Info Pratique Flashcards
1
Q
Sequencage Sanger?
A
Determine nucleotide dans ADN
2
Q
Sequencage Nanopore
A
Comme impédance
3
Q
Banque de données ?
A
Ensemble de données relatives à un domaine défini et organisé
4
Q
Banque de données nucléiques?
A
- NCBI nationnal center of biotechnology information
- EMBL-EBI
- DDBJ
5
Q
Quelles sont les particularités des banque de données des nucléiques?
A
- absence U
- Brin donné-> brin +
6
Q
Format FASTA?
A
> NC-1838392-… mamuthus (ligne descriptive)
ATGCAAACTGACTTGGACC (séquence fournie)
7
Q
Format GENBANK?
A
- ligne descriptive
- source
- organism (lequel)
- reference (localisation)
- authors/title
- commentaries
- features
- Sequencage protéique
- Sequencage nucléique
8
Q
Format EMBL?
A
- ligne descriptive
- AC
- dates
- source
- organisme
- reference
- authors/title
9
Q
Localisation keys?
A
- 467:une seule base
- 109…1105: entre
- < 1…21 ou inverse: keys tronquée
- <234…888: début inconnu, mais avant
- > 234…888: fin inconnue, mais après
- complement(134…202): sqce complémentaire
- join(12…78,134…202): fragments indiqués mis bout à bout
10
Q
Inconvénient de la bio informatique?
A
- difficultés maj données
- forte redondance
- annotations peu normalisées/ précise
11
Q
Base données protéiques ?
A
- swiss prot -> trEMBL
- PDR
12
Q
Pourquoi comparer les séquences ?
A
- annoter
- recherche similitudes ou homologie/ fonction commune
- prédiction gêne
13
Q
Quels alignements des séquences ?
A
- alignement totale
- alignement locale (optimise score)
14
Q
Quel score lors de l’alignement des séquences ?
A
- 1 délétion/ conservation non conservatrice
-0,5 conservation conservatrice
15
Q
Qu’est ce qu’une Matrice de substitution/similarité?
A
Permet de Donner score de similarité entre deux AA, pour réaliser un alignement biologiques
