Kemi læringsmål Flashcards
3.1 Redegøre for begreberne valens skal og lone-pair elektroner
Valensskallen er den yderste elektronskal/grænse i et atom som elektronerne kan bevæge sig i. Hver valensskal er lig en orbital. Der kan eksempelvis være 8 elektroner på 4 orbitaler.
Lone pair elektroner er elektroner der ikke indgår i bindinger.
3.2 Kunne forklare begreberne bindingsstyrke, -længde, -vinkel, sp3, sp2 og sp-hybridisering.
Bindingsstyrken i et molekyle afhænger af atomerne der indgår. Nogle atomer har større elektronnegativitet og trækker mere i elektroner end andre atomer. Samtidig findes en bidningslængde, en længde/afstand der er optimal for en binding ml. to atomer. Bindinden af afhænge af atomernes størrelse og orbitaler, samme gælder for vinklen.
Et molekyle kan have en sp2 eller sp3 hybridisering afhængigt af dets 2/3 dimensionelle figur.
1) sp1 hybridiserede atomer er atomer med en alm orbital der er kugleformet.
2) Sp2 hydrbidridserede atomer er i 3d (2py, 2px, 2pz) og befinder sig ti et 8 tal.
3) sp3 hybridisering er en symmetisk figur af 4 hybridiserede orbitaler
3.3 Redegøre for om bindinger er kovalente, polær kovalente eller ioniske (kovalent, hydrogen, ionforbindelse og van der waalsk)
Kovalent binding: Binding ml. atomer med samme elektronnegativitet. Atomerne deler elektroner ligeligt ml. sig.
Polær kovalent binding: hvis elektronerne hælder til den ene side.
Non kovalente bindinger ___________________
Hydrogenbinding: KOOPERATIVE BINDINGER
Ionforbindelse: er binding ml. to atomer der hver især enten har optaget eller afgivet en eller flere elektroner.
Atomerne ligger så tæt sammen at elektronerne ikke deles men udveksles elektroner. Atomerne forbliver liggende sammen.
Meget stærke kræfter.
Van der waalsk binding: Svag kræft der opstår mellem to atomer når elektronet flyttes. Afstandsafhængig.
Hydrofob interaktion
3.5 Definere nukleofil og elektrofil samt forstå hvad der har betydning for et stofs egenskaber
Nukleofil er et elektron rigt atom, der ved donering af elektroner, kan danne binding til et elektron fattigt atom.
Elektrofil er omvendt et elektron fattigt atom der kan modtage elektroner fra et nukleofil/elektron rigt atom.
Nukleofil er et molekyle der har overskud af elektroner som derfor vil afgive elektroner til et elektrofilt stof. Nukleofiule er proton-elskere og vil søge mod molekyler med overskud af protoner end elektroner. elektrofiler vil danne binding itl nukleofiler og søge mod elektroner.
3.6 Definere og identificere et buffersystem
En buffer er et syre-base-system udgjort af en svag syre og dennes korresponderende svage base. Bufferens funktion er at neutralisere dannede syrer og baser, ved samtidig opretholdelse af pH’en i opløsningen indtil bufferen er opbrugt.
3.7 Anvende bufferligningen
pH = pKa+log(base/syre)
3.8 Redegøre for hvornår bufferen har størst effekt
Har størst effekt hvis opløsningens pH er +- 1 på pKa-værdien for den svage syre.
3.9 Kende blodets normale pH, kende det interval hvor dyret er i live og blodets væsentligste buffersystemer
Blod: 7,4
Dyr: 6,8-7,8
Bikarbonat/kulsyre (CO2+H2O → H2CO3 → HCO3- + H+)
og hæmoglobin/o2
3.10 Kunne forklare titrering og hvad det kan bruges til
Titrering - ækvivalenspunkt - ligevægt - stofmængdekoncentration og pH af ukendt syre/base
Ukendt opløsnings styrke, ækvivalenspunkt, indikator
Syre-base titrering er en teknik hvor koncentrationen og derfor også pH af en ukendt syre/base kan findes. Ækvivalenspunktet, er et punkt der opstår når koncentrationen af syre/base er ligelig fordelt.
4.1 Anabolisme og Katabolisme
Anabolisme: a + b -> ab
En stofskifteproces, hvori der syntetiseres større molekyler.
Disse indgår i opbygning af elementer som væv og organer. AP har også indflydelse på celledifferentiering og -vækst, samt syntese af proteiner, kulhydrater og fedtstoffer .
Katabolisme: ab → a + b
En katabolsk process er omvendt en stofskifteproces der inkluderer spaltning af større molekyler.
Både anabolske og katabolske processer katalyseres af specifikke hormoner og molekyler.
4.2 Redegøre for fri energi (G), ∆G og ∆G0
Gibss frie energi G er et udtryk for den samlede mlngde produktenergi der kommer af en reaktion. Delta G udgør forskellen m.l. ovenskydende energi for substrater og produkterne. Som regel kræver det megen energi at danne to produkt af flere substrater og G vil værre større inden reaktionen forløber.
ΔG negativt = katabolisme
ΔG positivt = anabolisme.
Redegøre for Ligevægt og ligevægtskonstant
Principielt forløber alle kemiske reaktioner i en kemisk ligevægt.
Kemisk ligevægt optræder når to modsatrettede reaktioners hastighed er i balance således, at der ikke omsættes mere produkt end reaktanter.
Le chateleirs princip
For at beskrive en ligevægt benyttes ligevægtskonstanten. I forbindelse med denne omtales ofte Le chateliers princip, der forlyder sådan:
“Hvis der foretages en indgreb i en kemisk ligevægt, vil systemet søge at kompenserer indgrebet ved at forbruge mere af dette stof, indtil der atter optræder en ligevægt.”
Eksempel på ydre indgreb:
1) Temperaturændringer
2) Trykændringer
3) Koncentrationsændringer (tilsætning eller fjernelse af stoffer.
Redegøre for Aktiveringsenergi og koblede reaktioner
Aktiveringsenergi - kræves til igangsætning af kemisk/biokemisk reaktion.
Energi i produkt er lavere end reaktanter = anabolisme = negativt ΔG .
Enzymer fungere som katalysatore og sænker normalt aktiveringsenergien for en reaktion.
Koblede reaktioner er mekanisk forbunde reaktioner. Den ene reaktions frie energi er aktiveringsenergi til en anden.
Katalyse
Katalyse er et stof, der sænker aktiveringsenergien i en kemisk reaktion og øger reaktionshastigheden uden selv at indgå i reaktionen.
Vmax og KM
Vmax: maksimal reaktionshastighed.
Des mindre kM des hurtigere forløber reaktionen.
kM kan beregnes på det opstillede lineweaver burke plot.
LWB-plottet kan opstilles udfra Michaelis menten plot (reaktionshastighed over volumenprocent) ved at tage reciprokke værdier af koncentrationerne.
5.1 Definere funktionel gruppe og give et eksempel på hvordan den samme funktionelle gruppe reagerer ens i et simpelt og kompliceret molekyle
Funktionel gruppe: Grupper/samlinger af atomer et molekyle, grupperingerne har som regel har samme kemiske egenskaber.
Kulbrinte: Carbonatom m. hydrogen
5.3 Definere mættede hydrocarboner/alifatiske forbindelser samt give et eksempel herpå
Alifatiske forbindelser: C, H, O og N (Alkaner, alkener og alkyner).
Note: fuldstændig/ufuldstændig oxidation
5.4 Redegøre for alkaners sumformel, ligekædet/forgrenet & sumformel-isomere
Alkans sumformel: CnH2n+2
Propan CH3CH2Ch3 = C3H8
Propyl CH3CH2CH2
Isopropyl: CH3CHCH3 (Primært Carbon: R-C)
Sec-butyl: hvis c-atome r sekundært (R-C-R)
5.8 Redegøre for primære, sekundære, tertiære og kvartenære carbon atomer samt give eksempler.
Primær: R-C
Sekundær R-C-R
Tertiær: (3 R)-C
Kvartærnær_ (4 R)-C
OBS: alle R SKAL være carbonatomer.
5.11 Illustrere overlappende (ecclipsed) og forskudte (staggered) konformationer vha Newmann projektion.
ecclipsed - naturlig
Staggered - flyttede
6.1 Kunne navngive simple alkener ved IUPAC-metoden og give biologisk relevant eksempel på deres forekomst
- Find the highest priority functional group. Determine and name the longest
continuous carbon chain that includes this group. - Number the chain so that the highest priority functional group is assigned the
lower number - If the carbon chain includes multiple bonds (Group B), replace “ane” with “ene”
for an alkene or “yne” for an alkyne. Designate the position of the multiple bond with the
number of the first carbon of the multiple bond. - If the molecule includes Group A functional groups, replace the last “e” with the
suffix of the highest priority functional group, and include its position number. - Indicate all Group C substituents, and Group A functional groups of lower
priority, with a prefix. Place the prefixes, with appropriate position numbers, in alphabetical
order before the root name.
6.2 Redegøre for cis-trans & E-Z isomeri, forskellen imellem dem samt navngivningsprincipper.
Cis: samme side forgreninger
Trans: forskellige forgreninger
E og Z formation:
EZ nomenklatur bruges til 4 substituenter.
1) atomer oriorteres efter atomnummer. Ved lighed fortsættes til næste atom.
2) Dobbeltbindinger tæller som to enkeltbindinger.
3) E = to grupper højest. Z = to grupper modsat side.
1) Atom med højest rangerede atom / tungere molekyler er højere
2) dobbeltbindinger vægtes lige så højt som almene bindinger
6.3 Beskrive hovedreaktionstyperne (addition, elimination, substitution samt omlejring) og forstå beskrivelse af reaktionsmekanismer ved anvendelse af krumme pile
Markinows regel:
H (i en syre HX) vil altid sættes på c-atomet med mindst alkyl-forgreninger. Omvendt vil X (i syren HX) sættes på C.atomet med flest alkylforgreninger.
Når begge dobbeltbundede c-atomer har samme antal forgreninger spaltes molekylet til to ens produkter.
Eksempel: CH3CH2CH=CHCH3 + HBr → 2 CH3CH2CH2CH(Br)CH3
Carbon kation
Carbon der afgiver/deler elektroner. CH er ikke positivt ladet. C-C-C er
Additionsreaktion
A=B + XY → AX + BY
Eliminationsreaktion
ABXY → A=B + XY
Substitutionsreaktion:
AX + BY → AB + XY
Omlejring
Intramolekylær konformationsændring = iso-form
6.5 Forklare addition af H2O til alkener samt give et biologisk relevant eksempel herpå.
Alken + H2O → alkohol
6.6 Redegøre for dannelse af trans-fedtsyrer ud fra umættede triglycerider.
HINT: 2 metoder ;)
1) Additionsreaktion m H2.
Under hærdningsprocessen brydes ikke alles dobbeltbindinger. SÅ sker en kun delvis brydning af dobbeltbindingen vil den vende tilbage og der dannes en ny dobbeltbinding. i mellemtiden vil elektronerne have sat sig i en trans konfiguration og danner en transfedtsyre..
2) Additionsreaktion m. Halogener
Dehalogenation: Bruges til titrering for at vise C=C i molekyler.
Der tilføjes ofte Br2 til alkener. Br er enkeltvist meget rødt, og vil ved binding til et molekyle vise rød farve. : H2C=CH2 + Br2 → H2C(Br)CH2(Br)
NOTER: at ved dehalogenation dannes ofte TRANS istedet for cis. Derfor bruges denne i fødevareindustrien.
6.7 Forklare betydningen af resonans ved et eksempel og forstå den atomare baggrund (delokaliserede elektroner sænker hybridets potentielle energi).
Den atomare baggrund bag resonans er delokaliserede elektroner. Eksempel: Benzen.
Resonans er et fænomen der opstår når samtlige berørte orbitaler overlapper og elektronerne derfor ikke har en bestemt position ved at atom/binding.
Resonans sænker potentiel energi = mere stabilitet
6.9 Kunne genkende de heterocykliske forbindelser pyridin, pyrimidin, pyrrol og imidazol samt at vide hvor de findes i biologiske systemer.
Pyrrole: i hæmoglobin
Pyridine: i NADH
Pyrimidine i DNA og RNA
Imidazole i aminosyre Histidin
7.1 Navngive simple alkoholer samt forklare primær, sekundær og tertiær alkohol
7.3 Redegøre for alkoholers fysiske egenskaber og hydrogenbinding
Alkoholer danner hydrogenbindinger med vand og har derfor et højt kogepunkt.
Alkohol + H2O → alkoxid ion + h3O+
alkohol + HX → oxoniumion + X-
O EN(3,5)
Hydroxygruppen gennemgår stor polarisering af molekylet. Polariseringen bevirker en ‘netværksdannelse’ og der dannes nonkovalente bindinger ml. O og andre H fra vand.
Disse bindinger kræver store mængder energi for at brydes og derfor er kogepunktet meget højt. Polariseringen betyder også at alkoholen har syrebase egenskaber.
Ether
R-O-R
Alkohol og phenols syre/base egenskaber
SYRE: Phenoler har generelt lettere ved at agerer som syre. Når phenolen fraspalter H+ brydes den kovalente binding ml. O og H og O’s elektroner trækkes tilbage. Da elektroneren føres mod phenolens elektronring skabes større resonans.
BASE: Alkoholens O-elektroner er positivt polariseret og tiltrækkes af en HX’s elektroner. Alkoholen agerer som base når den optager et H-plus
7.7 Forklare hvordan ketoner og carboxylsyrer kan dannes fra alkoholer.
Primær alkohol → [O] → Aldehyd → [O] → Carboxylsyre
Sekundær alkohol → [O] -→ Keton
Tertiær alkohol → [O] → NO REACTION
7.8 Give eksempler på oxidationer i biologiske systemer
Monosakkarider oxidation
Oxidation af alkoholer = dobbeltbindinger
7.9 Navngivning og struktur af aryl- og alkyl-aminers herunder hybridisering og hydrogenbinding
Tegn 3,4 dibromo-Cyclohexamine
Aminer er generelt ligesom carbonatomer SP3 hybridiseret. Dvs. at de får 4 bindingsmuligheder i en symmetrisk figur.
Amine : R-NH2
7.10 Forklare hvorfor aminer generelt er baser men amider og aromatiske aminer ikke er
Aminer har mange lone pair elektroner. De har en elektronegativitet = tiltrækker elektroner.
Når aminer har lonepair elektroner og kan optage protoner kan de defineres som en lewis base.
NOTE: des lavere pKb værdi for typiske aminer des mere basiske er de. SE den aromatiske ring. Ringen stabiliserer elektronerne og giver derfor en større molekylære resonans og derfor er molekylerne langt mindre reaktive end almene amider.
Der angives ofte pKa for den protonerede amin.
7.11 Kunne genkende simple heterocykliske aminer og give et biologisk eksempel.
Pyridine, pyrimidine, purin, imidazol, pyrrol
7.12 Forklare hvad et alkaloid er samt give et biologisk aktivt eksempel
Alkaloider er naturligt forekommende aminer.
Purin, pyridine, imidazole
7.13 Navngivning af thioler og sulfider samt deres vigtigste reaktioner
Thiol R-SH
Sulfid R-S-R
Disulfid R-S-S-R
8.1 Kunne navngive simple aldehyder og ketoner
Aldehyd: R-CHO (suffix: -al)
Komplekse aromatiske ringe: Cyclohexan-carbaldehyde
Benzen: Benzene-Carbaldehyde
Keton: R-C(=O)-R (suffix: -one)
Skal der refereres til en sub-gruppe kommer endelsen -yl.
Eks: acetyl, formyl, benzoyl
8.2 Opskrive strukturen for acyl, acetyl, formyl og benzoyl grupper
8.3 Beskrive carbonylgruppens elektroniske struktur
Carbonylgruppen er sp2 hybridiseret.
Dobbeltbindinger: både zigma- og pi-bindning.
Des flere R-grupper bundet til carbonatomet des større sterisk hindring får molekylet da strukturen styrkes og reaktiviteten falder.
Carbonylgruppen er polariseret binding, O har højt EN.
8.4 Forklare hvordan aldehyder og ketoner adskiller sig reaktionsmæssigt fra andre carbonyl forbindelser
Aldehyder og ketoner adskiller sig reaktionsmæssigt fra andre carbonylgrupper ved at de ved oxidation kan omdannes til hhv. en primær og sekundær alkohol.
I ALDEHYDER OG KETONER:
C=O grp. er bundet til atomer der ikke er elektronegative nok til at blive The leaving group i nukleofile substitutionsreaktioner.
I CARBOXYLSYRE:
C=O grp. er bundet til atomer der ER elektronegative nok til at blive The leaving group i nukleofile substitutionsreaktioner.
NUKLEOFIL ACYL SUBSTITUTION
Grunden til at aldehyder og ketoner IKKE undergår nukleofil acyl substitution er at leaving gruppen Y i R-C(=O)-Y vil enten være H- eller R-.
8.5 Kunne beskrive den generelle nukleofil additions reaktion for aldehyder og ketoner samt eksemplificere nukleofiler der reagerer med dem
Nukleofil additions reaktion for aldehyd og keton
R-(C=O)-H(R2) + HNu → R-(C-OH)(-Nu)-H(R2)
Nukleofiler vil reagere med det positive ladede carbon, bryde dobbeltbindingen til O og danne alkohol.
Nukleofiler: R=(C, N, O eller H)
8.7 Forklare den generelle struktur af acetaler, hemiacetaler, hemiketaler og ketaler, hvordan de dannes samt deres relevans for kulhydrater.
Acetaler er vigtigt i kulhydratkemi.
Glukose er en rinslutning med ether binding og en hemi-acetalgruppe ml. aldehyd og hydroxy.
I cellulose forbindes monomererne gnm. acetal-bindinger med glukosernes hydroxygrupper.
8.8 Forklare hvordan aldehyder og ketoner danner iminer
Ammonia og primære aminer adderes til aldehyder og ketoner og danner iminer (R2C=NR’)
aldehyder danner iminer ved nukleofile additionsreaktioner med aminer. Reaktionen fraspalter H2O. Imingruppen er også nukleofil da den vil reagere m. positivt ladet carbonatom.
9.1 Opskrive strukturen af en carboxylsyre, ester, amid, thioester og en acylphosphat
Ester: R-C(=O)-OR
Thioester: R-C(=O)-SR
Carboxylsyre: R-C(=O)-OH
Amid: R-C(=O)-NH2
Acylphosphat: R-C(=O)-PO3(2-)
9.2 Navngive amider, estere, carboxylsyrer og fedtsyrer, deres salte og acylgruppe
2,5 dichloro cyclopentamid
Ethyl propanoate
4 bromo 3 methyl hexanoic acid
9.3 Forklare hvor fedtsyrer forekommer
Kroppen kan ikke selv producere fedtsyrerne omega 3 (n-3) og omega 6 (n-6), og de skal derfor tilføres via kosten.
Omega 3 forekommer i fødevarer som hørfrø, valnødder og fede fisk.
Omega 6 forekommer i fødevarer som oliven, raps- og fiskeolie.
9.4 Anvende pKa til at beskrive carboxylsyrers syrestyrke
mindre pKa = større syrestyrke
9.5 Beskrive nukleofil acyl substitution (carboxylderivater, nitril undtaget) og forklare hvorfor aldehyder og ketoner ikke deltager i den reaktion
R-(C=O)-X + Nu- → R(C=O)-Nu + X
Grunden til at aldehyder og ketoner IKKE undergår nukleofil acyl substitution er at leaving gruppen Y i R-C(=O)-Y vil enten være H- eller R-.
9.8 Redegøre for sur og basisk hydrolyse af estere
SUR hydrolyse af ester = carboxylsyre + alkohol
R1-C(=O)-O-R2 + H2O → R1-C(=O)-OH + R2-OH
BASISK hydrolyse af en ester = carboxylat og en alkohol.
R1-C(=O)-O-R2 + OH- → R1-C(=O)-(O-) + R2-OH
9.9 Beskrive en amidbinding i proteiner
Amidbindinger ses i proteiners sekundære struktur, der sammeholdes af hydrogenbindinger ml. netop NH- og carboxylsyregrupper.
Amid-/hydrogenbindingerne mulligør sekundær foldning af peptidkæderne til alfa-helixer og beta-foldeblade.
α-helix’ers vindeltrappestruktur kommer af aminosyres NH-grupper der bindes til carboxylsyre 4 led længere oppe i peptidkæden.
β-foldeblade = tæppe lignende struktur. β-foldeblade består af
hydrogenbindinger mellem NH og carboxylgrupper der danner binding PÅ LANGS.
9.10 Forklare hvordan et amid kan omdannes til henholdsvis carboxylsyre og amin
Amid + Varme og H3O+ = carboxylsyre og amin
10.2 Definere begreberne monosakkarider, oligosakkarider samt polysakkarider og en generel sumformel for kulhydrater.
CnH2nOn
10.3 Definere aldoser og ketoser og anvende prefix tri, tetr, pent, hex
Carbohydrat: tri, tetra, pentra, hexa- og endelsen -ose for at vise at molekylet et et carbohydrat.
Eksempel: triose, tetra-ose, pentra-ose, hexa-ose
Der navngives følgende prefix:
Aldehyd (Aldo-)
Keton (Keto-)
Eksempel: Aldohexose, keto-tetra-ose.
Navngivning af aldoser:
D-glyceraldehyd er den simpleste carbohydrat.
Aldo-tre-ose (3 carbons)
Aldo-tetr-ose (4 carbons).
Navngivnign af ketoser:
Keto-tre-ose (3 carbons)
Keto-pentr-ose (5 carbons)
10.5 Kunne definere og anvende D,L-nomenklatur for kulhydrater
D: Nederste OH grp til højre
L: Nederste OH grp til venstre
10.6 Anvende Haworth og stolrepræsentation på ringsluttede kulhydrater
10.7 Definere anomere, anomert center, Alfa og beta og mutarotation.
Anomer: Anomert carbon: C-atom der indågr i cykliserings reaktion og danner halvacetal.
Anomert center: alfa-carbonatom
Alfa mutarotation: -OH gruppe er TRANS for CH2OH gruppen i sukkermolekylet
Beta mutarotation: -OH gruppe er CIS for CH2OH gruppen i sukkermolekyle
Mutarotation: omlejringer i OH-gruppers plads (axialt/eq), kan ændres hvis sukkerstoffet er i vandig opløsning :)
10.9 Definere glycosider og beskrive glycokonjugering og redegøre overordnet for hvilken betydning kulhydrater har for blodtyper
et glukose / en sukkergruppe på.
Glycosid er et kulhydrat acetal.
10.10 Redegøre for strukturen af ᵬ -D-fructose-1,6-difosfat og ᵬ -D-glucopyranose-6-fosfat, maltose, lactose, sucrose, cellulose, amylose (stivelse) og glycogen
Beta-D-fructose-1,6-diphosphat (6 C m. fosfatgrp på 1 og 6.
Beta-D-glycopyranose-6-fosfat: cyklisk hemiacetal m fosfat på 6 C.
D-glukoses ene carbonylgruppe reagere med hydroxylgruppen på carbon nr.5 og der dannes to isomere former af cycliske glucopyranose (alfa/beta)
I vandig opløsning dannes der ligevægt mellem aldoformen af glukose, alfa og betaformen, se figur nedenunder. I naturen kan alle monosaccharider danne ringformede molekyler og disse er helt stabile i krystallinsk tilstand - dog vil de åbne og lukke sig i vandig opløsning (se figur nedenunder).’’
Fructose er en ketohexose (keton og hexose)
I ketohexose er kun 3 af 6 C-atomer asysymetriske og der kan derfor kun dannes 8 ketohexoser. Ketohexoser kan danne furanoser (5 C-atomige) og pyranoser (6-atomige) cykliske ringe.
I vandig opløsning dominerede cykliske former. Ligevægtsfordelingen er 20% furanose og 80% pyranose.
Mange hydroxylgrupper i ketohexoserne giver dem et højt smeltepunkt.
11.1 Definere lipider samt hvordan de overordnet klassificeres
Ester-lipider
Voks (Estere af fedtsyrer og langkædede alkoholer)
Triglycerider/triacylglycerol (Estere af glycerol og fedtsyrer)
Phospholipider (Estere af såvel fosforsyre som fedtsyrer)
Glycerophospholipider (Estere af glycerol, 2 fedtsyrer og fosforsyre bundet til aminoalkokohol)
Sphingomyelin (sphingosin i stedet for glycerol, 1 fedtsyre og fosfatidylcholin)
11.2 Give eksempler på lipiders funktioner samt på triglycerid, steroid og voks.
Lipiders overordnede funktion:
Byggeblokke for phospho- og glycolipider i membraner
Extra- og intracellulæer signalmolekyler, cholesterol i membranen
Brændtstofmolekyler (se respiration)
Wax: Ester på long chain carboxylsyre CH3(CH2)14CO2(CH2)29CH3
Triglycerid: triester af glycerol m. 3 lon chain carboxylsyre.
Fats: long term energi da de sjældent oxideres. Holder på 3x mere potientiel energi end glycogen.
OBS: umættede fedtsyre har lavere smeltepunkt end mættede (se struktur af cis/trans).
11.3 Kunne overordnet forklare hvorfor naturen bruger fedt som energireserve
fedtstoffer er så langt nede i O-trin som man kan komme og de kan derfor ikke oxideres mere. Der bindes ingen vand til molekylet da det er meget upolært.
1 g. forbrændt fedt = 38 kJ/g, hvor kulhydrat og protein = 17kJ/g.
11.4 Redegøre for sæbers effekt ved micelle-dannelse
Vaskemidler består af sæber, som er molekyler med en hydrofil ende og en hydrofob ende. Det betyder dermed, at molekylet både er vand- og fedtopløseligt.
I hverdagen bruges det i forbindelse med rengøring, hvor den hydrofobe ende binder sig til olie eller andet fedt på en panden, hvoraf den hydrofile ende binder sig til vandet og trækker fedtet væk.
Sæbe molekylerne i vaskemidlet kan omringe fedt eller olien, og derved vender sæbemolekyletshydrofile ende væk fra fedtet. Denne effekt gør, at olierne forbliver opløst i vand, idet de ikke kanklumpe sig samme grundet molekylernes udadvendte hydrofile ende. Den ringformede formation, hvoraf sæbe stofferne indespærrer fedtmolekyler kaldes en micelle. Typiske rengøringsmidler har et højt indhold af tensider, overfladeaktive stoffer, der fungerer som surfaktanter og danner omtalte miceller med molekyler der har lignende polaritet. Tensider har en hydrofil og hydrofob ende, og kan inddeles i tre klasser, hvilket afhænger af den hydrofile dels ladning.
Enten er tensidet kationisk (positivt ladet), anionisk (negativt ladet) eller nonionisk (neutralt).
11.6 Redegøre for den generelle opbygning af en cellemembran
lipider i membranen er ikke bundet sammen af nogle bindinger udover polaritetstiltrækning og de skifter derfor ofte plads/roterer/flekserer/flip-flop til anden lipidlag i membranen.
11.7 Beskrive den generelle opbygning af steroider
3 cyclohexaner og en cyclopentane
11.8 Forstå hvad der bestemmer membraners fluiditet og diffusion
Membrane fluidity:
MF afhænger af phospholipidernes opbygnign (cis/trans - knæk på halen).
Ved knæk og huller i membranen som følge af cis/trans, kan cholesterol sætte sig = Mindre fluid men membranen bliver aldrig fastog solid med cholesterol i :)
11.9 Redegøre for hvordan forskellen mellem cellemembranens ydre og indre flade opstår
Indre membran → cytosol (channel prot.)
Ydre membran → Omkr. miljø (glycocalyx m. glycolipider og overflademembranproteiner)
Endoplasmatisk retikulum = syntese af nye PL havner på indersiden af lipidlaget.
SCRAMBLASE: ramdomiseret omlejring af PL fra et monolag til et andet.
Fra endoplasmatisk reticulum transporteres vesikler til golgiapperatet –> vesikler = exocytose.
Flippase katalyserer omlejring af SPECIFIKKE PL = assymetrisk dobbeltlaget lipidlag.
12.1 Beskrive den generelle struktur af og forskellen på aminosyrer, peptider og proteiner
12.2 Kunne redegøre for strukturen af aminosyrer i sur og basisk opløsning
I en acid solution vil aminosyren protoneres til en kation.
I en basisk solution vil aminosyren deprotoneres til en anion.
Hvis der er neutral ladning af zwitterionen er der tale om en balance ml. anion/kationisk form hvis aminosyrens miljø har den pågældende Isoelektric point
12.3 Definere zwitterion, proteinogene og non-proteinogene aminosyrer
Proteinogen: Indgår i protein
Non P: udover de 22 aminosyre
Zwitterion: neutrale form af aminosyre
Zwitterion er et molekyle med en neutral net-charge hvor dens negative og positve endes ladninger udligner hinande = se neutrla aminosyre
12.8 Redegøre for hvilken struktur og ladning aminosyrer har ved forskellig pH
Aminosyres struktor og ladning ved given pH afhænger af dets isoelektriske punkt.
Er pH mindre end dets isoelektriske punkt vil aminosyren deprotoneres og få et H+ fra miljøet. (POSITIV NETCHARGE)
Er pH større ens dets isoelektriske punkt vil aminosyren protoneres og miste H+ fra dets OH-grp, da miljøet er basisk. (NEGATIV NETCHARGE)
12.9 Definere isoelektrisk
Isoelectric point er et udtryk for en værdi af pH hvor koncentrationen af den anioniske og kationiske form af aminosyren er ligeligt fordelt. pI er en gennemsnitsværdi af aminosyrens to pKa værdier (a-CO2H, a-NH3+, Side chain).
C og N terminal
N: r-NH2
C: R-(C=O)-OH
12.11 Beskrive peptidbindingen og disulfidbindinger
12.14 Kunne redegøre for proteiners opbygning og organisering under korrekt anvendelse af fagtermer (Primær, sekundær, tertiær og kvartenær strukturα-helix, β-sheet og coiled coil struktur)
Primær struktur: Aminosyrerækkefølge i peptidkæde. peptidbindinger ml. C og N terminal.
Sekundær: Foldet peptidkæde struktur. Hydrogenbindinger ml. NH- og C=O.
Tertiær: Hydrogenbindinger (NH-OC + OH-O) samt ionbindinger ml. NH3 og O-, få london bindnger ved forskydning af elektroner.
Kvaternær struktur
Subunits i proteiner.
12.16 Kunne forklare begreberne denaturering og renaturering
Denaturering: opstår når et proteins struktur spaltes pga:
Temperature(bryder nonkovalente bindinger), pH (bryder ion- og disulfidbindinger),
.
Renaturering: Når et proteins oprindelige tertiære struktur genopnås ved:
Sænkning af temperatur
Ved sænkning af temperatur fjernes den omkringliggende energi, der skal til for at bryde ikke-kovalente bindinger som CO- og NH-.
I det øjeblik at den omkringliggende energi sænkes, vil tiltrækningskraften mellem de ikke kovalente bindings-reaktanter være størst, og proteinet vil vende tilbage til sin oprindelige struktur.
Sænkning af pH
Øgning af saltkoncentration
Kunne forklare begreber som ligander og binding sites:
En ligand er et molekyle der specifikt kan bindes til et binding site i et overflade udtrykt protein i cellemembranen. Dette ses særligt i kroppens neurotransmittersystem, hvor kommunikation bl.a. foregår ved hjælp af ion regulerede Ca++ kanaler, i forbindelse med genoptagelse af Ca++.
Kende opbygningen af antistoffer
Antistoffer, også kendt som immunoglobuliner er proteiner, der anvendes i immunsystemet, til at detektere hvilke proteiner, der høre til i kroppen og hvilke, der ikke gør.
Karakteristisk har immunoglobuliner en klasses Y-form, der består af to tunge lange kæder og to lette kæder, der er bundet til de tunge, og danner en Y form.
Eksempelvis ses på figuren til venstre (IgG) den karakteristiske Y struktur. De to lange kæder bindes sammen af disulfidbindinger, og selvsamme binding sker også mellem de lette og de tunge kæder.
Alle immunoglobuliner består af en Fc-region, bestående kun af de lange kæder, og en Fab-region (de lette og tunge kæder) hvorpå antigenet til antistoffet kan bindes ved hjælp af Londonbindinger, Ionbindinger og hydrogenbindinger.
Forstå enzymers funktion, herunder kompetitiv og non-kompetitiv inhibition, samt begreberne aktive sites og regulatoriske sites:
Enzymers funktion: biologisk katalysator.
Katalysator er et stof der forøger reaktionshastighed uden selv at indgå i reaktionen. En katalysator sænker
aktiveringsenergien og kan derfor forløbe ved lavere temperatur.
Enzymhæmmerer kan ændre reaktionshastighed i enzymatisk reaktion:
Kompetitive inhibitorer bindes reversibelt til enzymets AKTIVE SITE. Bindes med svage intermolekylære kræfter = REVERSIBEL PROCESS
Non kompetitive inhibitore bindes til enzymets regulatoriske center. Irreversible hæmmere er inhibitorer der bindes med en kovalent binding.
Aktivt site:
Site som substrat er komplimentært til. Ved binding til det aktive site fremkaldes en reaktion af enzymet.
Regulatorisk site:
Site der ved stimulering kan aktiverer eller inhiberer enzymets virkningsevne. Ofte har enzymer udtrykt aktivator/inhibitor-receptorproteiner på overfladen, således at aktiviteten af enzymet kan reguleres.
Kompetitiv inhibition:
Fænomen der opstår når molekyler og substrater alle er komplementære til enzymets aktive site. Der kan både være antagonistiske såvel som agonistiske kompetitive inhibitorer.
Agonist og antagonist
Kunne forklare begrebet allosteri og kunne give eksempler på regulering af protein-aktivitet ved konformationsændringer:
Allosteri er en regulationsform, hvor et reguleret molekyle (inhibitor såvel som aktivator) bindes til enzymets allosteriske site. Ved binding til allosteriske site sker en konformationsændring af proteinet så substratet ikke længere er komplimentært til enzymets oprindelige active site.
Kunne forklare begreber som in vivo, in vitro, kromatografi og elektroforese (analysemetoder):
Princippet i gelelektroforese er, at der på en plade dækket med gel, placeres en positiv
og en negativ elektrode. Ved den negative ende af gelen sættes DNA-prøver, og strøm
tilsluttes. DNA strengenes phosphorgrupper gør at disse molekyler er negativt ladede,
og vil naturligt søge mod den positivt ladede ende. I gelen findes mindre luftbobler der
besværliggør DNA sekvensernes bevægelse over pladen, og kortere molekyler kommer
derfor hurtigere frem end større molekyler.
Under bestråling af UV lys kan det detekteres om hvorvidt DNA proben (som var bundet
til plasmider) er til stede, idet proben absorberer lys ved en bestemt bølgelængde.
Tegn: myresyre, eddikesyre, propionsyre og smørsyre
Tegn: acyl
Tegn: Mælkesyre (lactic acid), Oxalsyre (oxalic acid),
Ravsyre (succinic acid),Glutarsyre (glutaric acid)
Tegn: benzoic acid
Tegn: Palmitinsyre, palmitater
Stearinsyre, stearater
Tegn:
Formaldehyd, Acetaldehyd, Ethylenglycol , Glycerol , Phenol
Urinstof (urea)
Tegn: Pyridin
Tegn på Fischer-, Haworth- og stol-form:
D-Glucose
Tegn på Fischer-, Haworth- og stol-form:
D-Mannose
Tegn på Fischer-, Haworth- og stol-form:
D-Galaktose
Tegn: Glycin og Alanin
a) Tegn: 5-chloro-2-(2,4 dichlorophenoxy)phenol
b) Angiv chirale carbon atomer
0 chirale carbon :)
Tegn: 4-methyl-penta-diene og 2-ethoxy-benzamid
Tegn: 2,2-dimethoxypropan
Tegn: methanamide
Tegn: 3,3 Dimethyl butyl
Tegn: cis-1-(2,6,6 trimethyl cyclohexa-1,3 dien-1-yl)but-2-en-1-one
Tegn: N,N dibutyl-methanamide
Amide
C(=O)-NH2
Amin
R-N
Imin
R1-(C=N-R3)-r2
Isobutyl
Tert-butyl
sec-butyl
Redegør for konjugerede fedtsyre og funktion
Fedtsyre m. skiftevis dobbeltbinding og enkelt binding kaldes konjugerede dobbeltbinding. Konjugerede systemer er blot at elektronerne fordeler sig stabilt og ligeligt over en carbonrække. Dette giver større stabilitet og ses også i benzenringe.
