EXAMS HUMEAU Flashcards
Forces évolutifs
Processus qui interviennent dans les variations des fréquences allelique au cours des generations
Populations definition
Groupe d’individus d’une meme espèces suspectible de se reproduire entre eux plutôt que des indiv extérieur au groupe
- aspect spatial et temporel
Loci definition
Segment d’ADN précisément situer dans le genome
Genotype defintion
Composition allelique d’un individu
Homozygote définition
Meme état allelique à un loci donner pour un individu
Hétérozygote
État allelique different pour un indiv
Comment est composer la structure génétique d’une pop
- structure phénotypique
- structure génotype aux
- structure allelique
==> besoin de polymorphisme entre indiv
Qu’est ce qui permet de caractériser les indiv et/ou les pop
Polymorphisme ADN: variation dans les sequences nucléotides
Loi de Hard-Weinberg
- croisement des indiv doit se faire au hasard —> pop en panmixie
- pas de selection
- croisement des gametes au hasard —> pangamie
Ho definition
Fréquence observer d’individu hétérozygote
Mesure le polymorphisme génétique dans la pop
He definition + formule
Fréquence théorique d’indiv hétérozygotes dans la pop
= 2pq pour un loci à 2 alleles
= 1 - somme des pk^2
Pk= la fréquence de l’allele k
FIS definitions + formule
Compare les fréquences observer et théorique d’heterozygotes dans UNE population (compare Ho et He dans 1 pop)
Permet de calculer le taux d’auto fécondation
Test l’écart a la panmixie
Test les effets de la reproduction, les éventuelles problèmes technique et la sous structuration)
=1 - (Ho/He)
FIS= 0 —> quand Ho=He —> panmixie
FIS < 0 —> Ho > He —> choix de son partenaire sexuelle en fonction de son phenotype et donc genotype —> pas de panmixie —> préfère des partenaire génétiquement different heterogamie
FIS > 0 —> Ho < He—> reproduction pas au hasard —> coirssement entre indiv apparenter —> consanguinité
Causes de l’écart à la panmixie
- échantillonnage, problème technique
- regime de reproduction: autogame, heterogame, mixte…
- force évolutif : migration; mutation, selection, derive
- sous structuration de la pop (effet wahlund)
4 forces évolutifs
- mutation
- migration
- dérive génétique
- selection naturelle
Migration
= homogénéisations des fréquences allelique
- sens stricte: mouvement des organes entre pop
- sens large: flux de genes
- plusieurs modèles de migration: content- ile et modèle en archipel
modèle continent ile
flux de migration unidirectionnel constant a chaque generation
Fréquence allelique de ile va tendre vers celle du continent ==> convergence
modèle en archipel
- convergence des fréquences allelique
- tends vers la moyenne des fréquences allelique
la derive
liée a la taille de la pop
= fluctuation aléatoire de la fréquence des alleles au cours des générations résultant d’un échantillonnage aléatoire parmis les gametes
==> fixation aléatoire d’un allele present initialement
= conduit vers un état d’homozygote totale
= augmentation de la différenciation génétique entre les populations
- modèle de wright-fisher
Lié a
- taille de la pop
- effet fondateur
- bottleneck
modèle de wright fisher
pour un nombre infini de pop isoler et de generation
- la variation a l’intérieur des pop diminue
- variation entre les pop augmente
selection naturelle
= processus par lequel des variations favorables vont tendre a augmenter en fréquences au sein d’une pop, et inversement pour des variations défavorables
= survie ou reproduction différentielle des different phenotype dans la pop
- agit sur les phenotypes
- causes des variations alleliques
valeur selective
capacite d’un individu a transmettre ses propre alleles a la génération suivante
= survie + reproduction
valeur selective absolue
nombre totale de descendant suivant produit au cours de la vie d’un indiv
4 types de selections
- directionnelle ( W11 < W12 < W22)
- stabilisante (W11 < W12 > W22)
- diversifiante (W11 > W12 < W22)
FIT
test du deficit en hétérozygote sur l’ensemble des populations confondues
= 1 - (Ho/Ht)
- compare heterotzygotie observer moyenne à l’heterozygotie globale
Test les effets cumules reproduction + structuration
FST
compare les fréquences théorique moyenne et théorique globale d’heterozygote entre +sieurs populations
Estimation de la différenciation génétique
=1-(Hs/Ht)
Test la structuration, effet de la derive et migration
Si Hs est different de Ht
les populations n’ont pas les meme fréquences alleliques donc sont +/- isoler les unes des autres
effet wahlund
= mesure le deficit en hétérozygote théorique dans la population moyenne/ pop global
= FST qui traduit le degré de différenciation des demes dans le processus de fixation des fréquences alléliques sous l’effet de la dérive génétique
- pas effet Wahlund si Hs=Ht (meme fréquence allelique dans toutes les population moyenne)
- effet wahlund si Hs different de Ht (les fréquences alleliques sont différentes selon les pop) (sous structuration ou dérive génétique)
analyses preliminaire
- courbes d’accumulation
- déséquilibre de liaison entre les loci
- alleles nuls
courbes d’accumulation
test le nombre de marqueur nécessaire pour garder la même diversité
déséquilibre de liaison entre les loci
test de la redondance d’informations des marqueurs
DL= association non aléatoire entre les alleles de 2 ou plusieurs loci
alleles nuls
test de fiabilité du génotype gré
= allele non detectable par amplification PCR
- hétérozygote coder comme homo
Conséquences: diminution de la diversité génétique intra pop et augmentation de la difference des pop
Na
nombre d’alleles par locus
- tres dependant de l’effectif de la pop
- indicateur de la diversité génétique mais problématique pour comparer les pop et les espèces
Alternative RA
Na donne la vraie diversité
RA
richesse allelique corrigée
- ne sert qu’a comparer la diversité génétique entre pop et indiv
Ne
nombre d’alleles efficaces
- nombre d’allele qui va être assurément transmis aux descendants
- permet la detection des alleles rares
influence des regimes de reproduction sur les valeurs du FIS
Rencontre non aléatoire des phenotypes
- reproduction entre indiv différent —> heterogamie FIS < 0 excès d’hétérozy
- reproduction entre indiv semblables —> homogamie FIS > 0 deficit d’heterozy
Partenaire génétiquement apparente
- consanguinité (reprod entre familles ou hermaphrodisme ou reproduction entre sous groupe
FIS > 0 deficit hétérozygote
methodes pour calculer le taux d’auto fécondité
- a partir des données des descendants
- a partir du fis
S= 2FIS/(FIS+1) - structure des correlations multiples
structure des correlations multiples
si autofécondations réelle alors observation d’un excès de multi homozygote et deficit d’hétérozyg
Pourquoi deficit en hétérozygote
autofécondation pour les hermaphrodites autocompatibles
- direct (pollen sur meme fleur)
- indirecte (avec l’aide de pollinisateur)
Croissement entre indiv apparente
- si 2 indiv meme gene type homozygote alors tout les descendant homozygotes ont le meme genotype
consanguinite
= reproduction entre indiv génétiquement proches
Conséquences:
- réduction hétérozygote
- augmentation homozygote
homogamie/autofecondation
diminution d’heterozygote observer par rapport à la valeur attendu en panmixie
CLONALITÉ
Clone= indiv provenant de la reproduction asexué d’un indiv unique
Comment détecter l’isolement des pop
- examiner les relations entre tous les indiv
- examiner les flux de genes entre les pop
- tester si l’isolement genet dependant de l’isolement des et ou d’autres facteurs
determiner la distance génétique entre indiv
- avec une matrice de distance par loci
- puis une ACP ou PCoA (projection de la matrice)
- analyse de clustering
dispersion/migration
=mouvement d’un indiv ou gamète entre son lieu de naissance et son lieu de reproduction potentielle
dispersion chez les animaux vs les plantes
animaux:
- mouvement des gametes
- mouvement des indiv
Plantes
- mouvement gametes —> pollen
- mouvement des indiv —> graines
mesurer la dispersion
- directe: CMR, tracking
- indirecte: étude de distribution geo de la div genet
mesurer l’isolement si isolement par la distance
modèle en ile de wright
- estime le nombre de migrant par pop et par genet
- seulement pour les modèle ile a l’équateur derive-migration
- le nombre d emigrant est indépendant de la distance geo entre les pop
- modèle d’isolement par la distance
- modèle en pas japonais
mouvement des genes peut dépendre de plusieurs facteurs
- topo et fragm de l’habitat
- presence de barrière phy
- compo du migrant, philopatrie
- compo disperser bio/abiotique
Comment tester l’IBD?
Avec un test de mantel
- test difference genet selon la distance geo séparant chaque pairs de pop
- determine si corrélations entre 2 matrices d’associations
- calcul coefficient de correlation reel et Théo entre les elements des 2 matrices
