grote toets Flashcards
aminozuren postief geladen
arginine, histidine, lysine
negatief geladen aminozuren
aspartaat, glutamaat
aminozuur met OH groep (fosforyleren)
threonine, tyrosine, serine
nucleosoom
histon met 200 nucleotideparen, gemaakt van postief geladen aminozuren
chromatin remodeling complex
verandert formatie nucleosoom, heeft ATP nodig
heterochromatin
inactief (kan epigenetisch worden overgeerf)
euchromatin
actief
semi-conservatieve overerving
1 oude, 1 nieuwe streng
topoisomerase
knipt dna verderop zodat het DNA niet in de ‘knoop’ raakt
DNA polymerase
catalyseert de toevoeging van nucleotiden aan de 3’ zijde waarbij parent DNA als template wordt gebruikt
DNA helicase
gebruikt ATP hydrolyse om het dubbel-strengs DNA in de replicatievork te scheiden
single-stranded DNA binding protein
bindt aan enkelstrengs DNA om ervoor te zorgen dat de basenparen niet kunnen hervormen boordat DNA replicatie heeft plaatsgevonden
sliding clamp
houd enzymen vast aan het DNA zodat het er niet af valt tijdens de replicatie
clamp loader
gebruikt ATP hydrolyse om sliding clamp op het DNA te plaatsen
primase
primase synthetiseert RNA primers op de lagging strand
DNA ligase
gebruikt ATP om okazaki fragmenten samen te plakken
depurinatie
haalt de basegroep van nucleotide weg waarbij er een gat ontstaat in het DNA (deletie), hydrolyse reactie
deaminatie
gebeurt alleen bij cytosine waarbij deze veranderd in uracil, hydrolyse reactie
purines
adenine, guanine
pyrimidines
cytosine, thymine, uracil
dimeer
2 thymines vormen een brug naast elkaar
mismatch repair (tijdens delen)
verkeerd nucleotide wordt weggehaald, nieuwe ingebouwd. mutS herkent de mismatch, mutL initieert weghalen, repair DNA polymerase vult gat, ligase repareerd
exonuclease
knipt buitenkant DNA
endonuclease
knipt midden DNA
proofreading (tijdens delen)
wordt gedaan door DNA polymerase complex
Base Excisie Repair BER (buiten deling)
repareerd deaminering (c naar u fout), glycosylase herkent
DNA glycosylase
herkent deaminering
Nucleotide Excisie Repair NER (buiten deling)
repareert grote dna fouten zoals dimeren
kinases
fosforyleren
hybridisatie
basenparen RNA komt overeen met DNA
sequence einde intron -> exon
CAG | G
sequence einde exon -> begin intron
AG | GU
uitijdelijke exon exon sequence
AGG
snRNP
eiwitten die introns helpen om op de goede plek nucleofiele attack te doen op exon. zorgt ervoor dat splicing niet random gebeurt
stop codons
UAA UAG UGA
start codon
AUG (met)
translation initiation factor
laat los wanneer de small subunit met start anticodon tRNA AUG vind. large subunit kan dan binden
release factor translatie
bindt aan sopcodon op A plaats ribosoom, hydroliseert aminozuur binding aan tRNA waardoor polypeptide keten los laat
proteases
enzymen die eiwitten afbreken
ubiquitine keten
wordt herkent door protease
sequentie nodig repl. initiatie
ORI
initiatie voor transcriptie
TATAA
terminatie voor transcriptie
AAUAA en klieving
pH=pK
50% van eiwit is gedissocieerd
flip-flop beweging
beweging van een naar andere kant in membraan van fosfolipiden. wordt gereguleerd, in golgi wordt het goed gelegd en kan kopjes modificeren
integrale eiwitten
gaan door het membraan heen
perifire eiwitten
aan 1 kant van het membraan
verdeling Na+ ionen
meer buiten dan binnen cel
verderling Ca+ ionen
veel buiten, weinig binnen cel
verdeling K+ ionen
weinig buiten, veel binnen cel
verdeling Cl- ionen
meer buiten, minder binnen cel
Na/K pomp
3 Na naar buiten, 2 K naar binnen
endomembraan systeem
kern envelope, RER/SER, golgi, peroxisomen, endosomen, lysosomen
signaalsequentie in ER blijven
KDEL (lysine, aspartaat, glutamaat, leucine)
signaalsequentie in nucleus gaan
NLS (nuclear localisation squence)
signaalsequentie uit nucleus gaan
NES (nuclear export signal)
nuclear import receptor
neemt eiwit mee de kern in
clathrin coated vesicles (adaptin 1)
origin; golgi. destination; lysosoom
clathrin coated vesicles (adaptin 2)
origin; plasma membraan. destination; endosomen
COPII coated vesicles
origin; ER. destination; golgi cisterna
COPI coated vesicles
origin: golgi cisterna. destination: ER
checkpoints
in M fase (mitotic spindle), in G1 (genoeg signalen?), in G2 (klopt al het DNA)
Cdk
cycline dependent kinase, worden niet afgebroken
CAK
doet activerende fosfaat op M-Cdk
Wee1
doet inhiberende fosfaat op M-Cdk
Cdc25
haalt inhiberende fosfaat op M-Cdk weg
cdk-i
eiwitten die cdk-c complexen kunnen remmen
Rb eiwit (inactief, niet gefosforyleerd)
inhibeert transcriptie regulator
G1-Cdk, G1/S-Cdk
fosforyleren Rb eiwit waardoor transcriptie kan beginnen
Kd
affiniteit tussen receptor/signaalmolecuul (concentratie waarbij 50% bezet is)
signaalmoleculen
enkel aminozuur, steroide, eiwitten, etc
langzaam respons
signaal activeert eiwit synthese (bijv. differentiatie)
snel respons
signaal veranderd functie eiwit
fosfatase
haalt fosfaat weg
monomeer g-eiwit
GTP/GDP vorming door GAP (haalt p weg) en GEF (zet P erop)
trimeer g-eiwit
vorming GDP/GTP door zichzelf
cyclisch AMP
signaalmoleculen in de cel die een reactie kunnen versterken, gevormd met ATP uit adenylaatcyclase
divisoom
machinerie voor celdeling
sporen (conidia)
erg resistent pakketje DNA/ribosomen van bacterie/schimmel
quorom sensing
hoe dichter organismen bij elkaar hoe meer comminucatie
beweging bacteriën
run & tumble, door flagellen
plasmiden
circulair DNA
pilus
connectie tussen twee bacteriële cellen
fosfolipase
breekt fosfolipiden af
calmoduline
ca2+ gevoelig eiwit
functie m-cdk
samenstelling van condensins
diacylglycerol
second messenger die molecuul loslaat dat aan ca2+ kanaal bindt
RTK (tyrosine kinase receptoren)
functioneert als bindingssite voor signaleringsmoleculen/adaptor proteins
ras-GEF
activeert ras door GDP om te wisselen voor GTP, ras acitveerd weer MAP-kinases
tumorsuppressor die geactiveerd wordt na DNA schade
p53
cdk-i die gesynthetiseerd wordt na binding p53
p21, remt G1/s en S-cdk/cyclines
proto-oncogen dat geactiveerd wordt door ras, het activeer g1/s en s-cdk complexen
myc
necrose
niet netjes celdood, inhoud komt los
apoptose
netjes celdood, blebbing (blaasjesvorming)