IIIf investigación en la regulación de la expresión génica Flashcards
herramientas moleculares en genómica funcional del transcriptoma
Knockdown y microarreglos de DNA
herramientas moleculares en genómica funcional del proteoma
proteómica cuantitativa
que es el Knockdown
silenciamento de genes temporalmente
que funciones tienen los microarreglos de DNA
Niveles de mRNA
Perfiles de expresión génica
Redes de regulación génica
para que usamos el proteómica cuantitativa
comparación de los niveles de proteínas
los microarreglos de DNA permiten
identificar redes complejas de regulación génica
los microarreglos de DNA nos ayuda a la comprensión de
la biologia del organismo a nivel de su genoma
capacidad de nucleótidos en una sonda isotérmicas
hasta 60 nt
cadena sencilla de nucleótidos que se diseñan un determinado número especifico para cada uno de los transcritos
sondas
ejemplo de la secuencia completa del genoma del organismo
Proyecto genoma humano
que es una librería de cDNA normalizadas
representación de todo el conjunto de DNA complementario al mRNA
Procesamiento del microarreglos
Extracción de RNA de alta calidad
Preparación y marcaje de la muestra
Hibridación
Escaneo
características de la extracción de RNA de alta calidad
A260/A280 y una concentración de 0.1 a 1.0 ug/uL
Amplificación de genes que se expresan pero se requieren observar más o para genes que no se expresen lo suficiente
muestras amplificadas
genes que tal cual se extraen se usan
muestras no amplificadas
una hebra de DNA de secuencia totalmente complementaria al mRNA a partir del cual se ha sintetizado
síntesis de cDNA
cual es el máximo y el mínimo que podemos tener de luminosidad en un pixel
2^16 y 2^0
en un histograma global de datos bien hecho que es lo que podemos observar
que pocos genes se expresan mucho, pocos se expresan poco y muchos se expresan medio
el número de transcritos específicos que se detectan en determinado momento en una condición particular
nivel de expresión
al comparar dos condiciones particulares arroja el cambio en la expresión de ese gene debido al tratamiento especifico
nicel de regulacion
consideración más importante en un mapa de calor
lo importante no es el nivel de expresión si no el control de nivel de regulación
