F8 site actif régulation allostérie Flashcards
rôle du site actif (2)
fixation du substrat et transformation en produit
fixation au niveau de
site de liaison
transformation au niveau de
site catalytique
proximité physique résidu AA grace au
repliement de la protéine
deux modèle de fixation au substrat :
modele clef serrure, parfaite complémentarité
ajustement induit, changement de conformation
méthode de caractérisation
méthode indirect, enzymatique
méthode physique
mutagénèse dirigé
méthode de caractérisation enzymatique
etude pH,
utilisation inhibiteur réversible compétitif ou non
utilisation inhibiteur irréversible
obtention complexe ES stable
méthode de caractérisation physique
résolution structure 3D, cristallographie et diffraction X intéraction protéine ligand ITC dégagement chaleur SPR variation indince réfraction échange H/D variation rapport mz
méthode de caractérisation mutagénèse
mutation résidu intérêt et ciloarausin oaralètre catalytique
marquage d’affinité 2 puis vérif 3
utilisation réactif spécifique de groupe utilisation analogue de substrat vérif efficacité marqueur vérif spécificité du marqueur vérif spécificité du marquage pour enzyme
mécanisme catalytique 4
catalyse acide base : protonation et déprotonation, influ sur le pH optimum
catalyse covalente, formation intermédiaire covalent
catalyse métallique, ion métallique
catalyse électrostatique, stabilisation
régulation enzymatique 3 méthode
régulation à quantité constante d’enzyme
régulation de la quantité d’enzyme
une enzyme peut etre soumis au deux
régulation à quantité constante d’enzyme
rapide, fine, peu économique
modalité par le taux de produit et de substrat, par un changement conformationnel allostérie, par modification covalente, par une protéine régulatrice, par compartimentation de la cell
régulation de la quantité d’enzyme
par régulation de la synthèse d’E
par formation de proenzyme = zymogène
régulation par le taux de produit
rétroinhibition = rétrocontrole négatif, enzyme ralentit son activité
régulation par le taux de substrat
v dépend de S, si S augmente, réaction S->P favorisé
régulation allostérique
une E allostérique peut fixer plusieur ligand, effecteur allostérique différend du S et du P se fixe sur un site régulateur,
activateur allostérique, favorise réa
inhibiteur allostérique, défavorise
propriété coopérative d’E allostérique
courbe v=f([ligand])
homotrope et hétérotrope
preuve
courbe v=f(ligand) propriété
coopérative courbe sigmoide
non coopérative courbe hyperbolique
effet homotrope et hétérotrope propriété
homotrope positif, coopérativité, fixation ligand favorise sa fixation
hétérotrope positif favorise fixation autre ligand
hétérotrope négatif défavorise fixation autre ligand
preuve d’allostérie propriété
enzyme allostérique a au moins une courbe v=f(ligand) sigmoide
postulat d’isomérie T/R
forme T=tendu : peu active
forme R=relaché : active
postulat de symétrie
enzyme allostérique est généralement oligomérique, les protomères sont arrangé de manière symétrique
postulat de conservation de symétrie
tout les protomère subisse en meme temps le passage d’un état conformationnel à un autre