I colloquy Flashcards
koks procesas laikomas klasikinės biotechnologijos pradžia?
fermentacija
koks įvykis žymi šiuolaikinės biotechnologijos pradžią?
rekombinantinio žmogaus insulino pagaminimas
kas įeina į baltają biotechnologiją?
pramonė
kas įeina į geltonąją biotechnologiją?
maistas
kas įeina į žaliąją biotechnologiją?
žemės ūkis
kas įeina į mėlynąją biotechnologiją?
akvakultūra
kas įeina į raudonąją biotechnologiją? (2)
vaistinės medžiagos, žmogaus sveikata
raudonosios biotechnologijos objektai (5)
- bakterijos;
- mielės;
- augalų ląst.;
- gyvūnų ląst.;
- virusai
3GM augalų grupės
- galintys augti ypatingomis sąlygomis;
- pagerintos maistinės vertės;
- biofabrikai
kokie maisto produktai daugiausiai gaminami geltonosios biotechnologijos srityje? (4)
- vynas;
- sūris;
- alus;
- vabzdžiai
kas įeina į violetinę biotechnologiją? (3)
- teisė;
- etika;
- filosofija
kas įeina į tamsiąją biotechnologiją? (2)
- bioterorizmas;
2. biologinis ginklas
kas įeina į auksinę biotechnologiją? (3)
- bioinformatika;
- informatika;
- čipai
kas įeina į rudąją biotechnologiją? (2)
- desertai;
2. alkoholis
kas įeina į pilkąją biotechnologiją?
aplinkosauga
5 pramoninio biotechnologinio proceso etapai
- žaliava;
- pirminis apdorojimas;
- fermentacija + transformacija;
- antrinis apdorojimas;
- švarus produktas
kas įeina į pirminį apdorojimą?
biokatalizatoriaus ir jo optimalios biosistemos parinkimas
kas įeina į antrinį apdorojimą? (2)
- prod. atskyrimas;
2. prod. gryninimas
kokia sistema yra geriausia biokatalizatoriui?
mikroorganizmai, augalai ir ląstelės, kurios sparčiai auga
5 biotechnologijų produktų grupės
- fermentai;
- monokloniniai antikūniai;
- rekombinantiniai baltymai;
- organizmai;
- ląstelės
kas yra monokloniniai antikūniai?
homogeniškų antikūnių populiacija, kuri turi tą patį antigeninį specifiškumą ir yra kilusi iš vieno antikūnius gaminančių ląstelių klono
kas yra rekombinantiniai baltymai?
baltymai, dirbtinai sintetinami tokiose ląstelėse, kurioms šie baltymai yra svetimi
pagal ką fermentai yra atskiriami vieni nuo kitų?
pagal katalizuojamą reakciją
transferazių funkcija
funkcinių gr. pernaša nuo vienos molek. prie kitos
hidrolazių funkcija
skaido chem. ryšius dalyvaujant vandeniui
liazių funkcija
nedalyvaujant vandeniui skaido ryšius tarp substrato atomų
izomerazių funkcija
tos pačios molek. vidumolekulinis persitvarkymas
ligazių funkcija
naudodamos ATP hidrolizės metu išsiskiriančia energiją, katalizuoja C-O, C-S, C-C kovalentinių ryšių susidarymą
fermentų klasifikavimo kodo pirmojo skaičiaus reikšmė
viena iš 6 klasių
fermentų klasifikavimo kodo antrojo skaičiaus reikšmė
poklasis
fermentų klasifikavimo kodo trečiojo skaičiaus reikšmė
popoklasis
fermentų klasifikavimo kodo ketvirtojo skaičiaus reikšmė
fermento eilės nr. popoklasyje
monokloninių antikūnų panaudojimo sritys (4)
- diagnostika;
- histologija;
- klinik. chem.;
- mikrobiologija
kas skalbimo milteliuose pakeitė aplinką teršiančius fosfatus? (2)
lipazės, proteazės
kaip vaistų gamybai pasitarnauja fermentai?
sutrumpina vit. C, B2 gamybos laiką
kas yra genų rekombinacija?
gen. medž. pasikeitimas tarp dviejų DNR molek.
kas yra DNR replikacija?
DNR sintezė, vykstanti prieš ląst. dalijimąsi
genų inžinerijoje taikomi metodai (6)
- geno išskyrimas;
- geno perkėlimas į vektorių;
- vektorių kūrimas;
- vektorių įterpimas į ląst. ir genomą;
- perkelto geno veiklumo užtikrinimas;
- ląst., kuriose perkeltas genas veiklus, atranka
kas yra DNR vektoriai?
mažos DNR molekulės, pritaikytos svetimos DNR fragmentų įsiuvimui ir padauginimui
kas yra plazmidės?
mažos DNR, galinčios egzistuoti viduje ląstelių atskirai nuo ląstelės DNR
3 prokariotinių ląst. grupės
- termofilai;
- mezofilai;
- psichofilai
kam naudojami termofilai?
genų produktų, stabilių aukštose temp., gavimui
psichofilų panaudojimo pvz.
toksinių teršalų šaltuose vandenyse biodegeneracijai
kokį ploidiškumą ir kiek chromosomų paprastai turi prokariotai?
haploidai; 1 chrom.
kokia dažniausiai yra mikroorganizmų chromosoma?
žiedinė
kokia yra E. coli Gramo dažymo būdu?
neigiama
kokiose sąlygose auginama E. coli, kad būtų gauta didesnė išeiga?
aerobinėse
kas yra nukleoidas?
kompaktiškai supakuota DNR ląstelėje
F plazmidės funkcija
genų info perdavimas į kitas ląst.
2 R plazmidės funkcijos
- atsparumas antibiotikams;
2. toksinų, adhezinų gamyba
4 reikalavimai plazmidėms
- mažas dydis;
- kirpimo vietos;
- replikacijos pradžios seka ORI;
- atrankos genetiniai markeriai
kokios DNR sekos yra būtinos plazmidės replikacijai?
ori
kas jungiasi prie ori?
DNR polimerazės
kur turi būti klonavimo sritis?
plazmidės regione, kuris nėra būtinas replikacijai ar kitai svarbiai plazmidės išsilaikymo ląst. funkcijai
kodėl reikia atrankos geno?
nes bakterinės plazmidės transformacija nėra efektyvi
ką reiškia bla?
atsparumą ampilicinui
ką reiškia tc?
atsparumą tetraciklinui
kiek plazmidžių maždaug būna genome?
20
kas yra transformatų selekcija?
klonų, į kuriuos transformacijos metu pateko plazmidė, atranka
kur dauginasi Ff bakteriofagai?
E. coli F+ kamienuose
kodėl Ff bakteriofagai dauginasi E. coli F+ kamienuose?
nes adsorbcijai prie infekuojamos bakterijos jie naudoja F faktoriaus formuojamus pilius
lėčiau ar greičiau auga bakterijos, infekuotos M13 bakteriofagu?
lėčiau
kas yra fagemidės?
vektoriai, savyje kombinuojantys plazmidžių ir bakteriofagų savybes
bakteriofago lemda 2 vystymosi alternatyvos
- lizuojantis vystymosi kelias;
2. lizogeninis vystymosi kelias
kas yra kosmidės?
plazmidės, leidžiančios klonuoti ir dauginti didelius DNR fragmentus
kas yra Ylp plazmidės?
vektoriai, kurie turi mielių ar kitokį geną transformantų atrankai, bet neturi sekos, užtikrinančios plazmidės replikaciją mielėse
ką galima padaryti su Ylp plazmidėmis?
integruoti DNR sekas į mielių genomo homologines dalis
kodėl Ylp plazmidės tinka integravimui į DNR sekas mielių genomo homologinėse dalyse?
nes mielėse S. cerevisiae homologinė rekombinacija vyksta labai efektyviai ir tiksliai
ką turi YRp plazmidės?
mielių genomo fragmentą (ARS seką)
ką užtikrina ARS seka?
plazmidės autonomišką replikaciją
YRp plazmidžių pliusas
labai efektyviai transformuoja mieles
YRp plazmidžių minusas
transformantai būna labai nestabilūs
YRp plazmidžių transformantų nestabilumo priežastis
netolygus plazmidės pasiskirstymas tarp motininės ir dukterinės ląstelių mielių pumpuravimo metu
kodėl YRp plazmidė lieka motininėje ląstelėje ir tik maža dalis patenka į atsipumpuruojančią dukterinę ląst.?
nes šios plazmidės neturi pasiskirstymo tarp pumpuruojančių ląstelių mechanizmo
kas yra YCp plazmidės?
centromeros seką turinčios plazmidės
kiek nukleotidų seka sudaro S. cerevisiae centromera?
100-200
S. cerevisiae centromeros sekos įjungimo į YRp plazmides rezultatai (2)
- padidina stabilumą iki 99 proc.;
2. kopijų sk. sumažėja iki 1-2 plazmidžių ląstelei
kas yra YEp?
episominės plazmidės
kaip sukurtos YEp?
naudojant mielių 2mikrom plazmidę
kur randama 2mikrom plazmidė?
daugumoje mielių kamienų
ką užtikrina YEp plazmidė? (2)
autonomišką replikaciją;
pakankamą stabilumą
kokiai klasei priklauso 2mikrom plazmidė?
savanaudiškų DNR klasei
kokį dydį turi pasiekti linijinės plazmidės, kad pasiektų stabilumą?
100 kb
kokius vektorius naudojant sukurti visi mielių vektoriai?
E. coli
agrobacterium tumefaciens funkcijos (2)
- infekuoja augalą per pežeistas vietas;
2. aktyvina augalų ląstelių nereguliuojamą dalijimąsi
kas yra bakulovirusai?
vabzdžių virusai
ką infekuoja bakulovirusai?
Lepidoptera, Diptera, Hymenophera ir kt. vabzdžių lervas
kokioje stadijoje esantys vabzdžiai yra labiausiai jautrūs bakulovirusams?
lervų
kas sudaro bakuloviruso genomą?
dvigrandė uždara DNR
kokio ilgio DNR sudaro bakuloviruso genomą?
80-150 bp
kam buvo naudoti vaccinia virusai?
žmonių vakcinacijai prieš raupus
kur replikuojasi vaccinia virusai?
citoplazmoje (dėl to turi nepriklausomas replikacijos ir transkripcijos sistemas)
kas sudaro vaccinia viruso genomą?
linijinė, dvigrandė, apie 200 kb DNR, suformuojanti linijinį dupleksą su segtuko formos kilpomis galuose
iš ko sudarytas virionas? (2)
- sudėtingos viruso šerdies;
2. šerdį supančio lipoproteininio paviršiaus
kas yra viruso šerdyje?
baltymai, reikalingi viruso transkripcijai
kam dažniausiai naudojami vaccinia vektoriai?
kDNR raiškai
kur prijungiama geno kDNR?
prie viruso promotoriaus
kodėl yra būtinas viruso promotorių naudojimas?
nes Vaccinia viruso RNR polimerazė atpažįsta tik virusinius promotorius
kokiu būdu į viruso genomą yra įvedama ekspresijos kasetė?
rekombinacijos
koks yra tradicinis genų įterpimo taikinys?
TK genas
Viruso TK funkcija
fosforilina (aktyvina) nukleotidų analogus
kodėl yra atsisakoma gyvų vakcinų?
nes imunodeficito sąlygomis bet koks virusas tampa pavojingu
kam naudojami Vaccinia viruso vektoriai?
rekombinantinių baltymų gavimui žinduolių ląst.
kokie genai naudojami gauti stabilią žinduolių ląstelių transformaciją?
apsaugantys nuo citotoksinių junginių
kur analizuojamas reporterinis baltymas tyrimuose, kur naudojami in vitro žymenys? (2)
ląstelių lizatuose;
augimo terpėje
kokie metodai naudojami in vitro naudojamų žymenų testavimui? (2)
biocheminiai;
imunologiniai
iš ko kilės CAT (chloramfenikolio acetiltreansferazės) genas?
iš bakterijų
kodėl CAT yra patogus?
nes žinduolių ląstelėse nėra jam giminingų baltymų, trukdančių testavimui
kuo paremtas CAT testavimas? (2)
- izotopiniais metodais;
2. ELISA
kas įvyksta, kai substratas sumaišomas su ląstelių lizatu, turinčiu liuciferazės?
lizatas skleidžia trumpą blyksnį, kurį fiksuoja luminometras
ką hidrolizuoja E. coli beta galaktozidazė?
galaktozidus
iš kur izoliuotas genas GFP?
iš medūzų
ką galima stebėti suliejus GFP su tiriamuoju genu? (3)
baltymo sintezę, lokalizaciją, judėjimą ląstelėje
2 virusinių vektorių klasės
- RV, Lentivirusai, AVV - integruojasi į genomą;
2. Adv, HSV1, AVV - kaip ekstrachromosominiai elementai
4 grupės fermentų, naudojamų DNR manipuliacijoms atlikti
- nukleazės;
- ligazės;
- polimerazės;
- modifikacijos fermentai
nukleazių funkcijos (3)
- kerpa;
- trumpina;
- degraduoja nukleor. molek.
ligazių funkcija
sujungia nukleorūgščių molek.
polimerazių funkcija
kopijuoja molekules
modifikacijos fermentų funkcija
prideda/pašalina spec. chem. grupes
kokį ryšį suardo nukleazės, ardydamos DNR molekules?
fosfodiesterinį
kam naudojama DNRazėI?
pašalinti DNR priemaišoms iš RNR preparatų
kam naudojama DNRazėA?
pašalinti RNR priemaišoms iš DNR preparatų
egzonukleazės III savybės (2)
- degraduoja vieną grandinę 3’-5’;
2. neskaido DNR, jei 3’ OH galas atsikišęs
pageidautinas substratas egzonukleazei III
buki DNR galai arba buki 3’ galai
Bal31 egzonukleazės panaudojimas (3)
- DNR trumpinimui;
- trūkių identifikavimui;
- delecijų ruošimui
S1 endonukleazės funkcija
degraduoti viengrandžius fragmentus (RNR, DNR)
kam naudojama S1 endonukleazė?
išsikišusių DNR fragmentų pašalinimui
ką daro Dnazė I?
nespecifiškai skaldo viengrandę ir dvigrandę DNR
kas gaunama DNR paveikus Dnaze I?
mononukleotidų ir labai trumpų oligonukleotidų mišinys
kam naudojama Dnazė I?
DNR pašalinimui iš įv. preparatų
restrikcijos endonukleazių funkcija
skaldyti DNR specifinėse atpažinimo vietose
3 restriktazėms duodamų pavadinimų dalys
- pirma raidė - gentis, kitos dvi - rūšis;
- kamieno tipas;
- kelintas fermentas, atrastas tame organizme
ką bakterijoms atstoja restrikcijos-modifikacijos sistema?
imuninę sistemą, apsaugančią nuo svetimos DNR
iš kiek ir kokių subvienetų sudaryta I tipo R-M sistema?
5: 2 R, 2 M ir S.
M subvienetų funkcija
metilinimas
iš ko sudaryta II tipo R-M sistema?
restrikcijos endonukleazės ir metiltransferazės
iš ko sudaryta III tipo R-M sistema?
2 R ir 2 M subvienetų
iš ko sudaryta IV tipo R-M sistema?
RE fermento
IV tipo R-M sistemos funkcija
skaldo tik modifikuotą DNR (metilintą, pusiau metilintą, gliukzyl-hidroksimetilintą)
kiek ir kokie genai sudaro III tipo R-M sistemas?
2 genai (mod ir res)
kaip III tipo R-M sistemų fermentas skelia DNR?
per specifinį atstumą nuo vieno iš 2 taikinių
per kokį atstumą III tipo R-M sistemų fermentas skelia DNR?
20-30 nt
kam III tipo sistemos svarbios patogeninėse bakterijose?
virulentiškumui
kam naudingos IV tipo R-M sistemos?
apsisaugant nuo bakteriofagų, turinčių labai modifikuotą DNR
kokiu atstumu skeliama DNR IV tipo R-M sistemomis?
30 bp nuo taikinio
kas yra izošizomerai?
restrikcijos endonukleazės, atpažįstančios ir vienodai skaldančios tokią pat DNR seką, bet išskirtos iš skirtingų organizmų.
kas yra neošizomerai?
fermentai, atpažįstantys tą pačią seką, bet kerpančios skirtingai.
kas yra aktyvumo vienetas?
fermento kiekis, per 1 val. suskaldantis 1 mikrogramą DNR
kas yra nikazės?
fermentai, atpažįstantys specifinę seką ir skeliantys tik vieną DNR grandinę
kam naudojamos nikazės? (2)
- viengrandės DNR paruošimui;
2. linijinių DNR galų “uždarymui”, suformuojant uždarais galais dvigrandes DNR
kokia ligazė daugiausiai naudojama genų klonavimo praktikoje DNR fragmentų sujungimui?
T4 bakteriofago DNR ligazė
kas naudojama norint padidinti DNR galų susidūrimo tikimybę?
PEG (polietilenglikolio) tirpalas
ką daro ribonukleazė H?
skaldo RNR, esančią hibride su DNR (šalina RNR pradmenis iš Okazaki fragmentų 5’ galų)
kam naudojama Klenow fragmentas? (4)
- DNR galų bukinimui;
- 3’ galo žymėjimui;
- antros grandinės sintezei;
- kDNR žymėjimui atsitiktinių pradmenų metodu
kuo T7 polimerazė išsiskiria nuo kitų?
gebėjimu sintetinti in vitro didelius DNR fragmentus (dideliu procesyvumu)
kaip veikia Taq polimerazė?
įgaliną DNR sintezės aktą kartoti daug kartų nepridedant papildomai fermento
kam naudojama atvirkštinė transkriptazė? (5)
- kDNR sintezei;
- RNR virusų diagn. (AT-PCR);
- RNR galų kartiravimui pradmenų pratempimo reakcijoje;
- DNR 3’ galų žymėjimui, sekvenavimui;
- norimų DNR fragmentų sintezei naudojant RNR matricą (AT-PCR)
kam naudojamos RNR polimerazės?
RNR sintezei in vitro
šarminių fosfatazių funkcija
nuo DNR galų pašalina fosfatą
pop. fosfatazės (3)
- bakterijų;
- veršio žarnų;
- krevečių
krevečių šarminės fosfatazės savybės (2)
- jautri temp.;
2. lengvai inaktyvuojama aukštoje temp.
ką skaldo agarazė? (2)
- agarą;
2. agarozę
kam naudojama agarazė?
DNR ir RNR išgryninimui iš agarozės gelio
kas yra kompetentiškumas?
ląstelių sugebėjimas transformuotis, paimti svetimą DNR
kokie 2 parametrai naudojami vertinant transformaciją?
- transformacijos dažnis;
2. efektyvumas
rekombinantinės DNR įvedimo į ląstelę 4 žingsniai
- norimo geno izoliavimas, naudojant restrikcinius fermentus;
- geno įterpimas į vektorių (ligazės pagalba);
- vektoriaus įterpimas į šeimininką (transformacija);
- ląst. šeimininkių padauginimas
kas yra konjugacija?
gen. medž. pernešimas esant kontaktui tarp dviejų ląst.
kokie 2 faktoriai reikalingi konjugacijai?
- DNR vieta, kur prasideda DNR pernešimas (oriT);
2. baltymai pernešimui (su tra genais plazmidėje)
kiek ir kokius genus koduoja F+ faktorius?
26 tra genus
ką reikia daryti, kad visos bakterijos turėtų F+ plazmides?
sumaišyti kultūrą su F+ faktoriaus plazmidėmis ir kultūrą be plazmidės
kas yra genų terapija?
gydymas, ligos eigos sulėtinimas arba apsaugojimas nuo susirgimo funkcionalių genų įvedimu į organizmą
somatinių ląst. genų terapijos pagrindiniai taikiniai (3)
- cistinė fibrozė;
- raumenų distrofija;
- vėžys
genų įvedimo metodai (2)
- virusinės kilmės vektoriai;
2. nevirusinės kilmės DNR įvedimo sistemos
5 vektorių klasės virusų pragrindu
- adenovirusų (AdV);
- adeno-asocijuotų virusų (AAV);
- onko-retrovirusų (RV);
- lentivirusų;
- herpes simplex-ą (HSV)
kam naudojami vektoriai, kurie negali integruotis?
laikinai geno raiškai besidalijančiose ląst. arba ilgalaikei raiškai nesidalijančiose
ką reikia naudoti norint gauti pastovią geno raišką proliferuojančiose ląst.?
integruojančius vektorius
kokie vektoriai naudojami klinikiniuose tyrimuose?
onko-RV (retrovirusai)
pagr. onko-RV vektorių trūkumas
galimybė infekuoti tik besidalijančias ląst.
kaip buvo įveiktas onko-RV pagr. trūkumas?
prie RV matrikso baltymo NLS prijungtas į branduolį nukreipiantis signalas
kam naudojami letivirusų vektoriai?
ramybės būsenoje esančių ląst. (kraujodaros kamieninių, nervinių, smegenų) infekcijai
3 svarbiausios vektorių savybės
- vektorių tropizmas;
- transgeno ekspresijos laikas;
- vektoriaus imunogeniškumas
didžiausias ir sudėtingiausias iš genų terapijoje naudojamų virusų
Herpes simplex
HSV vektorių pagr. privalumai (2)
- didelė talpa;
2. galimybė infekuoti nervines ląsteles
kur integruojasi AAV (adeno-asocijuoti virusai)?
į 19 chrom. specifinį lokusą
vektorių, nukreiptų į vėžio gydymą, savybės (5)
- turi anti-angiogeninius faktorius;
- stabdo kraujagyslių vystymąsi auglyje;
- turintys supresuojančius genus (p53);
- turintys imuno-stimuliacinius genus;
- lizuoja ląsteles
kokiu pagrindu konstruojami priešvėžiniai vektoriai? (2)
- AdV;
2. HSV-1
2 nevirusinių genų įvedimo metodų tipai
- chem.;
2. fiziniai
chem. nevirusinių vektorių rūšys (2)
- lipopleksai;
2. polipleksai
kas yra lipopleksai?
katijoninių liposomų/micelių-DNR kompleksai
kas yra polipleksai?
katijoninių polimerų-DNR kompleksai
kaip chem. nevirusiniai vektoriai patenka į ląst.?
endocitozės būdu
pagr. chem. nevirusinių vektorių problemos (3)
- nestabilūs ir agreguojantys fiziologinėm sąlygom;
- heterogeniški;
- mažas efektyvumas
fizinių nevirusinių vektorių rūšys (4)
- genų šautuvas;
- mikroinjekcijos;
- nuogos DNR injekcijos;
- elektroporacija
pagr. genų šautuvo trūkumas
sužalojama daug ląstelių
kokie įrankiai naudojami DNR mikroinjekcijai suleisti? (2)
- mikromanipuliatorius;
2. mikropipetė
pagr. 4 elektrogenoterapijos privalumai
- paprasta ir saugu;
- plazmidės paruošimas pigesnis ir paprastesnis nei kitų vektorių;
- lokalu, tiksliose vietose;
- nėra apribojimų dėl dydžio
pagr. 2 elektrogenoterapijos trūkumai
- efektyvumas palyginti mažas;
2. geno ekspresija neilgalaikė