Expression du génome (partie 2) Flashcards
Comment se nomme l’ensemble regroupant le coeur de l’ARN polymérase et la sous-unité sigma?
Holoenzyme
À quoi servent les sous-unités alpha?
- Échafaudage lors de l’assemblage du coeur
- Reconnaissance du promoteur (élément UP)
À quoi servent les sous-unités bêta?
À former le site actif
À quoi sert la sous-unité oméga?
- Assemblage et stabilisation du coeur
- Liaison au facteur sigma
À quoi sert la sous-unité sigma?
- Reconnaissance du promoteur
- Facteur d’initiation
D’où vient le nombre des sous-unités sigma?
De leur longueur
Qu’est-ce qui peut être ajouté à la région -10 (boîte de Pribnow) pour former un promoteur?
Une région -35 (plus fréquent), un élément UP ou une région -10 étendue
Quelles sont les différences entre l’édition pyrophosphorolytique et l’édition hydrolytique?
Pyrophosphorolytique: Recule d’un seul nucléotide et coupure d’un lien phosphodiester par un PPi (libération d’un NTP)
Hydrolytique: Peut reculer sur plusieurs nucléotides, hydrolyse d’un lien phosphodiester par H2O (libération d’un NMP) et favorisée par le facteur Gre
Quel est le mécanisme de réparation de la transcription chez les procaryotes?
La protéine TRCF va entraîner le redémarrage de l’élongation ou la dissociation de l’ARN pol en utilisant de l’ATP pour pousser l’ARN pol. TRCF peut aussi recruter la machinerie de réparation de l’ADN.
Qu’est-ce qu’une transcription avortée?
Courts transcrits de moins de 10 nucléotides libérés (leur rôle précis n’est pas connu)
Quels sont les modèles de synthèse avortée de l’ARN?
- Excursion: L’ARN pol commence à retranscrire et lâche le transcrit après 10 nucléotides et reculerait
- Étirement: L’ARN pol reste fixée à la région -35, s’étirerait et reviendrait à sa position initiale après relâchement du transcrit
- Froissement/compression: ARN pol ne bouge pas et tire l’ADN à l’intérieur de sa cavité (renflement simple brin). L’énergie s’accumulerait par rembobinageet l’évasion du promoteur est possible
Qu’est-ce qui caractérise le début de la phase d’élongation chez les procaryotes?
La libération du facteur sigma de l’holoenzyme
Vrai ou faux: la terminaison se fait plus souvent de manière involontaire
Faux
Quelles sont les différences entre le mécanismes Rho-indépendant et Rho-dépendant?
Indépendant: Répétition inversée (complémentaire) dans l’ADN qui permet la création d’une structure en épingle à cheveux riche en G:C suivie d’une région riche en A:U
Dépendant: Rho se lie à la polymérase dès le début de la transcription et lorsque rho reconnaît rut (site riche en C), le transcrit se décroche
Quel est l’équivalent du facteur d’initiation sigma chez les eucaryotes?
Les General Transcription Factors (GTFs): TFI, TFII et TFIII
Vrai ou faux: le promoteur central peut couvrir en amont ou en aval du site d’initiation
Vrai
Quel est le promoteur le plus commun chez les eucaryotes? À quoi est-il associé?
L’élément Inr est associé à l’élément DPE (TATA-less) ou à la boîte TATA (containing TATA) et souvent avec un élément DCE
Quels GTFs reconnaissent la plupart des promoteurs?
TFIIB et TFIID
Comment débute la transcription chez les eucaryotes? Décrire les étapes de ce processus.
La formation du complexe de pré-initiation (CPI) sur le promoteur
1- Liaison du complexe TFIID
2- Liaison des facteurs TFIIA et TFIIB
3- Recrutement de l’ARN polymérase II liée à TFIIF
4- Liaison de TFIIE et TFIIH
Comment la sous-unité TBP interagit-elle avec l’ADN?
Via un feuillet bêta dans le sillon mineur
Quels sont les rôles du complexe médiateur dans la transcription?
- Faire le lien entre les protéines régulatrices et le CPI
- Réguler l’activité kinase de TFIIH
Que signifie CPI?
Complexe pré-initiation (analogue du complexe fermé)
Comment la coiffe se crée-t-elle?
1- Le groupement phosphte de l’extrémité 5’ de l’ARNm est enlevé
2- Le fragment GMP est ajouté en 5’ formant un lien phosphodiester 5’-5’
3- Un groupement méthyle s’ajoute à la guanine
Quels sont les rôles des différents facteurs d’élongation eucaryotes?
- pTEFb: Kinase qui phosphoryle Ser-2 (domaine C-terminal) et SPT5 et recrute TAT-SF1
- SPT5: Favorise le processus d’élongation et de terminaison (similaire à Nus)
- TAT-SF1: Favorise le processus d’élongation et recrute la machinerie d’épissage
- TFIIS: Édition hydrolytique (comme Gre) et limite les pauses transitoires de l’enzyme
- FACT: Désassemble les nucléosomes avant et les reconstruit après le passage de l’ARN pol II
Qu’est-ce que la queue de poly-A?
L’ajout d’une chaine de A (environ 200) à l’extrémité 3’ du transcrit de l’ARN pol II seulement
Quelle sont les contributions de CPSF et CstF à la queue de poly-A?
CstF favorise la coupure du transcrit et CPSF recrute la poly-A-polymérase
Quels sont les modèles de terminaison chez les eucaryotes?
Torpille (RNase collée à l’ARN pol) ou allostérique ( l’ARN pol se décroche d’elle-même et le «déchet» est libéré)
Quels sont les rôles des trois ARN polymérases des eucaryotes?
ARN pol I: ARNr
ARN pol II: ARNm et ARN non-codants
ARN pol III: ARNt
Quelles sont les particularités de l’ARN polymérase I?
- Elle ne produit qu’un seul transcrit
- Elle n’a qu’un seul promoteur
- Facteur d’initiation (SL1)
Comment les facteurs sont-ils recrutés par la polymérase au cours de la transition entre les phases d’initiation et d’élongation?
Par les changements de la phosphorylation de la queue CTD
