Examen intra Flashcards
Définir la microbiologie environnementale
Étude de la biodiversité de microorganismes qui se retrouvent dans un endroit spécifique ainsi que leurs impacts dans l’environnement
Définir l’écologie microbienne et donner un exemple
Études des interactions biotiques et abiotiques entre microorganismes et leur environnement.
ex. interactions entre champignon et plante
Qui est le père de la microbiologie et qu’à t-il apporté comme contributions?
Antoni van Leuwenhoek; Fabricant de lentilles et microscopes
Premières observations d’animalcules
(microorganismes)
Quelles sont les contributions de Louis Pasteur?
Découvre que certains microorganismes vivent en absence d’oxygène.
Développe la technique de stérilisation et démontre la présence de microbes dans
l’air.
Invalide la théorie de la génération spontanée.
Quelles sont les contributions de Robert Koch?
Développe les techniques d’isolement de bactéries et d’établissement de cultures
pures.
Démontre que les microorganismes sont à l’origine des maladies.
Quelles sont les contributions de Ferdinand Julius Cohn?
Décris la différenciation cellulaire de Bacillus, i.e. la formation de spores
résistantes à la chaleur à partir de cellules végétatives.
Premier essai de classification taxonomique des bactéries.
Quelles sont les contributions de Martinus Beijerinck?
Établit la technique d’enrichissement des cultures qui permet d’isoler de nombreux nouveaux
microorganismes.
Décrit le premier virus.
Isole des bactéries ayant un impact sur les cycles biogéochimiques tels que les fixateurs d’azote
en symbiose avec les plantes et les bactéries réduisant le soufre.
Quel est le but et le principe de la colonne de Winogradsky?
But: Isoler des MO à partir d’échantillons environnementaux
Principe: +on va vers le fond de la colonne, + la [soufre] est grande et + on va vers le haut + la [CO2] est grande
Quelles sont les contributions de Robert Hungate?
Développe des techniques cruciales à l’études de microorganismes anaérobies.
Identifie les microorganismes présents dans le rumen et étudie leurs activités in
situ.
Considéré par certains comme le premier écologiste microbien moderne compte
tenu de la caractérisation complète d’un environnement et de ses
microorganismes.
Quelles sont les contributions de Carl Woese?
Développe une technique d’analyse basée sur la séquence de l’ARNr 16S.
Établit, avec ses collègues, un nouveau classement phylogénétique des bactéries.
Définit les archées comme 3e branches distinctes dans l’arbre de la vie en 1977.
Ouvre la porte à l’identification des microorganismes environnementaux à l’aide
de séquence d’ARNr – technique culture-indépendante.
Quels événements sont les précurseurs de la culture des incultivables?
Invention du PCR par Kary Mullis (1988) Développement des techniques de séquençage de masse Augmentation de la puissance des ordinateurs
Qu’est ce qu’on veut dire par « The great plate count anomaly »?
Ce n’est pas tout ce qui provient de notre échantillon environnemental qui va croître dans des conditions in vitro
Qu’est ce que la biosphère?
Entité incluant tous les écosystèmes terrestres
Qu’est ce qu’un écosystème?
L’ensemble d’une/plusieurs communauté(s) et de son/leur environnement(s)
Quelle est l’antithèse de la microbiologie environnementale?
Il n’y a pas d’interactions entre les microorganismes et l’environnement
Qu’est ce qu’un environnement microbien?
Ensemble des conditions (pH, T…) auxquelles les microorganismes sont soumis
Qu’est ce qu’une niche écologique? Donnez un exemple.
Environnement (peut être transitoire ou non) contenant les conditions nécessaires au développement et la prolifération de microorganismes.
ex. Les souris Germ Free
Quelle est la différence entre une communauté microbienne et une population microbienne?
Communauté= plusieurs espèces différentes Population= même espèce
Qu’est ce qu’une espèce bactérienne?
Les individus de deux espèces ont des phénotypes semblables, peuvent hybrider ensemble plus de 70% de leur ADN total, et/ou possèdent des séquences 16S identiques à 97%.
Quelles sont les étapes principales du cycle de vie d’une communauté microbienne?
1- Colonisation
2- Croissance
3- Succession
4- Climax
À quoi sert la colonisation dans le cycle de vie d’une communauté microbienne?
Elle sert à ajouter des microorganismes dans l’environnement
Qu’est ce que la colonisation active? Donnez un exemple.
Consiste à utiliser ses propres nutriments pour sa survie
ex. chimiotaxie
Qu’est ce que la dispersion passive? Donnez un exemple
déplacement des microorganismes par des facteurs environnementaux
ex. mouvement des spores de végétaux par l’eau
Vrai ou Faux: Les microorganismes pionniers sont les premiers à s’établir dans un nouvel habitat, mais ne sont pas nécessairement les mieux adaptés à l’environnement
Vrai
Vrai ou Faux: La croissance en milieu riche est la même qu’en milieu artificiel.
Faux.
Milieu artificiel= latence-exponentielle-stationnaire-décin
Milieu naturel= latence-exponentielle - élevée-mortalité-stationnaire (négligeable)
Quelles sont les deux types de croissance de microorganismes?
1- Oligotrophes/Autochtones/Stratégie K: croissance lente, utilisation de substrats difficilement dégradables et reproduction en milieu pauvre
2-Copiotrophes/Zymogènes/Stratégie R: croissance rapide, utilisation de substrats simples et reproduction en milieu riche
Quelle est la différence entre la succession autogène et la succession allogène?
Autogène= modification de l'environnement Allogène= modification des facteurs environnementaux
Vrai ou Faux: La colonisation préemptive a pour but d’empêcher d’autres microorganismes
Vrai
Quelle est la différence entre la succession autotrophe et la succession hétérotrophes?
Autotrophe= les mo produisent des composés organiques
Hétérotrophe les mo consomment des produits organiques
Quels sont les résultats possibles suite à une perturbation d’un écosystème? Quels résultats maintient un écosystème stable?
- Résistance (écosystème stable)
- Résilience (écosystème stable)
- Redondance fonctionnelle (écosystème stable)
- Altération
Définir la richesse des espèces
Nombre d’espèces retrouvées sur le nombre total de
microorganismes
Qu’est ce qu’un OTU?
Espèce dont son génome est séquencé
Qu’est ce que l’abondance des espèces?
Proportion des individus parmi les espèces
présentes (populations dominantes)
Si j’ai un indice de Pielou proche de 1, ma communauté microbienne est _____.
égale
Si j’ai un indice de Pielou proche de 0, ma communauté microbienne est ____.
inégale
L’abondance et la richesse d’une communauté microbienne dépendent de quoi?
Des conditions environnementales et des nutriments qui sont présents dans l’environnement
À quoi sert l’indice α (alpha)?
Il sert à caractériser la diversité des espèces à l’intérieur d’une communauté.
Vrai ou Faux: + j’ai un indice de Shannon élevé plus ma communauté est peu diversifiée
Faux, c’est l’inverse!
+ l’indice de Shannon est élevé, + la communauté est diversifiée
À quoi sert l’indice β (bêta)
Il sert à comparer des communautés microbiennes entre elles
Vrai ou Faux: + j’ai un indice β (bêta) élevé, + les communautés comparées sont différentes.
Vrai
Le protocole d’échantillonnage du sol dépend de… (3)
L’environnement= où est ce qu’on va échantillonner?
Des paramètres à évaluer= gros ou petit échantillon?
Du budget/ressources
Quels sont les méthodes d’échantillonnage du sol en fonction de l’emplacement?
- Aléatoire
- Transect
- En 2 étapes
- En grille systématique
Si on veut comparer l’effet d’un pesticide sur une communauté microbienne, quelle méthode d’échantillonnage est la meilleure?
En 2 étapes
Est ce que l’on peut conserver un échantillon de sol à l’humidité pour l’analyser?
Oui
Quel est un défi lorsque l’on échantillonne le sol, la rhizosphère et des zones profondes?
Contamination d’instruments d’échantillonnage
Comment est ce que l’on peut échantillonner l’eau et comment on peut le conserver?
On peut filtrer ou concentrer l’échantillon pour avoir une qté détectable de microorganismes. On le conserve par congélation ou réfrigération temporaire
Nommez 3 des 5 techniques d’échantillonnage de l’air?
- Emprisonnement dans une matrice liquide
- Impaction sur gélose
- Centrifugation
- Dépôt
- Filtration
Si je veux caractériser la structure d’une communauté quel genre de technique doit-on utiliser? (Culture dépendante ou Culture indépendante)
Culture-Indépendante
Si je veux détecter la présence de Bacillus cereus dans un échantillon de riz, quel genre de technique doit-on utiliser? (Culture dépendante ou Culture indépendante)
Culture-Dépendante
Quel est le but de l’enrichissement et de la sélection?
Enrichir une culture avec des microorganismes spécifiques provenant d’un échantillon
Quels sont les inconvénients du dénombrement sur pétri (UFC)?
Microorganismes à croissance rapide vont masquer les microorganismes à croissance lente.
Absence de détection des microorganismes viables mais non cultivables (VBNC).
Impossible de faire croître tous les microorganismes d’un échantillon environnemental sur un même milieu de culture.
Quel est l’avantage de la technique du dénombrement du NPP?
Utile pour évaluer la présence d’une
population fonctionnelle spécifique
Qu’est ce qu’un système gnotobiotique?
Modèle dans lequel on connaît précisément la composition des populations microbiennes
Pourquoi sommes-nous incapables de cultiver certains microorganismes
1-Croissance: trop lente
2- Mo avec croissance rapide prennent toute la place et empêche la croissance des mo que l’on veut
3-Nécéssite une combinaison spécifique de facteurs environnementaux (ex.croissance exotique)
4-Sensible à certaines conditions qui sont dans les laboratoires
5-Bcp de mo vivent en interdépendance avec d’autes mo ou des mo spécifiques (symbiose avec un autre mo)
Quelles techniques peuvent être utilisées pour cultiver les incultivables?
- Culture à haut débit
- Utilisation d’hôtes
- Coculture
- Amener l’environnement dans le labo
Comment on peut isoler mécaniquement l’ADN de l’échantillon environnemental?
Billes et agitation
Nommez des exemples de lyse des microorganismes
- Billes et agitation
- SDS
- Protéases
Comment on évalue la pureté de l’échantillon?
Par spectrophotométrie. On vérifie le ratio 260 nm/280nm
Quelles sont les étapes principales du PCR et leurs rôles?
1- Dénaturation: séparation des 2 brins complémentaires d’ADN
2-Hybridation: hybridation des amorces en 3’ de l’ADN
3- Élongation: synthèse des brins d’ADNc à partir de l’amorce
Quelles sont les pressions environnementales dans le sol? (5 au total)
1- pH 2- Présence d'eau 3- Présence d'oxygène 4- Disponibilité en macro et micronutriments 5- Température (négligeable)
Comment choisir la technique adéquate pour utiliser l’ADN?
Vérifier avec le budget que l’on a
À quoi sert l’empreinte par TGGE et DGGE?
À séparer les fragments suite au PCR par un gradient de température ou de concentrations ou bien des T-RFLP
Quels sont les inconvénients du séquençage de masse (2)?
- Analyse bioinformatique complexe
- Coûteux
Vrai ou Faux, En métagénomique, on séquence tout le génome du microorganisme, incluant la séquence que l’on veut analyser
Vrai
Quelles sont les utilités du séquençage avec un gène marqueur?
- Aperçu phylogénique
- Identification de phylotypes
- Quantification relative
Quelles sont les utilités de la métagénomique/séquençage de masse?
- On peut assembler les génomes de divers microorganismes entre eux
- Identification de nouveaux gènes
- Annotation fonctionnelle
- Aperçu phylogénique
Sur quoi on se renseigne en utilisant des techniques de culture-indépendante sur l’ARN?
- activité métabolique d’une communauté
- expression génique de la communauté
Quelles sont les principales étapes de la mesure de l’activité microbienne avec l’ARN?
1- Snap freeze
2- Isolation ARN—-> Lyse des microorganismes in situ
3- Purification
4- Analyse de la DO à 260 et 280 nm
À quoi sert l’étape 1 de la mesure de l’activité microbienne avec l’ARN?
Elle sert à précipiter les protéines complètement et favorise une meilleure conservation de l’ARN
À quoi sert le RT-PCR (reverse transcriptase PCR)?
- Détecter un ARNm spécifique
- Évalue la présence ou non d’une activité métabolique
À quoi sert le qPCR pour l’ARN?
-Quantifier précisément l’ARN ou l’ADN dans un échantillon
Quelles sont les étapes du qPCR? (3)
1- Isolation ARN
2- Transcription inverse
3- Quantification de l’ARNm
À quoi sert le RNAseq (transcriptomique)?
Avoir une vue d’ensemble des ARNm présents dans une communauté microbienne
Quels sont les avantages et inconvénients du qPCR?
Avantages: -beaucoup de précision -utile avec des cultures pures Inconvénients -longue optimisation -examine 1 gène à la fois
Quels sont les avantages et inconvénients du RNAseq?
Avantages: -utile avec des cultures pures -examine + d'un gène à la fois Inconvénients: -demande beaucoup de matériel -coûte cher
Quels sont les inconvénients de la microscopie à lumière visible?
- bruit de fond important (surtout avec un échantillon de sol)
- pas de distinction morts/vivants
- besoin de colorant
Quel est l’avantage du FISH?
Il peut détecter des microorganismes incultivables et les interactions entre les microorganismes et leur environnement
Vrai ou Faux: Les biorapporteurs sont une technique de culture indépendante, car ils utilisent de la fluorescence.
Faux. Les biorapporteurs sont une technique culture dépendante,car il faut faire croître les microorganismes pour détecter l’expression et la sous-expression de gènes d’intérêt
À quoi sert la TEM et la cryo-electron tomography?
Ces deux types de microscopie électronique permettent de voir toutes les structures d’une cellule
Visualisation 3D en cryo-electron tomography
Résumez le principe de la cytométrie en flux.
Séparation et mesure de cellules entraînées devant un laser par un flux de liquide selon différentes conditions expérimentales
Comment on peut évaluer la biomasse?
- Direct: Fumigation au chloroforme+ extraction du carbone
- Indirect: Fumigation au chloroforme+incubation
Quel est le but de l’incorporation de [H3]-thymidine radiomarquée dans l’ADN?
Mesure le taux de dédoublement général (radioactivité)
Nommez 3 mesure d’activités spécifiques
- microélectrodes
- quantification directe
- radioisotopes
Quel est le but d’inventorier les microorganismes à l’aide de biomarqueurs lipidiques?
Déterminer quels microorganismes composent une communauté donnée
Pourquoi on utilise les phospholipides (PLFAs) dans l’utilisation des biomarqueurs lipidiques?
On les utilise, car:
- Indique la viabilité des microorganismes.
- Donne une bonne idée de ce que l’on retrouve dans notre échantillon environnemental et ce même si la classification des groupes microbiens est grossière
Quels sont les buts des mesures d’activités microbiennes spécifiques?
- Quantifier une activité métabolique dans une communauté microbienne
- Permet d’évaluer la fonction cette communauté et les changements qu’elle apporte à son environnement
- Permet d’évaluer la réponse métabolique à une perturbation environnementale
En quoi consiste l’utilisation de microélectrodes?
Mesure basale de la respiration présente dans l’échantillon utilisant les substrats organiques
présents.
Quels sont les avantages et inconvénients des microélectrodes?
Avantages:
-mesure de l’échantillon directe et sur place
-pas besoin d’ajout de substrats ou d’autres molécules
Inconvénients:
-peut prendre des mesures très localisées
-limité par la technologie disponible= microélectrodes spécialisées pour 1 type de molécules
Quels sont les avantages et inconvénients de la quantification de processus chimiques spécifiques?
Avantages: -parfois déjà optimisé (vient déjà en kit) Inconvénients -doit être effectuée au laboratoire - + ou - sensible
Quels sont les avantages et inconvénients d’utiliser des radioisotopes?
Avantages:
-très sensible
-permet de suivre la destinée de molécules précises
Inconvénients:
-le taux métabolique peut être surestimé=on ajoute le substrat en excès afin de stimuler la croissance de microorganismes
-effet peut être abiotique; besoin d’un contrôle « cellules tuées »=faux +
Qu’est ce que la spectrométrie de masse peut faire?
- Donner un inventaire des molécules sécretées
- Quantifier des molécules présentes dans un échantillon
Quelles sont les étapes si on veut quantifier une molécule?
1-Extraction de l’échantillon
2-Chromato (GC ou HPLC selon la nature de l’échantillon)à
3-Analyse au MS
“Tout est partout, mais l’environnement sélectionne.” Est-ce valide?
Non, c’est limité par les techniques, car certains microorganismes ne se retrouvent pas dans l’environnement, mais dans un endroit spécifique
Quels sont les 4 facteurs déterminant l’assemblage d’une communauté?
- Dispersion
- Diversification
- Dérive
- Sélection par l’environnement
Quels sont les facteurs abiotiques qui influencent les microorganismes dans la sélection par l’environnement?
- Température
- Eau (activité et pression osmotique)
- pH
- Oxygène
- Présence de macronutriments
- Présence de micronutriments
Quelles sont les pressions environnementales dans le sol? Laquelle est la + importante?
1- pH
2-Présence d’eau= pluies, nature du sol et des plantes
3-Présence d’oxygène
4-Disponibilité en macro et micronutriments
5-Température: varie d’un sol à l’autre=pas gros effet
Quelles sont les conséquences des pressions environnementales qui sont présentes dans le sol sur les microorganismes?
-Peu de microorganismes vont persister pour de longues périodes de temps suite à une inoculation
artificielle
- Peu de surface est occupée par les microorganismes dans le sol.
-Les microorganismes sont souvent en dormance dans le sol
Décrire le rôle des bactéries dans le sol et énoncez certaines caractéristiques?
Rôle=> cycles biogéochimques,recyclages nutriments, biodégradation, production d’antibiotiques,agent biocontrôle
Caractéristique importante=> type de microorganisme le + abondant dans le sol
Vrai ou Faux: Les virus sont plus abondants dans le sol que dans les milieux aquatiques.
Faux. Les virus sont plus abondants dans les milieux aquatiques que dans le sol.
Pourquoi les archées sont importantes dans le sol?
Elles sont importantes pour les cycles biogéochimiques
Quels sont les rôles des mycètes dans le sol? (3)
- Recyclages nutriments
- Biodégradation
- Structure du sol
Quel est le rôle des protozoaires dans le sol?
Contrôle population de
bactéries
Quels sont les rôles des algues dans le sol?
- pionnières=> fixation du carbone
- structure du sol=> sécrètent des polysaccharides en agrégeant le sol
Quel est l’effet du pH du sol sur la diversité en microorganismes?
Lorsque l’on a un pH neutre, on a une + grande diversité de microorganismes.
Vrai ou Faux: Le pH du sol n’a pas d’importance sur les mycètes.
Vrai
Quels sont les facteurs environnementaux affectant les mycètes dans le sol?
- Latitude
- Disponibilité de l’eau (humidité)
- Source de carbone
- Historique du site
Vrai ou Faux: + le milieu est humide, + il y a de mycètes qui prolifèrent dans le sol
Vrai
Vrai ou Faux: Les mycètes ne dépendent pas des plantes, car ils peuvent fixer le carbone par eux-mêmes.
Faux: Les mycètes sont DÉPENDANTS des plantes pour la fixation du carbone.
Quelle est la conclusion sur l’influence des plantes sur les communautés microbiennes dans les sols de prairies?
Forte corrélation entre la diversité β des plantes et la diversité β des bactéries, des archées et des
fungi=> corrélation dans l’identification et non dans la diversité
Qu’est ce que Louis Pasteur veut dire dans la phrase suivante:« Il y a toujours en suspension dans l’air ordinaire des corpuscules organisés tout à fait
semblables à des germes d’organismes inférieurs »
Il y a des microorganismes dans l’air
Qu’est ce que des bioaérosols?
Cellules ou matériel biologique (toxine, etc) suspendus dans l’air. Souvent en association avec une particule liquide ou solide servant de «radeau».
Décrire les étapes du trajet aéromicrobiologique.
1- Décollage=>départ des microorganismes de leur source (terrestre ou aquatique)
2- Transport=>mouvement provoqué par le mouvement de l’air (entre 10 m et 1 km approximativement);dépend de la viabilité du mo
3- Dépôt=>se fait via la gravité, la pluie ou tout ce qui fait déposer des particules
Quelles sont les 2 pressions environnementales majeures dans l’air extérieur?
- Humidité=> pas d’accès à l’eau dans l’air. Gram- meurt lorsqu’il y a variation d’humidité. Gram+ + résistantes
- Température=>absence totale de source de carbone (capacité de survie= pas une niche environnementale)
Quelles sont les 2 pressions environnementales mineures dans l’air extérieur?
- Radiations=> UV= altère le système de réparation de l’ADN
- Oxygène=> trop grande pression en oxygène. L’oxygène est converti en radicaux libres
Quelle est la conclusion sur l’étude des microorganismes dans les nuages? Justifiez.
Grande disparité de résultats, car qPCR a ses limites pour lyser les spores, les amorces du qPCR ne sont pas tout le temps parfaites (sous-estimation du nombre de mo en qPCR et sur-estimation du nombre de mo en microscopie)
Nommez 2 exemples de pathogènes humains et 1 exemple de pathogène chez les plantes qui se retrouvent dans l’air
Humains: -Bacillus anthracis -Influenza (Orthomyxoviridae) Plantes: -Puccinia graminis
En quoi consiste la nucléation de la glace?
Formation de neige à partir de minéraux
Est-ce que les microorganismes qui agissent comme nucléateur de glace jouent un rôle sur le climat?
Dépend où est ce qu’on est. Si on est en haute atmosphère ou désert= non; si on est dans des prairies ou dans les nuages=oui
Vrai ou Faux: Des protéines nucléant la glace sont retrouvées en majorité dansdes bactéries, pour la plupart phytopathogéniques, associées aux feuilles des plantes.
Vrai=> pour se nourrir, les mo doivent aller à l’intérieur de la feuille pour aller chercher les nutriments nécessaires. Les cristaux de glace vont percer les parois des feuilles.
Utile afin de briser les cellules et avoir accès aux nutriments dans les feuilles. On utilises des bactéries inactivées dans les canons à neige
D’où provient majoritairement les microorganismes qui sont dans l’air intérieur?
Outre les bactéries de la peau, on retrouve une corrélation avec les mo colonisant l’air extérieur. Les mo à l’intérieur des built-in environnement sont les mo qui sont sur la peau et les mo provenant de l’air extérieur. Les mo qui sont proches de la porte=mo de l’air extérieur
Qu’est ce que l’on veut dire par interactions à l’intérieur d’une même population?
Des mo de la même espèce qui interagissent entre eux
Quels sont les 2 types de compétitions possibles à l’intérieur d’une même population? Donnez un exemple pour chaque type.
- Type exploitative=>phénomène passif. 2 mo qui utilisent la même ressource dans l’environnement ou un espace
ex. accès au fer - Interférence=> sécrétion par 1 individu qui nuit à la croissance du 2e individu.
ex. production de toxines
Définir la coopération à l’intérieur d’une même population.
Partage de biens communs=> utilise des molécules ou biomolécules extracellulaires. bénéfice pour la population
Établissement de structures physiques=>colonies, biofilms. gang + fort que tout seul
Transfert de gènes de résistance=>résistance aux métaux lourds, antibiotiques= meilleure résistance aux stress de l’environnement
Pourquoi des microorganismes très coopératifs peuvent poser des défis en laboratoire?
Car, c’est difficile d’avoir des cultures pures. Si les mo sont très coopératifs, ils ne poussent pas tout seuls, ils doivent être avec une certaine densité de population afin d’avoir une croissance efficace
En quoi consiste la prédation?
Définition:
Ingestion, par le prédateur, d’une proie (acquisition de biomasse)
Impacts:
Qu’est ce qu’on veut dire par: “ La prédation permet de contrôler les populations”
C’est-à-dire que le nb dans une population aquatique ou du sol est tout le temps stable même si les populations ne vont pas bien ou trop bien
Nommez 2 exemples de prédateurs courants dans les milieux aquatiques
- Protistes: nanoflagellés hétérotrophes; amibes
- Petits zooplanctons
Nommez 2 exemples de prédateurs courants dans le sol
- Protistes:flagellés; amibes; cilliés
- Nématodes
- Arthropodes
Quel est le 2e mécanisme important pour le contrôle des populations bactériennes?
Interaction avec les virus
Quelle est la mortalité bactérienne attribuable aux protistes et aux virus?
50% virus et 50% protistes, cela dépend de l’environnement
- environnement dense et riche et/ou stressant (Télevé, pH bas, salé)= virus
- environnement oligotrophique (eau)= protistes
Quels sont les impacts de la prédation?
- Cycles proies-prédateurs=>abondance des prédateurs et des proies (augmentation-diminution en décalage)
- Adaptation des proies=> mo proies vont évoluer + rapidement et s’adapter + rapidement aux nouveaux prédateurs dans l’environnement
Quels sont les impacts de la compétition?
- Exclusion (séparation physique) des populations ou espèces=> séparation physique des 2 espèces
- Taux de croissance et croissance maximale réduite pour une ou les deux populations=> fait par l’espèce la + compétitive
- Extinction possible d’une population=>arrive si un des espèces est meilleure qu’une autre
Qu’est ce que l’amensalisme/antagonisme?
Inhibition effectuée par une population sur une autre, sans que la première=> compétition qui sert à rien; inhibition par défaut
Donnez un exemple d’amensalisme?
bactéries oxydatives du soufre qui sécrètent de l’acide sulfurique qui est nuisible pour les populations aux alentours
Quel est l’impact de l’amensalisme?
Diminution d’une des populations=>sécrétion des molécules ayant un but non spécifique= pas d’avantages spécifiques
Qu’est ce que le neutralisme?
Absence d’interaction entre deux populations à l’intérieur d’un même environnement
Pourquoi c’est difficile de démontrer le neutralisme en laboratoire?
Les 2 mo différents ne font rien entre eux
Quel est l’impact du neutralisme?
Aucun
Qu’est ce que la symbiose (général)?
Échanges à proximité entre 2 microorganismes provenant d’une population
Quels sont les différents type de symbiose possible? Nommez 1 exemple pour chaque (4)
- Ectosymbiose (ex. Crocodile qui se fait nettoyer les dents par un oiseau)
- Endosymbiose (ex. Champignons avec la rhizosphère des plantes)
- Symbiose facultative (ex. Humain qui gosse sur son cellulaire)
- Symbiose obligatoire (ex. Lichen)
Qu’est ce que le parasitisme?
Relation entre deux populations/organismes où le parasite (généralement plus petit) tire un avantage de l’hôte
(nutrition, ressources,…), lui nuisant en même temps.
Quel est l’impact du parasitisme?
Multiplication du parasite et dépérissement de l’hôte
Parfois, empêche un hôte de surexploiter les ressources
Qu’est ce que le commensalisme?
Relation entre deux populations/organismes où le
commensal tire un avantage (nutrition, ressources,… ) de
son hôte, sans lui nuire ni sans l’aider.
Quel est l’impact du commensalisme?
Meilleure croissance du commensal
Qu’est ce que le mutualisme? Donnez un exemple
Relation dans laquelle les deux populations tirent un avantage de la présence de l’autre. Souvent obligatoire, hautement spécifique, requiert une grande proximité des populations.
(ex. vache et mo du rumen= Les mo ammènent une meilleure digestion du rumen et la vache amène les polysacharides complexes provenant des plantes)
Qu’est ce que le syntrophisme/cross-breeding? Donnez un exemple
sous-catégorie du mutualisme
(ex. fourmi qui mange des feuilles; agriculture; élevage; bactérie qui fermente et une archée méthanogène qui utilise les produits de la bactéries pour faire du méthane (consommation de l’acétate))
Quel est l’impact du mutualisme?
Croissance et survie accrue pour les deux populations/organismes
Nommez 2 types de microorganismes bénéfiques pour les plantes.
- Fixatrices d’azote symbiotiques= conversion N2 en NH4+
- Plant Growth-Promoting Rhizobacteria (PGPR)
Qu’est ce qui est nécessaire aux PGPRs pour favoriser les interactions avec les plantes?
1) pouvoir coloniser la racine.
2) survivre et se multiplier dans les microhabitats
associés à la surface de la racine.
3) promouvoir la croissance de la plante.
Quels sont les effets possibles des PGPRs sur les végétaux?
-Effet « biofertilisant »=> promotion de la croissance, disponibilité des nutriments, tolérance à des stress
abiotiques
-Effet «antibiose »=> activation de la résistance systémique induite,
Qu’est ce que la résistance systémique
induite?
État où la plante est prête à l’attaque des pathogènes
Qu’est ce que des mycorhizes, nommez les rôles de chaque organisme dans ce type d’interaction?
Symbioses plante-mycète.
Mycète fournit fournit les substances du sol à la plante
Plante fournit du carbone qui a été fixé au mycète
Nommez et définir 3 types de mycorhizes.
- Mycorhize arbusculaires (AM)=>à l’intérieur des cellules fait une formation arbusculaire
- Ectomycorhize=>à l’extérieur des cellules, manteau autour de la racine, réseau de Hartig, « Champignons »
- Ectendomycorhize=.Réseau de Hartig ET formation arbusculaire
Quels sont les avantages pour chacun des organisme dans le mycorhize?
- Mycète=>peut survivre + d’accès aux nutriments, augmente surface de contact
- Plante=> le champi peut se faufiler partout grâce à sa petite taille, utile pour aller chercher le phosphore dans le sol
Est ce qu’il y a un usage en agriculture biologique?
Oui
Qu’est ce qu’une interaction négative pour les plantes?
Interaction qui va causé des maladies au niveau des feuilles, racines, etc.
