Genetik Flashcards
Pellet
Santrifüjde çöken kısım.
Süpernatant
Santrifüjde yüzeyde kalan kısım
İnkübe etmek
Mikroorganizma ların optimum koşullarda bir araya getirilip bekletilmesi
Baz içeriği
Bir canlının DNA sının yüzde kaçının adenin yüzde kaçının sitozin olması gibi
Bakteriyofajla bakteri enfekte edilip santrifüjlendiğinde çöken kısımla çökmeyen kısım?
Çöken(pellet) :bakterilerden oluşur
Çökmeyen kısım: bakteriyofajdan kalanlar
Chargaff kuralları
Baz içeriği türden türe değişir
Baz içeriği aynı türde farklılık göstermez
Baz içeriği çevr. Koşullardan etkilenmez
A=T G=C
pürin sayısı= pirimidin sayısı
Franklinin xray diffraction photo of DNA sine göre
Bu molekül helikal yapıda olmalı diyor
Bu molekül tek zincirli olamaz diyor
Fosfatlar dışarda diyor
DNA da bir dönümde kaç baz çifti ve açılanma ne kadar?
Yaklaşık 30 derece açılanma, 10,5 bç
Fosfodiester neyle ne arasında
Zincire yeni katılacak nükleotitin fosfatıyla bir önceki nükleotitin 3’ OH grubu arasında
Sudan fakir ortamlarda hangi DNA formu görülebilir
A
En sık görülen DNA formu
B
Sola dönüşlü olan, yüksek tuz konsantrasyonlarında veya pürin-pirimidin tekrarında hangi form DNA görülebilir
Z
Diyelim ki replikasyon olacak ve DNA çift zincir bir yerden ayrılacak. Nereden ayrılacağını enzim nasıl biliyor
Majör ve minör yarıklardan polimeraz nükleotit dizisini görüyor
Hibridizasyon
Farklı kaynaklardan gelen birbirinin tamamlayıcısı olan DNA zincirleri birb. Yapışır
DNA polimerazın zinciri okuma yönü
3’ 5’
DNA polimerazın sentez yönü
5’ 3’
Nükleotit yapısından 2 fosfat koparılarak enerji elde edilir bu iki fosfata ne denir
Pyrophosphate. Açığa çıkan enerjiyi DNA polimeraz fosfodiester bağı oluştururken kullanır
Primer RNA sentezini hangi enzim yapar
DNA primaz DNA yı kalıp olarak kullanarak sentezler
Öncü dizi, artçı dizi
Sırasıyla leading ve lagging zincirler
Proofreading
DNA sentezi sırasındaki hataları önlemeye yönelik mekanizmalar
Ör: DNA polimerazın 3’ 5’ ekzonükleaz aktivitesi ile hata oranını binden 10üzeri6 ya indirmesi
Tamir proteinlerinden oluşan sistem DNA polimerazın hata oranını 10 üzeri 6 dan kaça indirir
10 üzeri 9
RNAaz H
Primer RNA ları parçalar (5’ 3’ ekzonükeaz aktivitesi)
DNA sentezinde yardımcı proteinler
Clamp loader
Sliding clamp
Single strand binding protein (SSBP)
Supercoiller DNA sentezini durdurur bu yüzden yok edilmeliler
Topoizomeraz
Topoizomeraz1 zincirlerden birinde kırık oluşturur, 2 ise ikisinde de
Prokaryotik polimerazlar
Pol I: RNA primer uzaklaştırır. Dna tamiri
Pol II: dna tamiri
Pol III: dna replikasyonu
Ökaryotik polimerazlar
Pol alfa:carries a DNA primase as one of its subunits. Primer sentezi
Pol beta: dna tamiri
Pol gama: mitokondriyal DNA sentezi, 3’ 5’ ekzonükleaz aktivitesi
Pol delta: lagging zincirde DNA sentezi, 3’ 5’ ekzonükleaz aktivitesi
Pol epsilon: leading zincirde DNA sentezi 3’ 5’ ekzonükleaz aktivitesi
Helikazı yükleyici proteinler
cdc6 ve cdt1
Telomeraz
Reverse transkriptaz yapar. RNA kalıbını üzerinde taşır(telomeraza özgü bir özellik).
Bütün hücrelerde aktif değil. Sürekli bölünen hücrelerde aktif. Malignitelerde aktif.
Telomerlerin fonksiyonları
1- DNA uçlarını ekzonükleazdan koruyor
2- telomerler olmazsa kromozomlar birbiriyle ilişkiye girer. Telomerler kromozomlar arasında yeni yapıların (reaarengement) oluşmasını engeller.
İnsanda telomeric repeat TTAGGG
Insulator
Arttırıcılar ve destekleyiciler arasındaki etkileşimi engelleyen genetik sınır
Enhancer
Bir gen kümesindeki genlerin transkripsiyin hızının artmasını sağlayan, transkripsiyon faktörlerinin bağlandığı kısa bir DNA bölgesi.
Silencer
Baskılayıcı olarak adlandırılan transkripsiyon düzenleme faktörlerinin DNA üzerinde bağlandığı bölge
Bir baskılayıcı protein DNA nın susturucu (silencer) bölgesine bağlandığında RNA polimeraz DNA dizisinden RNA oluşumunu engeller.
Pyrophospate
Nükleotit trifosfattan iki fosfat koparılırken enerji çıkar bu enerjiyi DNA polimeraz fosfodiester bağı oluştururken kullanır.
DNA primaz
Dna polimeraz senteze doğrudan başlayamaz. Başlayabilmesi için primer Rna gerekir. Primer rna dna primaz tarafından sentezlenir.
Dna primaz enzimi Dna yı kalıp olarak kullanarak kısa rna primerleri sentezler
Lagging strand artçı dizi
Kesintili
Leading strand öncü dizi
Kesintisiz
Okazaki fragmentleri kaç baz çifti?
Prokatyotlarda 1000-2000
Ökaryotlarda 100-200
Proofreading aktiviteleri
Dna sentezi esnasında birtakım hatalar meydana gelebilir ve bunları önlemeye yönelik mekanizmalara proofreading aktivite denir.
Bunlardan birisi dna polimerazın 3’-5’ ekzonükleaz aktivitesidir
RNAaz H
Dna nın yapısında Rna bulunamayacağından primer Rna ların parçalanması lazım. RNAaz H primer RNA ları parçalar
Sliding clamp ve clamp loader
Dna sentezinde bazı proteinler de görev alır.
Clamp loader clampı dnaya yükler. Sliding clamp ise dna polimerazı dna kalıbı üzerinde tutuyor. Bu yardımcı proteinler sayesinde DNA polimerazın kalıptan uzaklaşması önleniyor ve etkinliği artıyor.
SSB proteinler (single strand binding proteins)
Saç tokası (hairpin) benzeri yapılar oluşmasını engeller ve tek zincirli DNA nın DNAaz tarafından parçalanmasını engeller.
Supercoil
Dna sentezi sırasında yaşanabilecek problemlerden biri de supercoil oluşumudur
Dna çift zinciri açılırken kalan kısımde daha çok sıkışma meydana gelebilir ve burada iplikler birbiri üzerine katlanarak supercoil denen yapıları oluşturur. Supercoiller dna sentezini durdurur bu yüzden yok edilmeliler.
Topoizomeraz enzimleri
Supercoilleri kaldıran enzimlerdir. Özellikle topoizomeraz 1 ve 2 etkilidir
Topoizomeraz 1 zincirlerden birinde kırık oluşturur.
Topoizomeraz 2 zincilerin ikisinde de kırık oluşturur
Replikasyon orijinleri mekanizma
Belirli bölgelerdir tesadüfi değillerdir.
Bu başlangıç bölgelerine bağlanan proteinler var. İlk olarak ORC (Origin Recognition Complex) proteini bağlanır. Daha sonra ise cdc6 ve cdt1proteinleri ( helikazı yükleyici proteinlerdir) bağlanır. Bunlar da bağlandıktan sonra birkaç tane proteinden oluşan helikaz komplexi (mcm) bağlanıyor: pre-RC (prereplication complex
- ORC, cdc6 ve cdt1 proteinlerinin bağlanması G1 fazında gerçekleşir.
- S fazında ise cdc6 ve cdt1 proteinleri ayrılarak (kinazlarla fosforillenir ve degrade olurlar) helikazın aktifleştirilmesini sağlarlar.
Bu mekanizma sayesinde her bir replikasyon orijini S fazında bir kez aktive olabilir.
Ökaryotik polimerazlar
Pol alfa,beta,gama,delta,epsilon
Prokaryotik polimerazlar
Pol 1,2,3
Polimeraz alfa
Primer sentezi
Which carries DNA primase as one of its subunits)
Polimeraz beta
Dna tamiri
Polimeraz gama
Mitokondriyel dna sentezi, 3’-5’ ekzonükleaz aktivitesi
Polimeraz delta
Lagging zincirde dna sentezi, 3’-5’ ekzonükleaz aktivitesi
Polimeraz epsilon
Leading zincirde dna sentezi,
3’-5’ ekzonükleaz aktivitesi
Polimeraz I
Rna primer uzaklaştırma, dna tamiri