Genetik Flashcards
Pellet
Santrifüjde çöken kısım.
Süpernatant
Santrifüjde yüzeyde kalan kısım
İnkübe etmek
Mikroorganizma ların optimum koşullarda bir araya getirilip bekletilmesi
Baz içeriği
Bir canlının DNA sının yüzde kaçının adenin yüzde kaçının sitozin olması gibi
Bakteriyofajla bakteri enfekte edilip santrifüjlendiğinde çöken kısımla çökmeyen kısım?
Çöken(pellet) :bakterilerden oluşur
Çökmeyen kısım: bakteriyofajdan kalanlar
Chargaff kuralları
Baz içeriği türden türe değişir
Baz içeriği aynı türde farklılık göstermez
Baz içeriği çevr. Koşullardan etkilenmez
A=T G=C
pürin sayısı= pirimidin sayısı
Franklinin xray diffraction photo of DNA sine göre
Bu molekül helikal yapıda olmalı diyor
Bu molekül tek zincirli olamaz diyor
Fosfatlar dışarda diyor
DNA da bir dönümde kaç baz çifti ve açılanma ne kadar?
Yaklaşık 30 derece açılanma, 10,5 bç
Fosfodiester neyle ne arasında
Zincire yeni katılacak nükleotitin fosfatıyla bir önceki nükleotitin 3’ OH grubu arasında
Sudan fakir ortamlarda hangi DNA formu görülebilir
A
En sık görülen DNA formu
B
Sola dönüşlü olan, yüksek tuz konsantrasyonlarında veya pürin-pirimidin tekrarında hangi form DNA görülebilir
Z
Diyelim ki replikasyon olacak ve DNA çift zincir bir yerden ayrılacak. Nereden ayrılacağını enzim nasıl biliyor
Majör ve minör yarıklardan polimeraz nükleotit dizisini görüyor
Hibridizasyon
Farklı kaynaklardan gelen birbirinin tamamlayıcısı olan DNA zincirleri birb. Yapışır
DNA polimerazın zinciri okuma yönü
3’ 5’
DNA polimerazın sentez yönü
5’ 3’
Nükleotit yapısından 2 fosfat koparılarak enerji elde edilir bu iki fosfata ne denir
Pyrophosphate. Açığa çıkan enerjiyi DNA polimeraz fosfodiester bağı oluştururken kullanır
Primer RNA sentezini hangi enzim yapar
DNA primaz DNA yı kalıp olarak kullanarak sentezler
Öncü dizi, artçı dizi
Sırasıyla leading ve lagging zincirler
Proofreading
DNA sentezi sırasındaki hataları önlemeye yönelik mekanizmalar
Ör: DNA polimerazın 3’ 5’ ekzonükleaz aktivitesi ile hata oranını binden 10üzeri6 ya indirmesi
Tamir proteinlerinden oluşan sistem DNA polimerazın hata oranını 10 üzeri 6 dan kaça indirir
10 üzeri 9
RNAaz H
Primer RNA ları parçalar (5’ 3’ ekzonükeaz aktivitesi)
DNA sentezinde yardımcı proteinler
Clamp loader
Sliding clamp
Single strand binding protein (SSBP)
Supercoiller DNA sentezini durdurur bu yüzden yok edilmeliler
Topoizomeraz
Topoizomeraz1 zincirlerden birinde kırık oluşturur, 2 ise ikisinde de
Prokaryotik polimerazlar
Pol I: RNA primer uzaklaştırır. Dna tamiri
Pol II: dna tamiri
Pol III: dna replikasyonu
Ökaryotik polimerazlar
Pol alfa:carries a DNA primase as one of its subunits. Primer sentezi
Pol beta: dna tamiri
Pol gama: mitokondriyal DNA sentezi, 3’ 5’ ekzonükleaz aktivitesi
Pol delta: lagging zincirde DNA sentezi, 3’ 5’ ekzonükleaz aktivitesi
Pol epsilon: leading zincirde DNA sentezi 3’ 5’ ekzonükleaz aktivitesi
Helikazı yükleyici proteinler
cdc6 ve cdt1
Telomeraz
Reverse transkriptaz yapar. RNA kalıbını üzerinde taşır(telomeraza özgü bir özellik).
Bütün hücrelerde aktif değil. Sürekli bölünen hücrelerde aktif. Malignitelerde aktif.
Telomerlerin fonksiyonları
1- DNA uçlarını ekzonükleazdan koruyor
2- telomerler olmazsa kromozomlar birbiriyle ilişkiye girer. Telomerler kromozomlar arasında yeni yapıların (reaarengement) oluşmasını engeller.
İnsanda telomeric repeat TTAGGG
Insulator
Arttırıcılar ve destekleyiciler arasındaki etkileşimi engelleyen genetik sınır
Enhancer
Bir gen kümesindeki genlerin transkripsiyin hızının artmasını sağlayan, transkripsiyon faktörlerinin bağlandığı kısa bir DNA bölgesi.
Silencer
Baskılayıcı olarak adlandırılan transkripsiyon düzenleme faktörlerinin DNA üzerinde bağlandığı bölge
Bir baskılayıcı protein DNA nın susturucu (silencer) bölgesine bağlandığında RNA polimeraz DNA dizisinden RNA oluşumunu engeller.
Pyrophospate
Nükleotit trifosfattan iki fosfat koparılırken enerji çıkar bu enerjiyi DNA polimeraz fosfodiester bağı oluştururken kullanır.
DNA primaz
Dna polimeraz senteze doğrudan başlayamaz. Başlayabilmesi için primer Rna gerekir. Primer rna dna primaz tarafından sentezlenir.
Dna primaz enzimi Dna yı kalıp olarak kullanarak kısa rna primerleri sentezler
Lagging strand artçı dizi
Kesintili
Leading strand öncü dizi
Kesintisiz
Okazaki fragmentleri kaç baz çifti?
Prokatyotlarda 1000-2000
Ökaryotlarda 100-200
Proofreading aktiviteleri
Dna sentezi esnasında birtakım hatalar meydana gelebilir ve bunları önlemeye yönelik mekanizmalara proofreading aktivite denir.
Bunlardan birisi dna polimerazın 3’-5’ ekzonükleaz aktivitesidir
RNAaz H
Dna nın yapısında Rna bulunamayacağından primer Rna ların parçalanması lazım. RNAaz H primer RNA ları parçalar
Sliding clamp ve clamp loader
Dna sentezinde bazı proteinler de görev alır.
Clamp loader clampı dnaya yükler. Sliding clamp ise dna polimerazı dna kalıbı üzerinde tutuyor. Bu yardımcı proteinler sayesinde DNA polimerazın kalıptan uzaklaşması önleniyor ve etkinliği artıyor.
SSB proteinler (single strand binding proteins)
Saç tokası (hairpin) benzeri yapılar oluşmasını engeller ve tek zincirli DNA nın DNAaz tarafından parçalanmasını engeller.
Supercoil
Dna sentezi sırasında yaşanabilecek problemlerden biri de supercoil oluşumudur
Dna çift zinciri açılırken kalan kısımde daha çok sıkışma meydana gelebilir ve burada iplikler birbiri üzerine katlanarak supercoil denen yapıları oluşturur. Supercoiller dna sentezini durdurur bu yüzden yok edilmeliler.
Topoizomeraz enzimleri
Supercoilleri kaldıran enzimlerdir. Özellikle topoizomeraz 1 ve 2 etkilidir
Topoizomeraz 1 zincirlerden birinde kırık oluşturur.
Topoizomeraz 2 zincilerin ikisinde de kırık oluşturur
Replikasyon orijinleri mekanizma
Belirli bölgelerdir tesadüfi değillerdir.
Bu başlangıç bölgelerine bağlanan proteinler var. İlk olarak ORC (Origin Recognition Complex) proteini bağlanır. Daha sonra ise cdc6 ve cdt1proteinleri ( helikazı yükleyici proteinlerdir) bağlanır. Bunlar da bağlandıktan sonra birkaç tane proteinden oluşan helikaz komplexi (mcm) bağlanıyor: pre-RC (prereplication complex
- ORC, cdc6 ve cdt1 proteinlerinin bağlanması G1 fazında gerçekleşir.
- S fazında ise cdc6 ve cdt1 proteinleri ayrılarak (kinazlarla fosforillenir ve degrade olurlar) helikazın aktifleştirilmesini sağlarlar.
Bu mekanizma sayesinde her bir replikasyon orijini S fazında bir kez aktive olabilir.
Ökaryotik polimerazlar
Pol alfa,beta,gama,delta,epsilon
Prokaryotik polimerazlar
Pol 1,2,3
Polimeraz alfa
Primer sentezi
Which carries DNA primase as one of its subunits)
Polimeraz beta
Dna tamiri
Polimeraz gama
Mitokondriyel dna sentezi, 3’-5’ ekzonükleaz aktivitesi
Polimeraz delta
Lagging zincirde dna sentezi, 3’-5’ ekzonükleaz aktivitesi
Polimeraz epsilon
Leading zincirde dna sentezi,
3’-5’ ekzonükleaz aktivitesi
Polimeraz I
Rna primer uzaklaştırma, dna tamiri
Polimeraz II
Dna tamiri
Polimeraz III
Dna replikasyonu
Telomeraz
Reverse transkriptaz enzimidir, kendi rna kalıbını üzerinde taşır bu ona has bir özelliktir.
Telomerlerin fonksiyonları
1) DNA uçlarını ekzonükleazdan koruyor
2) telomerler olmasa kromozomlar birbirleriyle ilişkiye girebilir.
Telomerlerkromozomlar arasında rearrengement (yeni yapılar) oluşmasını engeller
Gen ekspresyonu
Genin ifade edilmesi demektir. İfade ise transkripsiyon demektir. Eğer protein kodluyorsa translasyondur.
Operon
Prokaryotlarda genler genellikle operon adı verilen yapılar halinde gözlenir.
Operonun yapısındaki temel elemanlar:
-promotör
-operatör
-transkripsiyon başlama noktası
-kodlayan dizi
-transkripsiyon sonlanma bölgesi (terminatör dizi)
Promotör yapısı
●-10 bölgesi (pribnow bölgesi)
TATAAT (Consensus)
Dna çift sarmalının açıldığı bölgedir (unwinding domain)
●-35 bölgesi
TTGACA (Consensus)
Rna polimerazın tanınma bölgesidir (recognition domain)
Bu iki bölge arası 16-19 bç
!promotör transkripsiyinun nerde başlayacağını gösterir
Consensus (uzlaşma) dizi
Operonlara bakıldığında -10 ve -35 bölgelerinde hepsi aynı değildir. Çoğu operon tarafından paylaşılan gen dizilerine consensus (uzlaşma) denir.
Bu bölgelerdeki dizilim konsensüs diziye ne kadar benziyorsa o kadar güçlü
Transkripsiyon başlama noktası
-10 bölgesine 5-9 bç uzakta
Genellikle (>%90) pürin nükleotitle başlar
Prokaryot/ökaryot polisistronik/monosistronik
Prokaryotlar polisistroniktir (birden fazla geni temsil eden kodlama bölgesi
Ökaryotlar monosistroniktir (genelde tek bir transkript tek bir protein kodlar)
Sonlanma bölgesi (terminatör dizi)
G ve C den zengin (h bağlarından dolayı daha kararlı stabil bir yapı oluşmasını sağlar) bir bölge sonrasında 4-8 nükleotitlik (Rna da) U dizisi (dna da) A dizisi var.
Hairpin adlı özel yapı oluşur
Prokaryotlarda transkripsiyonun nerde sonlancagini belirleyen temel etmenlerdendir
Regülatör diziler
Operatör: -5/+20 arasında yer alan, represör molekülün bağlandığı bölgedir
Up (upstream) elemanları: -30/-65 arasında yer alan diziler
Enhancers (güçlendiriciler): -80/-160 arasında yer alır transkripsiyonu artırırlar.
Represör
Operonun 5’ ucundaki yakın komşularında başka bir gen bulunur bu genin kodladığı protein represör olarak adlandırılır.
Represör proteinin görevi ilişkili olduğu operonun operatör bölgesine bağlanmaktır
Promotör ve operatörün dna daki dizilimleri örtüşür. Yani bir protein operatöre bağlandığında promotör bölgeyi işgal eder.
Rna polimerazlar
Prokaryotlarda 1 adet ökaryotlarda 3 adet
Ökaryot rna polimerazlar
Rna polimeraz I: class I genler: 5.8s, 18s ve 28s lik rRNA kodlayan genlerdir.
Rna polimeraz II: class II genler: mRNA kodlayan genlerdir
Rna polimeraz III: class III genler: tRna, 5S rRna kodlayan genler
Ökaryotik vs prokaryotik rna polimerazlar
Ökaryotik rna polimerazlar prokaryotlardaki gibi kendi başlarına promoter bölgelerine bağlanamazlar. Bunun için çok sayısa faktöre gereksinim duyarlar. Bu faktörlere genel transkripsiyin faktörü denir
Sıralama:
TFIID TATA kutusuna bağlanır
TFIIA ve TFIIB bağlanır
TFIIF eşliğinde rna polimeraz bağl
TFIIE ve TFIIH bağlanarak preinitiation complex (başlangıç kompleksi) oluşur
Bu yapı oluşt sonra dnanın açılması ve transkripsiyin işlemleri gercekleşebilir.
-10 box ile transk. Başl. Nok. Arası
Unwound region
Çözülmemiş bölgedir
Class II genler promoter yapısı
TATA box (TATAAA)
•-25 te yer alır
•Çoğu promotörde gözlenen bir yapıdır
GC box (GGGCGG): -90 da yet alör
Oktamer (ATTTGCAT)
Initiator(başlatıcı) (Py-py-A-N-(T/A)-py-py)
•initiator nükleotit dizisi en sık görülendir. Class II gen dizisinin yaklaşık yarısında bu nükl. dizisi bulunur. 128 çeşit nükleotit dizisine sahip olabilir
Not: promotördeki nükleotit dizilerinin büyük çoğunluğu transkripsiyonun başlad. Yere göre 5’ taraftadır ama 3’ yönünde olan diziler de var
Transkripsiyon başlama noktasına göre daha 3’ tarafındaki diziler görülebilir ama daha 5’ tarafındakiler sentezlenen rna dizilerinde görülemez
Ekzon intron nedir
Ökaryotik diziler prokaryotlardan farklı olarak kodlama yapmayan diziler tarafından yer yer kesintiye uğrar
Ekzon: kodlama yapan diziler
İntron: kodlama yapmayan diziler
Kodlayan dizilerin karşılığı aa lerde görülür. İntronlar ise aminoasitlerde görülmez onlar daha sonra ayıklanır
PoliA sinyali = poliadenilasyon sinyali
Transkripsiyonun sonlandığı yer prokaryotlarda terminatör dizisiyle ökaryotlarda ise poliadenilasyon sinyaliyle belirlenir
Poli A sinyali 6 nükleotitlik bir dizidir AAUAAA
mRNA üzerinde bu nükleotit dizisi oluşt zaman birtakım proteinler o bolgeye bağlanır. Bu proteinler önce mRna yı parçalar daha sonra başka enzimler tarafından buraya A tekrarından oluşan ve poliA kuyruğu denen yaklaşık 200 nükleotit eklenir
Regulator diziler ökaryot
PPE (promoter proximal element)
• -100/-200 arasında yer alan 15-30 bç uzunluğunda dizilerdir
Enhancer
100-200 bç uzunluğunda kısa nükleotit tekrarlarından oluşan dizilerdir
UTR (untranslated region)
Başlangıc kodonu hemen transkriptin başında değildir, stop kodonu da transkriptin en sonunda değildir.
5’ UTR deki nükleotit dizileri daha çok translasyonun etkinliğiyle alakalı. Translasyonun az veya çok olması gibi etkileri kontrol ediyor
3’ UTR bölgesindeki nükleotit dizilimleri de daha çok mRNA nın stabilitesiyle ilgili. Parçalanıp parçalanmayacağı, yarı ömrü gibi şeyleri kont eder
Prokaryot vs ökaryot transkripti
Prok larda sent ilk transkr ürünü aynı zmnda son sentez ürünüdür herhangi modifikasyonlar görülmez ökaryotlarda görülür. Ökaryotlarda İlk ürün primer transkript olarak adlandırılır. (hnRNA). Daha sonra bazı modifikasyonlar yaparak olgun mRNA haline gelir
Posttranskripsiyonel modifikasyonlar
Ayıklanma(splicing)
Başlık takılması (5’ capping)
Poliadenilasyon
Posttranskripsiyonel modifikasyonların sebebi
1- RNA yı parcalayan enzimlerden rnayı korumak
2- transportta fonksiyonu vardır
3- translasyonda fonksiyonu vardır
Başlık takılması (5’ capping)
mRNAnın 5’ ucundaki ilk nükleotide guanilil transferaz enzimi aracılığıyla GMP eklenir
Guanin 7 metil transferaz enzimi tarafından metillenir
Ekzonükleazlar
Uçlardan parçalarlar.
Hem 3’-5’ hem de 5’-3’ ekzonükleazlar vardır
Endonükleazlar
İçerden parçalar
Intronların 5’ yönündeki ilk iki nükleotiti/ 3’ yönündeki iki nükleotiti
GU
AG
GU-AG kuralı diye geçer
Ayıklanma splicing
Ekzon intron birleşim yerleri çok iyi belirlenip intronu olması gereken yerden ayıklayarak AGG nükleotit dizisi oluşturulur. Ayıklanması gereken yerlerin sağa veya sola kayması durumunda mutasyon gerçekleşir.
Ayıklama işini yapan kompleks
Splaysozom
Splicing i gerçekleştiren proteinler
U1 U2 U4 U5 U6
Bunlar sadece protein değildir yapılarında RNA da bulunur. Ribonükleoprotein (RNP) yapılıdırlar
Lariat
Kement
Poliadenilasyon
PoliA sinyali olarak adlandırılan AAUAAA dizisinin 11-30 nükleotit alt bölgesinden
-CPSF (cleavage/poliadenilasyon specificity factor)
-CstF (cleavage stimulation factor)
-CFI ve CFII (cleavage factors)
Proteinleri tarafından mRNA kesilir ve poliA polimeraz enzimi tarafından adenin nükleotitleri eklenir.
RNA polimerazın karboksi terminal domaini (CTD)
Bu bölge başlık takılmasında, ayıklanmada, poli-A kuyruğunun eklenmesinde gelen bütün proteinlerin yerleştiği bölgedir. Bu karboksil uç ortadan kalktığında ya da kısaldığında canlı yaşayamaz çünkü transkripsiyin yapamaz.
Posttranskripsiyonel modifikasyonlar..
Hepsi tarnskripsiyon ile eş zamanlı gerçekleşir
Her bir modifikasyondan sonra o modifikasyona proteinler veya kompleksler bağlanır. Mesela:
Cap başlık takıldıktan sonra cap bindin complex (CBC) bağlanır
ya da intronlar ayıklandıktan sonra ekzonlar birleşir ve bj bölgelere exon junction complex (EjC) bağlanır.
Bir proteine bakıldığında CBC, EJC ve poly-A binding proteinleri görülüyorsa bu olgun bir mRna proteinidir
Alternatif ayıklama yöntemleri
Ekzon atlaması
Alternatif ayıklanma
Birbirini dışlayan ekzonlar
İntron korunması
Nüklein
Frederick miescherin çekirdek içerisinden izole ettiği materyale verdiği ad
Yaklaşık %50si asidik(DNA)%50 si bazik(histon) yapıdadır.
Nükleik asitlerin varlığını gösteren ilk kişi
Frederich miescher
Hershey ve chase deneyinde santrifüjde çöken kısım nelerden çökmeyen kısım nelerden
Çöken kısım bakterilerden çökmeyen kısım bakteriyofajdan kalanlar
Pellet
Santrifüjde çöken kısım
Süpernatant
Santifüjde yüzeyde kalan kısım
İnkübe etmek
Mikroorganizmaların optimum koşullarda bir araya getirilip bekletilmesi
Baz içeriği
Bir canlının DNA sının yüzde kaçının adenin yüzde kaçının sitozin olması gibi
Chargaff kuralları
● Baz içeriği türden türe değişiklik gösterebilir. İnsanda %40 guanin sitozin %60 adenin timindir
● Baz içeriği aynı tür içinde farklılık göstermez.
● hangi tür olursa olsun dna da A=T G=C
● pürin bazlarının toplamı ile pirimidin bazlarının toplamı birnirine eşittir.
Rosalind Franklinin Xray diffraction dna fotoğrafına göre
Bu molekül helikal yapıda olmalı
Bu molekül tek zincirli olamaz
Fosfatlar dışarda
Fosfat hangi karbona hidroksil grubu hangi karbona
Fosfat 5’ karbona bağlı
Hidroksil grubu 3’
Dna nın yönü
5’nden 3’ ne
Watson cricke göre Dna yapısı
●Çift zincirli sağa dönümlü helikal (sarmal bir merdiven)
●zincirler antiparalel. karşı zincir=komplementer zincir
● bazlar arasında hidrojen bağı
●majör ve minör yarıklar içerir
●Bir dönümde 10.5 baz çifti yer alır (yaklaşık 30 derece açılanma)
Fosfodiester bağı neyle ne arasında
Yeni katılacak nükleotitin fosfat grubuyla öncekinin 3’ OH grubu arasında
Dna nın formları
A
B
Z
…
DNA nın 30 küsür formu var
Dna nın B formu
Watson crick tarafından tanımlanan formu
Fizyolojik koşullarda en sık görülen formu
Dna nın A formu
Sudan fakir ort. larda gözlenebilir
Dna nın Z formu
Yüksek tuz konsantrasyonlarında ya da pürin pirimidin bazlarının tekrarında görülebilir sola dönüşlüdür
Kodon
Triplet
Genetik kodun dejeneresansı
Aynı aa birden fazla kodon tarafından kodlanabilir (metiyonin ve triptofan hariç). Buna “genetik kodun dejeneresansı” adı verilir.
Sinonim kodon
Aynı aa i kodlayan kodonlara denir. Bu kodonlarda genellikle ilk iki nükleotit aynı, 3. Pozisyondaki nükleotit farklıdır.
Reading frame
Kodonların arka arkaya gelmesi ile oluşan yapı, okuma kalıbı (reading frame) olarak adlandırılır.
Open reading frame
Stop kodonu içermeyen 50 ya da daha fazla kodonun yer aldığı dizi bu şekilde adlandırılır.
NOT: intronlarda stop kodonlarına sık rastlanır. Exonlarda ise nadir rastlanır. Dolayısıyla 50 ya da daha fazla kodonu stop kodonu olmayacak şekilde sıralanabiliyorsa o nükleotit dizisi bir gene aittir, bir exona aittir)
Aminoaçil tRNA sentetaz enzimi
Her bir tRNA ya doğru aminoasidin bağlanması için her bir aminoaside özgü aminoaçil tRNA sentetaz enzimleri bulunmaktadır
Aa ler aminoaçiltrna sentetaz enzimi ile trna nın 3’ ucuna bağlanarak aminoaçil trnaları oluşturur
trna ya spesifik çalışmıyor aa e spesifik çalışıyor
İnozin nükleotiti
I ile gösterilir. mRNA da görülmez tRNA da görebiliriz
Wobble hipotezi ve bazı
•bir mRna kodonundaki ilk iki baz trna daki antikodonla her zaman güçlü watson crick baz eşleşmesini yapar.
•Wobble hipotezine göre, bir baz, birden fazla baz ile hidrojen köprüsü yapabilir. Buna wobble bazı denilir ve bu tRNA ların birden fazla kodonu tanımalarını sağlar.
•antikodondaki ilk baz (5’-3’) kodondaki 3. Bazın karşısındaki bazdır ve bu baz wobble bazıdır.
mRNA: G tRNA: C
mRNA: U tRNA: A
mRNA: C U tRNA: G
mRNA: A G tRNA: U
mRNA: C A U tRNA: I
Her kodon için farklı tRNA ya gerek yoktur örneğin insanlarda yaklaşık 30 tane tRNA vardır bu olay olası mutasyon etkilerini azaltır
Ribozomların içinde bulunan üç bölge
Akseptör (A)
Peptidil (P)
Exit (E)
Başlangıç trna sı hariç tüm tRNA ların izlemek zorunda old bir yol vardır: APE
tRNA sayısı
Tam bilinmemekle birlikte 20<trna sayısı<61
Cognate trna
Aynı aa e özgü birden fazla trna vardır ve bu trna lara cognate trna denir
Aminoaçil sentetaz da aminoasiti tanıyıp cognate trnalardan birine bağlar
tRna nın akseptör ucu
3’ ucudur. Özgül aminoasit gelip oraya bağlanır
Aminoaçil trna sentetazın proofreading mekanizması vardır
Bu editing diye geçer. Sentez sırasında ve sonrasında doğru aminoasit ve doğru tRNA nın bağlanıp bağlanmadığını kontrol eder. Yanlış bağlanma varsa hataları onarmaya çalışır. Hata payı yaklaşık 1/50000 dir
Translasyon evreleri
1) başlama
2) uzama
3) sonlanma
Prokaryotlarda hangi AUG nin başlangıç kodonu olduğu nasıl belirlenir
Demek ki sadece AUG yok. Başlangıç kodonunun 5’ ucuna yakın komşusunda bir nükleotit dizisi var: shine dalgarno sekansı.
Bu dizi ile 16S rRNA nın (prokaryotlarda robozomun küçük alt ünitesinde bulunan rRNA) 3’ ucu ile baz eşleşmesi yapıyor. Böylelikle P bölgesi bu başlangıç kodonuna hizalanıyor.
Translokasyon (kromozomdaki değil)
Ribozom mRNA üzerinde ilerliyor 3 nükleotit kadar 5’nden 3’ ne
Release Factors
Stop kodonu tanıyan trna yok dolayısıyla aminoasit gelemiyor. Stop kodonunu tanıyanlar prokaryotlarda release factor diye geçiyor.
Release factorler stop kodonunu tanırlar. Stop kodon gelince RF ler sentezlenen polipeptitle trna arasındaki bağı hidroliz eder peptit yapıdan ayrılır. Ribozomun alt br leri ayrılır translasyon sona erer.
Prokaryot vs ökaryot translasyon farklar
Prokaryotlarda başlangıç kodonu mRna üzerinden doğrudan bağlanırken (3’, 5’ veya ortası fark etmez) ökaryotlarda ribozom öncelikle 5’ cap bölgesindeki proteinlerle (başlangıç faktörleri) ilişki kurmak zorunda. Sonra 5’den 3’ne doğru tarama işlemi ile mRNA üzerinden başlangıç kodonunu bulana dek ilerler..
Hangi AUG nin kullanılacağı prokaryotlarda olduğu gibi özel bir diziyle belirlenir : KOZAK dizisi
Reassociation kinetiği eğrisi
Bu bir deney yapılan şey de şu: rna ile de dna ile de dna ile rna arasında da yapabilirsiniz.
Diyelim ki dna ile yapıyoruz dna yı izole et tüpe koy ısıt denatüre et soğut renatüre olurken arada bir ölçüm yap
Eğrinin özelliği: bu denatüre olan dna tekrar çift zinc olm başl sonra bi duruyor sonra tekrar falan 3 fazlı bir eğri.
Bunu prokaryotik dna da yapınca tek fazlı eğri. Ve zaman daha kısa
Açıklama: ilk faz en erken renatüre olanlar (çünkü kopya sayıları daha yüksek) son faz en geç renatüre olanlar (kopya sayıları en düşükler (unique, low copy number))
Yani kopya sayısı fazla olunca komplementerini bulma şansı daha fazla falan..
Reassociation minetiği eğrisinde bizim genlerimiz nerede
Çoğunluk 3. Fazda
Dokuya spesifik ekspresyon
Bazı proteinler bazı hücrelerde çok fazla miktarda sentezlenir farklı hücre tiplerinde ise hiç sentezlenmezler
Housekeeping genler
Her hücrede çalışması gereken genler
Soeu: dedik ki genlerin çoğu housekeeping, çok az gen var ki dokuya özgü ekspresyon oluyor. Fazlardan hangisi dokuya özgü rna bölgesi
Dokuya özgü olan genler sayıca az olabilir ama ekspresyon çok yüksek. En sağda housekeeping genler (ekspresyon düzeyi en düşük olan genler)
Gen ifadesi farklı düzeylerde kontrol edilebilir:
1) transkripsiyonel düzeyde (en çok kullanılan)
2) RNA processing yani transkripsiyon sonrasında
3) translasyon sırasında
4) posttranslasyonel (translasyondan sonra) = protein activity control
