Genetikk og kreft Flashcards
Mosaicism:
the presence of at least two cell lines differing in
genotype, derived from the same zygote.
Clonal hematopoiesis (CH)?
a PV in a subpopulation (clone) of the
hematopoietic cells but not in other tissues.
De novo PV?
: a PV that is present for the first time in an individual
but is not detectable in the blood of either parent. This can be the
result of a PV in a gamete cell (egg or sperm) of one parent (gonadal
mosaicism), or that arises in the fertilized egg itself during very early
embryogenesis.
Depth of sequencing?
Coverage (or depth) in DNA sequencing is
the number of unique reads that include a given nucleotide, a particular
DNA sequence. Deep sequencing refers to the general concept of
aiming for a high number of unique reads of each region of a
sequence.
Risk to offspring when parent has mosaisicism?
Whereas a germline PV carrier has a 50% chance of
passing the PV to an offspring, in a classic mosaic, there
is no way to know whether the PV is present in the germ
cells of that individual and in what ratio. Therefore, the
risk for offspring to inherit the PV is unknown, but
could be as high as 50%.
Clonal hematopoiesis of in-determinate potential (CHIP) ?
presence of a cancer-associated clonal mutation in a small number of cells in blood without actually having a tumor
Skal vi bestille TSHC eller Sanger på prediktiv test av familiens variant?
Dvs FAMVAR eller FAMVAR-TSHC?
Sjekk i Unilab i cum.fam.rapport (“Vis kumulert svar”). Oftest ligger fasit der. Dvs se hva er gjort hos andre medlemmer av familie.
SNV-er (enkelbasefeil) kan testes vha Sanger. Det samme gjelder noen små delesjoner.
Du kan sjekke i iGene om varianten er påvist i andre familier og metoden som er brukt.
- Dersom vi har to ANDRE familier hos oss med samme variant ved en AD tilstand med INKOMPLETT penetrans så er dette godt nok.
-Alternativt: En familie hos oss fra før (minst 1 positiv intern kontroll), men hvor varianten i den nye familien også er oppgitt å være norsk, eller opprinnelig ble påvist ved norsk lab (for eksempel St. Olav) eller er rapportert i litteraturen i norsk familie.
-Hvis ny index ikke er av norsk etnisitet, så hjelper det ikke at vi har 1-2 familier hos oss med mindre det er snakk om en hyppig founder. Da bør man altså tilby NGS basert kontrollprøve ved normale funn. Dette kan bli dyrt dersom det er mange etterkommere i Norge.
TSHC kan ikke teste CNV-er i PMS2 genet og da trenger man MLPA. Sanger sekvensering kan ikke fange opp store duplikasjoner eller delesjoner. Hva betyr stort er det ikke lett å si. Tap eller tillegg av hele eksoner kan ikke fanger opp på Sanger.
TSHC-liker ikke PMS2 genet da det finnes andre DNA regioner som imiterer PMS2 sekvens.
HVis det ovennevnte ikke hjelper, kan IDWI, BOGN eller VEHI spørres.
Det er ikke anbefalt men i nødtilfeller: rekvirer FAMVAR- analysen vil da bli stoppet av labben hvis vi ikke har primere for Sanger. Da kaster du poteten videre til nestemann. Litt ufint men av og til må vi hjelpe hverandre
Når dere har en Portugesisk pasient som testes ifbm brystkreft tenk på …?
At en Alu insersjon i BRCA2 ikke kan påvises på TSHC men at MLPA-P090-BRCA2 skal rekvireres ved normalt TSHC-BRYSTEGG med mindre at familiens variant er kjent fra tidligere og som kan påvises med annen metode
TSHC står for?
TrueSight Hereditary Cancer. Det finnes også andre typer TrueSight “pakker” men vi har TSHC.
Dette er en type NGS hvor de samme sekvensene leses gjennom mange ganger. Den leser gjennom 113 gener knyttet med kreft. Deretter sjekkes det avhengig av det valgte panelet noen utvalgte gener. Den fanger opp CNV-er i genene som analyseres. Husk at PMS2 er en skurk her og at denne har en annet gen- pseudogen som har nesten samme sekvens som PMS2.
PMS2 genet er tricky for gentest. Hvorfor?
TSHC klarer ikke å fange opp godt PMS2 delesjoner/duplikasjoner. MLPA test kan delvis avklare dette MEN når du mottar svar på MLPA-PMS2 kan du ikke vite om det er testet pseudogen eller ekte PMS2 gen. Mest relevant hvis du ikke vet om PMS2 genet kan knyttes med pasientens/ familiens kreftsykdom. F.eks. frisk familie, proband med MSS Ca. coli og påvist delesjon i PMS2 genet eller pseudogenet.
Det finnes noen unntak og vi klarer å skille noen duplikasjoner i PMS2 fra pseudogenet.
Del/dup i PMS2-pseudogenet er ikke relevant. Ta gjerne slike saker på kreftmøte pga felles opplæring.
Skal verifiseres av Elisabet
Redigering av elektronisk bestilling eller at pasienten avleverte blodprøven? Hvordan?
Da må man gå i “Med.Gen.Res.Reg” eller “manuell rekvirering” i Unilab og redigere
Hver elektronisk rekvirering får et nummer (Unilab) med enn gang etter elektronisk rekvirering. Hvor er den?
Den finnes i DIPS->bestilling->Oversikt-> planlagte blodprøver
Hva er et pseudogen?
A pseudogene is a segment of DNA that structurally resembles a gene but is not capable of coding for a protein.
They originate from the decay of duplicated genes throughout evolution and resemble functional genes but contain deficiencies within the coding sequence such as stop codons, frameshifts, deletions, etc. These deficiencies may have been acquired during duplication and as a result, may result in a loss of gene function. estimated a total of 20.000 pseudogenes within the human genome.
PMS2CL likely arose during primate evolution through gene duplication events, where segments of the genome, including PMS2, were duplicated and evolved independently. While it’s challenging to pinpoint the exact time of its appearance, such pseudogenes typically emerge over millions of years, and PMS2CL likely became inactive through evolutionary processes specific to the primate lineage, particularly after the divergence of humans from their common ancestors with other great apes.
Hvis jeg rekvirerer TSHC analyse uten at genet finnes på TSHC, når vil dette fanges opp?
Svaret er “for sent”. TSHC “prep” kjøres først og etter at alle væsker og manuelt arbeid er gjort vil det fanges opp på labben at TSHC ikke inneholder genet som du ba om. Så ikke rekvirer dette som ikke finnes på TSHC da pengene vil fly ut av vinduet.
Jeg rekvirerte en analyse fra DIPS men etter hvert husket at jeg må redigere denne. Hvor lenge kan dette gjores inntil “porten” mot Unilab stenges?
ca 1 time etter rekvirering fra DIPS stenges porten mot unilab. I tilleg stenges porten når blodprøven er tatt.
