g Flashcards
O que é um gene?
SEGEMENTO DE DN QUE É EXPRESSO NUM PRDUTO FINAL: rna ou proteina
Os genes contem introes e exoes
Um gene é uma seq de nucleótidos, Ou seja, é um segmento de DNA que leva à construção de uma cadeia polipeptídica e que incluiu regiões codificantes (exões) e não codificantes (intrões)
O que é um alelo?
É uma parte do cromossoma que codifica o mesmo gene
Indique 4 características dos genomas procariotas:
É haploide
É circular
Não possui Histonas
Transcrição e Tradução simultânea
Objetivos do projeto do genoma humano (PGH)
Mapear e sequenciar o genoma nuclear humano
Desenvolver tecnologias e ferramentas para a sequenciação, analise de dados, bioinformatica.
Baseou-se em 2 projetos . Publico e Celera
No primeiro caso a sequenciação foi hierarquica e utilizaram-se 2 homens e 2 mulheres anonimos e no Celera a sequenciação foi de todo o genemoa e utilizaram 2 homens de raça granga e 3 mylher de distintas regioes
As regiões densas são compostas por _____ e _____?
C e G (Bandas claras)
Ocorrem usualmente em xonas adjacentes às aéreas ricas de genes
Os cromossomas distinguem-se por:
Posição do centrómero
Padrão de bandas
Tamanho
Em que consistiu o Projeto dos 1000 genomas?
Todos os genomas foram sequenciados com diferentes tecnologias para entender a variação de estrutura entre genomas.
13q23.5 o que é?
Cromossoma 13, braço longo região 2, banda 3 e subbanda 5
Podemos fazer o estudo de cromossomas de uma pessoa na sua autopsia?
Não. Para estudar os cromossomas é necessário administrar um fármaco que interrompa a mitose em metáfase onde os cromossomas estão mais condensados . Por isso é necessário ter indivíduos vivos
A variabilidade do genoma Humano deve-se a que?
CNCs -Variação do numero de copias
Recombinação genética
Alterações citogenéticas(deleções, inversões)
A distribuição de CNVs é aleatória?
Não. Há hotspots de localização.
São exemplos de Recombinação genética?
Crossing over-Profase I
Subida aleatória dos cromossomas -anafase I
Gametogenese na meiose
União aleatoria dosgametas - Fertilização
O que é a técnica FISH?
É usada para detectar e localizar uma sequência de DNA específica em um cromossomo.
De um modo geral consiste em pintar um cromossoma com determinadas sondas florescentes para respetiva analise e perceção das regiões alteradas.
PASSOS:
1-Fixação
2-Hibridização
3-Lavagem
4-Deteção
É necessário uma sonda marcada com florescência e um DNA alvo.
Depois há desnaturação e Hibridização para que as 2 cadeias se juntem. Em certas regiões é emitida florescência e por isso conseguimos entender onde há complementaridade.
Vantagens e Desvantagens da FISH
Vantagens:
Deteta ploidias
Boa na deteção de mosaicíssimo
Desvantagens :
Morosa
Limitada já que os resultados são parciais isto é dependem da sonda que foi usada
Explica o que é MLPA?
Permite estudar as variações do número de cópias do gene (CNVs)
É baseada num PCR simultâneo de 40 regiões do genoma..
A técnica consiste na hibridização e ligação de sondas alvo seguida pela técnica de PCR usando primers marcados com florescência. DEPOIS HÁ ELETROFORESE onde há separação pelo tamanho.
DESVANTAGENS
- incapacidade de detetar ploidia e alterações equilibradas.
- Menor sensibilidade ao mosaicismo.
o Técninca semi-quantitativa
NGS
Permite sequenciar a mesma região n vezes.É uma técnica de nova geração que veio substituir as de 1 geração como o método de sanger q que permite sequenciar simultaneamente e massivamente o DNA.
Etapas:
1- FRAGMENTAÇÃO: Formação de bibliotecas de sequenciação
2- Enrriquenhecimento das regiões alvo por tecnicas de PCr
3- Sequenciamento massivo dando origem a fragmentos chamados de reads
4 - Analise de resultados que esta dependente de pipelines bioinformáticos e que segue um conjunto de etapas entre elas a montagem do genoma, identificação de variantes, filtragem etc
Famílias de genes
Estão relacionadas com a similaridade entre sequencias nucleotidicas. Ou seja são conjunto de genes que possui essa similaridade. São formadas pela replicação de um único gene
IMPORTANCIA: Permitem inferir uma ancestralidade comum
Alinhamento de sequencias.
Genómica comparativa.
O ALINHAMENTO DE SEQUÊNCIAS é uma forma de arranjar sequências de DNA, RNA ou proteínas, possibilitando a identificação de regiões com similaridade que podem ser consequência de relações funcionais, estruturais ou evolutivas
Podem ser sequências de bases ou de aminoácidos – representação em linhas numa matriz
O que é BLAST?
Basic Local Alignment Search TooL. BLAST é um algoritmo que compara uma informação de uma sequência
biológica com uma base de dados.
Compara a similaridade das sequencias
O algoritmo heurisco do BLAST compara todas as sequencias de 3 letras entre s seq e a bd e localiza as comuns!
Região 15q11
Sindrome de Prader-Willi- mae
Sindrome de AngelMan- pai
Região 11p15
Sindrome de Beckwith-Wiedemann Ocorre devido a : - Rearranjos no 11p15 de origem materna - dissomia uniparental paterna alterações dos padrões de metilação mutação genética em 11p15
Mosaicismo
È provocado por alterações pós zigóticas
Acontece quando um individuo tem 2 materiais genéticos: um formado pela união dos gametas materno e paterno e outro que aparece devido a uma mutação genética.
Sindrome de Down
Sindrome de PATAU
Sindrome EDWARDS
Sindrome de Turner
Sindrome de Down - Copia extra do cromossoma 21
Sindrome de PATAU- Copia extra do cromossoma 13
Sindrome de EDWARDS- Copia extra do cromossoma 18
Sindrome de Turner- Alterações nos cromossomas sexuais femininos. No par xx apena 1 Normal
Trissomia XXX
Síndrome de KLINEFELTER
SINDROME DE JACOBS
Trissomia XXX- Copia extra do X
Síndrome de KLINEFELTER- Homem comum par x extra –> XXY
SINDROME DE JACOBS-Homem comum par Y extra –> XYY
O que é um GWAS( Genome-wide association study)?
Estudo de associação de todo o genoma é uma abordagem que envolve um scanning rápido de marcadores ao longo do genome de varias pessoas para encontrara variantes genéticas associadas a ma doença em particular.
Estudos que pertendem identificar regiões cromosssomicas associadas a determinado fenotipo
O que é uma base de dados? Distinga primaria de secundaria.
Uma base de dados permitiu o armazenamento de informação biológica de uma forma estrutura e organizada de fácil acesso.
O seu surgimento surgiu em resposta á quantidade alargada de dados gerados pelas tecnologias de larga escala. Os dados são armazenados através de arquivos ou SGBDs.
PRIMARIAS-> Armazenam a informação diretamente proveniente os resultados experimentais ou seja os dados originais sem qualquer modificação ex: PubMed,GenBank
SECUNDARIAS-> Armazenam dados modificados das primarias ex: PIR, Taxon
FASTA VS FLATFILE
FLATFILE
Pode ser dividido em 3 : Cabeçalho; Complemento; Sequencia nucleotidica
FASTA
1 LINHA- Linha de definição :símbolo > nome da sequencia e dps mais informações separadas por “|”
Na linha seguinte esta a sequencia nucleotidica
SNPS O que são?
Polimorfismo de um único nucleotídeo. É uma substituição da linha germinativa de um único nucleotídeo numa posição específica no genoma
cnvs??
é a variação do numero de copias, normalmente a distruibuicao não é aleatória havendo hotspots de localização. Os CNVs representam um papel importante na variabilidade nas doenças e na evolução. Estão normalmente associadas rearranjos estruturias como por exemplo: delecoes translocacoe
REDUÇÃO DE DADOS
A redução visa possibilitar - o ajuste de modelos - eliminação de variáveis espúrias - simplificação - diminuição do tempo de computação e espaço em memória
O que é um pseudogene?
Sequencia nucleotidica similar a um gene normal mas que foi mutado ou suprimido no processo evolutivo.
O que são genes housekeeping?
São genes que mantem a casa ou seja são transcritos em todos os tipos de celulas pois extressam funções gerais
Para que serve a Metilação do DNA?
Para silenciamento de genes
O que é ocDNA?
DNA sintetizado a partir de PNA pela transcriptase reversa
Enhancers são:
Silencers são:
Elementos reguladores positivos que aumentam o nivel de transcrição
Elementos que diminuem o nivel de transcrição
O splicing alternativo resulta:
Na produção de diferentes moléculas de mRNA a partir do mesmo gene; Produção de duas ou mais proteínas com funções diferentes; Produção de domínios peptídicos
A transcriptase reversa
é uma enzima que catalisa:A síntese de DNA dependente de RNA
Não é uma proteína reguladora que liga ao DNA:
Ilhas CPG (regiões com alta frequência de C e G –contém muitos genes)
ARRAY CGH
Permite o estudo/analise de todo o genoma.
Temos um DNA de controlo e o do paciente. Cada um é marcado com diferentes fluorocromos e aplicados ao microarrays onde são hibridizados
São exitados e depois há um software que permite converter a cor em intensidade de florescência.
Para que serve a recombinação genética?
Nos procariotas:
Reparação de DSBreaks (double stand breaks) no DNA.
Reiniciar forquilhas de replicação.
Nos eucariotas: Reparação de DSBreaks no dna. Ocorrência de crossing over Segregação de cromossomas na meiose Conversão génica após recombinação não-homóloga na mitose e meiose.
PROJETO ENCODE
Projeto que teve como objetivo identificar os elementos funcionais da sequência do genoma humano.
Este projeto teve ainda dois objetivos adicionais:
o Desenvolver novas tecnologias para a anotação do genoma humano, com elevada acuidade,
de forma completa e custo-efetiva.
o Estabelecer um paradigma para a partilha de dados de genómica funcional
Estudo Citogenético?
O material biologico que pode ser utilizado é:
- Sangue periferico
- Sangue do cordão umbilical
- Amniocitos
- Anexos ovulares
