC.
