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GENET DES POP > EXAMS HUMEAU > Flashcards

EXAMS HUMEAU Flashcards

1
Q

Forces évolutifs

A

Processus qui interviennent dans les variations des fréquences allelique au cours des generations

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Q

Populations definition

A

Groupe d’individus d’une meme espèces suspectible de se reproduire entre eux plutôt que des indiv extérieur au groupe
- aspect spatial et temporel

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3
Q

Loci definition

A

Segment d’ADN précisément situer dans le genome

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4
Q

Genotype defintion

A

Composition allelique d’un individu

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5
Q

Homozygote définition

A

Meme état allelique à un loci donner pour un individu

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6
Q

Hétérozygote

A

État allelique different pour un indiv

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7
Q

Comment est composer la structure génétique d’une pop

A
  • structure phénotypique
  • structure génotype aux
  • structure allelique
    ==> besoin de polymorphisme entre indiv
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8
Q

Qu’est ce qui permet de caractériser les indiv et/ou les pop

A

Polymorphisme ADN: variation dans les sequences nucléotides

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9
Q

Loi de Hard-Weinberg

A
  • croisement des indiv doit se faire au hasard —> pop en panmixie
  • pas de selection
  • croisement des gametes au hasard —> pangamie
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10
Q

Ho definition

A

Fréquence observer d’individu hétérozygote
Mesure le polymorphisme génétique dans la pop

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11
Q

He definition + formule

A

Fréquence théorique d’indiv hétérozygotes dans la pop
= 2pq pour un loci à 2 alleles
= 1 - somme des pk^2
Pk= la fréquence de l’allele k

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12
Q

FIS definitions + formule

A

Compare les fréquences observer et théorique d’heterozygotes dans UNE population (compare Ho et He dans 1 pop)
Permet de calculer le taux d’auto fécondation
Test l’écart a la panmixie
Test les effets de la reproduction, les éventuelles problèmes technique et la sous structuration)
=1 - (Ho/He)
FIS= 0 —> quand Ho=He —> panmixie
FIS < 0 —> Ho > He —> choix de son partenaire sexuelle en fonction de son phenotype et donc genotype —> pas de panmixie —> préfère des partenaire génétiquement different heterogamie
FIS > 0 —> Ho < He—> reproduction pas au hasard —> coirssement entre indiv apparenter —> consanguinité

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13
Q

Causes de l’écart à la panmixie

A
  • échantillonnage, problème technique
  • regime de reproduction: autogame, heterogame, mixte…
  • force évolutif : migration; mutation, selection, derive
  • sous structuration de la pop (effet wahlund)
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14
Q

4 forces évolutifs

A
  • mutation
  • migration
  • dérive génétique
  • selection naturelle
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15
Q

Migration

A

= homogénéisations des fréquences allelique
- sens stricte: mouvement des organes entre pop
- sens large: flux de genes
- plusieurs modèles de migration: content- ile et modèle en archipel

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16
Q

modèle continent ile

A

flux de migration unidirectionnel constant a chaque generation
Fréquence allelique de ile va tendre vers celle du continent ==> convergence

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17
Q

modèle en archipel

A
  • convergence des fréquences allelique
  • tends vers la moyenne des fréquences allelique
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18
Q

la derive

A

liée a la taille de la pop
= fluctuation aléatoire de la fréquence des alleles au cours des générations résultant d’un échantillonnage aléatoire parmis les gametes
==> fixation aléatoire d’un allele present initialement
= conduit vers un état d’homozygote totale
= augmentation de la différenciation génétique entre les populations
- modèle de wright-fisher

Lié a
- taille de la pop
- effet fondateur
- bottleneck

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19
Q

modèle de wright fisher

A

pour un nombre infini de pop isoler et de generation
- la variation a l’intérieur des pop diminue
- variation entre les pop augmente

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20
Q

selection naturelle

A

= processus par lequel des variations favorables vont tendre a augmenter en fréquences au sein d’une pop, et inversement pour des variations défavorables
= survie ou reproduction différentielle des different phenotype dans la pop
- agit sur les phenotypes
- causes des variations alleliques

21
Q

valeur selective

A

capacite d’un individu a transmettre ses propre alleles a la génération suivante
= survie + reproduction

22
Q

valeur selective absolue

A

nombre totale de descendant suivant produit au cours de la vie d’un indiv

23
Q

4 types de selections

A
  • directionnelle ( W11 < W12 < W22)
  • stabilisante (W11 < W12 > W22)
  • diversifiante (W11 > W12 < W22)
24
Q

FIT

A

test du deficit en hétérozygote sur l’ensemble des populations confondues

= 1 - (Ho/Ht)

  • compare heterotzygotie observer moyenne à l’heterozygotie globale

Test les effets cumules reproduction + structuration

25
Q

FST

A

compare les fréquences théorique moyenne et théorique globale d’heterozygote entre +sieurs populations
Estimation de la différenciation génétique

=1-(Hs/Ht)

Test la structuration, effet de la derive et migration

26
Q

Si Hs est different de Ht

A

les populations n’ont pas les meme fréquences alleliques donc sont +/- isoler les unes des autres

27
Q

effet wahlund

A

= mesure le deficit en hétérozygote théorique dans la population moyenne/ pop global
= FST qui traduit le degré de différenciation des demes dans le processus de fixation des fréquences alléliques sous l’effet de la dérive génétique

  • pas effet Wahlund si Hs=Ht (meme fréquence allelique dans toutes les population moyenne)
  • effet wahlund si Hs different de Ht (les fréquences alleliques sont différentes selon les pop) (sous structuration ou dérive génétique)
28
Q

analyses preliminaire

A
  • courbes d’accumulation
  • déséquilibre de liaison entre les loci
  • alleles nuls
29
Q

courbes d’accumulation

A

test le nombre de marqueur nécessaire pour garder la même diversité

30
Q

déséquilibre de liaison entre les loci

A

test de la redondance d’informations des marqueurs
DL= association non aléatoire entre les alleles de 2 ou plusieurs loci

31
Q

alleles nuls

A

test de fiabilité du génotype gré
= allele non detectable par amplification PCR
- hétérozygote coder comme homo
Conséquences: diminution de la diversité génétique intra pop et augmentation de la difference des pop

32
Q

Na

A

nombre d’alleles par locus
- tres dependant de l’effectif de la pop
- indicateur de la diversité génétique mais problématique pour comparer les pop et les espèces
Alternative RA
Na donne la vraie diversité

33
Q

RA

A

richesse allelique corrigée
- ne sert qu’a comparer la diversité génétique entre pop et indiv

34
Q

Ne

A

nombre d’alleles efficaces
- nombre d’allele qui va être assurément transmis aux descendants
- permet la detection des alleles rares

35
Q

influence des regimes de reproduction sur les valeurs du FIS

A

Rencontre non aléatoire des phenotypes
- reproduction entre indiv différent —> heterogamie FIS < 0 excès d’hétérozy
- reproduction entre indiv semblables —> homogamie FIS > 0 deficit d’heterozy

Partenaire génétiquement apparente
- consanguinité (reprod entre familles ou hermaphrodisme ou reproduction entre sous groupe
FIS > 0 deficit hétérozygote

36
Q

methodes pour calculer le taux d’auto fécondité

A
  • a partir des données des descendants
  • a partir du fis
    S= 2FIS/(FIS+1)
  • structure des correlations multiples
37
Q

structure des correlations multiples

A

si autofécondations réelle alors observation d’un excès de multi homozygote et deficit d’hétérozyg

38
Q

Pourquoi deficit en hétérozygote

A

autofécondation pour les hermaphrodites autocompatibles
- direct (pollen sur meme fleur)
- indirecte (avec l’aide de pollinisateur)

Croissement entre indiv apparente
- si 2 indiv meme gene type homozygote alors tout les descendant homozygotes ont le meme genotype

39
Q

consanguinite

A

= reproduction entre indiv génétiquement proches
Conséquences:
- réduction hétérozygote
- augmentation homozygote

40
Q

homogamie/autofecondation

A

diminution d’heterozygote observer par rapport à la valeur attendu en panmixie

41
Q

CLONALITÉ

A

Clone= indiv provenant de la reproduction asexué d’un indiv unique

42
Q

Comment détecter l’isolement des pop

A
  • examiner les relations entre tous les indiv
  • examiner les flux de genes entre les pop
  • tester si l’isolement genet dependant de l’isolement des et ou d’autres facteurs
43
Q

determiner la distance génétique entre indiv

A
  • avec une matrice de distance par loci
  • puis une ACP ou PCoA (projection de la matrice)
  • analyse de clustering
44
Q

dispersion/migration

A

=mouvement d’un indiv ou gamète entre son lieu de naissance et son lieu de reproduction potentielle

45
Q

dispersion chez les animaux vs les plantes

A

animaux:
- mouvement des gametes
- mouvement des indiv

Plantes
- mouvement gametes —> pollen
- mouvement des indiv —> graines

46
Q

mesurer la dispersion

A
  • directe: CMR, tracking
  • indirecte: étude de distribution geo de la div genet
47
Q

mesurer l’isolement si isolement par la distance

A

modèle en ile de wright
- estime le nombre de migrant par pop et par genet
- seulement pour les modèle ile a l’équateur derive-migration
- le nombre d emigrant est indépendant de la distance geo entre les pop

  • modèle d’isolement par la distance
  • modèle en pas japonais
48
Q

mouvement des genes peut dépendre de plusieurs facteurs

A
  • topo et fragm de l’habitat
  • presence de barrière phy
  • compo du migrant, philopatrie
  • compo disperser bio/abiotique
49
Q

Comment tester l’IBD?

A

Avec un test de mantel
- test difference genet selon la distance geo séparant chaque pairs de pop
- determine si corrélations entre 2 matrices d’associations
- calcul coefficient de correlation reel et Théo entre les elements des 2 matrices

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