Info Pratique Flashcards
Sequencage Sanger?
Determine nucleotide dans ADN
Sequencage Nanopore
Comme impédance
Banque de données ?
Ensemble de données relatives à un domaine défini et organisé
Banque de données nucléiques?
- NCBI nationnal center of biotechnology information
- EMBL-EBI
- DDBJ
Quelles sont les particularités des banque de données des nucléiques?
- absence U
- Brin donné-> brin +
Format FASTA?
> NC-1838392-… mamuthus (ligne descriptive)
ATGCAAACTGACTTGGACC (séquence fournie)
Format GENBANK?
- ligne descriptive
- source
- organism (lequel)
- reference (localisation)
- authors/title
- commentaries
- features
- Sequencage protéique
- Sequencage nucléique
Format EMBL?
- ligne descriptive
- AC
- dates
- source
- organisme
- reference
- authors/title
Localisation keys?
- 467:une seule base
- 109…1105: entre
- < 1…21 ou inverse: keys tronquée
- <234…888: début inconnu, mais avant
- > 234…888: fin inconnue, mais après
- complement(134…202): sqce complémentaire
- join(12…78,134…202): fragments indiqués mis bout à bout
Inconvénient de la bio informatique?
- difficultés maj données
- forte redondance
- annotations peu normalisées/ précise
Base données protéiques ?
- swiss prot -> trEMBL
- PDR
Pourquoi comparer les séquences ?
- annoter
- recherche similitudes ou homologie/ fonction commune
- prédiction gêne
Quels alignements des séquences ?
- alignement totale
- alignement locale (optimise score)
Quel score lors de l’alignement des séquences ?
- 1 délétion/ conservation non conservatrice
-0,5 conservation conservatrice
Qu’est ce qu’une Matrice de substitution/similarité?
Permet de Donner score de similarité entre deux AA, pour réaliser un alignement biologiques
PMID?
Identifiant de l’article sur PUBMED
Dot Blot?
Technique de comparaison séquence ADN
Pepdraw?
Visualiser une structure primaire molécule
