grote toets Flashcards
1
Q
aminozuren postief geladen
A
arginine, histidine, lysine
2
Q
negatief geladen aminozuren
A
aspartaat, glutamaat
3
Q
aminozuur met OH groep (fosforyleren)
A
threonine, tyrosine, serine
4
Q
nucleosoom
A
histon met 200 nucleotideparen, gemaakt van postief geladen aminozuren
5
Q
chromatin remodeling complex
A
verandert formatie nucleosoom, heeft ATP nodig
6
Q
heterochromatin
A
inactief (kan epigenetisch worden overgeerf)
7
Q
euchromatin
A
actief
8
Q
semi-conservatieve overerving
A
1 oude, 1 nieuwe streng
9
Q
topoisomerase
A
knipt dna verderop zodat het DNA niet in de ‘knoop’ raakt
10
Q
DNA polymerase
A
catalyseert de toevoeging van nucleotiden aan de 3’ zijde waarbij parent DNA als template wordt gebruikt
11
Q
DNA helicase
A
gebruikt ATP hydrolyse om het dubbel-strengs DNA in de replicatievork te scheiden
12
Q
single-stranded DNA binding protein
A
bindt aan enkelstrengs DNA om ervoor te zorgen dat de basenparen niet kunnen hervormen boordat DNA replicatie heeft plaatsgevonden
13
Q
sliding clamp
A
houd enzymen vast aan het DNA zodat het er niet af valt tijdens de replicatie
14
Q
clamp loader
A
gebruikt ATP hydrolyse om sliding clamp op het DNA te plaatsen
15
Q
primase
A
primase synthetiseert RNA primers op de lagging strand
16
Q
DNA ligase
A
gebruikt ATP om okazaki fragmenten samen te plakken
17
Q
depurinatie
A
haalt de basegroep van nucleotide weg waarbij er een gat ontstaat in het DNA (deletie), hydrolyse reactie
18
Q
deaminatie
A
gebeurt alleen bij cytosine waarbij deze veranderd in uracil, hydrolyse reactie
19
Q
purines
A
adenine, guanine
20
Q
pyrimidines
A
cytosine, thymine, uracil
21
Q
dimeer
A
2 thymines vormen een brug naast elkaar
22
Q
mismatch repair (tijdens delen)
A
verkeerd nucleotide wordt weggehaald, nieuwe ingebouwd. mutS herkent de mismatch, mutL initieert weghalen, repair DNA polymerase vult gat, ligase repareerd
23
Q
exonuclease
A
knipt buitenkant DNA
24
Q
endonuclease
A
knipt midden DNA
25
proofreading (tijdens delen)
wordt gedaan door DNA polymerase complex
26
Base Excisie Repair BER (buiten deling)
repareerd deaminering (c naar u fout), glycosylase herkent
27
DNA glycosylase
herkent deaminering
28
Nucleotide Excisie Repair NER (buiten deling)
repareert grote dna fouten zoals dimeren
29
kinases
fosforyleren
30
hybridisatie
basenparen RNA komt overeen met DNA
31
sequence einde intron -> exon
CAG | G
32
sequence einde exon -> begin intron
AG | GU
33
uitijdelijke exon exon sequence
AGG
34
snRNP
eiwitten die introns helpen om op de goede plek nucleofiele attack te doen op exon. zorgt ervoor dat splicing niet random gebeurt
35
stop codons
UAA UAG UGA
36
start codon
AUG (met)
37
translation initiation factor
laat los wanneer de small subunit met start anticodon tRNA AUG vind. large subunit kan dan binden
38
release factor translatie
bindt aan sopcodon op A plaats ribosoom, hydroliseert aminozuur binding aan tRNA waardoor polypeptide keten los laat
39
proteases
enzymen die eiwitten afbreken
40
ubiquitine keten
wordt herkent door protease
41
sequentie nodig repl. initiatie
ORI
42
initiatie voor transcriptie
TATAA
43
terminatie voor transcriptie
AAUAA en klieving
44
pH=pK
50% van eiwit is gedissocieerd
45
flip-flop beweging
beweging van een naar andere kant in membraan van fosfolipiden. wordt gereguleerd, in golgi wordt het goed gelegd en kan kopjes modificeren
46
integrale eiwitten
gaan door het membraan heen
47
perifire eiwitten
aan 1 kant van het membraan
48
verdeling Na+ ionen
meer buiten dan binnen cel
49
verderling Ca+ ionen
veel buiten, weinig binnen cel
50
verdeling K+ ionen
weinig buiten, veel binnen cel
51
verdeling Cl- ionen
meer buiten, minder binnen cel
52
Na/K pomp
3 Na naar buiten, 2 K naar binnen
53
endomembraan systeem
kern envelope, RER/SER, golgi, peroxisomen, endosomen, lysosomen
54
signaalsequentie in ER blijven
KDEL (lysine, aspartaat, glutamaat, leucine)
55
signaalsequentie in nucleus gaan
NLS (nuclear localisation squence)
56
signaalsequentie uit nucleus gaan
NES (nuclear export signal)
57
nuclear import receptor
neemt eiwit mee de kern in
58
clathrin coated vesicles (adaptin 1)
origin; golgi. destination; lysosoom
59
clathrin coated vesicles (adaptin 2)
origin; plasma membraan. destination; endosomen
60
COPII coated vesicles
origin; ER. destination; golgi cisterna
61
COPI coated vesicles
origin: golgi cisterna. destination: ER
62
checkpoints
in M fase (mitotic spindle), in G1 (genoeg signalen?), in G2 (klopt al het DNA)
63
Cdk
cycline dependent kinase, worden niet afgebroken
64
CAK
doet activerende fosfaat op M-Cdk
65
Wee1
doet inhiberende fosfaat op M-Cdk
66
Cdc25
haalt inhiberende fosfaat op M-Cdk weg
67
cdk-i
eiwitten die cdk-c complexen kunnen remmen
68
Rb eiwit (inactief, niet gefosforyleerd)
inhibeert transcriptie regulator
69
G1-Cdk, G1/S-Cdk
fosforyleren Rb eiwit waardoor transcriptie kan beginnen
70
Kd
affiniteit tussen receptor/signaalmolecuul (concentratie waarbij 50% bezet is)
71
signaalmoleculen
enkel aminozuur, steroide, eiwitten, etc
72
langzaam respons
signaal activeert eiwit synthese (bijv. differentiatie)
73
snel respons
signaal veranderd functie eiwit
74
fosfatase
haalt fosfaat weg
75
monomeer g-eiwit
GTP/GDP vorming door GAP (haalt p weg) en GEF (zet P erop)
76
trimeer g-eiwit
vorming GDP/GTP door zichzelf
77
cyclisch AMP
signaalmoleculen in de cel die een reactie kunnen versterken, gevormd met ATP uit adenylaatcyclase
78
divisoom
machinerie voor celdeling
79
sporen (conidia)
erg resistent pakketje DNA/ribosomen van bacterie/schimmel
80
quorom sensing
hoe dichter organismen bij elkaar hoe meer comminucatie
81
beweging bacteriën
run & tumble, door flagellen
82
plasmiden
circulair DNA
83
pilus
connectie tussen twee bacteriële cellen
84
fosfolipase
breekt fosfolipiden af
85
calmoduline
ca2+ gevoelig eiwit
86
functie m-cdk
samenstelling van condensins
87
diacylglycerol
second messenger die molecuul loslaat dat aan ca2+ kanaal bindt
88
RTK (tyrosine kinase receptoren)
functioneert als bindingssite voor signaleringsmoleculen/adaptor proteins
89
ras-GEF
activeert ras door GDP om te wisselen voor GTP, ras acitveerd weer MAP-kinases
90
tumorsuppressor die geactiveerd wordt na DNA schade
p53
91
cdk-i die gesynthetiseerd wordt na binding p53
p21, remt G1/s en S-cdk/cyclines
92
proto-oncogen dat geactiveerd wordt door ras, het activeer g1/s en s-cdk complexen
myc
93
necrose
niet netjes celdood, inhoud komt los
94
apoptose
netjes celdood, blebbing (blaasjesvorming)
95
bax/bak
kanaaltjes (inactief of actief) waardoor cytochroom c naar buiten kan
96
cytochroom c
help met samenstellen apoptosoom
97
caspases
sleuteleiwitten bij apoptose, bijv. acitveren apoptosoom
98
intermediare filamenten
gemiddeld dikke flexibele filamenten, gevormd uit alfa helixes
99
keratines
soort intermediare filament, sterk
100
lamins
netwerks van intermediare lamina in de celkern voor stevigheid, rol in genexpressie
101
plectines
crosslinkers die zorgen voor samenwerking verschillende filamenten
102
microtubuli
dikste en stevigste filamenten, organisatie en hulp celdeling, bestaan uit bolletjes
103
tubulin dimeer (alfa en bèta)
twee eiwitten met GTP, alleen bèta hydrolyseert GTP
104
plus einde microtubuli
groeit en krimpt snel
105
min einde microtubuli
groeit en krimpt langzaam
106
dynamische instabiliteit
het groeien en krimpen van microtubuli door middel van hydrolyse GTP
107
GTP cap
dimeren met GTP aan plus einde microtubuli
108
gamma tubuline
begin plaats groei microtubuline
109
centrosoom
microtubuli organisatie punt
110
centriole
stabielen microtubuli, 9 tripletten samen
111
kinesine
motor eiwit loopt naar plus einde microtubuli
112
flagella en cilia
soorten haart structuren bij cellen, van microtubuli gemaakt
113
dyneins
motor eiwit loopt naar min einde microtubuli
114
actine filamenten
dunste, flexibel, bestaat uit monomeren
115
actine treadmilling
ontstaan aan het plus einden en weghalen aan het min einde
116
actine cortex
laagje actine die helpt met cel beweging
117
myosine I
motor eiwitten met 1 kopje op actines
118
myosine II
motor eiwit met twee kopjes en gedraaide staart, op actines
119
myofibrillen
bundel van actine en myosines
120
sarcomere
z discen met actine filamenten en dikke myosine filamenten
121
troponin
eiwit die vast zit aan tropomyosin en z-disc, wanneer ca2+ bindt, veranderdt het van vorm
122
tropomyosin
lange staaf die vast zit aan actine, wanneer troponin van vorm verandert laat het los en kan myosine binden
123
peptidoglycan
laag van suikers en peptidebindingen wat ervoor zorgt dat de cel niet explodeert
124
gram positief/negatief
positief; heeft peptidoglycaan laag aan buitenkant, negatief heeft dunne laag maar tussen twee membranen
125
lysosym
kan peptidoglycan laag afbreken
126
interpolar microtubules
binden aan elkaar tijdens celdeling
127
kinetochore
eiwit dat bindt aan centromeer regio zuster chromatide, daar binden microtubules weer
128
astral microtubules
bepalen richting tijdens celdeling
129
contractile ring
eiwit dat helpt bij celdeling door de cel door twee te drukken
130
condensin
houd DNA van 1 zuster chromatid bij elkaar
131
cohesin
houd het DNA van twee zuster chromatiden bij elkaar
132
metafase
chromatiden worden goed gelegd en microtubuli gaan vastzitten
133
anafase
de zuster chromatiden worden uit elkaar getrokken
134
anaphase-promoting complex APC
breekt securing (inhib eiwit) af waardoor separase actief wordt en cohesin ringen kan afbreken
135
telofase
de nuclear envelope vormdt weer en contractile ring wordt neergezet
136
proteolysis
het afbreken van eiwitten in kleinere delen of losse aminozuren
137
cellulose
cell wand van planten bestaan uit polysacharide
138
collageen
eiwit dat dat grote fibers vormt die voor stevigheid dienen
139
extracellular matrix ECM
laag van verschillende moleculen buiten cellen/weefsel dat belangrijk is voor de structuur, organisatie en functie
140
fibroblast
cellen die zorgen voor het synthetiseren en uitscheiden van eiwitten die belangrijk zijn voor het ECM
141
fibronectine
ECM eiwit dat aan collageen en integrines bindt
142
integrines
ECM (transmembraan) eiwit dat aan fibronectines en cytoskelet in de cel zit
143
glycosaminoglycans GAGs
polysacharide die buiten de cel water vasthouden wat voor stevigheid zorgt
144
apical zijde
'bovenkant' cel, bij de lumen bijv
145
basal zijde
aan de 'onderkant'
146
basal lamina
ECM eiwitten, collageen en laminine
147
cadherine
transmembraan eiwitten die aan elkaar binden en zorgt dat cellen aan elkaar blijven
148
tight junctions
transmembraan eiwitten die zorgen voor afdekking waardoor twee lagen kunnen ontstaan
149
desmosomen
keratine filamenten die aan linkerproteins van cadherine vastzitten
150
nemidesmosomen
keratine filamenten die aan linkerproteins van intergrines vastzitten (die aan het basale lamina zitten)
151
gap junctions
porien die door het membraan van twee cellen gaan waardoor er een poortje ontstaat
152
lichtmicroscoop
heeft max resolutie 200nm, gefixeerde of levende cellen bekijken
153
haematoxylin
kleuring aan cellen, paars en acidofiel
154
eosine
kleuring aan cellen, basofiel en roze
155
elektronenmicroscoop
kleinere resolutie, alleen dode cellen bekijken, zware metalen kleuring
156
nuclear envelope
dubbele membraan om de celkern
157
mitochondrien
ATP produceren, heeft dubbel membraan en eigen DNA, maakt ook eigen eiwitten aan
158
RER
eiwit synthese door middel van ribosomen
159
SER
heeft geen ribosomen, synthetiseert lipiden en heeft enzymatische reacties
160
golgi apparatus
schijven die een netwerk vormen en zorgen voor transport, sortering modificatie van eiwitten
161
endo-lysomaal systeem
endocytose, openemen van stoffen buiten de cel. late endosomoon wordt gevormd wat een lysosoom wordt
162
lysosoom
blaasje dat zijn inhoud afbreekt door middel van een laag pH en enzymen
163
chaperone eiwitten
helpen het een nieuw gesynthetiseerd eiwit goed te vouwen
164
periodiciteit
hoeveelheid aminozuren per winding
165
zwavelbruggen/di-sulfide binding
crosslinks tussen twee zwavelgroepen dat veel voorkomt in eiwitten
166
methylering
wanneer een CH3 groep wordt toegevoegd aan bijv. aminozuren
167
glycoproteïne
eiwit met een suikergroep er aan vast, vaak aan arginine
168
lipoproteïne
eiwitten met een vetzuurgroep, vaak aan cysteïne en methionine
169
celwand schimmel
met chitine en glucaan
170
gram kleuring
kristal violet en Jodium, kleuring voor peptidoglycaan
171
teichonzuur
Eiwit in peptidoglycaan
172
Periplasma
laagje peptidoglycaan in gram negatieve bacterie
173
lipopolysacharide LPS
uitsteeksel gram negatieve bacterie, 3 delen, lipide, core polysacharde en O-polysacharide (ookwel O-antigen)
174
s-laag
eiwitlaag op (sommige) archea ipv van een celwand
175
membraan van archea
gemaakt van ispoprenen, bilaag of monolaag.
176
proteoglycaan
core eiwit waar bijv GAGs aan kunnen binden (in ECM)
177
filamenteus
meercellige schimmel die draden vormdt
178
mycelium
alle draden (hyfen) van een schimmel
179
gist
eencellige schimmel
180
septa
soort muurtjes tussen verschillende cellen in een hyfen, met poriën of kanalen
181
hyfe
een draad van een schimmel
182
dimorfe schimmel
kan beide gist delen of als filamenteus
183
ergosterol
de cholesterol van een schimmel, in hun cytoplasmamembraan (maar dus niet hetzelfde als cholesterol)
184
polar bud scar
als een gistcel gedeeld is laat het een litteken achter waar niet meer gedeeld kan worden
185
conjugatie
overdracht van DNA van een cel op de andere
186
bacteriofaag
deeltje die DNA (of RNA) inbrengt bij bacterie, en zich daardoor laat delen
187
sigma factor
herkent de promotor sequentie waar het zich aan bindt
188
promotor
sequentie in het DNA dat de start van een gen laat zien voor transcriptie
189
TATAA-binding protein TBP
bindt aan de TATAA box, vervolgens gaat een heel complex eiwitten binden en daarna RNA polymerase. maakt een knik in het DNA waardoor het DNA wordt opengewrongen.
190
CTD c-terminal domain
staart van RNA polymerase met bindingsplaatsen voor enzymen die gebruikt worden bij splicing, polyadenylatie, en capping.
191
poly A staart
3' einde van het RNA waardoor het coderende RNA niet wordt aangetast.
192
threshold potentiaal (zenuwen)
-40 millivolt
193
restpotentiaal (zenuwen)
-60 millivolt
194
axon
lange dunne extensie van een zenuwcel, brengen signaal naar een andere cel
195
synaps
einde van een axon waar de signaalmoleculen worden uitgescheiden
196
trans golgi zijde
waar blaasjes worden uitgeschijden
197
cis golgi zijde
waar blaasjes (vanuit ER bijv.) worden opgenomen
198
cytosolic fibrills
haartjes aan een kernporie
199
import in mitochondriën
eiwit bindt aan import receptor dat vast zit aan protein translocator, deze moet binden aan protein translocator op binnenste membraan. nu kan eiwit naar binnen worden gehaald waar het weer opnieuw gevouwd wordt
200
signal recognition particle SRP
houd de signaalsequentie uit het ribosoom tegen zodat het niet het hele eiwit wordt gemaakt. bindt aan SRP receptor waardoor eiwit in protein translocator wordt gestopt
201
stop transfer sequence
sequentie in polypeptide keten waardoor de protein translocator stopt met het eiwit door het membraan laten
202
peptidase
knipt peptide keten
203
dynamine
gebruikt ATP om 2 membranen dicht bij elkaar te brengen to ze fuseren waardoor een blaasje vormdt
204
adaptin
bindt aan cargo receptor waardoor coat protiens kunnen binden
205
v-SNARE
lang eiwit op het blaasje dat samen kan binden met t-SNARE waardoor het blaasje naar het membraan getrokken wordt
206
t-SNARE
lang eiwit op membraan dat zich vasthoud aan v-SNARE en zo het blaasje naar zich toe trekt
207
tethering protein
lang eiwit op membraan dat zich vast houd aan Rab op het blaasje en het blaasje naar zich toe trekt
208
Rab (GTPase)
eiwit op blaasje waar tethering protein aan kan binden
209
(N-)glycosylering
het toevoegen van een suikergroep
210
oligosaccharyl transferase
pakt van een lipid molecul de suikergroep en plakt het vast
211
unfolded protein response UPR
cel detecteerd te veel verkeerd gevouwde eiwitten, de verkeerde eiwitten binden aan receptoren waardoor er meer chaperone eiwitten vrij komen
212
mannose-6-p
signaal dat eiwit naar lysosoom moet
213
endocytose
opname stoffen van buiten de cel
214
fagocytose
het volledig omsluiten van iets (bijv. bacterie)
215
receptor mediated endocytose
cargo bindt aan receptor en blaasje vormdt (met coat proteins) en fuseert met endosoom. cargo komt vrij en receptor wordt recycled.
216
autofagie
als een organel weg moet wordt er een dubbel membraan omheen gevormd waarna het naar het lysosoom gaat om afgebroken te worden.
217
pinocytose
het opnemen van vloeistof/moleculen buiten de cel
218
adenylaatcyclase
zet ATP om in cAMP
219
protein kinase A PKA
wordt geactiveerd door cAMP waarna het kan fosforyleren (bijv. bij het process van glycogeen afbreken of transcriptie)
220
fosfo-diesterase
zet cyclisch AMP om in AMP
221
GPCR
g protein coupled receptor, de receptor die 7 keer dood memebraan gaat, beetje slang achtig
222
fosforylase kinase
gebruikt ATP om (glycogeen) fosforylase te activeren
223
inositol fosfolipide
diacylglycerol en inositol trifosfaat, wordt afgebroken door fosfolipase.
224
1,2,5-trifosfaat (IP3)
signaalmolecuul afgescheden van diacylglycerol, bindt aan calcium kanaaltje
225
calcium concentratie in cytosol
50-100mM
226
calcium concentratie extracellular
>1000 mM
227
acetylcholine
signaalmolecuul dat aan een GPCR kan binden (bijv. bij bloeddruk regulatie)
228
NO synthase
wordt geactiveerd door calcium, activeerd enzym dat nitric oxide maakt
229
nitric oxide (NO)
signaalmolecuul diffundeerd makkelijk door celmembraan en bindt aan guanylyl cyclase
230
guanylyl cyclase
maakt cGMP van GTP
231
ras eiwit
monomeer g eiwit
232
SH2 domein
adaptor eiwit dat aan tyrosine receptor kan binden
233
MAP kinase
kinase dat veel verschillende eiwitten en transcriptie factoren kan activeren
234
PI-3 kinase
fosforyleert een inositol fosfolipid wat weer een docking site kan worden
235
Akt
in actieve vorm zorgt voor cel-overleving en groei
236
delta signal protein
receptor op een ontwikkelende zenuwcel in embryonale ontwikkeling, bindt aan delta receptor (notch), waarna notch tail afbreekt en als transcriptie factor werkt
237
ethylene receptor met gebonde protein kinase
zonder signaalmolecuul actief, breekt de hele tijd transcriptie factor af. als signaalmolecuul bindt dan stopt afbraak en kan transcriptie factor werken
